genome.fa.s196.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold196
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7488280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499147--2499180	16	2.1	16	89	10	52	35	0	0	64	0.94
2499327--2499373	21	2.2	21	81	7	60	17	2	10	70	1.26
2500551--2500613	28	2.2	29	83	11	76	52	0	0	47	1.00
2502320--2502362	20	2.2	20	91	8	70	51	0	0	48	1.00
2504614--2504692	39	2.0	39	100	0	158	32	29	12	25	1.93
2507231--2507301	18	3.7	18	75	23	72	35	15	12	36	1.86
2507228--2507308	41	2.0	41	97	0	153	35	17	11	35	1.85
2512428--2512503	32	2.4	31	86	6	100	39	15	17	27	1.90
2514606--2514641	17	2.1	17	90	10	56	58	13	8	19	1.61
2518183--2518215	6	5.5	6	92	0	57	18	30	15	36	1.91
2523381--2523432	14	3.9	14	82	12	65	32	0	0	67	0.91
2523548--2523591	7	6.4	7	84	5	54	84	0	4	11	0.77
2523548--2523590	13	3.2	13	80	6	50	83	0	4	11	0.78
2523773--2523811	18	2.1	19	85	4	53	64	17	15	2	1.41
2523832--2523875	23	2.0	21	86	8	61	59	20	11	9	1.59
2523837--2523878	16	2.6	17	81	11	52	57	21	14	7	1.61
2524250--2524283	18	1.9	17	88	5	50	70	0	26	2	1.01
2524529--2524602	21	3.4	21	66	23	62	37	5	8	48	1.56
2524529--2524621	45	2.1	45	100	0	186	36	6	8	48	1.60
2525837--2526443	152	4.0	149	77	5	479	22	17	21	38	1.93
2533510--2533549	13	3.1	13	85	0	53	35	12	15	37	1.85
2535532--2535582	25	2.0	25	92	7	86	47	3	27	21	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536223--2536295	20	3.7	20	81	3	85	30	15	15	39	1.87
2536322--2536346	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
2541859--2541891	16	2.1	16	94	0	57	30	12	21	36	1.90
2542142--2542426	133	2.2	133	80	3	315	23	21	14	40	1.90
2542283--2542870	44	13.3	44	65	15	144	20	20	15	43	1.88
2542312--2542879	132	4.3	130	76	8	416	21	20	15	43	1.88
2542974--2543190	42	5.1	42	70	7	125	20	28	15	35	1.93
2543206--2543412	84	2.5	84	79	7	240	17	23	14	43	1.86
2549466--2549651	62	3.0	62	95	0	318	26	16	15	41	1.88
2551623--2552325	155	4.5	152	77	8	580	39	19	16	24	1.91
2554421--2555003	165	3.5	163	78	9	520	50	8	11	29	1.68
2557543--2557589	20	2.4	20	82	3	60	29	12	17	40	1.86
2557612--2557650	20	2.0	20	89	0	60	43	7	17	30	1.77
2558891--2558945	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
2561245--2561289	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2563093--2563123	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2565204--2565229	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2576009--2576074	33	2.0	33	91	5	107	36	18	13	31	1.90
2576009--2576061	13	4.5	13	73	26	64	37	16	13	32	1.88
2580592--2580616	12	2.1	12	100	0	50	8	16	8	68	1.38
2584728--2584782	20	2.8	20	94	0	92	32	16	14	36	1.89
2586040--2586130	20	4.6	19	82	5	83	31	15	14	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2592722--2592790	3	23.3	3	97	2	131	31	0	0	68	0.90
2593766--2593805	15	2.7	15	92	0	62	82	0	10	7	0.84
2593920--2593968	19	2.5	20	86	10	73	63	2	18	16	1.41
2593927--2593968	19	2.2	19	95	0	75	64	0	16	19	1.30
2594380--2594420	12	3.3	12	89	3	64	75	0	24	0	0.80
2594381--2594430	12	4.2	12	82	7	57	76	0	24	0	0.80
2594959--2595013	10	5.7	9	77	14	56	80	1	3	14	0.94
2594957--2595013	19	2.7	22	74	23	59	78	3	3	14	1.01
2594959--2595007	19	2.6	18	84	12	62	79	2	4	14	0.97
2603040--2603066	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2603105--2603162	13	4.0	13	74	23	53	36	15	13	34	1.87
2603119--2603183	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
2603106--2603181	32	2.4	32	95	0	134	36	17	13	32	1.88
2605526--2605802	148	1.9	149	80	8	332	41	11	12	34	1.79
2607450--2608174	165	4.4	164	81	8	738	51	8	10	30	1.65
2607484--2608183	330	2.1	331	82	5	844	51	8	10	29	1.66
2607484--2608286	332	2.4	329	81	6	867	51	8	10	29	1.65
2607417--2608286	165	5.3	167	78	9	594	51	8	10	30	1.65
2610586--2610613	10	2.8	10	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2612774--2612865	30	3.0	30	95	1	166	6	10	19	63	1.48
2614679--2614709	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2615465--2615513	13	4.2	13	73	24	54	38	18	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2615563--2615616	20	2.8	20	85	2	74	38	18	12	29	1.88
2617314--2617487	43	3.8	48	79	13	206	28	17	28	25	1.98
2617312--2617487	93	1.9	92	92	1	298	28	17	28	25	1.98
2617567--2618291	49	15.5	48	81	11	882	31	17	25	25	1.97
2617567--2618295	92	7.8	92	96	1	1287	31	17	24	25	1.97
2618302--2618494	32	5.9	33	90	2	284	19	19	33	28	1.96
2618504--2618604	36	2.9	35	85	7	125	34	12	32	19	1.90
2618520--2618977	94	4.7	98	80	10	414	32	12	34	19	1.90
2618504--2618977	34	14.5	34	78	13	424	32	12	34	19	1.90
2618762--2618956	61	3.1	62	83	8	198	32	12	33	21	1.90
2620310--2620345	18	2.0	18	89	10	56	0	0	16	83	0.65
2627159--2627348	52	3.7	52	95	1	346	28	17	18	35	1.94
2627159--2627348	103	1.8	104	95	1	346	28	17	18	35	1.94
2627418--2627480	19	3.7	18	72	24	64	36	19	12	31	1.89
2627416--2627513	32	3.0	32	90	1	151	34	17	13	34	1.88
2636463--2636517	21	2.7	21	88	2	85	32	20	10	36	1.87
2636546--2636599	20	2.8	20	88	2	74	37	18	11	33	1.86
2637774--2637850	38	2.0	39	94	2	138	42	12	15	28	1.84
2640083--2640121	20	2.0	19	90	5	60	35	20	10	33	1.86
2640131--2640155	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2640143--2640195	20	2.6	21	82	11	65	37	16	16	28	1.91
2640255--2640344	13	6.0	13	73	26	72	40	17	15	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640237--2640364	32	4.0	32	94	3	213	39	20	14	25	1.91
2640237--2640331	19	5.6	19	71	27	97	40	20	15	24	1.91
2640367--2640396	10	3.0	10	90	0	51	23	20	30	26	1.98
2646610--2646650	22	2.0	19	86	13	55	39	21	0	39	1.54
2646920--2646964	20	2.1	22	88	8	67	17	48	28	4	1.66
2648336--2648366	16	1.9	16	100	0	62	41	6	12	38	1.69
2648913--2648951	20	2.0	19	90	5	60	35	23	12	28	1.91
2649065--2649090	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2649047--2649110	33	2.0	32	87	9	94	37	20	14	28	1.91
2655026--2655071	20	2.3	22	75	21	55	43	17	4	34	1.69
2657999--2658147	29	5.2	29	76	8	126	27	16	27	28	1.97
2658257--2658311	29	2.0	29	89	7	87	27	18	23	30	1.97
2658337--2658457	31	3.9	31	80	2	118	25	21	21	31	1.98
2658461--2658528	34	2.0	34	91	0	109	32	13	19	35	1.90
2660439--2660791	78	4.5	79	77	6	322	33	11	24	30	1.91
2660577--2660791	81	2.7	79	80	4	245	34	10	25	30	1.89
2660460--2660791	159	2.1	159	80	7	365	32	11	25	30	1.91
2660460--2660836	78	4.8	77	75	10	239	32	11	25	30	1.91
2660717--2660912	107	1.8	107	85	3	279	32	11	26	30	1.91
2660850--2660949	51	2.0	51	84	7	132	34	8	26	32	1.85
2660900--2661047	79	1.9	78	87	6	219	35	12	23	28	1.92
2660904--2661084	79	2.3	78	82	12	214	35	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662715--2662741	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2662696--2662759	32	2.0	32	87	9	94	28	15	15	40	1.88
2662726--2662781	19	2.9	19	86	2	85	30	17	14	37	1.90
2666564--2666619	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2667530--2667604	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
2667527--2667604	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
2668094--2669606	29	52.9	28	88	4	1978	22	17	31	28	1.96
2668094--2669605	115	13.2	114	88	3	2057	22	17	31	28	1.96
2674331--2674402	20	3.6	20	81	7	101	34	13	19	31	1.91
2674331--2674424	40	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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