genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711828--711852	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
711785--711842	25	2.2	27	75	6	66	62	1	3	32	1.22
712302--712347	17	2.6	18	89	6	76	73	0	0	26	0.83
712569--712610	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
712702--712743	20	2.0	21	86	13	61	50	0	0	50	1.00
713000--713057	29	2.1	26	81	9	62	46	0	0	53	1.00
712993--713034	20	2.0	21	86	13	61	47	0	0	52	1.00
714159--714185	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
715291--715337	16	2.9	16	81	9	51	46	2	2	48	1.25
715312--715346	18	1.9	18	88	0	52	48	0	2	48	1.16
715343--715383	14	2.7	16	85	11	59	31	2	0	65	1.05
715340--715402	20	3.2	20	80	8	69	31	1	1	65	1.12
715340--715401	14	4.8	12	75	18	54	30	1	1	66	1.11
716588--716655	22	3.2	22	82	12	81	47	0	0	52	1.00
716616--716663	21	2.3	20	77	19	53	50	2	2	45	1.25
717991--718026	15	2.6	15	87	12	51	44	0	2	52	1.15
718494--718529	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
718814--718840	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
719279--719303	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
721113--721168	22	2.5	22	85	5	69	51	0	0	48	1.00
725559--725594	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
726208--726238	3	10.7	3	93	6	55	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727527--727599	31	2.4	29	77	20	71	34	0	5	60	1.20
728333--728366	11	3.1	11	100	0	68	17	8	26	47	1.77
728629--728653	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
734313--734369	20	2.7	20	91	8	87	38	10	0	50	1.37
734950--735001	20	2.6	19	82	8	59	59	1	0	38	1.08
736113--736159	20	2.3	20	81	0	58	63	0	4	31	1.13
739100--739143	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
741692--741736	22	2.0	22	83	8	56	22	2	11	64	1.36
742603--742645	20	2.2	19	84	12	52	13	4	4	76	1.10
743494--743556	24	2.7	22	74	13	63	58	0	1	39	1.07
743497--743595	41	2.4	41	77	17	98	60	0	2	37	1.08
743607--743707	45	2.2	44	83	13	118	54	1	2	40	1.27
743584--743685	20	4.8	20	73	17	64	51	0	4	42	1.29
743818--743850	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
748049--748081	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
748146--748188	16	2.9	15	80	16	54	2	13	4	79	1.00
748452--748489	20	2.0	20	94	5	69	50	0	0	50	1.00
748453--748505	20	2.7	19	85	11	63	52	0	0	47	1.00
748739--748780	22	2.0	21	85	4	57	40	2	0	57	1.12
749421--749609	95	1.9	97	83	11	240	41	6	8	42	1.61
750546--750583	20	1.9	20	84	10	51	39	2	5	52	1.38
750790--750827	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751590--751663	27	2.8	26	91	4	112	51	16	0	32	1.45
754370--754469	33	3.0	33	72	18	116	26	30	15	29	1.95
756749--756807	26	2.2	27	87	9	93	35	5	1	57	1.31
758136--758176	16	2.5	17	88	11	68	43	0	4	51	1.23
759960--759998	15	2.6	15	87	0	60	43	5	0	51	1.24
768342--768388	23	2.1	23	84	7	62	44	8	2	44	1.46
770144--770199	16	3.4	17	75	9	53	46	1	0	51	1.11
772602--772637	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
775198--775225	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
776405--776444	14	3.1	14	79	17	50	57	2	0	40	1.12
780809--780860	24	2.1	25	82	3	61	55	3	1	38	1.29
787116--787141	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
792595--792692	37	2.6	36	80	3	115	24	19	24	31	1.98
793617--793661	19	2.4	19	88	3	65	42	0	0	57	0.98
794602--794642	19	2.3	18	87	8	57	53	0	0	46	1.00
794591--794666	24	3.0	25	84	11	84	55	0	0	44	0.99
795639--795663	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
795830--795878	10	5.1	10	83	11	59	44	2	0	53	1.12
795861--795931	15	4.8	15	76	13	76	45	0	0	54	0.99
795847--795927	35	2.5	35	83	15	95	43	1	0	55	1.07
795868--795937	24	3.1	23	74	13	74	44	0	0	55	0.99
796023--796048	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796235--796260	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
796672--796704	5	6.6	5	86	13	50	57	0	0	42	0.98
796673--796712	16	2.5	16	88	8	55	60	0	0	40	0.97
796678--796804	38	3.5	36	83	10	134	49	3	7	40	1.46
802183--802236	11	4.8	12	80	11	51	40	0	0	59	0.98
802214--802255	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
805457--805507	23	2.1	24	85	7	68	50	0	0	49	1.00
805433--805515	41	2.0	41	81	9	98	49	1	0	49	1.08
806807--806841	17	2.1	16	89	5	52	54	0	0	45	0.99
807528--807611	38	2.2	39	81	12	93	41	0	0	58	0.98
808725--808778	19	2.8	20	80	5	56	53	0	0	46	1.00
809768--809810	15	3.0	14	86	6	59	23	0	2	74	0.93
810324--810406	12	6.8	12	69	13	53	50	2	2	44	1.28
810312--810370	26	2.4	25	80	13	68	50	5	1	42	1.34
816023--816066	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
816154--816198	20	2.4	18	85	7	63	48	0	0	51	1.00
816154--816199	19	2.4	18	82	7	56	47	0	0	52	1.00
816169--816233	30	2.1	30	83	11	78	50	0	0	49	1.00
819737--819770	13	2.5	14	90	4	52	52	0	0	47	1.00
819817--819861	16	2.8	17	93	6	76	46	0	2	51	1.13
820185--820223	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
820498--820548	19	2.7	19	81	6	68	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820505--820542	11	3.7	11	80	20	55	65	0	0	34	0.93
820497--820580	24	3.3	24	76	20	82	60	1	1	36	1.12
820497--820569	26	2.9	27	84	15	95	63	1	0	35	1.04
820939--820964	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
821967--821996	16	1.9	15	93	6	51	50	3	0	46	1.18
822350--822383	17	2.0	17	88	11	52	52	5	0	41	1.25
823044--823070	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
823028--823071	22	2.0	22	86	8	63	59	0	0	40	0.98
824922--824960	18	2.0	20	85	9	55	46	0	2	51	1.14
825013--825108	5	18.2	5	74	14	61	41	2	2	54	1.24
824982--825046	21	3.0	22	84	8	80	47	1	1	49	1.20
825009--825051	21	2.1	20	91	4	68	48	0	2	48	1.14
827569--827604	13	2.7	13	91	4	54	30	0	0	69	0.89
829384--829452	30	2.3	30	80	2	77	60	0	0	39	0.97
829384--829493	29	3.8	27	76	13	94	56	0	0	43	0.99
830412--830450	15	2.6	15	84	12	53	43	0	0	56	0.99
839531--839566	16	2.2	16	90	0	54	25	0	0	75	0.81
840846--840894	11	4.3	11	78	16	55	59	0	2	38	1.09
841422--841479	2	29.0	2	92	0	62	50	10	0	39	1.37
841422--841483	22	2.8	22	90	0	97	50	12	0	37	1.41
841423--841473	18	2.8	18	93	0	84	50	11	0	37	1.39
841422--841475	20	2.7	20	94	0	90	50	11	0	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842583--842655	36	2.1	35	84	2	92	45	0	0	54	0.99
842623--842671	18	2.6	19	72	21	50	34	0	0	65	0.93
845123--845164	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
846931--846982	25	2.1	25	96	0	95	48	0	13	38	1.43
847289--847324	16	2.2	16	90	0	54	16	8	16	58	1.61
853241--853275	18	1.9	18	94	0	61	5	5	5	82	0.93
853551--853604	22	2.6	20	83	16	74	33	1	5	59	1.31
853565--853615	22	2.4	21	84	12	61	37	0	7	54	1.29
854044--854077	7	4.9	7	86	13	52	0	14	0	85	0.60
854250--854286	17	2.3	15	86	13	56	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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