genome.fa.s182.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold182
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1166161

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  8  of  10  ( 1131 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734694--734722	13	2.3	13	94	5	51	72	0	0	27	0.85
735403--735436	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
735679--735732	27	2.1	25	83	13	65	46	1	0	51	1.11
739856--739912	7	7.4	8	81	18	52	54	0	0	45	0.99
741048--741074	13	2.1	13	100	0	54	22	29	7	40	1.81
741994--742036	23	2.0	22	86	9	61	48	0	0	51	1.00
742005--742079	35	2.1	35	85	9	100	50	0	1	48	1.09
742283--742355	5	14.2	5	72	16	60	61	0	1	36	1.05
742281--742362	11	7.6	11	73	18	75	60	0	1	37	1.04
742283--742362	16	5.0	16	77	8	83	61	0	1	37	1.04
742272--742362	33	2.8	33	81	8	98	59	0	1	39	1.05
742288--742361	28	2.6	29	79	10	73	62	0	1	36	1.04
742289--742419	48	2.5	52	74	18	126	57	0	1	40	1.13
742390--742429	20	2.0	20	90	9	64	50	0	0	50	1.00
743716--743755	16	2.7	16	74	18	50	42	0	2	55	1.13
743695--743755	29	2.1	29	81	6	70	47	3	3	45	1.35
744203--744301	35	2.7	35	77	10	110	50	0	1	48	1.07
744208--744313	36	2.9	36	78	12	110	50	0	0	47	1.13
744536--744618	10	7.7	10	75	12	51	49	0	0	50	1.00
744589--744626	5	7.4	5	91	5	58	44	2	0	52	1.14
744497--744617	58	2.1	57	82	8	149	50	0	0	49	1.00
744587--744626	21	1.9	21	94	0	71	45	2	0	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744589--744634	16	2.9	16	90	6	67	43	4	0	52	1.21
744534--744621	11	8.0	11	77	14	67	50	0	0	50	1.00
744871--744916	22	2.0	23	84	12	60	52	0	2	45	1.13
747873--747975	52	2.0	53	82	5	129	53	0	0	45	1.06
751402--751437	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
751520--751566	19	2.5	19	75	3	51	53	6	0	40	1.27
752861--752918	31	1.9	30	86	6	82	32	0	1	65	1.03
754805--754832	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
761022--761063	21	2.0	21	90	0	66	42	4	11	40	1.63
761159--761213	13	4.4	13	73	17	53	40	7	0	52	1.29
762465--762537	38	1.9	38	88	5	112	35	4	20	39	1.72
765429--765489	31	1.9	33	83	6	81	70	6	8	14	1.32
769176--769233	11	5.4	11	73	17	50	50	0	3	46	1.18
770620--770659	20	1.9	21	90	10	64	40	0	2	57	1.12
771210--771236	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
771571--771647	38	2.0	38	89	0	118	38	3	18	38	1.69
773975--774030	4	13.8	4	96	3	103	50	23	0	26	1.50
775906--775935	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
778254--778302	19	2.5	20	75	24	59	51	0	0	48	1.00
781597--781627	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
785795--785837	21	2.0	22	81	4	52	32	23	2	41	1.67
786510--786541	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787450--787506	29	2.0	29	82	6	71	43	1	0	54	1.10
787531--787557	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
787918--788000	21	4.4	20	76	17	65	43	0	2	54	1.13
787936--788006	5	14.4	5	75	11	58	42	0	0	57	0.98
788611--788643	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
792156--792198	16	2.7	16	82	7	52	62	0	0	37	0.95
792442--792486	16	2.8	17	80	10	58	40	0	0	60	0.97
792609--792656	16	2.9	16	76	14	53	35	0	0	64	0.94
792605--792681	31	2.5	30	80	18	86	33	0	0	66	0.92
798202--798283	22	3.8	22	73	15	64	37	0	1	60	1.04
798606--798647	13	3.2	13	83	6	50	57	0	0	42	0.99
799212--799240	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
799858--799896	2	19.5	2	89	0	60	48	2	0	48	1.15
801069--801113	23	1.9	24	86	4	65	33	2	4	60	1.29
807926--807967	14	3.1	14	79	6	50	61	0	0	38	0.96
808651--808731	37	2.1	39	86	4	112	40	3	3	51	1.37
808814--808862	19	2.6	19	83	3	55	77	2	2	18	0.96
813420--813467	16	3.0	16	78	0	51	54	2	0	43	1.12
813434--813486	21	2.6	21	85	11	67	50	5	0	43	1.25
817128--817219	16	6.1	15	70	27	54	55	0	0	44	0.99
817094--817204	58	1.9	59	87	5	163	56	0	0	42	1.05
817113--817239	57	2.2	58	80	13	140	55	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819959--820009	21	2.4	22	77	9	61	52	7	0	39	1.30
826415--826478	21	2.9	22	86	6	69	37	0	1	60	1.06
826746--826854	29	3.5	30	74	15	96	38	0	2	57	1.19
826908--826970	27	2.2	28	81	13	67	36	1	1	60	1.16
826995--827048	24	2.3	23	78	9	56	48	5	0	46	1.25
827434--827549	30	3.9	30	78	7	128	54	0	2	42	1.20
827479--827542	18	3.9	18	67	28	52	57	0	0	42	0.98
827482--827536	29	2.0	26	86	10	74	58	0	0	41	0.98
827434--827549	60	1.9	59	82	6	144	54	0	2	42	1.20
827624--827665	21	2.0	21	86	9	59	54	0	0	45	0.99
827629--827673	11	4.1	11	81	18	58	57	0	0	42	0.98
828379--828407	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
829780--829808	12	2.3	13	94	5	51	37	0	6	55	1.27
833784--833808	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
833815--833951	65	2.1	66	95	1	249	32	1	8	57	1.38
834102--834146	20	2.2	20	80	0	54	48	2	0	48	1.13
838577--838637	29	2.1	28	85	8	79	60	1	1	36	1.16
839748--839801	24	2.2	26	83	12	69	48	0	1	50	1.11
839763--839813	14	4.0	13	77	10	52	45	0	0	54	0.99
839810--839864	26	2.1	26	80	12	60	47	1	14	36	1.55
841358--841420	21	3.1	21	82	11	69	38	0	1	60	1.07
841358--841420	20	3.1	21	80	11	69	38	0	1	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841385--841433	21	2.3	22	79	10	57	42	2	2	53	1.24
842892--842919	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
845364--845397	14	2.5	14	90	4	52	26	0	0	73	0.83
845506--845546	18	2.4	16	84	11	55	48	0	0	51	1.00
846151--846219	20	3.9	18	73	16	63	36	1	1	60	1.14
847477--847542	28	2.4	28	97	0	123	9	16	15	59	1.61
847493--847548	28	2.2	25	84	12	69	14	16	12	57	1.66
856411--856452	18	2.3	18	87	0	66	59	0	0	40	0.97
858768--858814	21	2.2	21	85	7	60	63	0	0	36	0.94
858810--858872	16	3.9	16	78	17	67	55	0	0	44	0.99
858812--858875	32	2.0	33	93	3	112	54	0	0	45	0.99
858784--858865	44	1.9	44	80	9	98	57	0	0	42	0.98
858797--858875	33	2.6	32	88	11	114	55	0	0	44	0.99
858830--858886	16	3.5	16	75	25	57	59	0	0	40	0.97
859081--859139	23	2.5	24	86	10	68	47	0	0	52	1.00
859099--859139	12	3.3	13	78	21	52	46	0	0	53	1.00
863674--863722	24	2.0	24	100	0	98	16	8	16	59	1.60
864812--864912	51	2.0	51	92	0	166	33	12	9	43	1.76
865331--865419	42	2.1	42	85	6	119	50	0	0	49	1.00
866040--866137	6	15.0	7	66	24	54	41	2	1	55	1.18
866028--866136	33	3.9	27	67	21	71	41	1	1	55	1.21
868406--868443	15	2.5	16	83	8	53	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868407--868439	17	2.0	16	94	5	57	39	0	0	60	0.97
868425--868511	23	3.6	23	75	14	77	42	0	0	57	0.98
868483--868527	18	2.8	16	83	10	56	46	0	0	53	1.00
868394--868518	48	2.7	46	75	16	123	42	0	0	56	1.04
868827--868907	9	8.8	9	70	15	58	58	0	0	41	0.98
869628--869685	20	3.0	20	73	14	59	60	1	0	37	1.07
870153--870225	30	2.4	31	84	11	89	38	0	0	61	0.96
870142--870246	46	2.3	45	83	6	124	37	0	0	62	0.95
878612--878769	78	2.0	78	96	0	289	24	9	20	44	1.81
881080--881148	23	2.9	25	79	12	74	52	0	1	46	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10