genome.fa.s171.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1904542--1904601	22	2.8	22	78	12	70	65	0	0	35	0.93
1904545--1904602	29	2.0	29	83	6	73	62	0	0	37	0.96
1904544--1904600	7	7.9	7	79	14	53	63	0	0	36	0.95
1905138--1905178	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
1906670--1906696	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
1908610--1908686	30	2.6	30	76	0	82	38	10	1	49	1.45
1908806--1908880	39	1.9	39	83	0	96	48	2	10	38	1.52
1910829--1911101	144	1.9	144	87	3	401	45	9	9	34	1.70
1912259--1912287	11	2.7	11	94	5	51	0	10	0	89	0.48
1912259--1912299	21	2.0	21	90	0	64	0	14	0	85	0.60
1912259--1912299	10	4.0	10	84	6	55	0	14	0	85	0.60
1912989--1913026	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1913496--1913562	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1913952--1914366	166	2.5	165	79	8	398	52	7	7	32	1.59
1915297--1915737	85	5.2	85	82	3	453	44	14	23	17	1.85
1915343--1915653	42	7.4	42	67	13	181	45	15	22	15	1.84
1915803--1915916	47	2.4	46	85	7	149	42	18	19	20	1.90
1917587--1917613	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1917568--1917632	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
1917597--1917654	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
1917684--1917736	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
1923714--1923754	20	2.0	20	90	9	66	26	0	19	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1924211--1924235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1924223--1924275	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
1924335--1924360	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1924317--1924380	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
1930488--1930525	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
1932950--1932980	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1932968--1933020	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
1933062--1933124	19	3.6	19	72	24	75	39	17	15	26	1.90
1933062--1933157	32	3.0	32	92	1	147	38	18	15	27	1.91
1936329--1936355	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1939448--1939916	47	10.1	47	80	5	398	39	18	20	21	1.92
1939464--1939916	140	3.2	138	80	6	436	39	18	20	21	1.92
1940833--1940880	16	2.7	17	77	20	53	2	22	2	72	1.05
1941580--1941609	9	3.4	9	90	9	53	10	0	0	90	0.47
1941580--1941610	8	3.8	8	95	4	53	12	0	0	87	0.55
1953292--1953327	18	2.0	18	94	0	63	25	11	25	38	1.88
1955695--1955776	14	6.3	12	75	18	67	34	10	19	35	1.87
1956816--1957152	51	6.4	51	69	11	200	31	11	25	31	1.92
1956969--1957043	27	2.7	28	87	2	98	20	20	36	24	1.95
1956758--1957152	211	1.9	211	87	4	582	30	12	27	29	1.93
1959473--1959539	33	2.0	33	85	0	89	43	17	13	25	1.86
1959559--1959626	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959581--1959605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1959562--1959624	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1959662--1959717	21	2.6	22	86	8	80	33	14	14	37	1.86
1959877--1960167	28	10.5	27	83	6	309	27	29	19	22	1.98
1959874--1960166	56	5.3	55	86	6	378	27	30	19	22	1.98
1959880--1960167	84	3.5	83	87	3	386	28	30	19	21	1.98
1961103--1961128	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1961189--1961261	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1961167--1961261	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
1963714--1963752	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1963738--1963816	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
1965830--1965860	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1967659--1967703	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1969918--1969943	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1970004--1970076	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1969982--1970076	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
1973103--1973145	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
1973103--1973145	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
1977287--1977339	19	2.6	21	85	5	74	39	13	15	32	1.85
1977371--1977567	33	6.0	33	79	7	186	29	18	15	36	1.91
1977455--1977548	13	8.2	13	67	25	77	28	17	17	37	1.92
1977468--1977588	20	6.8	18	70	27	91	28	18	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979872--1980057	79	2.4	79	88	0	273	28	26	13	31	1.94
1979993--1980176	102	1.8	102	85	4	264	31	26	10	31	1.90
1979993--1980162	51	3.3	51	80	0	214	31	27	10	31	1.89
1981219--1981245	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1982052--1982093	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
1982081--1982192	50	2.2	50	93	0	188	41	6	23	28	1.78
1982735--1982761	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1982745--1982801	19	2.9	19	84	2	78	31	14	17	36	1.89
1982846--1982876	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1982830--1982897	33	2.1	33	88	5	102	32	13	17	36	1.89
1983999--1984123	20	5.8	20	74	17	115	30	16	12	40	1.85
1983989--1984173	50	3.9	50	78	14	237	29	17	11	41	1.84
1985802--1985942	28	4.9	28	84	6	160	36	27	15	20	1.93
1985962--1986270	104	3.0	103	87	4	425	24	23	17	33	1.96
1985962--1986270	52	6.1	50	83	5	374	24	23	17	33	1.96
1985962--1986320	156	2.4	153	82	7	392	25	24	17	33	1.96
1986987--1987039	19	2.7	20	88	2	81	35	11	13	39	1.80
1987082--1987139	13	4.9	13	72	23	65	29	17	15	37	1.90
1987094--1987159	20	3.7	20	73	26	83	27	18	15	39	1.90
1987082--1987160	33	2.4	33	100	0	158	27	17	15	39	1.90
1991210--1991287	33	2.5	31	86	11	108	17	16	16	48	1.81
1998834--1998954	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1998834--1998974	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1998963--1998987	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1999052--1999076	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1999030--1999096	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1999889--2000046	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
1999825--2000210	170	2.3	166	93	4	650	36	14	23	24	1.93
2000125--2000962	49	17.7	49	84	7	1097	31	18	25	24	1.97
2000169--2000962	141	5.6	137	89	6	1115	30	18	25	24	1.98
2000125--2000967	190	4.5	185	87	7	1207	31	18	25	24	1.97
2000962--2001034	33	2.2	33	92	2	130	20	16	35	27	1.94
2001036--2002183	33	33.8	33	81	10	1031	32	12	33	21	1.90
2001041--2002193	138	8.5	135	90	5	1330	32	11	33	21	1.90
2001036--2002187	305	3.8	305	89	6	1595	32	11	33	21	1.90
2002164--2002552	62	6.3	62	94	1	656	31	16	28	23	1.96
2003502--2003544	1	43.0	1	90	0	68	0	2	2	95	0.32
2003785--2003858	14	5.4	13	82	6	58	0	1	14	83	0.71
2003782--2003863	18	4.5	18	78	18	80	0	1	13	85	0.66
2003782--2003863	20	4.3	18	77	11	76	0	1	13	85	0.66
2003794--2003863	34	2.1	33	91	2	113	0	0	12	87	0.55
2003802--2003875	34	2.2	34	82	4	87	2	4	10	82	0.90
2003794--2003863	1	70.0	1	73	0	59	0	0	12	87	0.55
2005145--2005181	18	2.1	18	100	0	74	5	21	45	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010765--2010885	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2010765--2010905	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2010894--2010918	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2010983--2011007	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2010961--2011027	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2016281--2016321	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2016687--2018162	157	9.5	156	77	6	1104	23	17	21	38	1.93
2017368--2017632	143	1.9	143	82	3	336	24	17	19	38	1.93
2019205--2019672	235	2.0	235	89	1	724	31	17	17	33	1.94
2022544--2022756	112	1.9	112	84	5	288	30	20	14	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13