genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142504--142544	10	4.2	10	87	6	66	24	14	29	31	1.95
142502--142540	19	2.1	19	100	0	78	28	10	30	30	1.90
144883--144934	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
144883--144940	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
146450--146576	67	1.9	66	80	4	148	37	23	13	25	1.92
147764--147915	80	1.9	80	81	4	182	34	11	24	29	1.90
147874--147942	28	2.5	28	87	0	93	23	15	31	28	1.95
147793--148024	108	2.1	109	83	3	279	32	11	26	29	1.91
147976--148240	79	3.3	80	80	8	283	31	10	29	28	1.90
148172--148353	53	3.4	52	65	18	138	32	10	29	27	1.90
148222--148376	28	5.6	28	69	13	115	29	12	30	26	1.93
147898--148266	82	4.6	79	79	8	293	31	10	28	28	1.91
148068--148430	190	1.9	190	87	3	534	31	11	28	28	1.91
148172--148376	109	1.9	109	92	0	347	31	11	30	27	1.91
148258--148430	81	2.1	81	88	4	260	31	10	27	29	1.91
150646--150693	18	2.5	20	80	12	57	8	14	8	68	1.37
151131--151436	61	4.8	66	80	10	330	33	14	25	27	1.94
151131--151436	64	4.8	62	82	7	310	33	14	25	27	1.94
151131--151436	65	4.8	64	77	8	246	33	14	25	27	1.94
151131--151436	126	2.4	128	84	7	388	33	14	25	27	1.94
152426--152455	14	2.2	14	94	5	53	0	10	0	90	0.47
157108--158677	792	2.0	789	87	1	2277	30	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160971--161098	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
161107--161131	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161172--161238	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
161194--161218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
161958--162143	67	2.8	67	93	0	300	37	12	25	24	1.91
162159--162878	49	14.7	49	85	4	954	30	17	26	25	1.97
162159--162878	98	7.4	98	92	4	1134	30	17	26	25	1.97
162694--162883	43	4.1	44	81	12	229	29	16	27	26	1.97
162878--163115	33	7.2	33	90	5	358	19	17	34	28	1.94
162879--163114	67	3.6	67	90	5	374	19	17	35	27	1.94
163117--164281	68	17.4	68	76	15	936	31	12	35	20	1.90
163831--164286	62	7.1	62	74	17	362	30	13	35	20	1.91
163661--164286	130	4.8	130	93	2	1015	31	13	35	19	1.91
163154--164281	260	4.2	258	81	13	1145	31	12	35	20	1.90
164153--164293	34	4.1	34	80	11	164	34	12	34	19	1.89
164290--164346	30	1.9	30	92	0	96	31	17	24	26	1.97
165284--165326	16	2.8	16	76	16	54	0	6	6	86	0.72
165284--165327	17	2.8	17	80	13	58	0	6	9	84	0.79
165596--165639	18	2.4	20	75	21	51	9	9	13	68	1.40
172530--172678	52	2.9	52	88	8	225	31	17	18	32	1.94
172718--172784	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
172740--172764	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173504--173691	67	2.8	67	94	0	313	37	13	26	23	1.91
173705--174424	49	14.7	49	85	4	954	30	17	26	25	1.97
173705--174424	98	7.4	98	92	4	1134	30	17	26	25	1.97
174240--174429	43	4.1	44	80	12	220	29	16	27	26	1.97
174425--174561	65	2.1	67	91	5	226	18	17	37	27	1.93
174425--174561	33	4.2	33	90	3	206	18	17	37	27	1.93
177216--177273	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
177230--177330	19	5.6	19	86	13	151	36	18	11	32	1.88
177213--177332	32	3.6	32	84	13	161	35	18	12	34	1.88
178104--178751	48	13.9	47	73	12	350	29	18	26	25	1.98
178143--178426	101	2.8	101	81	4	270	30	19	25	24	1.98
178392--178590	39	4.9	39	77	11	202	24	19	28	27	1.99
178431--178638	86	2.4	87	91	0	328	26	19	27	26	1.99
178745--178942	27	7.0	27	78	14	202	27	14	35	22	1.93
178741--178916	89	2.0	88	84	7	232	28	14	34	21	1.93
178834--178942	55	2.0	55	87	3	157	26	14	35	22	1.93
178834--178942	28	4.0	27	82	5	121	26	14	35	22	1.93
178925--179394	33	14.8	33	85	6	591	35	14	26	23	1.93
178985--179394	191	2.1	189	89	4	626	35	14	26	22	1.93
178925--179394	224	2.1	221	88	1	683	35	14	26	23	1.93
187651--187678	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
187633--187698	33	2.0	33	85	5	89	40	12	15	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193271--193400	52	2.5	51	90	3	190	31	16	18	33	1.94
193409--193433	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
193474--193540	33	2.0	33	85	0	89	38	13	11	35	1.82
193496--193520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
194109--194482	169	2.2	171	82	6	436	36	14	25	22	1.93
194458--194526	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
194480--194547	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
194461--194531	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
194334--195091	49	15.8	49	83	6	855	30	17	25	25	1.97
194383--195091	92	7.5	96	90	4	941	30	17	25	25	1.97
195091--195328	33	7.2	33	89	6	367	18	17	35	27	1.94
195092--195327	67	3.6	67	90	5	374	18	17	36	27	1.94
195330--195722	34	11.8	34	83	10	404	32	12	34	20	1.90
195730--195786	30	1.9	30	100	0	114	33	19	22	24	1.97
196809--196852	20	2.2	20	87	0	61	0	6	6	86	0.71
196825--196854	11	2.7	11	100	0	60	0	6	0	93	0.35
204048--204177	52	2.5	51	90	3	190	31	16	18	33	1.94
204186--204210	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
204251--204317	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
204273--204297	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
205237--205305	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
205259--205326	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205240--205310	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
205113--205870	49	15.8	49	83	6	864	30	17	25	25	1.97
205162--205870	92	7.5	96	91	4	950	30	17	25	25	1.97
205870--206107	33	7.2	33	88	6	358	19	17	35	27	1.94
205871--206106	67	3.6	67	90	5	365	19	17	35	27	1.94
206114--206501	34	11.6	34	84	9	410	31	13	35	20	1.91
206145--206532	195	2.0	194	86	10	540	31	13	35	20	1.91
206509--206565	30	1.9	30	100	0	114	33	19	22	24	1.97
214816--214945	52	2.5	51	90	3	190	31	16	18	33	1.94
214954--214978	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
218777--218815	4	9.8	4	94	0	69	74	0	2	23	0.94
220937--221032	28	3.5	28	91	1	140	22	16	30	30	1.96
220993--221149	82	1.9	81	86	1	224	36	10	26	27	1.88
221066--221482	81	5.2	78	78	4	295	33	8	28	29	1.87
221186--221482	81	3.7	81	83	4	298	32	8	28	29	1.87
221172--221482	161	1.9	159	81	7	369	32	8	29	29	1.87
221172--221521	161	2.2	162	78	9	353	31	9	28	30	1.88
222982--223035	19	2.8	17	73	26	54	40	11	14	33	1.82
227667--227750	30	2.9	28	70	10	78	53	19	1	26	1.52
227666--227755	29	3.1	28	70	9	81	52	18	2	26	1.57
237739--237763	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237716--237783	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241667--241715	12	3.9	13	77	17	50	0	22	0	77	0.77
242028--242072	18	2.5	17	85	10	54	62	4	6	26	1.39
242407--242828	150	2.7	147	80	12	449	51	8	11	28	1.68
244774--245126	85	4.1	85	73	8	259	38	15	26	19	1.91
246563--246671	54	2.0	54	92	1	184	17	18	16	47	1.83
251594--251715	49	2.6	46	83	7	147	30	19	27	22	1.98
251761--252432	28	23.5	28	82	6	740	24	17	29	28	1.97
251746--252432	86	8.0	86	83	5	795	24	18	29	28	1.98
251783--252432	114	5.7	114	87	2	894	24	17	29	28	1.97
253628--253673	23	2.0	23	91	4	74	2	2	13	82	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11