genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110478--2110507	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
2110596--2110648	22	2.5	20	82	11	63	47	0	1	50	1.12
2113406--2113438	17	2.1	16	88	11	50	51	0	0	48	1.00
2113809--2113852	15	2.9	15	86	6	54	47	0	2	50	1.13
2116658--2116688	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2117823--2117946	60	2.1	60	96	0	230	29	22	15	33	1.95
2118787--2118816	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2120442--2120471	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2122357--2122398	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
2123470--2123499	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
2124143--2124205	22	2.9	22	87	0	81	52	3	1	42	1.27
2124174--2124212	16	2.4	17	83	12	55	56	2	0	41	1.13
2124186--2124238	16	3.2	16	86	5	70	56	1	0	41	1.10
2127688--2127732	2	23.0	2	86	4	65	46	0	4	48	1.22
2128790--2128829	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2137646--2137700	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
2137720--2137774	19	2.9	19	89	2	85	41	12	9	36	1.75
2137830--2137886	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2138631--2139270	55	11.4	55	87	7	767	23	20	28	27	1.99
2138789--2138876	26	3.3	26	67	25	74	20	18	34	27	1.96
2139131--2139216	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
2140245--2140291	9	5.6	9	80	14	55	0	0	19	80	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140233--2140290	12	5.3	11	76	14	57	0	1	13	84	0.70
2140234--2140291	29	2.0	29	83	6	73	0	1	15	82	0.74
2150400--2150474	27	2.7	27	87	2	96	20	21	36	22	1.96
2152884--2152922	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2152965--2152989	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2153066--2153122	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2154042--2154114	21	3.5	20	85	10	78	35	16	17	30	1.92
2154176--2154229	20	2.6	21	82	5	74	27	11	12	48	1.76
2157426--2157488	30	2.2	30	88	5	94	22	33	15	28	1.95
2157444--2157529	43	2.0	43	88	4	129	23	31	15	30	1.95
2157497--2157933	28	14.8	28	77	9	293	25	27	13	33	1.93
2157535--2157874	117	2.9	119	83	4	420	25	26	12	35	1.92
2157497--2157795	89	3.4	86	77	8	246	25	26	13	35	1.92
2157623--2157829	31	6.8	32	74	12	118	25	23	12	38	1.90
2157801--2158006	87	2.4	86	81	2	236	28	28	15	27	1.96
2157803--2158211	28	13.5	28	73	13	210	30	27	15	25	1.96
2157857--2158213	33	11.6	32	77	10	270	31	27	15	24	1.96
2157857--2158224	128	3.0	125	80	10	361	31	27	16	25	1.96
2158493--2158802	61	5.2	61	74	10	239	23	24	13	38	1.91
2158493--2158663	63	2.8	62	85	3	238	22	26	14	36	1.93
2159433--2159489	21	2.7	22	78	8	64	40	8	17	33	1.81
2159534--2159661	52	2.5	52	85	2	161	28	14	11	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160633--2160666	12	2.8	12	90	0	50	47	20	8	23	1.78
2162885--2162914	15	2.0	15	93	0	51	33	30	13	23	1.93
2166356--2166514	73	2.2	73	97	0	300	35	17	18	27	1.94
2166502--2166527	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2168743--2168787	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2170590--2170620	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2172699--2172724	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2172845--2172890	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2175193--2175351	73	2.2	73	98	0	309	35	16	18	28	1.93
2175339--2175364	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2182007--2182125	42	2.8	42	85	0	166	8	43	2	45	1.47
2182025--2182101	21	3.6	21	68	15	59	10	41	2	45	1.52
2191666--2191929	28	9.3	28	86	2	339	33	29	17	20	1.95
2191666--2191929	57	4.7	56	89	1	339	33	29	17	20	1.95
2192469--2192496	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2198028--2198103	20	3.8	20	78	0	89	32	13	13	40	1.83
2198048--2198204	71	2.2	71	85	2	208	29	15	12	42	1.85
2198120--2198174	20	2.8	20	77	0	65	32	9	12	45	1.74
2198088--2198221	71	1.9	71	92	0	223	27	15	12	44	1.83
2199080--2199135	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
2202508--2202567	23	2.7	23	78	2	68	20	6	28	45	1.76
2206880--2206938	20	2.8	20	84	5	73	42	8	18	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210207--2210249	22	2.0	21	86	4	59	41	0	2	55	1.12
2210272--2210318	23	2.0	24	84	8	62	61	2	2	34	1.20
2212414--2212439	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2212395--2212459	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2218621--2218655	13	2.7	13	86	0	52	31	17	14	37	1.89
2218780--2218825	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2220446--2220534	44	2.0	44	97	0	169	34	5	22	37	1.78
2221286--2221311	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2221267--2221331	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2222908--2223158	98	2.6	98	76	3	272	35	13	23	27	1.92
2224826--2224900	20	3.5	20	76	23	73	36	17	17	29	1.93
2224845--2224895	25	2.0	25	96	0	93	33	15	19	31	1.93
2224946--2225022	20	3.8	20	78	13	77	41	14	15	28	1.86
2229797--2229841	20	2.2	20	80	0	54	31	15	22	31	1.95
2233769--2233908	46	3.0	47	84	3	147	32	16	29	22	1.95
2234023--2235091	28	37.5	28	82	7	827	25	16	30	27	1.97
2234023--2235091	58	18.8	56	82	7	827	25	16	30	27	1.97
2234752--2235086	27	12.2	26	80	10	287	30	14	31	24	1.94
2234645--2235086	55	8.0	55	83	4	462	29	14	30	25	1.95
2234471--2235086	55	11.0	55	82	7	449	27	16	30	25	1.96
2246632--2246688	20	2.8	21	86	5	80	29	19	14	36	1.91
2246657--2246705	20	2.4	20	86	10	64	30	18	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249206--2249231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2249703--2249773	21	3.3	21	76	3	70	53	7	4	35	1.48
2250072--2250137	22	3.0	22	75	0	78	57	6	4	31	1.43
2250643--2250685	22	2.0	22	86	9	61	53	2	0	44	1.13
2250704--2250780	35	2.2	35	90	0	118	45	0	1	53	1.08
2252680--2252749	34	2.1	34	83	0	86	18	22	11	47	1.81
2253189--2253271	31	2.7	31	73	17	91	38	18	9	33	1.83
2253210--2253259	15	3.3	15	77	5	64	40	14	12	34	1.82
2255709--2255742	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2260069--2260101	17	1.9	17	88	11	50	75	0	0	24	0.80
2261310--2261360	23	2.3	23	83	10	61	50	1	0	47	1.12
2261925--2261949	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2262029--2262055	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2263030--2263079	19	2.5	21	80	6	59	34	12	20	34	1.89
2265486--2265668	52	3.5	52	84	9	239	30	25	10	33	1.90
2265700--2265853	78	2.0	80	83	5	197	29	23	13	33	1.93
2265888--2265964	28	2.7	30	86	7	99	23	31	20	24	1.98
2265604--2266035	236	1.8	237	84	2	600	28	25	13	32	1.94
2265620--2266171	237	2.3	237	81	4	614	28	24	13	33	1.93
2272634--2272672	13	3.0	13	84	0	60	33	17	12	35	1.88
2275142--2275166	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2275266--2275291	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275246--2275313	33	2.1	32	89	8	102	35	16	14	33	1.89
2276612--2276722	19	6.5	18	76	23	116	34	12	17	36	1.87
2276647--2276703	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
2276628--2276730	32	3.2	32	98	0	197	33	12	17	36	1.88
2281715--2281766	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
2281715--2281772	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
2282423--2282466	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2284106--2284152	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
2284273--2284324	13	4.0	13	100	0	104	38	15	15	30	1.88
2286374--2286404	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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