genome.fa.s164.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold164
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2248410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
709729--709805	20	3.9	19	77	5	64	36	11	10	41	1.76
723725--723758	15	2.3	15	95	5	61	88	11	0	0	0.52
723726--723768	19	2.3	19	88	4	61	88	9	2	0	0.60
723726--723768	10	4.7	9	83	11	52	88	9	2	0	0.60
725001--726781	29	61.9	29	85	5	2108	28	31	17	22	1.96
724998--726781	28	62.0	28	86	4	2035	28	31	17	22	1.96
724999--726781	86	20.7	86	85	4	2138	28	31	17	22	1.96
726266--726329	33	1.9	33	90	0	101	28	34	21	15	1.94
727340--727413	20	3.7	20	75	0	76	35	12	12	40	1.80
730533--730614	28	2.9	28	82	7	87	26	17	31	24	1.97
730594--730766	52	3.4	51	80	5	195	32	12	24	30	1.92
730752--730823	27	2.6	27	86	2	90	20	20	34	23	1.96
733294--733319	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
733273--733339	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
734766--734791	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
734746--734809	33	2.0	32	84	3	83	28	12	18	40	1.87
734859--734883	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
737530--737563	16	2.1	16	94	0	59	52	0	0	47	1.00
739790--739837	21	2.2	22	78	14	55	41	4	6	47	1.48
740708--740791	16	5.2	16	76	0	69	51	4	1	42	1.30
740946--741008	26	2.3	26	86	8	81	30	1	0	68	0.99
741317--741358	22	2.0	22	95	4	77	40	4	7	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744808--744846	2	19.5	2	94	0	69	46	0	0	53	1.00
747586--747924	151	2.2	149	84	7	434	22	18	18	41	1.91
750275--750314	6	6.7	6	91	0	53	47	0	12	40	1.41
757358--757926	79	7.3	79	78	4	508	34	13	23	28	1.93
757946--757989	15	2.9	15	86	0	61	86	0	0	13	0.57
759700--759826	58	2.2	58	90	7	195	9	25	18	47	1.78
759972--760064	19	5.1	17	76	17	80	19	2	4	74	1.09
759972--760057	37	2.4	35	83	13	95	19	2	4	73	1.12
760003--760072	35	2.0	35	88	5	106	21	0	4	74	0.99
760715--760805	43	2.1	43	89	0	137	32	17	24	25	1.97
760759--760912	52	3.0	52	77	7	143	33	16	27	22	1.96
760965--761180	61	3.6	61	74	9	199	37	13	25	24	1.92
761262--761369	32	3.5	31	78	8	94	18	15	33	32	1.93
761295--761378	30	2.7	31	83	5	100	19	16	33	30	1.94
761602--761675	28	2.7	28	85	6	98	29	21	25	22	1.99
772898--773021	20	5.8	20	74	18	106	27	16	14	41	1.88
774835--774923	40	2.3	39	83	9	103	29	8	8	52	1.63
775314--775647	79	4.3	79	80	7	347	27	26	14	31	1.95
775312--775647	156	2.1	158	83	5	405	27	26	14	31	1.95
778557--779137	159	3.7	159	84	5	716	34	13	24	28	1.93
778557--779137	79	7.4	80	77	6	490	34	13	24	28	1.93
778557--779137	313	1.8	316	86	3	841	34	13	24	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779168--779228	3	20.7	3	96	3	115	68	0	0	31	0.89
780932--781180	58	4.1	59	83	13	328	10	26	17	46	1.79
780990--781181	67	3.0	67	83	13	262	10	26	17	45	1.80
780932--781181	125	2.0	125	97	0	473	10	26	17	46	1.79
781368--781461	9	10.9	9	80	11	74	25	0	3	71	1.01
781363--781443	19	4.4	20	71	24	63	25	0	2	71	0.98
781376--781409	15	2.2	16	94	5	61	35	0	0	64	0.94
781388--781419	10	3.2	10	100	0	64	37	0	0	62	0.95
781392--781442	10	5.4	10	86	9	54	25	0	1	72	0.95
781411--781464	20	2.5	22	82	8	76	18	0	3	77	0.91
790147--790291	58	2.5	57	81	11	163	45	15	11	27	1.80
790458--790568	58	1.9	58	83	7	145	48	7	11	32	1.67
798459--798515	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
798439--798536	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
798437--798534	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
798597--798725	52	2.5	52	98	0	249	34	18	18	27	1.95
803038--803080	22	2.0	22	81	9	52	67	6	4	20	1.33
805444--805567	42	3.0	40	76	19	123	45	1	0	53	1.10
805448--805565	40	2.9	39	73	17	98	45	1	0	52	1.10
807211--807238	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
813745--813769	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
814440--814464	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821352--821391	21	2.0	20	90	5	62	2	2	52	42	1.28
828275--828316	18	2.3	18	87	4	57	26	0	0	73	0.83
828263--828320	25	2.3	25	79	8	64	27	0	1	70	0.97
828668--828700	16	2.1	16	94	0	57	27	6	3	63	1.32
829033--829119	42	2.0	43	80	10	99	51	1	1	45	1.16
830046--830083	19	2.0	19	89	0	58	50	0	2	47	1.15
830970--831023	20	2.7	20	83	11	67	37	18	12	31	1.89
831073--831097	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
833359--833383	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
833410--833459	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
833417--833459	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
833618--833670	20	2.7	20	75	21	58	54	20	1	22	1.54
839678--839742	32	2.0	32	85	8	87	41	13	12	32	1.82
843171--843196	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
844061--844114	22	2.3	24	78	18	60	51	0	3	44	1.19
844105--844170	31	2.1	31	100	0	132	31	3	3	62	1.26
846525--846568	15	2.9	15	79	0	52	72	0	2	25	0.96
849327--849351	11	2.3	11	100	0	50	44	8	12	36	1.71
851754--851802	24	2.0	24	88	0	71	55	16	8	20	1.66
854963--855010	23	2.1	23	88	11	73	50	4	8	37	1.52
865358--865392	15	2.2	16	90	5	54	85	11	2	0	0.69
865338--865396	23	2.6	22	81	7	66	83	10	6	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866430--866509	30	2.6	30	81	9	99	27	27	12	32	1.93
866528--867285	62	12.4	62	82	5	869	25	21	19	33	1.96
867305--867490	42	4.5	42	80	5	189	22	24	13	39	1.90
867288--867501	42	5.1	43	79	5	179	21	23	12	43	1.86
867422--867538	42	2.8	42	82	0	135	22	21	11	44	1.84
867537--867775	43	5.8	40	71	14	139	16	29	13	40	1.86
867658--867795	42	3.3	42	79	11	140	14	30	12	42	1.82
867297--867823	121	4.4	122	76	7	445	18	26	12	41	1.87
870852--871298	78	5.8	76	76	8	339	30	20	11	37	1.89
874039--874074	16	2.3	15	90	4	54	22	2	0	75	0.94
881143--881167	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
881220--881282	19	3.7	18	70	24	55	38	15	11	34	1.83
881212--881297	32	2.7	32	90	0	145	38	16	11	33	1.85
881239--881295	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
881939--882197	49	5.2	49	79	4	243	33	17	24	23	1.96
881945--882197	98	2.5	99	81	4	269	33	18	24	24	1.97
882243--882356	34	3.4	34	81	10	135	37	14	29	18	1.90
882242--882351	35	3.2	34	84	7	143	38	12	30	18	1.88
882390--882479	32	2.8	32	89	1	126	34	14	31	20	1.92
882451--882713	57	4.6	58	93	1	406	20	14	32	31	1.93
882460--882720	30	9.1	29	82	9	295	19	14	33	32	1.92
884127--884224	35	2.7	37	87	6	137	1	6	10	82	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884115--884220	31	3.7	29	84	9	130	0	5	12	81	0.91
893621--893823	79	2.6	79	83	0	235	29	17	29	24	1.97
893775--893851	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
893696--893928	107	2.2	108	82	2	272	29	17	28	24	1.97
893611--894008	187	2.1	187	86	3	559	31	15	27	25	1.96
893803--894196	79	5.0	79	85	2	463	34	14	24	26	1.94
904161--904693	159	3.4	159	73	8	492	33	15	25	26	1.95
904161--904693	79	6.7	79	75	9	424	33	15	25	26	1.95
904319--904395	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
904240--904444	107	1.9	108	83	1	268	29	16	27	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15