genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2674463--2674488	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2678552--2678582	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2680586--2680661	19	3.7	20	77	17	75	25	14	15	44	1.84
2680648--2680686	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2683108--2683180	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2683108--2683202	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
2683241--2683266	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2691131--2691186	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2692097--2692171	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
2692094--2692171	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
2693271--2693321	25	2.0	25	100	0	102	45	11	11	31	1.77
2693867--2693899	13	2.6	13	95	4	59	81	0	0	18	0.68
2694517--2694557	16	2.4	17	92	8	66	41	12	34	12	1.80
2694692--2694856	47	3.6	47	76	6	158	31	32	20	15	1.94
2694735--2694800	21	3.0	22	76	10	73	33	37	19	9	1.84
2694692--2694865	90	1.9	90	84	0	231	31	32	20	16	1.94
2694835--2694889	22	2.5	22	82	5	67	34	34	18	12	1.89
2697260--2697294	13	2.7	13	86	0	52	28	8	14	48	1.73
2700426--2700462	13	2.8	13	91	0	65	32	13	16	37	1.87
2712170--2712253	30	2.9	29	82	3	96	23	30	16	28	1.96
2712245--2712809	66	8.8	62	73	15	384	21	30	11	35	1.90
2712229--2712764	101	5.4	97	83	7	593	22	31	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712526--2712585	27	2.2	27	87	0	84	21	33	13	31	1.92
2712262--2712779	194	2.6	196	85	5	663	22	31	11	34	1.90
2712245--2712738	34	14.9	32	75	11	408	21	31	11	35	1.90
2712229--2712779	34	16.8	32	73	14	331	22	31	11	34	1.90
2712720--2712791	27	2.7	27	88	0	108	29	30	8	31	1.87
2712652--2712877	122	1.9	121	82	8	289	24	32	9	32	1.88
2712652--2712880	121	1.9	121	82	8	286	24	33	9	32	1.88
2712963--2713240	43	6.0	44	74	15	206	25	24	17	32	1.97
2713004--2713287	52	5.8	52	71	15	174	24	23	17	33	1.96
2712963--2713287	95	3.4	95	86	1	445	24	24	17	32	1.97
2719500--2719530	16	1.9	16	93	0	53	22	6	29	41	1.78
2723031--2723114	30	2.9	29	78	3	96	25	33	15	26	1.95
2723116--2723937	34	25.1	33	76	14	593	20	30	11	36	1.89
2723387--2723441	27	2.0	27	92	0	92	21	36	16	25	1.94
2723192--2723949	228	3.3	221	85	7	850	20	30	11	36	1.89
2723120--2723937	195	4.2	192	81	7	769	20	30	11	36	1.89
2723581--2723641	27	2.3	27	85	5	79	21	27	11	39	1.88
2723287--2723808	66	8.1	61	74	14	288	20	30	12	36	1.89
2723414--2723949	228	2.3	228	93	2	905	20	30	11	36	1.88
2723124--2723735	129	4.7	127	77	13	408	21	31	12	35	1.90
2723809--2723869	27	2.3	27	88	0	86	21	29	11	37	1.88
2723939--2724000	27	2.5	24	80	14	79	27	29	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723949--2724007	27	2.2	27	90	0	91	30	32	8	28	1.87
2724314--2724378	33	2.0	33	87	0	94	32	13	13	40	1.85
2724334--2724358	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2724421--2724445	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2724454--2724578	52	2.4	52	93	0	214	36	17	17	28	1.93
2727842--2728104	43	5.7	43	73	15	193	25	25	16	32	1.96
2727845--2727914	21	3.3	21	66	18	54	27	25	14	32	1.94
2727868--2727966	52	1.9	52	89	0	153	25	26	15	33	1.95
2727835--2728156	95	3.4	95	84	0	419	24	25	17	33	1.96
2734482--2734515	17	2.0	17	94	0	59	23	5	32	38	1.79
2735763--2735817	20	2.8	20	85	0	74	41	14	10	32	1.81
2736697--2737753	28	35.9	28	77	9	858	24	19	28	28	1.98
2736697--2737753	118	9.0	115	79	8	929	24	19	28	28	1.98
2736697--2737753	178	6.0	174	81	7	1134	24	19	28	28	1.98
2736693--2737753	206	5.1	205	85	4	1248	24	18	27	28	1.98
2738965--2739026	10	6.8	9	85	10	56	4	1	6	87	0.74
2738975--2739026	1	52.0	1	80	0	59	3	0	5	90	0.55
2738962--2739026	19	3.5	17	80	15	76	6	1	6	86	0.77
2752958--2752995	20	1.9	20	88	0	58	36	13	15	34	1.87
2754450--2754521	19	4.2	18	77	22	84	37	11	15	36	1.83
2754475--2754499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2754456--2754518	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754541--2754566	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2755101--2755129	12	2.3	13	94	5	51	86	13	0	0	0.58
2756932--2757320	52	7.4	50	70	17	218	30	25	11	33	1.91
2757097--2757320	52	4.3	51	82	7	220	29	25	11	33	1.90
2756931--2757429	265	1.9	262	87	2	730	28	26	12	31	1.93
2760908--2760942	15	2.3	15	85	0	52	34	2	0	62	1.10
2769616--2769695	30	2.6	30	76	19	94	52	1	3	42	1.27
2770332--2770398	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2770352--2770376	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2770441--2770465	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2770474--2770555	38	2.3	35	86	12	107	34	19	19	26	1.96
2773703--2773752	19	2.5	20	83	3	66	30	18	14	38	1.89
2773804--2773851	20	2.3	21	85	3	62	33	16	16	33	1.92
2775824--2775859	12	3.0	12	83	0	54	0	27	0	72	0.85
2775822--2775867	24	2.0	23	91	4	74	2	21	0	76	0.90
2775823--2775865	12	3.6	11	79	14	50	2	23	0	74	0.93
2775818--2775865	21	2.3	21	78	7	53	4	20	0	75	0.97
2777878--2777943	30	2.2	30	81	10	82	33	4	6	56	1.44
2778985--2779073	36	2.6	36	80	7	114	29	22	15	32	1.95
2779553--2779619	22	3.0	23	82	8	84	40	8	23	26	1.84
2779554--2779641	22	3.9	22	82	5	77	37	7	23	30	1.84
2780490--2780709	109	2.0	108	93	4	381	37	23	4	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2781436--2781461	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2782051--2782098	23	2.0	24	84	4	62	62	14	2	20	1.42
2783013--2783055	21	2.0	21	90	0	68	20	18	0	60	1.36
2784611--2784708	32	3.0	32	95	1	169	35	12	16	35	1.86
2784609--2784706	19	5.8	18	69	28	81	34	12	16	36	1.86
2784663--2784687	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2784747--2784771	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2784780--2784910	52	2.5	52	96	0	235	34	18	17	29	1.94
2788208--2788298	32	2.8	33	75	14	98	30	24	14	30	1.94
2788203--2788297	36	2.8	35	80	9	110	30	24	13	31	1.94
2788765--2788828	22	2.8	24	83	7	87	42	10	23	23	1.86
2788805--2788844	14	3.0	13	92	3	62	35	7	25	32	1.84
2788806--2788845	13	3.0	13	92	3	62	32	7	25	35	1.84
2788900--2788954	19	2.9	19	86	7	76	38	10	16	34	1.84
2788939--2788963	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2791869--2791919	3	17.0	3	91	0	84	33	0	33	33	1.58
2792594--2792653	30	2.0	30	100	0	120	50	13	13	23	1.77
2794636--2794750	61	1.9	61	87	3	169	32	15	31	20	1.94
2794628--2794777	27	5.2	28	77	17	139	34	14	30	21	1.92
2794763--2794837	34	2.2	33	88	9	116	36	14	32	17	1.90
2794785--2795186	30	12.7	31	81	7	393	30	16	30	22	1.96
2794812--2795154	95	3.7	91	80	8	307	30	16	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800680--2800752	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2800698--2800773	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2800680--2800773	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2800812--2800837	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2804893--2804923	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2806937--2807014	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
2807001--2807039	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2808833--2808895	31	2.0	31	100	0	126	25	3	25	46	1.68
2809513--2809585	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2809531--2809606	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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