genome.fa.s171.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  2  of  13  ( 1521 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183287--183353	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
183969--183996	13	2.2	13	100	0	56	28	17	14	39	1.89
184076--184116	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
187164--187220	20	2.8	20	81	0	78	43	14	10	31	1.79
194314--194348	3	11.7	3	87	0	52	28	31	0	40	1.57
199663--199726	32	2.0	31	87	3	92	32	12	15	39	1.85
199683--199708	12	2.2	12	100	0	52	34	15	15	34	1.89
199760--199813	20	2.6	21	85	5	74	29	14	12	42	1.83
199833--199873	20	2.0	20	90	0	64	24	12	24	39	1.89
201779--201826	21	2.3	21	96	0	87	27	12	27	33	1.92
201861--201902	20	2.0	21	90	4	68	7	19	47	26	1.74
202162--202202	22	2.0	20	86	13	57	43	4	19	31	1.72
202334--202359	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
208508--208575	33	2.1	32	91	2	109	33	13	16	36	1.87
208530--208555	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
214328--214446	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
214352--214437	24	3.8	24	70	17	76	11	44	2	41	1.53
214343--214413	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
218883--219192	97	3.2	96	82	3	300	37	12	23	26	1.91
218921--219193	97	2.8	97	83	3	309	37	11	22	28	1.89
221348--221441	32	2.9	32	82	3	107	12	12	27	46	1.78
221357--221441	16	5.2	16	76	7	82	14	11	27	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221369--221452	32	2.6	30	81	10	87	13	11	29	45	1.79
221369--221475	32	3.3	32	79	8	83	14	11	27	46	1.79
221501--221548	15	3.1	15	73	5	51	14	16	33	35	1.89
221505--221578	31	2.4	31	90	0	112	18	14	29	36	1.91
222537--222613	16	4.8	16	88	0	118	10	14	32	42	1.79
222536--222680	32	4.5	32	79	6	123	17	15	27	40	1.89
222538--222661	16	7.8	15	78	7	77	15	14	28	41	1.86
222626--222679	16	3.4	16	75	10	56	22	16	20	40	1.91
222569--222678	48	2.3	47	76	13	116	18	16	25	40	1.91
223123--223174	20	2.5	21	84	3	70	32	15	9	42	1.79
223780--223934	52	3.0	50	83	6	175	33	20	24	21	1.97
223785--224059	53	5.3	52	81	6	252	35	17	22	24	1.95
223870--224059	103	1.8	103	83	0	254	36	16	21	24	1.94
223965--224104	53	2.7	52	82	4	158	35	17	23	23	1.95
224213--224358	34	4.4	34	84	3	197	26	15	30	28	1.96
224172--224358	100	1.9	100	86	2	268	24	17	31	27	1.97
224350--224429	31	2.5	32	88	8	110	26	10	37	26	1.88
224371--224456	30	2.8	30	84	6	102	27	13	33	24	1.94
225729--225815	28	3.1	27	77	9	77	22	16	19	41	1.90
226617--226665	13	3.6	13	82	17	64	0	0	18	81	0.69
232598--232647	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
232604--232710	42	2.6	42	90	1	171	9	45	2	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232619--232689	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
237684--237803	42	2.8	42	91	1	186	42	3	45	8	1.50
240746--240813	12	5.9	12	73	22	65	41	0	45	13	1.43
240746--240818	33	2.2	33	95	0	128	42	0	43	13	1.44
240749--240827	12	6.9	12	71	17	53	43	0	43	13	1.44
240803--240852	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
240749--240854	42	2.4	44	84	7	144	41	0	46	12	1.41
248988--249036	13	4.0	13	74	15	59	2	22	0	75	0.90
248984--249035	23	2.3	22	90	6	86	1	19	0	78	0.84
248995--249045	23	2.2	23	82	6	59	5	23	1	68	1.22
249353--249385	17	1.9	17	93	0	57	69	0	3	27	1.03
249353--249385	9	3.8	9	88	8	50	69	0	3	27	1.03
249556--250134	164	3.5	161	77	10	476	48	9	11	31	1.70
250983--251008	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
251129--251179	10	5.1	10	95	0	84	41	3	29	25	1.73
251076--251179	20	5.0	20	73	16	95	39	6	27	25	1.81
251203--251339	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
251309--251379	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
251419--251459	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
257173--257218	23	2.0	23	87	8	67	69	4	19	6	1.28
257729--257999	56	4.9	56	73	3	199	37	16	22	24	1.93
257910--258031	56	2.2	55	80	5	129	35	11	26	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258736--258770	9	3.5	10	88	11	54	62	0	20	17	1.32
260668--260719	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
263084--263124	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
269085--269139	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
273255--273329	19	3.8	20	70	16	59	21	10	18	49	1.77
273243--273335	29	3.2	29	68	17	93	21	12	16	49	1.78
273252--273336	20	4.4	19	70	18	68	21	11	17	49	1.78
273156--273467	58	5.4	58	81	3	288	24	11	18	44	1.84
274840--274864	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
290260--290367	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
290263--290381	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
290296--290371	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
294317--294425	21	5.1	23	66	24	78	39	3	47	9	1.53
294307--294425	42	2.8	42	90	0	184	42	3	46	8	1.51
304508--304577	1	70.0	1	71	0	50	85	5	8	0	0.73
305398--305431	17	2.0	17	100	0	68	23	17	17	41	1.90
305611--305695	37	2.3	37	100	0	170	25	15	15	43	1.86
306055--306166	28	4.0	28	86	3	163	33	29	18	18	1.95
306063--306235	57	2.9	58	86	4	222	28	28	17	24	1.98
306158--306488	34	10.5	31	76	14	146	20	31	13	34	1.92
306160--306264	30	3.4	30	85	6	131	22	28	17	31	1.96
306238--306553	34	9.8	33	78	13	288	19	32	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306239--306360	61	2.0	61	90	0	190	21	31	13	34	1.91
306273--306454	27	6.0	27	73	22	148	20	32	13	34	1.91
306238--306553	95	3.3	95	85	7	374	19	32	12	34	1.90
306294--306553	34	7.9	33	81	9	309	18	33	12	35	1.88
306550--307213	49	13.8	49	76	10	530	25	26	17	31	1.97
306558--306816	87	3.0	87	83	1	347	27	25	17	28	1.98
306733--307107	101	3.8	98	86	3	516	25	27	16	30	1.97
306736--307107	150	2.5	150	94	0	636	25	26	16	30	1.97
306736--307213	150	3.2	149	86	5	624	24	26	16	31	1.97
307995--308049	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
318100--318175	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
318099--318184	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
318090--318208	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
323445--323801	154	2.3	154	78	5	373	38	19	16	25	1.92
323446--323813	153	2.4	154	78	5	343	38	19	16	25	1.92
323798--323853	28	2.0	28	82	0	67	32	16	21	30	1.95
324030--324343	138	2.2	142	83	5	397	41	11	13	33	1.80
325937--325973	10	3.8	10	86	13	51	0	21	0	78	0.75
325943--325972	12	2.6	12	94	5	53	0	20	0	80	0.72
336898--336942	12	3.6	13	77	16	51	17	0	6	75	1.01
336906--336945	18	2.3	18	86	4	55	17	0	5	77	0.94
337518--338975	44	33.6	44	80	3	1292	39	17	28	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337475--338949	130	11.3	129	83	4	1374	39	17	28	14	1.89
337475--339020	258	5.9	259	84	4	1564	39	17	27	15	1.89
351672--351717	7	6.4	7	85	9	58	13	0	0	86	0.56
351683--351719	8	4.6	8	100	0	74	13	0	0	86	0.57
351690--351730	16	2.6	16	88	0	55	19	0	0	80	0.71
351683--351730	24	2.0	24	87	0	69	18	0	0	81	0.70
352392--352432	13	3.1	13	92	3	64	4	36	12	46	1.63
354079--354111	8	4.2	8	88	7	50	12	0	9	78	0.95
354071--354111	15	2.7	15	92	0	64	14	0	7	78	0.96
354072--354105	7	4.7	7	89	7	50	14	0	8	76	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13