genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809513--2809606	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2809645--2809670	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2810643--2810795	76	2.0	76	93	0	261	49	8	16	24	1.74
2813722--2813981	60	4.3	61	87	5	356	26	26	20	26	1.99
2813903--2814075	94	1.8	94	92	2	294	28	30	19	21	1.97
2813996--2814413	55	7.5	55	86	6	572	27	28	20	23	1.99
2813716--2814682	377	2.5	368	81	11	1035	25	28	20	25	1.99
2814454--2814682	61	3.8	60	84	5	291	24	27	21	26	1.99
2814437--2814682	122	2.1	115	87	6	350	24	27	22	25	2.00
2815539--2815564	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2815551--2815594	20	2.2	20	95	0	79	22	15	18	43	1.88
2818215--2818440	79	2.9	78	82	5	244	26	26	14	32	1.95
2818370--2818486	51	2.3	50	81	10	123	28	23	12	35	1.92
2818291--2818585	130	2.3	130	80	8	330	27	25	14	33	1.94
2819786--2819811	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2822487--2822531	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2824334--2824364	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2826378--2826457	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2826443--2826481	13	3.0	13	96	0	69	33	15	15	35	1.89
2826602--2826648	21	2.3	20	78	10	51	31	19	4	44	1.70
2830930--2830982	21	2.7	20	82	8	72	32	15	13	39	1.85
2831880--2832403	127	4.2	128	80	5	527	35	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831957--2832403	63	7.1	64	71	7	245	35	11	15	37	1.84
2831922--2832381	32	14.5	32	68	6	184	35	11	15	37	1.84
2844641--2844694	20	2.7	20	91	0	81	37	14	14	33	1.88
2844709--2844746	20	1.9	20	94	0	67	39	13	18	28	1.88
2844588--2844746	71	2.2	73	88	4	234	41	12	18	27	1.87
2844720--2844778	20	3.0	20	74	0	64	40	15	11	32	1.83
2845500--2845710	48	4.4	48	81	3	248	35	14	27	22	1.93
2845500--2845736	48	5.0	46	80	6	217	35	14	26	23	1.93
2845837--2846583	30	25.5	28	79	9	685	21	16	31	29	1.95
2847830--2847882	25	2.2	25	86	3	72	5	3	9	81	0.98
2854074--2854122	25	2.0	25	95	0	89	20	32	12	34	1.90
2861858--2861945	31	2.8	33	77	10	112	50	10	17	22	1.76
2861893--2862009	51	2.3	51	84	0	162	42	12	17	27	1.85
2861975--2862029	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
2863625--2863662	20	1.9	20	88	0	58	42	13	15	28	1.85
2868335--2868386	22	2.2	24	80	12	56	40	13	3	42	1.62
2869019--2869044	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
2870274--2870319	14	3.4	14	77	14	51	21	17	2	58	1.49
2873002--2873459	225	2.0	225	99	0	907	41	13	19	25	1.89
2878697--2878947	79	3.2	79	81	2	281	32	10	25	31	1.90
2878884--2879000	51	2.3	51	86	2	155	30	10	27	31	1.90
2881392--2881444	20	2.7	20	88	2	81	45	11	13	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2881342--2881495	69	2.2	70	91	3	249	42	14	14	27	1.86
2882117--2882253	42	3.3	41	82	9	145	40	14	23	21	1.90
2882236--2882868	61	10.4	61	84	3	702	28	17	26	26	1.98
2882236--2882868	242	2.6	242	85	3	799	28	17	26	26	1.98
2883815--2883847	14	2.3	15	89	5	50	3	15	0	81	0.80
2883842--2883884	11	3.7	11	79	11	50	0	2	13	83	0.74
2883842--2883879	14	2.4	16	87	12	53	0	2	13	84	0.73
2893936--2894017	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2894000--2894170	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2894153--2894227	27	2.7	27	87	6	98	21	21	34	22	1.97
2896691--2896716	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2896670--2896736	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2896756--2896823	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2896778--2896802	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2896759--2896821	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2896879--2896935	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2898431--2898677	97	2.5	97	88	1	370	28	13	30	27	1.94
2900870--2900964	20	4.8	20	90	2	129	38	14	13	32	1.86
2900891--2900944	12	5.2	12	68	32	52	35	18	11	35	1.86
2901836--2902968	28	38.4	28	80	8	815	22	18	29	30	1.97
2901880--2902871	113	8.4	111	82	7	631	21	18	29	31	1.96
2902059--2902865	32	26.9	32	84	7	674	20	17	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2901841--2902876	152	7.0	149	82	7	991	21	18	29	30	1.97
2902882--2903228	27	12.7	27	82	3	410	28	14	32	24	1.94
2902882--2903235	82	4.3	83	83	8	404	29	14	32	24	1.94
2908251--2908348	48	2.0	48	100	0	196	30	15	12	41	1.83
2909412--2909650	97	2.5	97	90	4	383	26	12	31	28	1.93
2911845--2912032	20	8.9	20	77	16	130	41	12	14	31	1.83
2911868--2911921	12	5.2	12	68	32	52	35	18	11	35	1.86
2911867--2912039	91	1.9	91	90	2	276	40	13	14	31	1.84
2911797--2912032	111	2.1	111	91	0	373	42	11	14	30	1.82
2915039--2915210	79	2.2	80	80	3	195	35	11	24	28	1.90
2915076--2915226	79	1.9	79	87	2	223	35	9	25	29	1.88
2915161--2915280	51	2.4	51	87	4	179	30	12	26	30	1.93
2915213--2915448	79	3.0	79	81	0	310	32	11	25	30	1.90
2915080--2915356	130	2.1	129	81	5	326	32	10	25	31	1.89
2918365--2918456	42	2.2	41	88	5	132	41	9	27	21	1.84
2918466--2918883	61	6.9	59	76	8	331	27	17	27	26	1.98
2918471--2918883	122	3.4	122	80	5	372	27	17	28	26	1.98
2918486--2918883	183	2.2	180	81	3	458	28	17	27	26	1.97
2919366--2919391	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2921609--2921653	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2923457--2923487	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2925341--2925372	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2925577--2925612	13	2.8	13	95	0	63	36	16	13	33	1.89
2928157--2928182	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2929749--2929848	42	2.4	42	76	10	105	43	12	21	24	1.86
2929769--2929860	42	2.2	40	83	9	105	44	9	23	21	1.82
2929869--2930276	61	6.9	60	75	12	269	26	17	27	27	1.98
2929984--2930081	51	1.9	51	91	4	162	26	19	27	26	1.99
2931314--2931724	61	6.8	59	73	13	250	27	17	26	28	1.97
2931314--2931724	122	3.4	119	80	8	440	27	17	26	28	1.97
2931305--2931724	183	2.3	180	80	6	463	27	17	26	28	1.98
2932642--2932763	41	2.9	42	80	7	115	41	11	22	23	1.86
2932773--2933113	61	5.6	58	76	11	276	28	15	27	27	1.96
2932759--2933168	122	3.4	120	80	9	374	28	16	26	28	1.97
2932771--2933168	183	2.2	180	79	7	430	28	16	26	28	1.97
2934077--2934216	42	3.3	40	83	7	138	37	14	25	22	1.92
2934101--2934216	41	2.8	42	83	8	148	35	12	27	24	1.92
2934199--2934612	61	6.9	60	76	8	351	27	16	27	28	1.97
2934263--2934612	182	1.9	181	80	6	404	28	15	26	29	1.96
2935519--2935622	43	2.5	42	82	4	120	34	16	25	24	1.95
2935519--2935636	42	2.8	41	81	8	123	38	14	25	22	1.92
2935646--2936064	61	6.9	60	79	7	409	27	18	27	26	1.98
2937647--2937685	20	1.9	21	89	5	62	23	17	17	41	1.91
2941169--2941193	13	1.9	13	100	0	50	80	12	8	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2948590--2948634	22	2.0	22	82	0	54	35	15	24	24	1.94
2948662--2948711	20	2.5	20	80	3	57	36	14	16	34	1.88
2953965--2954065	22	4.6	22	83	4	141	38	9	21	29	1.86
2956263--2956320	20	2.8	20	84	2	71	44	10	10	34	1.73
2958039--2958070	16	2.0	16	100	0	64	56	0	25	18	1.42
2958952--2958996	10	4.8	10	84	13	60	0	11	0	88	0.50
2958954--2958996	1	43.0	1	80	0	50	0	9	0	90	0.45
2959884--2959923	14	2.9	14	89	10	64	22	0	0	77	0.77
2963275--2963303	13	2.3	13	94	5	51	6	0	24	68	1.13
2966586--2966624	19	2.1	19	100	0	78	25	10	20	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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