genome.fa.s164.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold164
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2248410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173855--173999	58	2.5	58	78	10	152	26	12	11	49	1.74
173978--174091	48	2.4	48	81	8	124	31	12	7	48	1.69
174664--174712	20	2.4	20	86	3	62	44	10	14	30	1.78
177191--177493	80	3.8	78	78	8	326	27	21	12	38	1.89
177179--177526	159	2.2	159	82	7	456	27	20	12	39	1.88
177750--178122	181	2.1	181	93	0	629	29	15	10	45	1.78
178929--178969	17	2.7	14	80	20	55	0	24	0	75	0.80
179047--179247	72	2.8	68	77	14	192	55	11	1	31	1.45
179250--179293	23	1.9	23	90	9	72	61	4	0	34	1.16
179403--179435	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
179634--179703	22	3.1	22	80	13	72	38	0	0	61	0.96
179634--179693	25	2.6	23	84	10	70	38	0	0	61	0.96
179643--179704	23	2.7	22	80	11	72	37	0	0	62	0.95
185050--185092	21	2.0	21	86	8	61	20	30	2	46	1.63
185350--185378	15	1.9	15	100	0	58	41	0	17	41	1.49
190067--190123	23	2.5	23	97	0	105	63	7	12	17	1.50
191035--191109	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
191032--191109	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
191637--192229	32	18.8	32	93	3	945	14	18	35	31	1.91
192212--193004	27	29.0	27	91	2	1228	28	14	34	23	1.93
192212--193004	82	9.7	81	91	2	1228	28	14	34	23	1.93
192212--193007	109	7.3	109	92	2	1267	28	14	34	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194344--194397	14	4.3	13	71	23	53	5	14	12	66	1.41
200512--200568	23	2.5	23	100	0	114	63	8	10	17	1.51
201479--201553	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
201476--201553	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
203283--203335	21	2.5	22	96	3	99	62	9	9	18	1.52
204197--204270	20	3.7	19	80	3	76	39	12	13	35	1.82
204825--206061	229	5.4	228	89	4	1760	21	17	32	28	1.96
204825--206061	28	43.0	29	87	5	1655	21	17	32	28	1.96
207258--207320	1	63.0	1	80	0	72	0	1	7	90	0.52
207248--207320	18	4.1	18	80	7	85	1	2	8	87	0.69
207258--207321	32	2.0	32	90	6	103	0	1	9	89	0.56
220378--220432	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
221295--221368	20	3.7	19	80	3	76	39	12	13	35	1.82
224751--225087	168	2.0	168	99	0	665	25	34	14	25	1.94
225140--225197	27	2.1	27	83	0	71	25	37	1	34	1.67
225515--225714	36	5.4	36	69	11	143	32	6	21	40	1.79
225551--225672	39	3.2	39	72	11	144	27	6	22	43	1.78
225494--225963	75	6.3	75	88	1	618	31	8	20	40	1.82
225782--225894	36	3.0	39	64	17	92	32	8	15	43	1.77
226895--226960	24	2.9	23	77	6	80	40	0	3	56	1.15
228026--228058	10	3.2	11	83	16	52	54	0	0	45	0.99
232423--232507	32	2.9	27	69	17	71	44	0	3	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232418--232508	27	3.2	26	71	24	67	45	0	3	51	1.17
240359--240383	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
247539--247594	27	2.0	28	82	6	69	37	1	1	58	1.19
249274--249307	15	2.2	16	90	10	54	2	8	0	88	0.62
249480--249535	3	19.0	3	96	3	105	66	0	0	33	0.92
250575--250605	16	1.9	16	93	0	53	77	0	0	22	0.77
250827--250902	37	2.2	36	82	15	97	40	6	5	47	1.52
252797--252837	13	3.1	14	82	10	50	39	0	0	60	0.96
253247--253330	25	3.4	25	74	9	66	44	0	1	54	1.07
255143--255360	34	6.5	34	82	5	255	40	26	7	25	1.82
255143--255360	67	3.2	67	84	3	278	40	26	7	25	1.82
255141--255360	101	2.2	101	87	0	341	40	26	7	25	1.82
255928--256572	352	1.8	352	97	0	1236	26	22	17	33	1.96
260092--260308	34	6.4	34	83	3	269	41	26	7	25	1.81
260090--260308	102	2.2	102	85	4	309	41	26	7	25	1.81
261726--262237	259	2.0	261	85	2	708	34	14	23	27	1.94
262690--262728	17	2.2	18	86	4	53	38	5	2	53	1.37
263767--263804	15	2.5	15	91	0	58	39	2	2	55	1.28
266195--266227	14	2.4	14	94	0	57	36	12	30	21	1.90
267083--267157	20	3.8	19	77	10	71	32	12	13	42	1.80
281146--281213	10	6.7	10	80	15	77	85	10	2	1	0.77
281149--281213	18	3.3	18	80	19	69	86	9	3	1	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281147--281203	1	57.0	1	78	0	60	89	8	1	0	0.55
282433--283264	29	28.9	29	91	3	1267	28	32	17	22	1.96
282432--283264	57	14.5	57	91	3	1278	28	32	17	22	1.96
282432--283264	86	9.7	86	91	2	1259	28	32	17	22	1.96
283788--283863	20	3.8	20	75	6	82	31	13	14	40	1.84
289293--290099	28	28.3	28	87	5	1031	28	31	17	22	1.96
289290--290087	57	14.0	57	87	6	1079	28	31	17	22	1.97
289290--290087	85	9.3	86	87	6	1067	28	31	17	22	1.97
294739--294807	10	6.7	10	83	11	86	85	10	2	1	0.76
294740--294797	1	58.0	1	78	0	62	89	8	1	0	0.55
296025--296856	29	28.9	29	91	3	1258	28	31	17	22	1.96
296024--296856	57	14.5	57	91	3	1269	28	32	17	22	1.96
296024--296856	86	9.7	86	91	2	1250	28	32	17	22	1.96
297380--297455	20	3.8	20	75	6	82	31	13	14	40	1.84
302494--302519	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
304837--304871	13	2.6	14	90	4	54	71	14	2	11	1.25
305167--305201	3	11.3	3	93	6	61	65	2	0	31	1.07
312819--313049	92	2.5	91	86	2	302	35	10	17	36	1.84
313689--313728	22	1.9	20	85	10	53	42	2	2	52	1.28
314827--314897	36	2.0	36	83	10	92	50	0	0	49	1.00
316827--316968	72	2.0	72	95	0	257	40	12	12	33	1.81
317680--317715	13	2.8	13	86	0	54	63	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318265--318314	20	2.4	22	75	21	54	42	2	2	54	1.23
321475--321558	37	2.3	37	87	0	114	32	23	19	25	1.97
321475--321573	37	2.7	37	81	6	103	33	26	18	22	1.96
326181--326261	37	2.2	37	86	4	119	28	22	22	27	1.99
327294--327356	32	2.0	30	82	11	74	53	3	4	38	1.38
328774--328814	20	2.0	20	100	0	82	41	14	14	29	1.86
337837--337878	19	2.2	19	100	0	84	23	11	11	52	1.71
338620--338646	6	4.5	6	100	0	54	0	18	48	33	1.49
340093--340331	97	2.5	97	87	3	356	30	14	28	25	1.95
345970--346022	28	1.9	27	88	3	79	24	11	1	62	1.39
347421--347447	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
347542--347609	26	2.5	28	79	6	79	50	0	0	50	1.00
347588--347664	40	2.0	40	82	12	97	44	0	0	55	0.99
347574--347674	35	2.7	38	78	13	102	43	0	1	54	1.11
347678--347703	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
349397--349431	7	5.0	7	92	0	52	51	5	14	28	1.65
355551--355590	14	3.0	14	85	7	57	55	0	0	45	0.99
356243--356300	20	2.7	21	74	12	55	27	0	6	65	1.18
356246--356305	21	2.8	21	77	7	57	33	0	5	61	1.17
357493--357538	23	2.0	22	83	4	56	60	4	0	34	1.16
357418--357622	89	2.3	89	91	0	329	49	8	2	39	1.47
357932--357956	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
358151--358184	3	11.3	3	100	0	68	32	32	0	35	1.58
360755--361062	77	4.0	77	100	0	616	44	12	12	29	1.81
364832--364883	16	3.2	16	73	10	52	51	30	15	1	1.54
365043--365084	17	2.6	17	81	7	52	59	2	7	30	1.37
365550--365600	20	2.5	20	87	0	66	35	19	7	37	1.81
366365--366400	19	1.9	18	88	5	54	36	0	0	63	0.94
366511--366563	24	2.0	24	86	13	70	47	1	1	49	1.23
366933--366971	16	2.4	16	91	0	60	28	5	5	61	1.39
366965--367003	17	2.4	17	86	4	53	25	5	7	61	1.44
367860--367889	15	1.9	16	93	6	53	73	3	0	23	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15