genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1400860--1400975	51	2.2	52	87	1	171	28	16	13	41	1.86
1401620--1401670	19	2.6	20	87	3	68	31	19	15	33	1.93
1401600--1401671	20	3.7	19	79	7	74	29	18	15	37	1.91
1409393--1409450	19	3.0	19	84	2	80	31	17	17	34	1.93
1412950--1413075	67	1.9	67	84	6	170	26	30	19	24	1.98
1412953--1413075	34	3.8	33	81	6	153	26	30	19	23	1.98
1413047--1413215	61	2.7	62	86	2	241	27	22	15	33	1.95
1413046--1413237	62	3.1	61	82	3	233	25	21	16	36	1.93
1413310--1413410	52	1.9	53	88	6	152	26	27	15	29	1.96
1416953--1417343	199	2.0	199	98	0	755	29	23	18	28	1.98
1419242--1419494	133	1.9	134	83	7	327	30	27	8	33	1.86
1424886--1424946	31	2.0	31	83	6	79	24	18	29	27	1.98
1425707--1425749	22	2.0	22	95	0	77	30	6	39	23	1.81
1425851--1425960	52	2.1	52	91	0	184	32	12	28	26	1.93
1425958--1426215	20	11.8	20	67	21	117	29	16	13	40	1.87
1426091--1426246	51	3.3	51	69	23	158	26	17	13	41	1.87
1425957--1426246	91	3.2	91	93	1	492	28	17	13	40	1.87
1426201--1426276	31	2.5	31	95	0	134	26	19	11	42	1.86
1427926--1427954	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
1440248--1440350	10	9.7	10	74	16	75	80	12	3	2	0.96
1440265--1440350	11	7.6	11	78	17	63	80	13	4	1	0.93
1440288--1440350	25	2.5	24	75	10	56	82	12	3	1	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440248--1440339	40	2.3	40	83	12	109	80	11	4	3	0.98
1441599--1441922	28	11.5	28	89	2	434	29	34	16	19	1.94
1441597--1441959	28	12.7	28	84	5	262	29	33	16	20	1.95
1442884--1443140	20	11.8	20	72	16	181	29	16	12	41	1.85
1442884--1443139	40	5.8	40	73	18	224	29	16	12	41	1.85
1442873--1443190	91	3.5	91	92	0	521	29	17	12	40	1.86
1443018--1443190	51	3.6	49	73	17	159	30	17	12	39	1.86
1444820--1444848	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
1450265--1450313	26	1.9	26	83	4	64	44	16	18	20	1.86
1454356--1454425	34	2.1	34	91	0	113	42	10	20	27	1.83
1457033--1457080	20	2.3	20	82	3	60	31	12	10	45	1.76
1460151--1460189	18	2.0	20	85	9	55	0	17	0	82	0.68
1460676--1461097	165	2.6	162	82	5	490	52	8	9	30	1.62
1462873--1463463	166	3.6	165	85	3	751	28	11	8	52	1.65
1462878--1463551	165	4.1	165	83	5	476	28	11	8	51	1.67
1462902--1463549	331	2.0	329	80	5	745	28	11	8	51	1.68
1465605--1465678	20	3.8	20	78	1	87	32	10	13	43	1.79
1469569--1470147	155	3.7	152	80	6	581	22	16	21	40	1.91
1472109--1472174	33	2.0	33	82	5	80	40	6	9	43	1.61
1479301--1479358	12	4.7	12	76	19	57	36	3	1	58	1.25
1479312--1479359	13	3.8	13	78	15	55	35	4	0	60	1.16
1479574--1479617	22	1.9	23	86	9	63	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479602--1479632	16	1.9	16	93	0	53	70	3	0	25	1.02
1479720--1479755	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
1480061--1480107	6	7.5	6	83	9	58	78	2	6	12	1.02
1480059--1480101	13	3.5	11	82	17	50	76	0	6	16	0.99
1480206--1480280	18	3.9	18	75	15	53	49	2	0	48	1.15
1481001--1481126	17	7.2	16	69	19	51	46	1	0	52	1.10
1481020--1481113	12	8.4	12	68	20	53	48	1	0	50	1.07
1481011--1481111	21	4.5	22	70	14	73	47	0	0	51	1.07
1481650--1481695	17	2.8	17	78	18	53	69	6	6	17	1.32
1483594--1483635	21	2.0	22	90	4	68	52	2	0	45	1.13
1486026--1486054	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
1492345--1492406	33	1.9	32	86	3	88	38	17	16	27	1.91
1492762--1492978	109	2.0	109	93	0	371	20	20	27	32	1.97
1493204--1493342	52	2.7	52	85	3	190	44	14	15	25	1.84
1493305--1493361	20	2.8	20	86	2	78	49	12	14	24	1.77
1494186--1494279	42	2.2	42	83	3	109	43	9	27	19	1.82
1494077--1494339	144	1.8	144	84	3	357	39	13	23	23	1.91
1494286--1495155	62	13.9	62	86	1	1067	31	18	25	24	1.98
1495052--1495254	101	2.0	99	84	6	266	33	20	25	21	1.97
1495156--1495432	62	4.5	62	86	0	347	28	22	25	23	1.99
1494993--1495318	163	2.0	163	87	2	467	31	19	26	22	1.98
1494930--1495380	225	2.0	226	88	1	672	31	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1495208--1495653	225	2.0	224	84	3	592	30	20	26	23	1.98
1495272--1495590	163	2.0	163	84	1	415	30	20	26	22	1.98
1494867--1495689	287	2.9	283	84	4	1042	31	19	25	23	1.98
1495433--1495692	61	4.2	62	83	2	289	33	17	25	23	1.96
1495340--1495530	101	1.9	101	86	0	274	29	21	27	21	1.99
1495435--1495692	123	2.1	123	85	7	337	34	17	25	22	1.96
1502371--1502465	20	4.8	19	81	12	104	35	15	16	31	1.91
1503076--1503343	79	3.4	78	82	2	315	37	12	23	26	1.90
1505469--1505574	20	4.8	20	69	26	79	29	16	12	42	1.84
1505489--1505624	51	2.7	51	88	4	186	27	18	12	41	1.86
1518932--1518982	14	3.8	13	82	7	57	86	7	3	1	0.77
1518935--1518988	25	2.2	25	86	3	74	85	7	3	3	0.83
1518948--1518988	19	2.3	17	87	8	55	87	4	2	4	0.72
1520230--1520746	30	17.4	29	82	9	535	29	31	17	21	1.96
1520230--1520746	61	8.7	58	83	6	526	29	31	17	21	1.96
1520734--1520783	25	2.0	25	88	0	73	34	28	18	20	1.95
1521720--1521865	20	6.8	20	75	18	132	30	15	11	42	1.83
1525828--1525942	50	2.2	52	86	3	153	46	12	13	27	1.78
1529132--1529197	33	2.0	33	88	5	98	40	10	15	33	1.81
1530757--1530787	15	2.1	15	93	0	53	6	29	0	64	1.18
1530996--1531111	14	8.2	14	71	1	79	29	16	20	33	1.95
1531058--1531114	15	3.9	15	81	2	64	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1531863--1531889	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1531963--1532013	20	2.5	20	100	0	102	35	11	17	35	1.87
1538179--1538218	13	3.1	13	88	0	62	27	10	17	45	1.80
1540687--1540760	20	3.8	20	85	10	116	33	14	17	33	1.91
1540687--1540761	39	1.9	39	97	0	141	34	14	17	33	1.90
1540789--1540842	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1543858--1544177	134	2.4	134	77	4	306	25	24	13	36	1.92
1545172--1545198	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1553941--1553997	19	2.9	19	89	10	80	35	15	15	33	1.90
1553958--1554022	32	2.0	32	84	3	85	41	13	15	29	1.86
1555002--1555252	15	17.2	15	76	4	142	26	13	22	36	1.92
1554959--1555252	29	10.1	29	72	7	143	26	13	23	36	1.92
1555010--1555178	58	2.9	58	84	5	207	28	13	23	34	1.92
1556094--1556137	20	2.2	21	88	8	65	0	22	0	77	0.77
1556097--1556136	11	3.9	11	78	18	50	0	25	0	75	0.81
1558513--1558548	18	1.9	18	88	5	54	25	0	5	69	1.10
1558560--1558589	13	2.2	14	94	5	53	40	0	0	60	0.97
1560450--1560505	19	2.9	19	86	2	76	35	14	17	32	1.90
1560471--1560535	32	2.0	32	88	8	96	41	12	15	30	1.84
1561247--1561280	18	1.9	18	88	5	52	58	14	17	8	1.61
1562935--1562973	13	3.0	13	88	0	60	35	15	12	35	1.86
1569208--1569263	19	2.9	19	86	2	76	35	14	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1571900--1572810	155	5.9	154	74	8	648	39	16	16	27	1.90
1573264--1573315	22	2.3	23	83	9	63	57	19	0	23	1.40
1574418--1574454	18	2.0	20	89	10	60	70	2	2	24	1.14
1577677--1577701	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1582337--1582368	16	2.0	16	100	0	64	31	6	31	31	1.82
1583101--1583143	21	2.1	20	82	4	50	32	16	11	39	1.84
1583972--1584074	19	5.6	19	71	17	101	33	18	12	35	1.89
1583967--1584076	32	3.2	32	82	14	139	32	18	11	37	1.87
1583991--1584015	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1584023--1584095	21	3.6	21	75	7	87	28	16	13	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11