genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  7  of  11  ( 1234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862925--862963	13	2.7	15	80	15	55	35	15	10	38	1.81
862936--862997	13	5.2	13	78	21	82	29	14	12	43	1.83
862905--862997	48	2.0	46	93	4	159	30	15	10	44	1.80
865366--865711	79	4.4	79	82	3	374	26	26	14	32	1.94
869513--869567	21	2.6	21	73	0	56	40	18	7	34	1.78
870432--870464	15	2.2	15	94	0	57	39	6	30	24	1.79
872289--872485	78	2.5	80	79	11	210	31	14	23	29	1.94
872444--872514	28	2.6	27	88	4	97	25	21	26	26	1.99
872471--872669	80	2.5	80	77	3	188	31	13	26	29	1.93
872282--872736	187	2.4	185	83	5	533	33	13	23	29	1.93
875078--875212	50	2.7	50	88	2	191	41	12	18	27	1.87
876555--876608	20	2.7	20	82	0	63	31	11	16	40	1.84
876576--876714	51	2.7	51	85	3	181	30	15	12	41	1.84
876627--876781	70	2.2	71	94	1	267	31	16	11	40	1.85
884018--884071	20	2.7	20	94	5	92	37	16	12	33	1.87
884739--884822	28	3.3	28	71	25	103	25	29	10	34	1.90
884729--884835	48	2.2	49	91	8	182	34	23	9	32	1.87
886040--886512	30	15.8	30	81	3	479	25	27	16	30	1.97
886040--886517	151	3.2	150	81	4	513	25	27	16	30	1.96
886498--886574	29	2.7	29	86	4	104	28	31	7	32	1.85
886499--886587	29	3.2	28	80	6	74	26	28	8	35	1.87
886581--886699	32	3.8	31	77	12	109	26	22	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886559--886667	32	3.5	32	78	13	102	28	22	8	40	1.83
886559--886713	63	2.5	63	81	4	170	26	22	9	41	1.83
886576--886713	64	2.2	62	81	3	159	25	22	9	42	1.83
886685--886839	28	5.5	28	78	4	125	31	27	10	30	1.91
886946--886972	9	3.0	9	100	0	54	88	0	11	0	0.50
887378--887491	51	2.3	50	89	3	176	27	15	12	44	1.82
889464--889858	28	13.8	28	79	5	362	28	31	17	22	1.97
889462--889904	116	3.9	113	80	4	431	28	30	17	23	1.97
889464--889823	144	2.5	144	92	0	576	29	31	17	21	1.96
890513--890558	20	2.2	20	84	3	56	43	13	17	26	1.85
892860--892911	19	2.7	19	84	3	68	38	15	17	28	1.90
903585--903621	10	3.8	10	80	20	51	86	10	0	2	0.67
903581--903629	19	2.6	18	90	9	80	87	8	2	2	0.69
903581--903629	18	2.7	18	90	6	73	87	8	2	2	0.69
903937--903989	19	2.7	20	82	2	63	35	18	13	32	1.90
908039--908074	15	2.3	16	90	4	56	58	16	11	13	1.63
912662--912753	20	4.7	19	75	10	78	32	19	14	33	1.92
912799--912829	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
912783--912851	33	2.1	33	86	5	95	31	11	17	39	1.85
913938--913969	16	2.0	16	93	0	55	84	0	15	0	0.63
914562--914777	112	1.9	113	83	4	276	34	13	13	38	1.84
915110--915195	44	2.0	44	81	4	102	23	19	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915725--916110	92	4.2	92	85	4	460	27	21	14	37	1.92
915729--916106	183	2.1	183	83	5	460	27	21	14	37	1.92
916498--916868	81	4.6	80	83	3	404	22	20	12	44	1.85
916814--917049	44	5.4	45	71	14	145	19	20	16	43	1.88
916814--917053	129	1.8	130	82	6	306	18	20	16	44	1.87
916839--917093	44	6.0	44	74	6	202	16	20	18	44	1.87
917649--917707	31	1.9	31	100	0	118	45	11	13	28	1.79
918169--918338	51	3.3	52	83	8	224	33	10	24	32	1.88
918429--918502	28	2.7	27	91	8	114	24	20	32	22	1.98
918304--918514	108	2.0	108	88	0	314	34	15	23	27	1.94
918489--918632	51	2.8	51	77	2	155	34	11	22	31	1.89
920951--921005	20	2.8	20	94	5	94	45	14	14	25	1.83
921788--921930	61	2.3	61	80	2	180	30	20	23	25	1.99
921750--922086	161	2.2	154	81	10	364	29	18	28	23	1.98
922030--922331	109	2.8	109	91	1	482	30	19	26	23	1.98
922237--922508	61	4.5	62	84	8	348	27	19	27	25	1.99
922243--922538	116	2.5	119	80	9	335	26	19	27	26	1.99
923628--923684	19	3.0	20	85	12	75	1	0	17	80	0.79
923631--923675	11	4.1	10	86	13	54	0	0	15	84	0.62
923627--923683	9	6.2	9	76	11	53	1	0	15	82	0.75
933953--933985	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
935025--935066	21	2.0	21	95	0	75	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936154--936320	51	3.3	50	79	5	192	31	10	25	32	1.89
936257--936534	108	2.6	107	80	4	285	32	14	25	27	1.94
936412--936485	26	2.7	26	85	6	85	28	17	31	22	1.97
936473--936585	51	2.2	51	87	0	154	31	14	24	29	1.94
945581--945635	20	2.7	20	88	2	74	36	7	20	36	1.80
946127--946166	12	3.2	12	85	3	53	27	15	10	47	1.77
948075--948258	97	1.9	98	81	2	228	29	21	11	36	1.89
953009--953099	33	2.8	32	81	6	103	36	17	13	32	1.88
953135--953190	19	2.9	19	89	2	76	39	17	12	30	1.87
953806--953892	43	2.0	43	97	0	165	36	14	9	39	1.79
959878--959991	51	2.2	51	82	11	144	37	14	18	28	1.91
960133--960166	11	3.0	11	86	4	50	26	14	41	17	1.88
962431--962479	20	2.5	19	80	9	62	40	10	20	28	1.85
962502--962531	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
963228--963393	42	3.9	42	79	7	199	39	14	26	19	1.90
963377--963606	61	3.8	61	82	5	277	28	18	28	25	1.98
963378--963607	122	1.9	121	85	6	322	28	18	28	25	1.98
963653--963770	62	1.9	62	91	3	193	31	16	26	25	1.97
963759--963960	43	4.6	46	80	9	190	44	10	27	17	1.82
963971--964647	60	11.2	60	80	7	746	26	20	28	25	1.99
963962--964650	123	5.7	121	84	5	799	26	20	27	25	1.99
963964--964650	183	3.8	182	86	4	892	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968833--969330	58	8.6	58	84	6	620	19	16	33	30	1.94
968834--969321	86	5.7	86	93	1	827	18	16	33	31	1.94
968834--969321	259	1.9	258	95	0	886	18	16	33	31	1.94
970743--970849	4	27.8	4	78	14	50	0	4	13	81	0.90
970734--970840	18	6.1	17	76	16	94	0	4	13	82	0.82
970760--970840	32	2.5	32	84	9	103	0	6	11	82	0.83
970734--970834	36	2.8	38	79	11	122	0	4	13	81	0.85
970746--970857	18	6.3	17	77	14	86	0	4	12	82	0.87
977490--977618	52	2.5	52	89	0	222	28	17	17	35	1.93
977629--977653	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
977696--977747	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
980428--980541	51	2.2	51	79	3	131	35	14	21	28	1.93
982952--983007	20	2.8	20	73	7	60	44	16	16	23	1.86
985263--985314	23	2.3	24	80	9	65	15	9	13	61	1.56
985263--985316	22	2.4	21	76	11	54	16	9	12	61	1.56
990835--990860	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
992432--992501	29	2.5	27	82	8	86	38	7	14	40	1.73
1000809--1000856	19	2.5	19	93	0	78	35	12	14	37	1.84
1004333--1004581	72	3.5	72	90	0	381	32	16	15	35	1.90
1004549--1004601	20	2.7	20	85	14	74	30	22	13	33	1.92
1004629--1004679	19	2.6	20	93	3	86	35	13	19	31	1.91
1013359--1013385	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013451--1013477	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
1026210--1026253	22	2.0	22	100	0	88	31	27	18	22	1.97
1027863--1027984	30	4.0	30	83	8	138	25	31	13	29	1.94
1027965--1028724	34	23.8	32	78	13	691	20	31	12	35	1.90
1028022--1028724	61	10.9	61	81	10	685	20	31	12	35	1.90
1028022--1028724	190	3.7	189	86	4	919	20	31	12	35	1.90
1028494--1028560	33	2.3	27	71	26	71	19	28	10	41	1.84
1028729--1028896	88	1.9	87	86	3	239	28	23	19	28	1.98
1028825--1029228	49	8.4	49	72	9	251	25	26	18	29	1.98
1028827--1029169	88	3.6	97	78	11	294	25	26	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11