genome.fa.s171.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467217--1467294	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
1467281--1467319	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1469771--1469843	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1469789--1469864	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1469771--1469864	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1469903--1469928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1472918--1472943	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1472898--1472961	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1473281--1473394	55	2.0	57	91	5	187	33	21	7	37	1.82
1475344--1475455	50	2.2	51	87	4	156	30	16	12	41	1.85
1480226--1480335	56	2.0	56	100	0	220	37	11	16	34	1.85
1481517--1481629	20	5.7	20	89	4	183	38	11	19	30	1.87
1481515--1481804	40	6.7	41	73	17	221	41	11	17	29	1.85
1481648--1481717	20	3.5	20	71	7	61	42	11	15	30	1.82
1481557--1481804	91	2.7	91	90	3	394	41	11	17	29	1.85
1481600--1481771	51	3.6	49	73	18	175	42	9	18	29	1.82
1481468--1481721	131	1.9	132	87	2	377	41	11	18	29	1.84
1481739--1481804	20	3.3	20	77	8	80	40	13	16	28	1.87
1482353--1482393	21	2.0	21	95	0	73	26	24	34	14	1.94
1482560--1483284	85	8.6	85	83	5	905	22	17	30	29	1.97
1482492--1483287	28	27.9	28	85	2	928	23	17	30	29	1.97
1484500--1484579	9	9.6	8	72	17	56	3	3	10	82	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1484507--1484572	11	6.4	10	75	8	53	3	4	10	81	0.94
1484500--1484544	22	2.2	20	88	8	63	2	2	11	84	0.80
1484499--1484572	30	2.5	31	80	4	80	2	5	10	81	0.96
1484500--1484579	28	2.8	28	79	11	83	3	3	10	82	0.92
1486510--1486591	19	5.1	15	79	20	71	36	12	15	35	1.85
1486532--1486572	13	3.1	13	93	6	73	31	14	14	39	1.87
1486511--1486598	46	1.9	46	95	0	158	34	12	17	36	1.87
1486643--1486667	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1500313--1500356	21	2.1	21	95	0	79	6	13	36	43	1.71
1502084--1502130	21	2.2	21	84	0	58	65	6	14	12	1.44
1506376--1506554	71	2.5	71	86	1	207	44	10	16	29	1.80
1506310--1506499	91	2.1	92	87	1	274	45	10	15	28	1.78
1506453--1506499	20	2.3	20	81	0	58	42	10	14	31	1.80
1506518--1506583	20	3.3	20	77	8	80	40	10	18	30	1.84
1506402--1506554	71	2.2	71	91	0	252	43	9	16	30	1.81
1507079--1507147	20	3.5	19	86	7	77	40	14	15	28	1.87
1514638--1514690	19	2.7	19	85	2	70	39	11	16	32	1.85
1514638--1514728	20	4.6	19	75	8	76	37	12	16	34	1.86
1514658--1514709	19	2.7	19	81	3	59	40	11	15	32	1.83
1523585--1524278	165	4.2	163	78	6	608	49	9	10	30	1.69
1523599--1524278	167	4.1	167	80	5	637	49	9	10	30	1.69
1523585--1524377	332	2.4	330	78	6	750	49	9	10	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1525633--1526745	84	13.3	83	74	6	532	38	16	24	19	1.93
1525605--1526285	42	16.2	41	73	8	421	37	18	25	19	1.94
1525674--1526745	42	25.6	42	71	8	388	38	16	25	19	1.93
1525605--1526703	126	8.7	125	73	6	555	37	17	25	19	1.93
1527025--1527058	18	1.9	17	88	5	50	0	2	11	85	0.71
1527268--1527423	78	2.0	80	87	2	226	30	14	24	30	1.95
1527438--1527642	92	2.3	89	86	3	293	27	16	28	27	1.97
1528235--1528289	19	2.8	19	83	2	65	36	16	10	36	1.84
1528320--1528374	20	2.8	20	86	5	76	32	12	21	32	1.91
1530522--1530564	21	2.1	21	87	12	63	53	4	13	27	1.60
1535885--1535936	22	2.4	22	90	0	77	34	5	36	23	1.79
1536463--1536513	19	2.6	20	87	9	70	27	15	15	41	1.88
1536482--1536533	19	2.7	19	84	3	59	30	15	17	36	1.91
1536584--1536630	13	4.2	12	75	25	57	34	14	17	34	1.90
1536564--1536632	33	2.1	33	89	5	104	31	14	18	34	1.91
1538567--1538611	20	2.2	20	82	17	58	2	13	2	82	0.86
1539794--1539857	32	2.0	33	87	3	94	32	15	14	37	1.87
1539826--1539878	19	2.7	20	79	5	63	33	15	13	37	1.86
1540123--1540166	20	2.3	19	84	4	52	65	15	13	4	1.41
1541520--1541553	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
1541520--1541555	12	3.0	12	84	15	56	41	0	30	27	1.56
1545719--1545762	20	2.2	20	88	8	63	34	11	20	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1547173--1547197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1549920--1549960	20	2.0	21	90	9	66	41	26	14	17	1.88
1550283--1550324	10	4.2	10	84	0	57	66	19	11	2	1.34
1551263--1551304	23	2.0	21	86	13	59	38	9	14	38	1.78
1551438--1551487	20	2.5	20	83	0	64	40	14	16	30	1.87
1551520--1551568	20	2.5	20	93	3	82	40	18	12	28	1.86
1553375--1553421	21	2.2	21	100	0	94	51	12	27	8	1.69
1553368--1553421	21	2.4	24	78	18	78	53	11	27	7	1.63
1557730--1557767	13	2.9	13	88	0	58	28	15	21	34	1.94
1558200--1558251	20	2.4	21	84	9	61	21	50	25	3	1.65
1559392--1559440	16	3.1	16	78	21	50	18	8	16	57	1.63
1559621--1559665	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
1560319--1560368	20	2.5	20	93	3	84	42	20	10	28	1.84
1563653--1564022	155	2.4	155	79	4	388	35	21	17	24	1.95
1565580--1565635	19	2.9	19	86	5	76	35	14	16	33	1.88
1566622--1566659	11	3.4	11	82	17	51	2	15	2	78	0.97
1566923--1566954	14	2.2	15	94	5	57	68	0	0	31	0.90
1572397--1573200	164	4.9	162	86	4	1004	29	12	7	50	1.67
1572397--1573314	496	1.8	498	82	4	1192	29	11	8	50	1.67
1573760--1573809	21	2.4	21	83	6	57	76	0	18	6	0.99
1574898--1575358	158	2.9	158	82	7	571	35	11	11	40	1.79
1575637--1575975	154	2.2	155	77	2	349	25	17	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1580874--1580906	6	5.8	6	86	13	52	84	0	15	0	0.61
1580874--1580906	11	3.0	11	90	0	57	84	0	15	0	0.61
1580874--1580904	16	1.9	16	93	0	53	87	0	12	0	0.55
1582871--1583629	47	16.2	47	77	7	519	21	21	17	38	1.93
1582889--1583581	93	7.4	91	77	5	539	21	21	17	39	1.93
1582871--1583633	140	5.4	140	79	4	691	21	21	17	39	1.93
1583465--1583642	46	3.8	46	79	5	171	22	22	16	38	1.92
1583693--1584308	85	7.3	84	76	7	473	18	30	14	36	1.91
1583952--1584179	43	5.4	43	67	13	134	17	33	14	34	1.90
1585545--1586279	165	4.5	163	82	6	813	28	11	8	51	1.66
1585525--1586279	329	2.3	328	83	7	895	28	11	8	51	1.66
1586820--1586855	10	3.4	10	85	14	54	77	0	11	11	0.99
1588373--1588415	22	2.0	22	100	0	86	32	23	9	34	1.87
1592294--1592358	20	3.6	20	73	26	81	36	18	15	29	1.91
1592314--1592371	13	4.9	13	72	20	56	34	17	15	32	1.91
1592293--1592371	33	2.4	33	100	0	158	35	17	15	31	1.91
1592359--1592411	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
1592293--1592394	33	3.1	33	91	4	136	35	17	15	31	1.92
1592455--1592505	21	2.5	21	87	12	72	39	17	13	29	1.88
1598256--1598281	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
1600324--1600372	25	2.1	25	88	11	77	32	0	28	38	1.57
1600940--1600992	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1601034--1601066	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
1601041--1601066	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1601023--1601087	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
1602713--1602779	12	6.1	12	82	10	65	14	46	0	38	1.45
1602669--1602775	42	2.5	42	89	0	151	12	43	1	42	1.52
1605340--1605913	156	3.7	156	78	5	543	37	21	16	24	1.93
1609259--1609733	167	2.9	164	80	4	533	49	8	11	30	1.68
1609145--1609829	165	4.1	165	76	7	533	49	8	10	31	1.66
1612996--1613034	18	2.2	18	86	4	53	30	12	0	56	1.37
1615290--1615579	150	1.9	151	80	8	342	38	15	16	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13