genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   

This is table  16  of  47  ( 5587 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290461--2290486	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2293434--2293477	20	2.2	20	84	8	54	40	4	15	38	1.68
2294069--2294112	19	2.2	20	84	8	54	45	4	6	43	1.51
2294920--2294967	20	2.4	20	89	0	69	31	12	14	41	1.83
2295979--2296014	16	2.2	16	90	0	54	58	11	16	13	1.63
2297500--2297566	31	2.2	31	86	10	93	50	1	19	28	1.56
2302233--2302262	9	3.3	9	90	0	51	23	33	0	43	1.54
2303838--2303907	33	2.1	33	89	0	104	38	15	11	34	1.84
2303869--2303907	20	2.0	20	89	0	60	43	15	10	30	1.80
2305020--2305055	15	2.4	16	90	9	58	66	0	2	30	1.06
2307746--2308702	79	12.2	78	77	7	724	29	23	12	34	1.92
2307748--2308700	157	6.1	156	76	8	742	29	23	12	34	1.92
2321052--2321121	1	70.0	1	72	0	50	85	4	4	5	0.82
2321052--2321102	15	3.3	16	78	18	63	86	5	0	7	0.71
2321051--2321102	22	2.4	21	87	9	77	84	5	0	9	0.77
2321088--2321136	19	2.5	19	93	3	80	83	0	14	2	0.73
2322102--2322607	61	8.3	61	82	4	544	27	25	17	29	1.98
2322100--2322617	241	2.1	246	81	5	606	27	25	17	29	1.98
2322599--2322691	41	2.2	41	82	3	114	25	22	12	38	1.90
2325708--2326303	79	7.5	79	80	3	583	28	23	13	34	1.93
2325711--2326303	158	3.7	158	81	3	685	28	24	13	34	1.93
2330326--2330406	19	4.2	18	73	13	54	39	13	14	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332858--2332994	51	2.7	51	84	4	152	32	25	10	31	1.90
2332932--2333187	79	3.2	78	75	9	257	26	26	14	32	1.95
2341406--2341455	10	4.7	10	81	13	64	86	12	2	0	0.67
2341415--2341467	23	2.3	23	86	0	70	83	11	3	1	0.87
2342705--2343163	28	16.2	28	86	3	571	30	30	17	21	1.96
2343197--2343325	49	2.7	46	74	10	125	20	27	17	34	1.95
2344031--2344090	20	3.0	20	82	2	75	33	15	11	40	1.83
2344051--2344186	51	2.7	49	87	4	182	31	16	12	39	1.85
2345750--2345790	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2345830--2345900	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2345977--2346007	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2346112--2346137	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2346616--2346682	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2357545--2358266	79	9.2	78	84	4	840	34	13	23	28	1.92
2362467--2362513	21	2.2	21	88	0	67	29	14	23	31	1.95
2363031--2363060	14	2.1	14	93	0	51	33	26	0	40	1.57
2364083--2364148	33	2.0	33	82	5	80	33	18	18	30	1.94
2372935--2373007	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2372953--2373028	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2372935--2373028	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2373067--2373092	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2377153--2377183	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379197--2379276	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2379262--2379300	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2381740--2381812	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2381758--2381833	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2381740--2381833	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2381872--2381897	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2383188--2383213	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2383170--2383233	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2383672--2383738	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2385259--2385419	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
2386932--2386956	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2388107--2388132	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
2388858--2388883	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2388840--2388903	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2389342--2389408	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2391820--2391986	51	3.3	50	79	5	183	28	25	13	31	1.94
2391973--2392045	27	2.6	28	86	4	112	23	31	21	23	1.98
2392139--2392307	51	3.3	51	78	11	184	28	24	12	34	1.92
2392252--2392470	79	2.8	77	77	6	233	26	25	13	33	1.93
2406002--2406250	55	4.4	55	78	8	275	27	27	20	24	1.99
2406086--2406250	56	3.0	55	83	3	206	27	27	20	24	1.99
2406002--2406250	111	2.2	113	83	7	317	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406293--2406589	61	4.9	60	79	11	313	26	27	20	25	1.99
2406113--2406411	150	2.0	146	83	9	379	25	29	19	25	1.99
2405930--2406523	267	2.2	268	87	4	856	26	28	19	25	1.99
2406269--2406527	117	2.2	117	84	5	337	27	28	20	23	1.99
2406560--2406766	46	4.6	45	79	7	185	20	27	13	38	1.90
2406604--2406787	46	4.1	45	76	10	173	18	27	13	40	1.88
2406565--2406803	89	2.7	86	75	8	214	20	27	14	37	1.91
2407522--2407551	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
2407567--2407618	20	2.6	20	84	6	70	28	17	13	40	1.87
2409923--2410075	51	3.0	52	77	8	156	32	27	8	32	1.87
2410080--2410150	28	2.6	27	86	8	90	22	30	19	26	1.98
2410184--2410260	28	2.8	28	82	7	86	20	28	22	28	1.98
2410029--2410307	110	2.6	108	79	4	339	27	24	14	33	1.94
2410247--2410363	51	2.3	51	82	4	137	30	24	10	34	1.89
2410370--2410530	79	2.0	80	87	3	236	27	22	13	37	1.91
2410384--2410565	79	2.3	78	81	5	213	28	24	13	34	1.92
2412587--2412629	22	2.0	22	100	0	86	32	18	4	44	1.71
2416146--2416191	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2419004--2419042	20	2.0	20	94	0	69	33	23	17	25	1.96
2420062--2420226	89	1.9	89	86	0	240	40	14	7	37	1.74
2421007--2421041	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2424378--2424420	18	2.5	17	76	3	50	44	9	4	41	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430767--2430805	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
2430814--2430838	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2430795--2430857	32	1.9	33	90	3	101	30	17	14	38	1.89
2435472--2435539	34	2.0	34	91	0	109	22	26	7	44	1.79
2439809--2439834	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2441649--2441729	35	2.3	35	93	0	144	35	12	27	24	1.91
2442058--2442090	15	2.1	16	88	5	50	39	18	0	42	1.50
2442168--2442409	133	1.8	133	96	0	448	48	3	10	37	1.55
2443566--2443886	166	1.9	167	90	1	511	29	14	10	44	1.79
2444649--2444704	20	2.8	20	86	0	67	39	12	10	37	1.78
2450836--2450877	21	2.0	21	100	0	84	28	33	19	19	1.96
2458418--2458463	21	2.2	21	100	0	92	26	21	19	32	1.97
2458870--2458954	18	5.2	15	74	20	73	81	10	1	7	0.93
2458895--2458946	22	2.4	22	93	0	86	80	9	0	9	0.90
2458864--2458955	22	4.2	20	74	20	69	79	10	1	8	0.99
2460517--2460642	53	2.4	54	80	6	150	26	14	22	37	1.92
2461345--2461389	16	2.8	16	90	9	74	11	11	31	46	1.74
2461513--2461752	32	7.7	32	74	9	183	22	32	12	32	1.92
2461516--2461753	64	3.8	63	76	8	211	22	31	13	32	1.92
2461738--2461822	31	2.7	32	87	1	109	32	30	14	22	1.93
2461907--2462100	52	3.7	52	75	2	174	25	24	14	34	1.94
2465683--2465735	19	2.6	21	88	8	83	45	15	11	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467305--2467331	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
2467696--2467737	21	2.0	21	100	0	84	28	4	19	47	1.69
2467908--2468352	111	4.0	111	95	2	756	39	9	9	41	1.70
2469988--2470013	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2472231--2472275	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2474079--2474109	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2478737--2478762	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2487970--2488016	21	2.2	21	96	0	85	57	8	12	21	1.62
2491469--2491495	10	2.7	10	100	0	54	18	18	0	62	1.32
2499121--2499173	16	3.5	15	80	10	54	37	1	1	58	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47