genome.fa.s198.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold198
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1239045--1239301	143	1.8	143	88	0	399	35	11	15	37	1.84
1240378--1240433	20	2.8	20	94	0	85	37	10	17	33	1.85
1248912--1249049	30	4.5	30	71	16	120	22	29	15	31	1.95
1248963--1249026	29	2.2	30	82	2	76	25	32	12	29	1.92
1248866--1249049	94	2.0	94	87	0	269	23	31	13	31	1.93
1249083--1249360	33	8.5	33	80	7	305	20	26	10	42	1.85
1249083--1249360	99	2.8	97	85	4	371	20	26	10	42	1.85
1249083--1249374	65	4.4	65	83	3	327	19	26	11	42	1.86
1249385--1249901	32	16.3	31	74	11	226	31	29	16	22	1.96
1249451--1249889	94	4.6	95	73	8	286	31	30	17	21	1.96
1249386--1249889	31	15.8	32	75	9	309	31	29	17	21	1.96
1249485--1249889	32	12.7	33	79	7	308	30	29	18	21	1.96
1249390--1249889	63	7.8	65	75	7	357	31	29	17	21	1.96
1249981--1250156	52	3.4	52	80	6	205	23	25	14	35	1.93
1250106--1250310	61	3.4	61	81	5	238	25	24	11	38	1.89
1252286--1252359	19	3.7	19	76	8	60	28	16	18	36	1.93
1252389--1252443	20	2.8	18	82	15	65	36	10	21	30	1.88
1261052--1261106	19	2.8	20	88	5	76	30	14	18	36	1.91
1265747--1266999	105	11.9	104	75	10	891	31	22	10	35	1.88
1270299--1270365	33	2.0	33	97	0	125	26	14	28	29	1.96
1270447--1270498	23	2.2	23	86	10	70	46	0	13	40	1.43
1270625--1271065	219	2.0	219	93	0	749	35	10	19	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1273651--1273707	20	2.8	20	76	10	71	38	10	21	29	1.87
1274106--1274149	23	1.9	23	90	9	72	29	11	20	38	1.87
1284938--1284964	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1284949--1285004	19	2.9	19	78	2	67	28	19	16	35	1.93
1286656--1286697	10	4.4	10	76	11	52	40	14	11	33	1.82
1287741--1287765	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1291765--1291807	21	2.0	21	86	0	59	44	0	25	30	1.55
1292990--1293169	89	2.0	89	97	0	342	30	8	24	36	1.86
1293633--1294163	73	7.3	71	75	10	312	30	14	26	29	1.95
1293621--1294152	146	3.7	144	76	10	453	30	13	26	28	1.94
1295405--1295980	158	3.7	155	80	4	593	38	21	15	23	1.92
1296643--1297067	161	2.6	162	86	4	604	40	10	12	36	1.78
1298579--1298872	161	1.8	162	81	10	368	47	9	14	27	1.75
1301540--1302023	42	11.5	41	73	7	205	37	17	26	18	1.93
1301548--1301790	83	2.9	81	77	10	247	36	18	26	18	1.94
1301951--1302108	43	3.7	43	83	0	183	36	18	29	15	1.92
1302044--1302367	65	5.0	65	68	18	226	34	15	30	19	1.93
1302122--1302302	43	4.2	43	84	5	224	34	16	30	18	1.93
1302003--1302216	108	2.0	108	83	3	270	36	15	28	18	1.92
1301971--1302259	151	1.9	151	84	2	384	36	16	28	18	1.93
1301970--1302496	194	2.7	194	91	0	804	35	15	29	20	1.93
1302303--1302523	43	5.1	43	80	5	259	34	13	28	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1302211--1302410	108	1.9	108	84	4	269	34	14	30	22	1.93
1302165--1302453	151	1.9	151	80	5	343	35	13	29	21	1.92
1302303--1302554	43	5.9	41	77	8	170	34	13	28	23	1.93
1302576--1302779	42	4.9	41	76	10	121	38	17	25	18	1.92
1302855--1302948	44	2.1	42	79	11	107	37	11	27	23	1.90
1303264--1303431	89	1.9	88	84	6	223	30	13	27	27	1.94
1304806--1304855	18	2.8	18	85	8	59	4	22	0	74	0.99
1305828--1305895	20	3.8	20	74	25	87	36	17	11	33	1.86
1305826--1305907	13	7.2	13	70	29	80	37	18	12	31	1.87
1305826--1305907	33	2.5	33	100	0	164	37	18	12	31	1.87
1305957--1305982	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1306507--1306585	22	3.5	22	74	3	77	26	30	5	37	1.78
1310154--1310359	78	2.6	78	81	2	216	30	16	29	23	1.97
1310313--1310382	28	2.5	27	86	4	86	25	18	32	22	1.97
1312792--1312817	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1316350--1316375	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1316329--1316395	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1316486--1316564	21	3.8	21	84	5	106	32	12	16	37	1.86
1322165--1322229	33	2.0	32	85	11	87	36	16	15	30	1.90
1322191--1322228	20	1.9	20	88	0	58	39	18	13	28	1.88
1322258--1322313	19	2.9	19	89	2	76	35	16	17	30	1.92
1322298--1322323	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1327239--1327888	167	3.9	166	74	7	503	50	8	13	28	1.70
1339028--1339084	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
1339041--1339103	19	3.6	19	76	24	84	33	15	12	38	1.86
1339013--1339103	32	2.8	32	94	1	155	32	15	13	38	1.86
1340659--1340714	21	2.7	21	77	5	60	35	12	16	35	1.86
1340807--1340873	34	2.0	33	88	2	98	26	16	11	44	1.82
1343219--1343335	51	2.4	51	86	12	156	30	24	12	31	1.93
1343319--1343393	27	2.7	27	87	2	105	25	29	20	25	1.99
1343346--1343525	80	2.3	80	85	4	231	26	28	16	29	1.97
1343458--1343626	52	3.3	50	80	8	187	30	27	10	30	1.90
1343614--1343684	28	2.5	28	86	4	90	22	32	18	26	1.97
1343246--1343814	290	2.0	284	85	4	766	27	26	13	31	1.94
1343639--1343842	78	2.6	78	82	2	230	24	28	16	30	1.97
1353093--1353117	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1353075--1353136	32	2.0	32	93	3	108	38	14	16	30	1.88
1353126--1353166	20	2.0	20	90	4	64	17	19	21	41	1.90
1353689--1353739	23	2.3	22	86	6	75	39	21	1	37	1.65
1360276--1360300	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1360337--1360502	32	5.1	32	98	0	305	34	18	12	34	1.87
1360361--1360482	13	7.9	13	70	29	73	33	18	13	35	1.89
1361049--1361102	7	7.7	7	79	8	65	81	1	1	14	0.86
1361049--1361102	15	3.9	14	79	16	58	81	1	1	14	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1361160--1361217	6	9.3	6	77	7	53	74	1	1	22	1.01
1361159--1361214	13	4.4	13	75	4	51	75	1	1	21	0.99
1361159--1361236	32	2.4	32	84	0	102	69	1	2	26	1.09
1361357--1361415	22	2.7	22	83	0	64	42	1	10	45	1.48
1362134--1362260	67	1.9	68	85	1	175	38	12	24	24	1.90
1362250--1362814	43	12.0	52	73	20	292	32	17	24	25	1.97
1362277--1362825	92	5.9	92	93	3	892	31	17	24	25	1.97
1362820--1362989	32	5.2	33	83	6	222	20	17	33	28	1.95
1362813--1362985	65	2.7	63	84	4	231	20	17	32	29	1.95
1362991--1363649	34	20.8	34	74	15	522	32	13	34	20	1.91
1363260--1363649	27	13.0	27	69	18	204	30	13	35	21	1.91
1363226--1363645	61	6.9	61	92	0	639	30	12	35	20	1.90
1363027--1363645	122	4.9	122	87	5	733	31	12	35	20	1.90
1363026--1363645	183	3.3	183	86	5	771	31	12	35	20	1.90
1364523--1364595	8	8.6	8	74	16	58	0	10	8	80	0.89
1364534--1364595	27	2.3	28	86	10	85	0	9	9	80	0.90
1364834--1364875	17	2.5	17	88	7	59	0	2	14	83	0.75
1376107--1376141	3	11.7	3	100	0	70	34	0	34	31	1.58
1381050--1381075	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
1383151--1383206	19	2.8	20	78	5	69	28	14	16	41	1.87
1390750--1390774	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1390729--1390794	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1392228--1392355	51	2.5	52	94	1	222	29	17	17	35	1.93
1392364--1392388	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1392429--1392453	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1392408--1392473	32	2.0	33	91	2	107	37	16	10	34	1.83
1393979--1394003	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1394044--1394068	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1394023--1394088	32	2.0	33	91	2	107	37	16	10	34	1.83
1394816--1394859	23	1.9	23	100	0	88	38	4	13	43	1.65
1396083--1396314	84	2.8	81	79	12	245	33	11	22	31	1.90
1400751--1400804	20	2.6	21	80	11	67	40	12	16	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11