genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7185865--7185889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7192885--7192919	13	2.7	13	86	0	52	71	2	17	8	1.23
7193156--7193216	10	6.1	10	78	12	63	85	6	8	0	0.75
7193160--7193223	18	3.6	17	79	8	56	82	6	10	0	0.82
7193182--7193223	18	2.3	18	83	0	57	80	4	14	0	0.86
7194232--7194277	23	2.0	23	91	0	74	28	28	21	21	1.99
7194175--7194343	89	1.9	91	85	6	236	21	31	15	31	1.95
7194255--7195562	31	41.1	31	75	14	881	21	32	14	31	1.93
7194486--7194529	23	1.9	23	95	0	79	29	29	22	18	1.97
7194452--7194563	57	2.0	57	94	3	199	22	31	17	28	1.97
7194639--7194684	23	2.0	23	91	0	74	28	26	21	23	1.99
7194603--7194718	57	2.0	57	88	3	171	24	29	15	31	1.95
7194665--7195422	224	3.4	224	95	0	1336	21	32	14	31	1.94
7195043--7195578	131	4.1	130	82	7	572	21	33	13	31	1.92
7195565--7195670	32	3.4	31	93	6	187	28	36	17	16	1.93
7195659--7196026	49	7.9	47	80	12	373	24	26	17	30	1.97
7195658--7196035	92	4.1	92	92	1	594	24	26	17	31	1.97
7195936--7196205	49	4.9	55	75	15	200	23	25	15	35	1.94
7195936--7196073	52	2.6	52	84	3	177	24	24	15	34	1.95
7196104--7196226	49	2.5	49	95	0	219	23	27	15	33	1.95
7195985--7196208	116	1.9	119	83	5	292	23	25	14	35	1.93
7207872--7207921	16	3.2	16	78	10	59	56	2	2	40	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7210953--7211008	24	2.3	24	90	0	85	42	0	10	46	1.38
7211742--7211815	30	2.5	30	80	8	96	48	1	12	37	1.49
7212748--7212800	12	4.4	12	79	9	54	26	13	3	56	1.54
7212748--7212800	24	2.2	24	93	0	88	26	13	3	56	1.54
7212757--7212800	12	3.7	12	81	0	61	25	15	2	56	1.51
7219114--7219163	21	2.4	21	83	6	57	62	0	0	38	0.96
7219148--7219189	14	2.9	15	76	20	52	54	0	0	45	0.99
7222680--7222868	81	2.4	80	84	4	249	34	10	24	30	1.89
7222658--7223167	79	6.4	80	76	9	403	35	12	22	28	1.91
7222908--7223075	85	2.0	85	83	2	212	35	14	19	30	1.91
7222730--7223154	164	2.6	159	78	8	427	36	12	21	29	1.91
7225756--7225830	20	3.7	20	90	1	105	33	17	9	40	1.81
7226139--7226201	16	3.6	16	76	21	63	61	0	1	36	1.05
7226144--7226194	20	2.5	20	81	15	59	64	0	0	35	0.94
7227662--7227738	20	3.8	20	76	6	84	35	11	10	42	1.76
7236038--7237330	55	22.7	55	82	6	791	27	31	16	24	1.96
7236038--7237330	82	15.1	83	82	6	852	27	31	16	24	1.96
7236038--7237330	248	5.0	249	79	7	808	27	31	16	24	1.96
7236071--7237593	146	10.6	143	83	6	1211	27	31	16	24	1.97
7236568--7237638	349	3.0	349	90	3	1589	28	30	18	22	1.97
7236071--7237640	28	54.6	28	81	7	1115	27	31	17	24	1.97
7238200--7238274	20	3.8	20	74	0	78	34	12	10	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7238200--7238277	40	2.0	39	84	2	102	34	11	11	42	1.77
7243549--7243581	15	2.2	15	94	0	57	45	0	0	54	0.99
7244654--7244709	21	2.7	21	88	0	76	53	1	44	0	1.11
7244641--7244737	27	3.7	25	71	20	65	53	1	45	0	1.07
7244669--7244749	21	3.7	21	75	15	67	58	0	41	0	0.98
7244667--7244740	33	2.2	34	85	4	107	55	0	44	0	0.99
7244677--7244727	12	4.5	12	73	14	54	50	0	49	0	1.00
7244651--7244740	12	8.0	12	69	22	52	52	1	46	0	1.07
7245441--7245474	10	3.3	10	88	8	50	55	0	5	38	1.24
7245432--7245474	21	2.0	23	86	9	63	55	2	6	34	1.39
7247607--7247755	33	4.5	33	75	3	147	14	28	13	42	1.84
7249690--7249777	29	3.1	27	76	15	97	53	0	2	44	1.13
7250506--7250536	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
7251147--7251204	30	1.9	30	82	10	73	25	3	3	67	1.22
7253040--7253383	151	2.3	151	81	7	378	26	17	15	39	1.90
7252975--7253383	153	2.7	150	77	9	402	26	17	17	39	1.91
7256469--7256883	88	4.7	88	71	11	269	32	21	8	37	1.85
7256446--7256883	177	2.5	177	80	6	453	32	22	8	36	1.84
7264453--7264515	32	1.9	33	83	3	83	38	4	1	55	1.31
7264501--7264539	20	2.0	20	85	5	53	28	7	2	61	1.37
7264655--7264693	19	2.0	19	90	5	60	58	0	0	41	0.98
7264652--7264735	35	2.4	37	77	16	97	52	0	1	46	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7264687--7264744	25	2.3	26	82	5	75	51	0	1	46	1.11
7266704--7266769	29	2.3	29	84	7	89	63	0	1	34	1.04
7266892--7267109	109	2.0	109	95	0	393	20	22	25	31	1.98
7268553--7268608	3	18.7	3	100	0	112	33	0	32	33	1.58
7269901--7269956	12	4.8	12	80	6	53	0	35	1	62	1.06
7269907--7269953	18	2.6	18	74	12	51	0	36	2	61	1.08
7269934--7270004	21	3.2	21	80	6	70	1	42	1	54	1.17
7271100--7271137	15	2.4	16	83	16	53	63	0	0	36	0.95
7271570--7271607	20	2.0	20	89	5	60	44	5	13	36	1.66
7272226--7272257	13	2.5	13	89	0	55	34	9	0	56	1.32
7272568--7272603	17	2.1	17	90	10	56	52	0	0	47	1.00
7274274--7274298	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7278060--7278598	268	2.0	268	98	0	1033	30	12	21	35	1.91
7279751--7279801	12	4.0	13	79	5	52	33	0	0	66	0.92
7281673--7281714	19	2.5	17	79	20	52	42	0	0	57	0.99
7285783--7286044	80	3.3	80	82	2	301	33	12	25	27	1.92
7286100--7286274	79	2.2	80	86	3	244	41	10	21	27	1.85
7287759--7287891	67	2.0	67	89	2	205	30	11	25	32	1.91
7289205--7289255	20	2.5	20	81	15	59	64	0	0	35	0.94
7292518--7292550	15	2.2	15	94	0	57	45	0	0	54	0.99
7293568--7293639	21	3.4	21	78	14	76	58	1	40	0	1.07
7293555--7293687	12	10.6	13	72	19	54	57	1	40	0	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7293579--7293688	21	5.2	21	80	12	93	56	0	42	0	1.05
7293620--7293688	3	23.0	3	71	11	52	56	0	43	0	0.99
7296206--7296246	21	2.0	21	100	0	82	56	0	9	34	1.32
7296602--7296750	33	4.5	33	84	3	192	15	27	12	44	1.83
7296600--7296725	66	1.9	66	93	0	216	15	26	14	44	1.84
7296601--7296750	66	2.3	66	87	2	212	15	28	12	44	1.83
7298665--7298729	26	2.5	28	78	14	68	61	3	4	30	1.31
7298758--7298795	16	2.2	17	81	13	51	57	0	0	42	0.98
7298769--7298838	29	2.4	30	73	4	72	60	1	1	37	1.15
7299984--7300024	21	2.0	21	90	0	64	21	9	4	63	1.44
7300127--7300169	15	2.8	15	86	10	52	23	0	0	76	0.78
7300114--7300151	15	2.4	16	86	4	51	28	0	2	68	1.03
7300607--7300651	24	1.9	24	86	4	65	62	17	20	0	1.33
7301965--7302378	153	2.7	151	84	4	487	23	17	20	38	1.93
7305443--7305783	88	3.9	87	76	9	287	31	20	9	37	1.86
7305441--7305858	91	4.7	89	73	8	287	31	21	9	38	1.85
7305418--7305841	179	2.4	177	80	3	424	31	21	8	37	1.84
7311157--7311494	128	2.6	130	88	6	478	54	1	2	41	1.22
7311475--7311504	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
7311157--7311521	129	2.9	129	85	9	497	54	1	2	41	1.22
7311770--7311853	38	2.2	39	80	6	100	45	2	11	40	1.54
7312229--7312765	95	5.9	93	80	7	586	42	7	15	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7312234--7312765	179	2.9	179	84	5	653	42	7	15	34	1.75
7312703--7312830	68	1.9	68	90	6	206	45	9	14	31	1.76
7312610--7312918	153	2.0	154	86	5	437	43	7	15	33	1.75
7312433--7313097	334	2.0	335	85	4	896	42	7	15	34	1.75
7312765--7313183	86	4.8	86	82	8	429	42	8	14	34	1.76
7312765--7313183	181	2.4	172	83	8	508	42	8	14	34	1.76
7312336--7313511	419	2.8	414	83	6	1386	42	7	15	34	1.75
7313042--7313340	157	1.9	153	84	8	390	42	7	13	35	1.73
7313184--7313527	92	3.9	88	77	11	285	42	6	15	35	1.73
7313184--7313527	84	3.9	90	79	10	307	42	6	15	35	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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