genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761620--761735	52	2.2	52	79	10	132	37	12	18	31	1.88
761740--761796	28	2.0	28	82	0	69	36	19	21	22	1.95
761826--761898	28	2.6	28	85	12	98	26	21	31	20	1.98
761887--762028	51	2.8	51	77	1	151	33	13	23	29	1.93
764372--764528	20	7.8	20	69	25	89	40	14	17	27	1.89
764391--764421	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
764372--764441	33	2.1	33	94	0	122	40	14	17	28	1.88
764352--764510	53	3.1	52	76	14	159	39	13	17	28	1.88
766154--766358	78	2.6	78	84	1	250	28	16	30	24	1.97
766310--766381	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
766392--766703	52	5.9	52	69	14	174	33	12	25	29	1.93
766513--766594	27	3.0	28	82	10	98	26	21	29	21	1.99
766314--766708	212	1.9	212	88	3	607	31	13	26	28	1.94
766585--766703	51	2.3	54	84	7	147	33	11	22	31	1.90
769075--769100	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
769054--769120	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
769140--769207	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
769162--769186	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
769143--769205	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
770693--770914	79	2.8	77	82	5	248	30	22	13	33	1.92
770870--770966	51	1.9	51	91	0	158	31	22	10	35	1.88
770950--771024	28	2.7	28	91	8	118	24	32	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770823--771155	158	2.1	156	81	4	373	27	26	14	31	1.95
771114--771281	79	2.1	80	86	5	234	29	23	12	34	1.91
783703--783768	1	66.0	1	75	0	60	87	12	0	0	0.53
783706--783768	8	7.9	8	86	10	85	87	12	0	0	0.55
783703--783765	13	4.8	13	94	3	101	87	12	0	0	0.55
783706--783765	21	3.0	21	86	13	90	86	13	0	0	0.57
783703--783768	12	5.5	12	82	10	82	87	12	0	0	0.53
784875--785430	61	9.1	61	81	6	631	25	27	19	28	1.99
784875--785432	125	4.6	123	86	4	729	25	27	19	28	1.99
785409--785795	37	9.9	38	68	16	134	16	28	12	42	1.85
785396--785890	160	3.1	159	88	3	714	17	27	12	42	1.86
785774--786042	41	6.3	40	75	13	146	21	24	10	44	1.83
789143--789306	51	3.2	50	86	7	224	31	25	10	32	1.89
789290--789364	28	2.7	27	84	10	89	25	28	18	28	1.98
789350--789468	51	2.3	51	82	2	132	30	26	11	31	1.92
789438--789628	79	2.4	79	86	3	260	28	24	13	34	1.92
789451--789628	78	2.2	80	88	4	263	28	24	14	33	1.94
793031--793179	52	2.9	51	88	4	226	30	17	18	33	1.94
793168--793192	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
793233--793299	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
793255--793279	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
793665--793737	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793683--793758	21	3.7	21	78	3	100	43	11	15	28	1.83
793665--793758	41	2.3	41	100	0	188	40	12	17	29	1.86
793797--793822	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
796038--796082	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
797886--797916	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
799930--800008	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
799995--800033	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
802476--802548	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
802494--802569	21	3.7	21	78	3	100	43	11	15	28	1.83
802476--802569	41	2.3	41	100	0	188	40	12	17	29	1.86
802608--802633	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
804052--804178	67	1.9	68	80	4	150	38	13	24	23	1.91
804128--804321	52	3.8	52	78	9	165	32	17	24	25	1.96
804238--804321	43	2.0	43	95	0	150	25	19	27	28	1.98
804321--804458	33	4.2	33	87	4	208	21	17	34	26	1.95
804454--804756	34	9.4	34	74	14	198	35	11	32	21	1.88
804461--804772	61	4.8	68	85	7	264	34	11	32	22	1.89
804601--804712	27	3.9	27	77	15	125	27	13	35	23	1.92
804561--804747	61	3.1	61	96	0	347	32	12	33	21	1.91
804768--804923	29	5.4	29	79	6	163	24	17	26	31	1.97
804787--804863	27	2.7	27	84	6	91	16	20	32	29	1.95
804774--804923	57	2.6	59	79	6	162	24	18	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804768--804927	30	5.5	30	79	6	134	25	16	26	31	1.97
806365--806495	1	131.0	1	78	0	127	0	0	11	88	0.51
806365--806495	19	7.2	18	83	6	158	0	0	11	88	0.51
806365--806496	43	3.1	42	89	7	198	0	0	12	87	0.53
806365--806492	67	1.9	67	90	4	206	0	0	11	88	0.52
816189--816215	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
820360--820508	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
820497--820521	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
820562--820628	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
820584--820608	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
825746--825799	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
825828--825882	19	2.8	20	86	5	76	38	18	12	30	1.88
825868--825894	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
828183--828230	20	2.4	20	96	0	87	45	18	6	29	1.74
831162--831230	14	4.7	14	75	16	68	73	1	14	10	1.15
832906--832946	21	2.0	21	85	4	57	51	0	0	48	1.00
832878--832938	25	2.4	26	86	2	79	39	1	0	59	1.08
832896--832947	25	2.1	25	85	3	70	50	0	0	50	1.00
832998--833060	33	1.9	33	93	0	108	52	15	6	25	1.66
833635--833723	11	8.2	11	73	10	58	50	0	2	47	1.13
833640--833680	16	2.6	16	88	3	66	48	0	0	51	1.00
835341--835401	28	2.1	29	82	17	74	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837054--837094	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
837540--837596	20	2.8	20	75	2	60	63	0	1	35	1.05
837575--837634	26	2.3	27	82	8	70	58	1	0	40	1.08
837594--837645	26	2.1	23	89	10	77	51	1	0	46	1.12
837667--837710	17	2.5	18	79	17	56	56	2	0	40	1.11
837552--837727	93	1.9	90	79	11	196	57	1	1	40	1.13
837769--837793	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
838665--838708	20	2.0	21	87	12	63	40	0	0	59	0.98
838625--838743	54	2.3	51	80	17	124	37	0	0	61	1.02
838713--838772	24	2.5	24	81	7	70	26	0	3	70	1.03
838724--838767	12	3.7	12	84	9	63	27	0	2	70	0.99
838810--838852	17	2.4	18	80	3	52	44	0	0	55	0.99
838769--838936	82	2.0	82	80	4	187	39	4	4	51	1.42
839046--839080	17	2.1	17	89	5	54	31	0	0	68	0.90
840494--840748	128	2.0	129	92	2	424	41	5	4	48	1.47
842165--842256	34	2.7	34	82	1	112	25	6	15	53	1.65
842562--842613	17	3.1	17	71	18	54	42	0	0	57	0.98
843296--843326	10	3.1	10	95	0	53	32	0	0	67	0.91
844022--844046	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
844686--844767	33	2.5	33	82	6	94	39	0	0	60	0.96
848303--848360	2	29.0	2	89	0	89	48	0	50	1	1.11
849497--849547	26	1.9	27	88	11	79	29	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849666--849699	11	3.1	11	95	0	59	50	0	0	50	1.00
849669--849720	25	2.0	25	89	10	79	50	0	0	50	1.00
850129--850175	20	2.3	20	78	7	51	48	2	2	46	1.25
854480--854552	28	2.6	28	89	4	103	24	28	19	27	1.98
854508--854835	79	4.1	79	79	6	238	26	25	15	32	1.95
854504--854835	158	2.1	157	81	8	379	26	25	15	32	1.95
859595--859656	30	2.1	30	93	6	108	37	24	22	16	1.94
861023--861979	61	15.6	60	83	4	1047	24	25	18	30	1.98
861023--861965	123	7.7	122	82	5	1046	25	25	18	29	1.98
862154--862242	41	2.1	42	83	6	110	28	20	8	42	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11