genome.fa.s182.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold182
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1166161

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  3  of  10  ( 1131 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194787--194824	14	2.5	16	83	12	53	47	0	0	52	1.00
194789--194837	24	2.0	23	81	14	55	48	0	0	51	1.00
195173--195215	21	2.1	20	82	4	50	27	4	2	65	1.25
195783--195828	6	7.7	6	79	18	51	47	15	2	34	1.57
195785--195827	18	2.6	16	88	7	59	48	16	2	32	1.58
195913--195959	21	2.2	21	85	7	60	42	0	0	57	0.98
196311--196335	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
197358--197396	19	2.1	19	90	0	60	51	2	0	46	1.14
198410--198442	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
200085--200109	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
201857--201900	15	2.8	16	80	12	56	40	6	0	52	1.28
201904--201944	14	2.9	15	82	7	50	60	2	0	36	1.10
202161--202207	18	2.7	17	80	9	51	51	0	2	46	1.13
202496--202562	35	1.9	34	82	8	82	38	4	0	56	1.19
202536--202602	23	2.8	23	77	11	64	46	0	0	53	1.00
203620--203674	26	2.1	26	89	0	83	49	0	0	50	1.00
203628--203687	26	2.4	24	79	15	68	43	0	0	56	0.99
203786--203813	12	2.3	12	100	0	56	17	7	7	67	1.37
203816--203846	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
204952--204992	21	1.9	21	85	14	57	63	0	0	36	0.95
207949--207995	21	2.1	23	88	11	71	59	0	0	40	0.97
207947--208010	21	3.1	20	75	6	65	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210563--210691	64	2.0	65	96	1	242	27	19	13	38	1.90
213491--213572	19	4.4	19	64	14	53	47	0	1	51	1.08
213533--213622	41	2.1	41	82	8	110	50	4	0	45	1.22
213696--213729	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
215314--215566	127	2.0	126	85	3	339	28	9	20	41	1.84
216651--216677	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
217949--218165	83	2.6	83	79	4	213	28	15	19	35	1.93
218664--218690	14	1.9	14	100	0	54	66	3	0	29	1.09
219383--219412	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
220184--220221	20	1.9	19	89	5	58	63	5	0	31	1.17
220354--220403	26	2.0	26	84	11	68	42	2	0	56	1.11
221726--221759	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
221759--221796	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
224190--224230	16	2.6	16	88	7	57	36	0	2	60	1.10
225191--225589	199	2.0	199	93	0	672	40	12	4	43	1.60
226089--226120	10	3.1	11	86	13	50	46	0	0	53	1.00
226121--226159	20	2.0	20	94	0	69	64	2	0	33	1.08
227096--227176	12	7.0	12	68	20	57	62	1	1	34	1.11
227097--227157	19	3.4	19	70	27	51	62	1	0	36	1.05
228995--229118	36	3.1	36	65	30	83	54	2	0	43	1.13
228891--229120	83	2.8	81	88	5	318	52	3	1	42	1.28
229746--229826	25	3.1	26	77	12	78	40	0	1	58	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230735--230760	10	2.6	10	100	0	52	15	0	0	84	0.62
231251--231290	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
231472--231510	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
233208--233233	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
236146--236178	14	2.5	14	90	9	52	69	0	0	30	0.88
237339--237363	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
239342--239383	22	1.9	22	90	9	68	64	0	0	35	0.94
239801--239856	15	3.6	16	76	7	53	41	0	5	53	1.24
239814--239915	40	2.5	40	84	3	125	42	0	2	54	1.15
240135--240167	15	2.2	15	89	10	50	51	3	0	45	1.16
240431--240487	19	2.9	20	81	5	62	49	0	1	49	1.11
240424--240493	19	3.6	19	75	11	61	45	0	1	52	1.09
240490--240529	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
240890--240961	21	3.7	19	75	18	69	55	0	0	44	0.99
243331--243373	18	2.4	18	80	0	50	60	0	0	39	0.97
243844--243913	17	4.0	17	71	14	61	48	2	7	41	1.45
243920--243953	18	1.9	17	88	5	50	32	0	0	67	0.91
243954--243986	14	2.3	15	89	5	50	72	6	0	21	1.05
243954--244002	15	3.4	14	80	8	53	69	6	0	24	1.11
244409--244452	22	2.0	23	82	8	56	40	0	0	59	0.98
244416--244457	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
244449--244496	19	2.6	18	78	12	53	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244596--244658	31	2.0	32	87	3	92	44	0	0	55	0.99
244610--244657	14	3.2	14	75	16	51	47	0	0	52	1.00
245396--245434	2	19.5	2	91	0	60	53	2	0	43	1.14
245536--245572	17	2.2	17	95	0	65	51	0	2	45	1.15
245572--245630	14	4.3	14	73	16	52	33	0	1	64	1.04
245582--245642	26	2.2	28	80	8	72	37	0	1	60	1.07
247266--247333	23	3.0	22	76	16	68	45	0	0	54	0.99
248864--248911	5	9.2	5	82	17	62	60	0	2	37	1.09
248864--248917	27	2.0	28	85	10	76	59	0	1	38	1.08
249736--249776	21	2.0	20	90	4	64	34	0	0	65	0.93
250513--250575	33	1.9	33	87	6	92	47	0	0	52	1.00
250585--250646	15	3.9	16	80	14	65	35	1	0	62	1.05
250581--250631	18	2.7	19	84	9	68	33	0	0	66	0.92
250585--250629	18	2.7	18	90	10	69	33	0	0	66	0.92
250587--250647	6	9.3	7	73	18	51	36	1	0	62	1.05
250588--250649	27	2.3	26	81	10	72	37	1	0	61	1.06
251263--251292	12	2.5	12	94	0	51	63	6	0	30	1.20
251429--251487	25	2.4	25	77	5	66	28	13	0	57	1.37
255694--255718	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
258243--258333	38	2.4	38	98	0	173	34	8	19	37	1.83
258684--258709	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
260485--260519	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261998--262034	16	2.2	18	85	9	51	37	0	0	62	0.96
262084--262130	17	2.8	17	75	12	51	44	2	2	51	1.25
262266--262342	24	3.3	24	72	20	74	49	0	0	50	1.00
262269--262434	22	7.8	21	68	22	82	52	0	0	46	1.09
262282--262321	15	2.7	16	85	11	50	55	0	0	45	0.99
262272--262394	8	15.1	8	66	26	55	52	0	0	47	1.06
262296--262390	40	2.3	41	85	10	133	52	1	0	46	1.07
262663--262732	17	3.7	18	71	16	52	54	1	0	44	1.09
262713--262762	25	2.0	26	88	11	77	58	0	0	42	0.98
262833--262915	22	3.9	21	73	17	73	55	0	0	44	0.99
262844--262904	25	2.6	24	82	12	65	60	0	0	39	0.97
263209--263289	26	3.0	28	71	16	80	56	0	0	43	0.99
264445--264500	24	2.3	24	79	14	62	39	0	0	60	0.97
264989--265038	4	12.5	4	76	16	50	34	0	0	66	0.92
264966--265040	20	4.1	19	73	20	61	36	0	2	61	1.10
264993--265039	24	2.0	23	91	4	76	36	0	0	63	0.94
265455--265479	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
267089--267522	219	2.0	218	91	2	710	42	7	7	42	1.61
268311--268336	9	2.9	9	100	0	52	11	11	42	34	1.77
268377--268421	20	2.2	20	80	0	54	60	0	0	40	0.97
269000--269024	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
269367--269407	14	2.6	17	75	25	54	53	0	4	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269367--269406	21	1.9	21	85	10	55	55	0	5	40	1.22
269416--269470	24	2.2	25	87	6	76	56	0	0	43	0.99
270225--270273	27	1.9	26	84	12	66	53	0	0	46	1.00
271075--271114	21	1.9	21	85	10	55	52	2	5	40	1.37
271075--271125	23	2.3	21	83	6	57	56	3	3	35	1.36
271464--271525	30	2.1	29	85	8	81	43	0	6	50	1.28
271666--271698	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
272034--272106	31	2.3	33	81	13	100	38	0	1	60	1.06
272027--272077	18	3.1	17	78	18	63	41	0	0	58	0.98
272220--272271	20	2.7	20	88	8	72	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10