genome.fa.s171.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770230--770306	20	3.7	21	72	14	61	44	11	12	31	1.79
778667--778974	79	3.9	77	76	11	241	34	15	24	25	1.94
778636--779013	158	2.4	158	78	6	408	33	14	25	26	1.94
778867--779145	131	2.1	131	83	5	350	35	12	23	28	1.92
778949--779067	52	2.3	52	79	2	132	31	11	26	30	1.92
778999--779145	80	1.9	78	82	5	188	34	12	25	27	1.93
781953--782283	155	2.1	154	80	4	362	38	18	17	25	1.92
781953--782382	154	2.8	155	78	4	386	38	19	17	24	1.93
783486--783565	20	3.7	20	71	22	63	36	18	13	31	1.90
783506--783549	13	3.4	13	93	0	70	36	15	15	31	1.90
783594--783648	19	2.8	19	83	2	65	36	14	12	36	1.84
783634--783693	13	5.1	13	73	22	69	41	15	15	28	1.86
783646--783712	20	3.7	20	72	25	76	44	14	13	26	1.83
783634--783712	33	2.4	33	97	0	149	43	15	13	27	1.85
784926--784969	23	1.9	23	95	0	79	4	4	15	75	1.14
785473--785842	166	2.2	167	78	5	392	48	8	10	31	1.68
788681--788882	79	2.6	79	85	2	264	31	15	27	26	1.96
788839--788910	28	2.6	28	93	0	117	29	19	26	25	1.99
788760--788987	107	2.1	107	90	1	359	31	13	26	28	1.94
788867--789280	79	5.2	79	85	3	519	30	12	27	29	1.93
788682--789068	186	2.1	187	84	5	500	31	13	26	27	1.94
788863--789288	159	2.7	157	85	4	577	31	12	26	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791691--791728	20	1.9	20	94	0	67	50	7	13	28	1.69
792324--792463	41	3.3	42	79	9	126	39	15	22	22	1.91
792452--793070	61	10.4	60	78	8	588	29	18	25	26	1.98
792452--793049	120	5.0	118	80	8	556	29	18	25	26	1.98
794017--794079	1	63.0	1	74	0	54	0	6	6	87	0.68
804047--804077	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
806144--806551	158	2.6	158	84	3	527	29	14	27	28	1.95
806130--806559	79	5.4	78	81	6	463	30	14	27	28	1.95
809197--809366	92	1.8	93	86	6	247	31	14	24	28	1.95
815068--815384	157	2.0	158	86	3	444	35	22	18	23	1.96
816528--816674	51	2.9	51	89	0	231	27	17	10	44	1.82
816589--816626	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
819109--819314	78	2.6	78	83	2	243	28	16	30	24	1.97
819266--819337	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
819588--819718	51	2.5	51	81	9	156	32	10	25	31	1.90
819326--819710	52	7.3	53	68	13	165	32	13	24	28	1.93
819215--819715	263	1.9	262	88	3	747	31	14	26	27	1.95
822054--822120	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
822140--822194	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
822250--822306	21	2.7	22	91	8	100	36	21	10	31	1.87
822314--822349	14	2.6	14	87	12	56	11	0	0	88	0.50
826384--826601	83	2.6	84	88	3	314	37	11	23	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829234--829299	35	1.9	34	90	3	105	28	25	12	33	1.92
830967--831010	15	3.0	15	80	12	56	0	20	0	79	0.73
830946--830997	21	2.5	21	90	0	77	1	26	0	71	0.97
831489--831793	166	1.8	165	80	8	361	49	8	12	30	1.70
831994--832049	29	1.9	29	82	7	69	58	3	5	32	1.37
832042--832076	15	2.4	14	86	9	52	74	0	2	22	0.95
838363--838633	30	9.1	30	80	3	255	29	26	13	30	1.94
838363--838607	60	4.2	59	85	2	305	28	26	13	31	1.94
838596--838814	65	3.4	65	78	8	200	32	28	15	23	1.95
838593--838817	33	7.0	32	77	2	182	32	29	16	22	1.95
838830--838981	59	2.6	59	85	3	191	25	25	14	34	1.94
838948--839390	52	8.7	52	76	9	259	23	23	16	37	1.94
839202--839390	103	1.8	103	84	6	258	23	22	16	37	1.93
839973--840046	21	3.6	21	87	1	96	33	10	17	37	1.85
840107--840177	30	2.3	32	83	9	85	25	14	21	39	1.90
849783--849808	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
855307--855359	13	4.5	13	69	26	55	35	16	13	33	1.88
855310--855372	33	1.9	33	90	6	101	33	17	14	34	1.90
855400--855457	19	3.1	18	80	11	71	31	18	13	36	1.90
855441--855467	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
855422--855486	33	2.0	32	87	3	94	38	16	15	29	1.90
862500--862534	9	3.9	9	85	14	54	31	25	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864109--864141	13	2.5	13	95	0	57	42	15	12	30	1.83
864185--864241	20	2.9	19	89	5	87	33	17	15	33	1.92
870237--870312	20	3.8	20	75	0	80	42	11	13	32	1.80
870238--870314	40	1.9	40	91	0	127	40	11	12	35	1.80
870358--870411	20	2.7	20	77	8	56	31	16	11	40	1.84
871194--871724	42	12.6	43	72	6	194	38	15	26	19	1.92
870962--871713	42	17.9	42	69	11	179	38	16	24	20	1.92
871448--871642	84	2.3	84	80	2	223	38	16	25	18	1.92
872968--873126	57	3.1	47	85	9	174	15	17	17	49	1.81
873019--873126	57	1.9	57	96	0	198	14	18	17	49	1.80
884805--885383	161	3.6	159	81	4	669	39	12	11	37	1.78
884797--885393	162	3.7	161	82	3	709	39	11	10	37	1.77
886147--886185	12	3.0	13	85	10	53	0	28	0	71	0.86
886811--887122	162	1.9	163	86	5	443	53	8	9	29	1.61
886825--887148	161	2.0	161	84	5	424	54	8	8	28	1.59
891009--891152	52	2.8	52	86	3	184	40	15	15	28	1.88
891573--891628	20	2.8	20	89	5	78	32	16	12	39	1.85
899796--899869	20	3.8	19	85	5	85	36	14	14	33	1.88
902657--902777	39	3.1	39	90	4	190	59	21	4	14	1.54
907585--907814	111	2.1	111	99	0	451	34	14	18	32	1.91
909238--909303	33	2.0	33	88	5	98	33	19	16	30	1.94
909340--909384	19	2.3	20	84	3	56	37	17	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918077--918129	13	4.5	13	71	26	55	37	15	13	33	1.86
918077--918145	33	2.1	33	89	5	104	37	17	13	31	1.88
918810--918883	20	3.7	19	80	7	85	40	12	13	33	1.82
918850--918996	51	2.9	51	91	0	240	44	10	17	27	1.81
919908--919969	32	2.0	31	90	6	99	20	17	32	29	1.96
919936--920207	56	4.8	57	79	8	239	23	17	30	28	1.97
919907--920196	28	10.0	28	75	12	148	22	17	31	28	1.97
919936--920174	116	2.1	114	83	6	295	22	17	31	28	1.96
919921--920198	144	1.9	146	83	4	366	22	18	30	28	1.97
919936--920206	116	2.4	114	80	9	268	23	17	30	28	1.97
920217--920304	14	6.6	14	70	10	58	36	19	11	32	1.87
926161--926186	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
935493--935566	20	3.7	20	78	3	78	41	9	13	35	1.77
939390--939416	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
941207--941276	33	2.1	33	84	5	88	31	17	18	32	1.94
941305--941360	19	2.9	19	89	2	76	35	17	16	30	1.92
941326--941388	32	1.9	33	87	9	94	41	12	15	30	1.85
941744--941774	14	2.2	14	100	0	62	12	45	6	35	1.68
942008--942033	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
942072--942146	20	3.8	19	85	7	96	29	16	13	41	1.86
944440--944608	51	3.3	50	85	4	205	28	26	12	33	1.92
944671--944743	28	2.6	28	93	0	119	21	30	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944726--944846	51	2.4	51	83	2	163	30	28	12	28	1.93
953678--953737	20	3.0	20	85	7	86	36	18	13	31	1.89
953718--953744	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
959212--959327	52	2.2	52	81	3	135	31	17	18	33	1.94
959316--959340	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
959733--959966	51	4.6	51	82	2	274	26	26	12	34	1.92
959847--960382	130	4.1	129	76	5	420	27	25	12	34	1.92
959892--960410	259	2.0	259	79	7	561	28	25	11	34	1.91
961721--961812	46	2.0	46	100	0	184	41	10	15	32	1.82
964280--964305	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13