genome.fa.s182.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold182
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1166161

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
529--596	22	3.0	23	77	10	70	39	0	0	60	0.97
560--626	28	2.4	27	73	11	73	49	0	0	50	1.00
767--815	2	26.0	2	80	12	59	48	2	2	46	1.25
1609--1646	19	2.0	19	94	0	67	55	0	0	44	0.99
2777--2836	29	2.0	29	87	6	84	56	5	0	38	1.21
3223--3267	23	2.0	23	91	4	74	46	2	4	46	1.35
5125--5167	12	3.8	12	84	12	63	44	2	6	46	1.43
5126--5167	2	21.0	2	85	0	57	45	2	4	47	1.36
6043--6097	24	2.4	24	90	6	87	58	0	1	40	1.09
6057--6124	25	2.8	25	84	2	84	52	4	0	42	1.21
6476--6540	3	21.7	3	87	6	96	35	0	0	64	0.94
6491--6550	21	2.9	21	85	7	70	38	0	0	61	0.96
7580--7637	20	2.9	20	82	10	57	46	1	5	46	1.35
8362--8405	22	1.9	23	86	9	63	63	0	0	36	0.95
8910--8954	12	3.8	12	82	8	56	68	0	0	31	0.89
9243--9294	27	2.0	26	84	3	68	36	0	1	61	1.07
9232--9285	21	2.6	20	75	16	56	35	0	1	62	1.06
9174--9293	47	2.5	48	78	16	133	36	0	2	60	1.10
9569--9683	34	3.4	34	96	1	203	43	30	10	15	1.80
10355--10447	20	5.0	19	73	17	72	61	0	4	34	1.16
10857--10925	25	2.7	26	70	6	68	46	1	0	52	1.09
10941--10996	12	4.8	12	75	14	55	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10943--10997	17	3.2	17	85	14	78	69	0	0	30	0.89
10936--10993	11	5.2	12	81	8	61	68	0	0	31	0.89
10947--10997	23	2.2	24	89	6	79	70	0	0	29	0.87
11195--11245	22	2.3	23	86	10	79	45	0	0	54	0.99
11219--11263	12	3.6	13	77	16	51	42	0	0	57	0.98
11203--11248	21	2.2	21	92	7	76	41	0	0	58	0.98
14974--15001	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15393--15438	23	2.0	23	95	4	85	54	0	4	41	1.20
15569--15609	20	2.0	20	90	9	66	53	4	4	36	1.44
16490--16529	20	2.0	21	90	5	64	62	5	0	32	1.17
21956--22006	15	3.4	15	75	5	50	39	0	0	60	0.97
21954--22026	24	3.0	25	80	13	80	36	0	1	61	1.05
22082--22162	24	3.3	25	80	10	78	60	1	1	37	1.13
22082--22140	12	4.8	12	73	22	50	61	1	0	37	1.07
22095--22143	12	3.8	13	78	8	55	63	2	0	34	1.06
27899--27960	17	3.9	16	78	18	67	41	3	0	54	1.16
27948--27986	16	2.4	16	87	8	53	58	2	0	38	1.12
30571--30626	30	1.9	30	82	7	71	51	3	0	44	1.18
32504--32567	16	4.1	15	77	16	58	39	0	0	60	0.97
32504--32577	31	2.5	31	82	14	93	39	0	0	60	0.97
32534--32565	17	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
33140--33172	18	1.9	17	88	11	50	24	9	3	63	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33348--33373	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
33586--33636	22	2.3	23	86	10	79	50	3	3	41	1.39
33580--33650	36	2.0	36	83	10	92	52	4	4	39	1.41
33618--33651	13	2.4	15	90	9	54	47	0	5	47	1.26
33639--33701	22	3.0	21	73	17	67	50	1	1	46	1.20
36798--36874	38	2.0	38	87	5	111	48	15	27	9	1.75
37396--37432	18	2.0	19	89	5	58	45	2	0	51	1.15
37512--37563	20	2.6	21	82	8	56	50	5	0	44	1.26
38011--38046	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
38021--38075	23	2.3	23	80	20	60	54	0	0	45	0.99
37976--38050	32	2.3	33	80	19	86	56	0	1	42	1.08
39329--39376	17	2.9	17	78	6	55	45	0	0	54	0.99
39346--39402	23	2.6	21	81	15	62	57	0	0	42	0.98
39346--39402	22	2.6	21	84	13	71	57	0	0	42	0.98
40234--40308	20	3.8	21	69	22	56	54	1	0	44	1.08
40283--40344	13	3.8	17	70	25	53	59	1	0	38	1.07
40282--40340	17	3.6	17	72	27	56	59	1	0	38	1.08
40900--40944	20	2.3	20	84	3	56	42	2	0	55	1.12
41307--41349	22	2.0	21	86	4	59	58	0	0	41	0.98
41628--41733	53	2.0	53	85	3	142	45	0	9	44	1.42
41667--41696	14	2.1	14	93	0	51	50	0	0	50	1.00
42830--42857	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42810--42875	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
46536--46732	50	3.9	50	88	1	295	32	19	19	28	1.96
46536--46732	101	2.0	100	88	1	295	32	19	19	28	1.96
51051--51354	50	6.3	50	78	6	279	35	18	15	30	1.92
51051--51355	99	3.1	98	78	8	311	35	18	15	30	1.92
51089--51354	142	1.9	142	84	1	354	35	18	15	30	1.92
52619--52658	22	1.9	21	85	10	55	35	0	0	65	0.93
52648--52694	17	2.8	17	80	6	51	59	2	0	38	1.09
53324--53367	22	2.0	22	86	8	63	47	0	0	52	1.00
53329--53374	21	2.2	21	84	7	58	50	0	0	50	1.00
53389--53477	21	4.2	20	72	15	63	53	3	0	42	1.17
53405--53484	21	3.8	21	73	14	65	55	3	0	41	1.18
53492--53544	25	2.1	25	82	3	61	56	1	1	39	1.21
55386--55439	13	4.2	13	81	13	60	55	0	0	44	0.99
55388--55459	22	3.3	21	72	16	58	54	1	1	43	1.17
55810--55882	32	2.3	32	80	13	82	47	0	0	52	1.00
64659--64698	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95
64522--65132	239	2.5	245	93	6	1059	52	4	5	37	1.44
64898--64937	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95
65117--65145	13	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
65501--65550	26	1.9	26	84	8	66	46	4	0	50	1.20
65609--65646	2	20.0	2	89	10	62	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66247--66294	25	2.0	22	84	11	60	64	0	0	35	0.94
66300--66328	13	2.1	14	93	6	51	51	0	6	41	1.28
66569--67072	252	2.0	251	86	5	705	41	5	7	45	1.55
67426--67477	19	2.7	18	88	8	68	40	5	0	53	1.25
69544--69585	16	2.6	16	85	11	59	52	0	0	47	1.00
69552--69586	15	2.2	16	90	5	54	54	0	0	45	0.99
84022--84082	23	2.7	24	77	10	74	44	0	3	52	1.17
84977--85019	23	1.9	22	86	13	61	37	2	0	60	1.10
85399--85423	7	3.6	7	100	0	50	28	28	28	16	1.97
85935--85973	21	1.9	21	85	15	55	41	0	0	58	0.98
86414--86458	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
87384--87409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
87781--87825	20	2.3	19	80	3	54	51	2	2	44	1.26
87793--87842	17	2.8	19	77	22	63	50	0	0	50	1.00
88301--88397	14	6.6	14	71	13	63	62	2	2	32	1.18
88307--88347	15	2.6	16	84	7	66	56	2	0	41	1.13
88522--88574	27	2.0	27	82	14	65	47	1	1	49	1.23
88994--89031	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
88992--89031	20	2.0	20	100	0	80	65	0	0	35	0.93
88997--89034	17	2.2	17	100	0	76	65	0	0	34	0.93
89287--89311	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
89513--89579	22	3.0	21	72	17	64	43	0	1	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89525--89617	34	2.8	34	78	15	88	40	0	1	58	1.05
89606--89674	23	3.1	22	74	12	70	40	0	0	59	0.97
89638--89695	21	2.8	20	75	17	55	46	1	0	51	1.11
91311--91348	11	3.6	11	82	13	53	26	0	0	73	0.83
91311--91351	9	4.1	10	82	17	50	29	0	0	70	0.87
91400--91462	19	3.0	23	71	20	64	49	0	0	50	1.00
91409--91464	20	2.8	20	82	12	69	48	0	0	51	1.00
92057--92102	19	2.5	18	89	10	67	41	0	0	58	0.98
92057--92145	11	8.3	11	72	10	60	43	0	0	56	0.99
92097--92154	18	3.2	18	78	9	64	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10