genome.fa.s171.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183--1413	28	8.0	28	82	7	248	34	28	17	19	1.95
1185--1420	59	4.0	59	84	4	300	33	27	16	22	1.96
1183--1413	88	2.7	87	84	6	281	34	28	17	19	1.95
1398--1584	34	5.6	33	77	8	166	18	31	12	37	1.88
1581--1996	49	8.9	49	72	12	298	25	24	18	30	1.98
1638--1807	88	1.9	88	87	0	250	24	26	20	28	1.99
9302--9655	79	4.5	79	78	6	326	36	14	22	26	1.92
9303--9629	78	4.2	79	78	5	315	37	14	21	26	1.91
9303--9629	156	2.1	158	83	5	421	37	14	21	26	1.91
9607--9701	45	2.1	45	86	0	127	25	18	29	26	1.98
12202--12256	20	2.7	21	83	11	69	30	20	12	36	1.90
12722--12776	28	2.0	28	100	0	110	23	21	18	36	1.95
14846--14886	13	3.2	13	100	0	82	41	14	14	29	1.86
15017--15078	30	2.1	29	84	6	79	51	24	1	22	1.57
21049--21097	13	4.2	13	75	24	54	38	18	10	32	1.84
21049--21118	33	2.1	34	86	7	99	35	20	11	32	1.88
22599--22656	20	2.8	21	76	10	64	32	15	15	36	1.89
25019--25452	76	5.7	76	77	12	273	29	23	10	36	1.88
25065--25463	76	5.2	79	81	9	334	30	23	9	37	1.86
25084--25494	78	5.3	77	81	9	342	30	23	9	36	1.87
25778--25821	23	2.0	23	90	4	72	47	9	9	34	1.67
25893--25931	20	1.9	21	84	5	53	38	20	12	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26383--26438	20	2.8	21	81	5	71	28	16	14	41	1.87
26424--26450	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
26434--26490	19	2.9	19	89	2	87	31	17	15	35	1.92
27981--28108	67	1.9	67	96	0	238	31	26	15	26	1.96
28193--28226	12	2.8	12	86	0	50	50	0	20	29	1.49
32710--32768	13	5.0	13	69	23	58	30	15	15	38	1.88
36924--36949	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
39482--39520	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
43433--43477	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
45694--45719	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
46640--46764	20	5.7	20	72	18	97	31	15	12	41	1.83
47959--47998	20	2.0	21	85	5	55	55	0	25	20	1.44
47984--48034	21	2.4	22	80	9	61	60	3	9	25	1.45
49339--49365	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
49320--49384	33	2.0	32	93	3	112	26	15	16	41	1.88
49451--49481	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
49435--49501	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
55625--55689	20	3.6	20	73	26	81	30	21	12	35	1.90
55644--55705	13	5.2	13	70	21	64	29	17	14	38	1.89
55625--55702	33	2.4	33	100	0	156	30	20	12	35	1.90
57550--57589	18	2.2	19	90	4	64	57	0	30	12	1.36
57594--57647	17	3.1	17	73	5	63	31	1	31	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57585--57636	17	3.0	17	72	5	59	34	3	30	30	1.76
58163--58188	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
58173--58229	19	2.9	19	89	5	78	29	17	17	35	1.93
61248--61288	20	2.0	20	86	9	57	36	12	12	39	1.80
61816--61887	36	2.0	36	91	2	119	30	12	31	25	1.92
61816--61913	36	2.9	33	84	11	112	29	13	28	28	1.94
64952--65000	20	2.5	20	86	6	64	26	28	0	44	1.54
65101--65178	42	1.9	40	87	10	113	25	20	5	48	1.70
67416--67488	32	2.3	32	95	0	128	34	10	17	36	1.85
67395--67480	19	4.7	19	71	19	67	34	10	17	37	1.84
67531--67555	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
67589--67631	20	2.1	21	91	4	70	32	20	9	37	1.85
69981--70281	79	3.8	79	84	4	401	28	25	13	32	1.93
70265--70336	29	2.7	27	85	8	85	23	27	20	27	1.99
70320--70440	51	2.4	51	90	5	183	26	26	14	32	1.95
71653--71703	25	2.0	26	85	11	70	52	25	0	21	1.47
76842--76889	23	2.0	23	88	4	69	41	25	6	27	1.79
80878--80959	40	2.0	40	97	0	155	32	21	12	32	1.91
81380--81475	32	3.0	31	80	16	115	32	27	11	29	1.91
81380--81473	36	2.8	34	84	9	124	32	26	11	28	1.92
91109--91134	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91091--91153	32	2.0	32	87	6	92	39	15	15	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95195--95225	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
97293--97331	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
99770--99842	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
99787--99863	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
99770--99863	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
99902--99927	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
101334--101433	52	1.9	52	87	0	146	29	15	29	27	1.96
101447--101690	112	2.2	112	87	4	341	42	13	23	20	1.88
101589--101747	67	2.4	68	83	3	196	33	15	24	25	1.95
101724--101945	31	7.2	31	90	0	320	17	18	33	30	1.94
101724--101945	93	2.4	93	91	0	356	17	18	33	30	1.94
101935--102798	27	28.9	28	69	17	243	35	11	30	23	1.90
102084--102364	33	8.8	33	78	12	192	37	11	26	23	1.90
102077--102545	34	15.0	34	71	17	247	37	11	27	23	1.89
101960--102545	60	9.5	64	75	14	345	36	11	28	23	1.90
102359--102512	59	2.5	61	80	8	163	37	11	28	22	1.89
102649--102867	34	6.8	32	75	14	152	34	11	30	22	1.90
102772--102868	36	2.8	37	78	13	123	35	12	27	24	1.92
102772--102877	33	3.1	34	81	11	110	38	11	27	22	1.88
105011--105069	25	2.6	22	87	12	77	35	10	10	44	1.72
105970--106054	44	1.9	44	90	4	136	43	15	24	16	1.86
106843--106867	10	2.5	10	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110638--111389	157	4.8	156	78	7	659	38	18	15	26	1.91
117897--117922	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
118629--118672	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
118648--118719	36	2.0	36	100	0	144	38	25	2	33	1.70
120511--120536	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124451--124495	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
126708--126733	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128019--128045	12	2.2	12	100	0	54	44	29	11	14	1.80
128574--128600	14	1.9	14	100	0	54	66	3	0	29	1.09
132727--132946	96	2.3	97	87	0	316	28	29	13	28	1.94
134091--134121	16	1.9	16	93	0	53	48	16	9	25	1.76
134201--134268	28	2.5	27	83	7	75	51	1	8	38	1.42
149715--150001	61	4.8	61	76	10	281	34	10	28	26	1.89
149833--150562	52	14.0	52	74	9	414	35	15	24	24	1.94
149767--150049	113	2.5	112	84	5	365	34	11	27	25	1.91
150120--150233	51	2.2	51	98	0	219	34	14	23	27	1.94
150093--150233	51	2.8	50	90	2	167	37	14	21	26	1.92
150208--150562	151	2.3	155	85	4	506	34	17	23	24	1.96
150618--151120	32	15.9	32	83	3	558	20	16	32	30	1.95
150622--151107	159	3.1	158	85	6	628	20	17	32	30	1.95
150622--151120	95	5.3	93	83	5	581	19	17	32	30	1.95
152302--152338	19	1.9	19	88	0	56	0	0	21	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158885--158923	12	3.2	12	85	0	51	28	7	23	41	1.82
169237--169496	132	2.0	132	100	0	520	28	17	28	25	1.98
172542--172617	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
172541--172626	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
172532--172650	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
172607--172656	18	2.7	19	79	11	52	46	4	44	6	1.47
179006--179587	79	7.4	78	80	6	539	33	12	25	28	1.92
179001--179587	237	2.5	236	81	5	680	33	12	25	28	1.92
179006--179590	159	3.7	158	79	5	633	33	12	25	28	1.92
181942--181976	18	1.9	18	100	0	70	34	20	11	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13