genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936406--1936472	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1937645--1937707	32	2.0	32	87	6	92	25	25	20	28	1.99
1937623--1937723	32	2.9	36	73	18	88	30	24	17	26	1.97
1937628--1937759	69	1.9	69	83	9	171	28	25	18	27	1.98
1937623--1938059	158	2.7	159	81	8	451	29	28	20	21	1.98
1937685--1937900	96	2.2	97	85	2	274	30	28	21	19	1.97
1937877--1938078	98	2.1	98	84	0	262	31	29	19	19	1.97
1937877--1938085	97	2.1	98	83	0	267	31	29	20	19	1.97
1943426--1943456	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1943410--1943476	33	2.0	33	88	5	100	32	13	17	35	1.89
1949449--1949486	13	2.9	13	88	0	58	31	15	15	36	1.90
1951987--1952040	20	2.8	19	83	10	65	33	9	18	38	1.83
1953774--1953937	70	2.3	71	88	2	242	35	10	23	29	1.88
1960095--1960224	51	2.5	51	85	3	154	41	12	15	30	1.84
1960283--1960322	20	2.0	20	95	0	71	30	17	10	42	1.82
1962162--1963323	156	7.5	156	79	5	891	38	19	16	24	1.93
1962341--1963323	312	3.2	311	79	3	989	38	20	16	24	1.93
1964187--1964242	19	2.9	19	81	2	67	30	19	12	37	1.89
1974812--1975397	166	3.6	162	79	10	610	53	6	10	29	1.61
1974935--1975234	151	2.0	151	84	3	399	53	6	11	29	1.61
1976345--1977118	170	4.5	170	78	4	639	33	20	26	20	1.97
1976263--1977383	43	26.4	43	74	7	575	33	19	26	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976528--1977330	214	3.8	212	78	7	632	32	19	26	21	1.97
1976345--1977383	170	6.1	170	76	6	635	32	19	26	21	1.97
1977599--1977679	43	1.9	42	78	12	85	28	22	30	18	1.97
1977620--1977744	43	3.0	41	78	10	135	32	16	32	20	1.94
1978002--1978139	43	3.2	44	80	6	122	34	15	29	20	1.93
1977514--1978163	298	2.2	297	77	6	663	33	16	30	20	1.94
1979844--1979998	80	1.9	80	88	0	229	37	16	20	25	1.93
1979978--1980298	79	4.1	78	75	5	254	37	14	20	27	1.91
1982538--1982631	30	3.5	30	70	27	100	40	13	17	28	1.87
1982538--1982699	50	3.2	50	91	1	245	41	13	16	27	1.86
1983462--1984184	44	16.9	44	72	12	256	42	12	24	19	1.86
1983528--1984182	45	15.3	45	72	10	288	43	12	24	19	1.85
1983509--1984179	86	7.8	85	76	8	488	43	12	24	19	1.86
1983441--1984184	130	5.8	129	76	8	631	43	12	24	19	1.86
1983986--1984214	45	5.2	45	71	16	140	46	13	23	16	1.83
1984207--1985012	62	13.1	62	83	4	880	32	18	24	24	1.97
1984224--1985012	307	2.6	307	84	4	1007	32	18	24	24	1.97
1991188--1991563	160	2.4	159	80	8	390	39	12	21	27	1.89
1991290--1991593	159	1.9	160	84	6	411	37	12	22	27	1.90
1991188--1991614	80	5.3	78	78	5	338	38	11	21	27	1.89
1991343--1991614	79	3.4	78	81	6	307	38	12	22	27	1.89
1993958--1994016	20	2.9	20	84	2	82	47	6	16	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1995979--1996021	22	2.0	22	86	9	61	9	9	4	76	1.14
1999422--2000530	156	7.1	156	80	4	899	38	20	16	23	1.93
1999422--2000476	313	3.4	311	79	4	997	38	20	16	23	1.93
1999422--2000530	469	2.4	466	79	4	1067	38	20	16	23	1.93
2001496--2001539	22	2.0	22	100	0	88	31	22	0	45	1.53
2002055--2002107	9	5.8	9	82	10	54	0	22	0	77	0.77
2002062--2002098	17	2.1	18	90	5	58	0	18	0	81	0.70
2002774--2003253	175	2.9	164	80	8	486	51	9	12	26	1.69
2003110--2003143	9	3.7	9	92	4	50	70	14	2	11	1.27
2005400--2005625	120	1.9	120	81	5	278	38	22	12	27	1.90
2005813--2006132	159	2.0	162	82	10	395	43	12	11	32	1.79
2006673--2006739	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2007197--2007222	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2007261--2007336	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2007281--2007354	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2007261--2007354	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2009271--2009295	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2010794--2010958	84	2.0	84	81	9	194	24	18	4	52	1.63
2011347--2011388	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
2012481--2012547	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2013005--2013030	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2013069--2013144	21	3.7	21	80	3	100	28	19	11	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013089--2013162	20	3.7	20	78	3	94	31	21	13	33	1.92
2013069--2013162	41	2.3	41	98	0	179	29	20	12	37	1.90
2016545--2016601	20	2.8	20	81	7	62	40	19	15	24	1.90
2016964--2017008	23	1.9	24	90	4	74	37	2	8	51	1.46
2019396--2019422	12	2.2	12	100	0	54	14	22	0	62	1.31
2020896--2020964	35	2.0	33	88	5	102	43	17	11	27	1.83
2024781--2024822	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
2024847--2024932	19	4.7	19	70	20	58	36	16	11	36	1.85
2024841--2024911	32	2.2	32	92	0	115	36	16	11	35	1.85
2025684--2025776	42	2.2	41	77	9	98	38	13	26	20	1.90
2025760--2026064	55	5.3	57	86	3	343	23	21	27	26	1.99
2025757--2026064	110	2.7	113	83	6	379	24	21	27	26	1.99
2026083--2026493	55	7.4	55	84	4	504	23	20	27	28	1.99
2025760--2026567	429	1.9	432	88	4	1236	24	20	28	26	1.99
2027554--2027578	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2031743--2031799	29	2.0	29	96	0	105	17	24	22	35	1.95
2041535--2041618	19	4.6	19	69	20	63	35	16	10	36	1.84
2041551--2041576	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2041525--2041597	32	2.3	32	92	0	119	35	17	10	35	1.85
2041946--2041999	19	2.8	19	85	2	63	29	14	16	38	1.89
2042044--2042096	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
2042028--2042096	33	2.1	33	86	5	95	33	11	18	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042933--2042960	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2043955--2043979	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2050002--2050043	19	2.2	18	87	8	57	28	4	19	47	1.69
2054959--2055083	52	2.4	52	93	0	205	26	18	19	36	1.94
2054959--2055103	52	2.8	51	86	4	200	28	17	18	34	1.94
2055092--2055116	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2055685--2055722	19	1.9	19	89	5	58	28	0	28	42	1.56
2056282--2056338	19	2.9	19	76	2	69	35	12	17	35	1.87
2056368--2056420	20	2.7	20	85	5	63	33	11	18	35	1.87
2064924--2064951	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2064841--2064971	33	4.0	33	72	12	117	39	12	13	33	1.83
2065946--2065970	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2073267--2073307	8	4.8	9	85	11	59	7	0	7	85	0.75
2073267--2073307	17	2.4	17	91	0	64	7	0	7	85	0.75
2074673--2074770	48	2.0	48	98	0	187	27	16	25	30	1.96
2087501--2087704	49	4.2	49	77	12	215	34	16	24	24	1.95
2087614--2087699	43	2.0	43	88	0	127	31	18	24	25	1.98
2087721--2088148	29	15.3	29	77	14	404	20	17	29	32	1.95
2087898--2088055	78	2.0	76	81	11	178	22	18	29	29	1.97
2087857--2088114	135	1.9	135	92	2	437	20	17	30	31	1.96
2089584--2089631	13	3.8	12	81	13	51	2	4	12	81	0.93
2089590--2089630	17	2.5	17	88	4	57	0	4	12	82	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093174--2093207	16	2.2	16	89	5	52	58	5	26	8	1.51
2097017--2097056	20	2.0	20	95	0	71	20	12	20	47	1.81
2103265--2103333	30	2.3	30	97	0	129	27	13	44	14	1.82
2104891--2104917	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
2107186--2107220	18	1.9	18	88	11	54	54	5	5	34	1.48
2108751--2108801	22	2.2	21	80	16	57	54	1	1	41	1.22
2109684--2109733	20	2.4	22	83	13	77	62	4	0	34	1.14
2109690--2109728	20	2.0	20	100	0	78	66	2	0	30	1.05
2109816--2109879	24	2.7	23	76	13	58	57	0	0	42	0.98
2109887--2109911	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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