genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
591859--592243	79	4.9	79	79	3	337	26	25	14	34	1.94
593246--593289	20	2.2	20	87	0	61	45	9	13	31	1.75
595376--595428	19	2.7	20	88	8	81	28	11	15	45	1.80
595458--595531	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
597944--597968	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
601877--601925	20	2.3	20	79	6	53	22	18	4	55	1.60
605363--605417	20	2.7	21	85	2	76	43	12	14	29	1.82
605459--605484	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
605439--605506	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
611644--611679	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
614190--614244	21	2.6	22	83	11	71	43	12	16	27	1.84
614512--614576	33	2.0	33	84	0	85	26	15	13	44	1.84
616920--617299	51	7.3	51	72	9	178	28	24	13	33	1.93
616936--617036	52	2.0	51	84	9	134	32	20	10	35	1.88
617084--617307	104	2.2	104	84	4	285	28	25	12	32	1.93
617084--617307	51	4.3	52	83	5	249	28	25	12	32	1.93
618440--618465	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
618420--618487	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
621921--621974	20	2.7	20	80	5	65	35	12	16	35	1.87
621939--622118	72	2.5	72	96	0	333	37	14	15	32	1.87
633774--633820	8	5.9	8	82	7	51	87	6	4	2	0.74
635733--635901	52	3.3	51	79	3	178	31	12	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
635834--636012	80	2.3	78	87	5	245	29	16	29	25	1.97
635996--636099	51	2.1	51	86	12	146	35	9	24	30	1.87
638475--638500	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
638454--638520	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
639426--640131	61	11.5	62	86	3	864	24	27	19	29	1.98
640127--640408	42	6.6	41	76	13	241	20	23	12	42	1.86
640101--640452	42	8.4	41	73	8	228	21	24	14	40	1.90
640126--640449	83	3.8	84	77	8	309	20	24	12	42	1.87
640875--640929	20	2.7	21	80	8	69	29	14	14	41	1.85
649567--649747	73	2.5	73	93	1	301	33	14	18	34	1.91
649714--649765	20	2.7	20	87	3	70	28	9	21	40	1.84
649798--649850	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
649838--649862	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
654236--654366	52	2.5	52	93	0	235	29	16	19	35	1.94
655561--658157	55	46.0	53	83	10	2598	27	28	20	23	1.99
656034--656122	27	3.2	29	65	20	80	29	32	19	19	1.96
655561--658157	568	4.6	558	92	3	3566	27	28	20	23	1.99
656631--656716	26	3.2	26	67	15	75	27	36	18	17	1.94
655560--658157	622	4.2	617	90	4	3698	27	28	20	23	1.99
657224--657312	27	3.2	29	65	20	80	29	32	19	19	1.96
657737--657825	27	3.2	29	61	20	71	29	30	20	20	1.97
657821--657906	26	3.2	26	66	15	75	27	34	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658506--658558	21	2.5	21	100	0	106	28	11	18	41	1.85
658757--658824	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
658759--658821	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
658778--658802	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
658864--658889	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
658844--658910	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
661422--661591	52	3.3	51	77	11	175	29	24	12	32	1.93
661254--661590	104	3.2	103	71	13	299	30	25	12	31	1.92
661575--661651	28	2.8	28	87	0	100	22	33	20	23	1.97
661249--661698	212	2.1	212	86	4	622	28	26	13	31	1.94
661312--661730	107	3.9	107	72	9	271	27	27	14	30	1.95
674228--674266	15	2.6	14	92	8	60	84	5	10	0	0.76
674230--674273	22	1.9	22	86	9	61	84	6	9	0	0.79
674230--674282	22	2.3	22	81	12	54	83	7	9	0	0.83
675221--676573	55	24.0	54	83	9	1487	27	28	20	23	1.99
675640--675728	27	3.2	29	68	20	89	29	31	19	20	1.97
676196--676278	26	3.1	26	63	13	60	33	31	19	15	1.93
676922--676974	21	2.5	21	100	0	106	28	11	18	41	1.85
677173--677240	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
677175--677237	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
677194--677218	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
677280--677305	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677260--677326	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
679728--680121	107	3.7	104	72	11	305	27	27	14	30	1.95
679838--680007	52	3.3	53	76	11	172	30	24	12	32	1.93
679996--680067	28	2.6	28	88	0	99	20	34	20	23	1.96
679668--680074	212	1.9	212	88	3	613	28	27	13	30	1.94
681218--681242	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
682362--682406	3	15.0	3	95	0	81	31	33	0	35	1.58
682362--682412	9	5.7	9	95	0	57	29	31	0	39	1.57
684071--684126	19	2.9	19	86	2	85	33	14	21	30	1.93
684111--684137	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
686722--686760	20	1.9	21	89	5	62	43	20	17	17	1.88
686750--686802	19	2.7	21	88	8	76	30	15	16	37	1.90
686859--686896	20	1.9	20	100	0	76	44	10	13	31	1.77
698308--698608	80	3.8	79	79	6	308	26	32	9	31	1.89
700938--701326	156	2.5	156	78	6	430	39	20	15	24	1.92
701689--702036	165	2.1	162	90	4	540	39	12	13	34	1.83
703303--703329	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
704410--704434	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
709285--709321	13	2.8	13	91	0	56	40	16	10	32	1.83
715010--715076	33	2.0	33	83	11	84	29	19	28	22	1.98
721801--721912	19	6.5	19	73	22	122	33	11	18	35	1.87
721818--721842	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721801--721861	32	1.9	32	96	0	113	32	13	19	34	1.90
721801--721912	51	2.2	51	95	0	197	33	11	18	35	1.87
721850--721920	32	2.2	32	94	0	124	33	11	18	36	1.86
722008--722049	20	2.0	21	95	4	77	33	19	11	35	1.88
727016--727067	26	2.0	26	100	0	104	26	26	23	23	2.00
726790--727256	252	1.9	252	93	0	808	26	27	19	26	1.99
733490--733514	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
733514--733538	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
733482--733558	33	2.4	32	91	6	120	28	15	14	41	1.86
733502--733560	20	3.3	20	69	30	69	28	15	13	42	1.85
737353--737377	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
737377--737401	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
737345--737421	33	2.4	32	91	6	120	28	15	14	41	1.86
737365--737423	20	3.3	20	69	30	69	28	15	13	42	1.85
741214--741238	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
743101--743219	52	2.3	51	82	4	150	32	11	23	31	1.91
743202--743275	28	2.6	28	80	4	87	25	24	29	20	1.99
743308--743376	28	2.5	28	83	9	88	27	15	33	23	1.95
743185--743393	106	2.0	105	86	2	294	34	15	24	25	1.95
745500--745553	20	2.7	19	83	8	72	44	11	16	27	1.82
746317--746491	42	4.1	42	78	7	174	42	13	24	19	1.87
746471--746643	61	2.8	62	84	8	214	30	19	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746585--746858	94	2.9	93	81	7	308	28	18	26	26	1.98
746780--746915	54	2.5	55	85	9	181	22	19	28	29	1.98
746690--746978	148	2.0	148	86	4	404	26	18	28	26	1.98
746532--746976	242	1.8	243	82	7	576	27	18	27	26	1.98
747986--748058	1	73.0	1	72	0	56	0	4	9	86	0.70
747986--748057	8	8.9	8	84	14	85	0	4	9	86	0.70
747996--748058	19	3.3	18	82	14	74	0	1	11	87	0.62
747986--748054	30	2.2	31	82	10	79	0	4	10	85	0.72
749252--749276	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
749229--749294	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11