genome.fa.s164.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold164
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2248410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  10  of  15  ( 1726 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1410882--1410907	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1410864--1410927	33	2.0	32	87	9	94	40	17	14	28	1.88
1411672--1411922	52	5.0	49	75	11	197	23	27	18	31	1.97
1411672--1411877	101	2.0	99	85	5	270	22	28	18	30	1.97
1412693--1412777	32	2.7	32	88	0	125	34	12	15	37	1.86
1419101--1419157	20	2.8	20	81	0	69	33	12	10	43	1.76
1426813--1426867	20	2.8	20	88	0	74	40	10	10	38	1.76
1430275--1430341	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1430799--1430824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1430863--1430938	21	3.7	21	79	10	102	27	18	11	42	1.85
1430883--1430979	20	4.8	20	77	9	99	27	17	14	40	1.89
1430863--1430956	41	2.3	41	98	0	179	28	19	12	39	1.88
1431466--1431538	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1431484--1431559	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1431466--1431559	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1431598--1431623	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1435686--1435716	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1437776--1437813	13	2.9	13	96	0	67	31	18	15	34	1.92
1439654--1439749	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
1440304--1440376	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1440322--1440397	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1440304--1440397	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440436--1440461	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1442534--1442558	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1443053--1443099	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
1445676--1445742	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1446200--1446225	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1446264--1446339	21	3.7	21	77	10	93	28	17	11	42	1.84
1446284--1446380	20	4.8	20	77	9	99	27	17	14	40	1.89
1446264--1446357	41	2.3	41	96	0	170	29	18	12	39	1.88
1448712--1448761	19	2.6	19	84	6	66	40	12	16	32	1.84
1448733--1448799	33	2.1	32	88	8	100	37	16	11	34	1.85
1452885--1453177	156	1.9	156	87	5	441	37	18	17	26	1.93
1452893--1453246	156	2.3	155	82	6	414	36	19	17	26	1.94
1453652--1453681	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
1453808--1453869	30	2.1	30	84	3	81	37	16	0	46	1.47
1454429--1454507	38	2.1	38	97	0	149	34	21	21	22	1.97
1455151--1455594	164	2.7	164	82	6	515	53	6	9	29	1.60
1455467--1455722	134	1.9	133	83	6	329	51	10	9	28	1.67
1457820--1457875	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
1457860--1457886	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1457841--1457905	32	2.0	32	90	3	103	41	15	16	26	1.88
1466505--1466556	20	2.6	20	90	6	79	30	19	13	36	1.90
1466608--1466634	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467070--1467287	42	5.2	42	67	8	138	36	16	30	16	1.91
1466942--1467352	85	4.9	85	81	6	374	35	15	30	18	1.92
1467422--1467633	47	4.5	47	72	11	132	41	15	22	20	1.90
1471866--1472334	167	2.8	166	81	7	535	53	6	10	30	1.60
1471890--1472417	166	3.2	164	80	8	545	53	7	10	28	1.63
1477430--1477477	21	2.3	21	96	0	87	20	2	20	56	1.53
1477638--1477694	19	2.9	20	84	10	82	33	17	12	36	1.87
1477738--1477767	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
1477722--1477785	33	1.9	33	87	0	92	34	14	20	31	1.92
1485442--1485467	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1485543--1485598	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
1485586--1485616	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1485640--1485776	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
1485746--1485816	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1485856--1485896	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1489249--1489328	36	2.3	35	81	12	85	71	10	13	5	1.29
1490653--1491060	27	15.0	27	94	0	627	22	33	14	29	1.94
1491053--1491611	32	17.5	32	93	0	924	31	33	18	16	1.94
1492852--1492902	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
1492849--1492904	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
1498911--1498949	20	1.9	21	89	5	62	38	15	15	30	1.88
1501553--1501608	19	2.9	19	89	2	85	30	17	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1501631--1501669	20	2.0	20	89	0	60	43	10	17	28	1.82
1503957--1503985	11	2.6	11	100	0	58	13	0	10	75	1.04
1504031--1504060	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
1504211--1504253	23	1.9	23	90	4	70	27	13	6	51	1.67
1505801--1505826	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1505926--1505950	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1508388--1508412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1513842--1513867	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1513822--1513885	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
1513927--1513979	20	2.6	21	82	8	65	30	16	16	35	1.92
1513967--1513991	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1515043--1515072	7	4.3	7	91	0	51	30	16	0	53	1.44
1515717--1515773	22	2.6	22	82	0	78	29	21	8	40	1.83
1519418--1519581	20	8.6	20	70	21	111	41	10	15	32	1.82
1519370--1519596	91	2.5	91	89	1	348	41	11	15	30	1.83
1520308--1520382	32	2.4	31	86	4	98	26	21	24	28	1.99
1520351--1520429	28	2.8	28	75	7	88	22	16	30	30	1.96
1523183--1523207	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1523252--1523335	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
1523260--1523356	19	5.8	18	72	27	97	37	17	12	32	1.87
1523252--1523354	32	3.2	32	98	0	197	35	18	12	33	1.89
1523645--1524145	113	4.5	111	86	4	711	22	18	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1523645--1524145	28	17.8	28	91	2	722	22	18	31	28	1.97
1525390--1525427	10	3.8	10	82	10	51	2	0	10	86	0.66
1525391--1525429	9	4.1	9	86	6	51	2	0	12	84	0.72
1526026--1526050	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1526006--1526072	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1526146--1526270	52	2.4	52	95	0	223	36	19	17	26	1.94
1542989--1543116	20	5.8	20	68	22	71	40	11	17	30	1.85
1543974--1544031	21	2.8	21	82	15	75	51	1	25	20	1.57
1547166--1547190	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1550552--1550591	20	2.0	21	95	5	73	32	17	10	40	1.83
1552952--1552977	12	2.2	12	100	0	52	34	15	15	34	1.89
1552995--1553049	20	2.8	20	82	0	74	32	10	14	41	1.81
1552964--1553099	71	1.9	71	86	0	191	30	16	11	42	1.82
1558980--1559013	3	11.3	3	87	0	50	29	38	0	32	1.58
1561016--1561072	22	2.6	22	94	0	87	28	22	10	38	1.87
1561062--1561190	41	3.4	40	64	22	105	29	26	10	34	1.89
1561038--1561218	73	2.5	73	95	0	326	28	24	11	35	1.90
1561184--1561240	22	2.6	22	88	0	87	28	21	10	40	1.86
1562574--1562626	3	17.7	3	96	0	97	30	0	1	67	1.01
1563444--1563497	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1568905--1568997	20	4.7	20	90	4	109	29	18	11	40	1.86
1571287--1571451	51	3.2	51	79	1	170	29	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1571442--1571513	28	2.6	28	85	12	96	23	33	18	25	1.97
1571550--1571623	28	2.6	28	87	4	105	20	29	24	25	1.99
1571430--1571749	109	2.9	109	88	1	455	25	25	16	33	1.95
1571656--1571729	28	2.6	28	84	0	94	22	31	20	25	1.98
1573745--1573786	20	2.0	21	90	4	68	42	11	16	28	1.84
1573815--1573841	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1576339--1576403	33	2.0	32	87	3	94	26	16	13	43	1.86
1576449--1576501	13	4.5	13	69	26	55	33	13	15	37	1.86
1576433--1576501	33	2.1	33	89	5	104	31	13	17	37	1.88
1582430--1582470	19	2.2	19	100	0	82	51	0	7	41	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15