genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
381--435	27	2.0	27	89	0	83	27	14	1	56	1.49
858--1068	106	2.0	105	96	0	386	38	18	18	23	1.93
1898--1933	18	1.9	19	88	5	56	58	0	0	41	0.98
1932--1969	20	2.0	20	89	5	60	63	7	0	28	1.23
4558--4698	26	5.3	28	70	16	88	43	0	1	53	1.14
4558--4621	29	2.3	27	84	10	85	42	0	3	54	1.16
4570--4726	78	2.0	77	86	8	221	43	1	0	54	1.13
5323--5367	15	3.0	15	76	0	54	31	0	0	68	0.89
7288--7332	19	2.3	20	84	3	56	42	2	4	51	1.34
10450--10496	25	1.9	24	91	4	76	38	0	0	61	0.96
12368--12397	3	9.7	3	92	7	51	66	3	30	0	1.07
12828--12892	32	2.0	32	85	5	87	64	0	0	35	0.94
13411--13452	20	2.0	20	90	4	66	64	0	0	35	0.94
14294--14333	20	2.0	20	85	5	53	45	0	2	52	1.14
15178--15205	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17322--17358	6	6.2	6	87	12	58	83	16	0	0	0.64
18175--18207	5	6.6	5	92	0	57	0	78	3	18	0.87
26274--26343	36	1.9	37	88	5	108	47	4	4	44	1.42
28861--28923	22	2.8	22	85	2	72	53	1	3	41	1.26
30239--30279	17	2.3	18	84	16	59	58	2	0	39	1.11
30512--30597	25	3.4	25	75	12	77	47	0	3	48	1.18
30633--30695	13	4.9	13	70	16	51	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30633--30695	26	2.4	25	80	12	65	50	1	0	47	1.10
31153--31237	12	7.6	12	71	19	60	47	0	2	50	1.14
31291--31331	20	2.0	22	85	9	59	39	2	2	56	1.26
33235--33272	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
39417--39474	27	2.1	28	90	3	91	36	0	1	62	1.06
39417--39490	27	2.9	27	82	11	75	33	0	2	63	1.09
42543--42648	53	2.0	53	85	3	142	18	12	32	36	1.88
43660--43734	20	3.8	20	74	0	78	36	13	10	40	1.79
51995--52062	19	3.9	18	76	23	83	35	13	14	36	1.85
51997--52059	32	2.0	32	93	6	110	34	14	15	34	1.88
52102--52127	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
52082--52148	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
54493--54877	52	7.3	52	70	13	200	29	25	12	32	1.92
54599--54674	27	2.8	27	88	9	102	22	34	22	21	1.97
54861--54937	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
54488--54983	263	1.9	263	89	2	782	28	26	13	31	1.93
54891--55092	78	2.6	79	80	3	221	25	30	15	28	1.96
61227--61329	36	3.2	36	60	28	84	26	25	19	29	1.99
61227--63036	55	31.9	55	85	8	2228	27	29	19	22	1.98
61224--62987	512	3.4	514	92	3	2752	27	30	19	22	1.98
62872--62960	29	3.2	29	64	15	78	26	31	20	21	1.98
62882--62968	27	3.2	27	63	15	70	25	31	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63873--63940	19	3.9	18	76	23	83	35	13	14	36	1.85
63875--63937	32	2.0	32	93	6	110	34	14	15	34	1.88
63980--64005	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
63960--64026	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
66373--66757	52	7.3	52	70	12	207	29	25	12	32	1.92
66479--66554	27	2.8	27	90	6	109	22	32	22	22	1.98
66741--66817	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
66368--66868	263	1.9	263	89	2	783	28	26	13	31	1.94
75053--75088	12	3.2	12	92	7	58	0	0	44	55	0.99
75554--75677	52	2.4	51	93	1	203	29	17	17	35	1.93
75554--75697	52	2.8	52	86	5	177	30	17	18	34	1.94
75686--75710	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75774--75798	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77557--77628	1	72.0	1	76	0	54	86	9	2	1	0.74
77555--77628	10	7.0	10	81	15	80	85	10	2	1	0.77
77559--77597	8	5.0	8	87	6	62	87	12	0	0	0.55
77557--77628	22	3.3	21	76	17	76	86	9	2	1	0.74
77557--77628	32	2.3	31	81	11	83	86	9	2	1	0.74
77833--77997	82	2.0	82	97	0	312	26	21	14	38	1.92
78922--80283	29	46.9	29	83	6	1658	28	29	16	24	1.97
78922--80283	86	15.6	86	84	6	1622	28	29	16	24	1.97
80841--80915	20	3.8	20	78	0	87	34	13	10	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82220--82284	27	2.4	28	84	10	89	24	18	30	26	1.98
82274--82396	51	2.3	53	84	6	153	31	9	24	34	1.88
84740--84806	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
84761--84786	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
84826--84912	19	4.9	19	81	16	114	40	13	11	34	1.81
84829--84891	32	2.0	32	93	0	108	38	14	12	34	1.84
85678--86283	55	11.0	54	86	7	788	22	20	29	27	1.98
85834--85978	26	5.3	26	63	18	80	20	17	33	28	1.96
89757--89907	16	9.4	16	76	9	103	16	15	27	40	1.89
89763--89880	32	3.7	32	84	5	132	16	16	25	41	1.89
89805--89907	48	2.1	47	84	7	136	17	15	26	40	1.89
90765--90822	21	2.8	20	78	17	64	44	3	15	36	1.63
95967--95994	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
96033--96110	32	2.4	32	91	0	129	34	17	11	35	1.86
96839--97019	49	3.7	49	75	8	154	33	17	26	23	1.96
97945--98010	17	3.8	17	90	6	89	89	10	0	0	0.49
97944--98010	25	2.7	24	84	6	89	88	11	0	0	0.53
97944--98010	8	8.0	8	85	8	80	88	11	0	0	0.53
97945--98001	1	57.0	1	82	0	69	91	8	0	0	0.43
99432--99519	29	3.1	27	77	7	77	28	32	15	22	1.95
99500--99655	34	4.5	33	80	9	161	19	31	12	37	1.88
99489--99655	68	2.4	70	87	5	223	19	31	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99662--99738	28	2.7	27	82	13	84	37	27	16	18	1.92
99846--100073	49	4.6	49	83	7	253	25	25	18	30	1.98
99846--100073	98	2.3	102	83	5	295	25	25	18	30	1.98
100916--100940	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
100949--101078	52	2.5	52	97	1	242	33	17	20	28	1.95
104323--104546	34	6.9	34	78	11	102	33	12	34	19	1.89
104424--104727	34	10.0	27	81	12	185	33	12	33	20	1.90
104520--104727	95	2.3	89	82	14	273	33	13	32	20	1.92
104387--104740	154	2.3	154	91	0	564	35	12	31	19	1.90
104541--104734	95	2.1	94	93	3	329	37	12	31	18	1.89
104730--104846	28	4.1	28	80	8	139	23	17	28	30	1.97
104659--104835	57	3.0	61	79	11	147	29	14	29	26	1.95
104727--104845	57	2.1	58	88	4	179	25	16	27	30	1.97
106279--106357	1	79.0	1	71	0	50	2	0	12	84	0.71
106264--106357	25	3.8	23	80	13	80	2	0	14	82	0.75
106279--106359	10	8.0	10	81	13	94	2	0	13	83	0.73
106276--106359	20	4.2	19	82	11	105	2	0	14	83	0.75
112683--112779	19	5.8	17	72	27	84	31	12	17	38	1.87
112704--112760	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
112685--112784	32	3.1	32	97	0	182	33	12	18	37	1.87
120060--120144	42	2.0	42	97	0	161	43	12	17	25	1.85
123962--124027	33	2.0	33	85	5	89	40	12	15	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124045--124102	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
124059--124121	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
124046--124123	32	2.4	32	97	0	147	33	17	14	34	1.90
130901--131120	95	2.3	96	82	4	248	36	10	22	30	1.87
133737--133808	20	3.5	20	84	1	90	30	15	9	44	1.78
134460--134548	20	4.5	19	82	13	76	53	0	3	42	1.17
134486--134542	19	3.2	18	90	7	89	57	0	5	36	1.21
136228--136279	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
136228--136285	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
138335--138375	20	2.0	20	85	4	55	9	31	41	17	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11