genome.fa.s171.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  10  of  13  ( 1521 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1616761--1616874	33	3.5	33	77	6	106	7	28	11	51	1.66
1616763--1616875	32	3.5	32	77	9	99	7	28	11	52	1.65
1617358--1617431	26	2.9	27	90	9	111	13	4	0	82	0.81
1617357--1617433	22	3.3	22	81	15	93	14	3	0	81	0.82
1617351--1617431	27	3.1	26	87	7	110	12	4	0	82	0.81
1617352--1617433	5	16.2	5	77	18	55	13	4	0	81	0.84
1617880--1618073	43	4.6	41	77	10	151	35	17	29	17	1.93
1617914--1618644	43	17.2	43	82	3	773	38	16	28	15	1.90
1617923--1618644	85	8.5	86	83	3	773	38	17	28	15	1.90
1617923--1618644	128	5.7	129	80	5	734	38	17	28	15	1.90
1623065--1623095	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
1623048--1623110	33	1.9	33	83	6	83	36	20	12	30	1.90
1623100--1623197	43	2.3	43	92	0	169	30	15	23	30	1.95
1623183--1623255	20	3.7	19	83	7	76	38	16	15	30	1.89
1623183--1623236	19	2.8	20	85	2	74	37	16	14	31	1.89
1623849--1623899	24	2.1	24	92	0	84	37	19	11	31	1.88
1630767--1630920	79	1.9	80	82	8	190	31	13	27	27	1.94
1630878--1630947	28	2.5	27	83	4	77	24	15	34	25	1.95
1630935--1631158	51	4.4	50	80	6	225	31	10	26	30	1.90
1633605--1633630	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1636300--1636353	19	2.8	20	91	2	83	40	20	11	27	1.86
1645030--1645066	18	1.9	19	89	10	58	2	10	29	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1646065--1646127	8	7.5	8	75	13	56	12	6	0	80	0.88
1646061--1646139	6	15.4	5	73	21	58	15	5	0	79	0.89
1646077--1646132	14	3.6	14	78	21	67	14	5	0	80	0.88
1646061--1646138	33	2.4	34	91	8	126	15	5	0	79	0.90
1647485--1647539	13	4.1	13	78	19	51	74	0	1	23	0.91
1647489--1647536	18	2.6	18	90	3	78	75	0	2	22	0.91
1647485--1647526	21	2.0	21	90	9	68	76	0	0	23	0.79
1647691--1647729	14	2.6	16	88	8	55	79	0	2	17	0.84
1649172--1649224	22	2.4	22	96	3	97	43	16	0	39	1.49
1650020--1650053	9	3.8	9	100	0	68	32	11	11	44	1.77
1650280--1650330	20	2.5	20	84	6	59	41	19	9	29	1.84
1650359--1650414	19	2.9	19	86	2	76	37	17	14	30	1.90
1650399--1650425	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1651004--1651061	31	1.9	31	82	3	73	34	22	12	31	1.91
1652956--1652982	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1653016--1653057	20	2.0	20	90	4	66	45	11	11	30	1.77
1657525--1657558	9	3.8	9	92	0	59	29	23	0	47	1.52
1658386--1658893	257	2.0	256	85	4	693	35	16	20	28	1.94
1659395--1659419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1659471--1659521	20	2.5	21	83	3	68	29	13	15	41	1.86
1661509--1661562	20	2.5	20	88	8	72	3	18	50	27	1.64
1661996--1662034	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1662236--1662261	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
1666582--1666615	3	11.3	3	87	0	50	26	35	0	38	1.57
1666582--1666615	9	3.8	9	96	0	59	26	35	0	38	1.57
1668209--1668233	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1668187--1668253	33	2.1	33	91	2	109	34	13	16	35	1.88
1668285--1668337	20	2.6	21	84	3	72	30	15	15	39	1.87
1668325--1668349	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1669120--1669173	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
1678752--1678876	20	5.7	20	68	18	88	40	12	16	31	1.86
1686686--1686813	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
1686822--1686846	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1686887--1686953	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1686909--1686933	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1686991--1687032	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1687851--1688427	49	11.7	49	84	2	755	30	17	26	25	1.97
1687851--1688427	98	5.9	98	93	2	962	30	17	26	25	1.97
1688448--1688565	34	3.4	33	86	11	173	32	11	33	22	1.90
1688448--1688583	71	1.9	70	92	1	227	33	12	34	19	1.90
1688506--1688678	87	2.0	88	93	1	294	33	13	32	20	1.91
1688592--1689005	34	12.8	33	80	13	443	30	13	34	21	1.92
1688592--1689005	61	6.4	63	89	6	441	30	13	34	21	1.92
1688797--1688974	27	6.0	27	75	18	158	25	15	37	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1688989--1689127	61	2.3	61	85	6	183	28	15	29	25	1.96
1689013--1689125	31	3.7	31	95	3	194	24	18	30	26	1.98
1690135--1690174	9	4.4	9	84	9	55	0	7	5	87	0.66
1690135--1690173	17	2.2	18	86	13	55	0	7	5	87	0.68
1694124--1694166	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
1698406--1698444	3	13.0	3	100	0	78	0	0	33	66	0.92
1698447--1698507	15	4.1	15	76	0	68	4	18	34	42	1.71
1698447--1698504	30	1.9	30	89	0	89	5	17	34	43	1.71
1699027--1699098	9	7.9	9	77	20	60	36	0	0	63	0.94
1699028--1699100	13	5.8	13	69	24	50	36	0	0	63	0.95
1699025--1699098	18	4.0	18	87	5	94	36	0	0	63	0.95
1699034--1699098	18	3.6	18	91	2	103	35	0	0	64	0.94
1699028--1699100	16	4.7	16	76	15	64	36	0	0	63	0.95
1699612--1699755	42	3.4	42	81	3	173	36	18	28	16	1.93
1700568--1701283	166	4.3	163	81	4	742	29	9	8	52	1.64
1701681--1701713	15	2.2	15	89	10	50	75	0	21	3	0.93
1701674--1701714	22	1.9	21	85	5	55	78	0	19	2	0.87
1707458--1707534	20	3.8	20	81	6	93	38	12	15	32	1.86
1713500--1713529	3	10.0	3	100	0	60	0	0	33	66	0.92
1713532--1713592	15	4.1	15	78	0	77	6	18	32	42	1.76
1714118--1714182	18	3.6	18	87	2	94	33	0	1	64	1.03
1717688--1717726	3	13.0	3	100	0	78	0	0	33	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1717729--1717789	15	4.1	15	76	0	68	4	18	34	42	1.71
1717729--1717786	30	1.9	30	89	0	89	5	17	34	43	1.71
1718309--1718380	9	7.9	9	77	20	60	36	0	0	63	0.94
1718310--1718382	13	5.8	13	69	24	50	36	0	0	63	0.95
1718307--1718380	18	4.0	18	87	5	94	36	0	0	63	0.95
1718316--1718380	18	3.6	18	91	2	103	35	0	0	64	0.94
1718310--1718382	16	4.7	16	76	15	64	36	0	0	63	0.95
1718894--1719037	42	3.4	42	81	3	173	36	18	28	16	1.93
1719850--1720566	166	4.3	163	81	4	753	29	9	8	52	1.64
1720967--1720999	15	2.2	15	89	10	50	75	0	21	3	0.93
1729395--1729436	12	3.7	12	76	23	54	38	4	2	54	1.34
1729393--1729437	22	2.0	22	100	0	90	35	4	4	55	1.40
1733241--1733265	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1733318--1733382	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
1733312--1733380	32	2.2	32	97	0	129	37	17	11	33	1.86
1733337--1733361	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1735576--1735636	19	3.5	19	70	25	71	34	11	18	36	1.86
1735576--1735644	32	2.2	32	97	0	129	33	11	18	36	1.87
1742673--1742709	13	2.8	14	84	8	51	81	18	0	0	0.70
1743992--1744153	31	5.1	30	78	14	121	22	29	12	34	1.92
1744024--1744387	33	10.9	32	76	10	302	21	31	12	34	1.91
1744024--1744370	101	3.4	101	88	1	491	21	31	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1744065--1744372	68	4.6	67	77	10	213	21	32	12	34	1.90
1744449--1745080	91	7.0	90	84	8	738	24	25	19	30	1.98
1744459--1745084	273	2.3	272	91	2	1019	24	25	19	30	1.98
1744789--1745315	224	2.3	226	93	2	878	24	25	19	29	1.98
1745010--1745653	101	6.7	92	83	8	679	23	25	19	31	1.98
1745313--1745653	52	6.8	50	80	6	325	22	25	18	33	1.97
1751626--1751698	28	2.6	30	85	12	109	26	19	31	23	1.98
1751531--1751832	158	1.9	159	82	4	378	32	12	26	28	1.93
1751685--1751801	51	2.3	51	83	1	144	29	11	26	32	1.91
1751736--1751956	80	2.8	80	90	2	317	32	14	25	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13