genome.fa.s221.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold221
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2539808

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  17  of  19  ( 2279 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168703--2168769	10	6.5	10	76	10	55	52	2	0	44	1.16
2168864--2168925	16	3.8	16	83	8	81	58	0	0	41	0.98
2172254--2172329	23	3.2	23	62	17	55	19	22	6	51	1.70
2172245--2172342	49	2.0	49	100	0	196	20	22	6	51	1.69
2174434--2174508	28	2.6	27	79	10	69	42	1	1	54	1.17
2178245--2178379	16	8.0	17	70	16	84	42	1	1	54	1.18
2178245--2178293	17	2.9	16	85	11	62	38	0	2	59	1.09
2178253--2178342	27	3.1	27	75	21	69	44	1	0	54	1.07
2178279--2178362	33	2.5	33	84	7	98	44	2	1	52	1.21
2178252--2178386	33	4.2	31	76	13	87	42	1	0	54	1.14
2178293--2178345	23	2.3	23	77	6	54	49	1	0	49	1.12
2181397--2181442	22	2.1	22	95	0	83	19	21	10	47	1.80
2186607--2186652	3	15.7	3	86	4	67	0	32	2	65	1.05
2189714--2189755	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2192798--2192848	23	2.3	21	78	15	57	39	1	1	56	1.22
2192922--2192950	14	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
2196562--2196715	10	15.7	10	67	20	60	62	0	0	37	1.00
2196588--2196713	39	3.6	34	78	13	114	61	0	0	38	1.02
2196551--2196709	56	2.8	55	75	15	162	62	0	0	36	1.00
2197189--2197222	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2203744--2203812	36	1.9	36	93	0	120	33	2	13	50	1.56
2203744--2203800	18	3.2	18	67	18	55	31	3	12	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203757--2203897	63	2.2	65	83	6	171	41	2	6	49	1.43
2203757--2203897	32	4.4	32	78	13	121	41	2	6	49	1.43
2205979--2206020	2	21.5	2	95	4	77	50	0	50	0	1.00
2206385--2206416	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2207723--2207768	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2208045--2208089	14	3.3	14	77	22	51	46	0	6	46	1.29
2208494--2208556	26	2.5	25	86	2	81	41	0	0	58	0.98
2208494--2208562	25	2.7	26	86	4	88	43	0	0	56	0.99
2208526--2208620	38	2.6	38	76	15	108	48	0	0	51	1.00
2208660--2208734	31	2.4	30	80	8	71	56	0	1	42	1.08
2208680--2208745	24	2.6	25	75	15	66	59	0	0	40	0.98
2209130--2209154	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2209982--2210032	27	1.9	27	84	11	70	50	3	1	43	1.31
2210144--2210194	19	2.6	20	79	11	61	49	1	0	49	1.12
2210143--2210195	21	2.5	22	80	17	60	49	1	0	49	1.12
2225452--2225507	21	2.7	21	77	2	60	60	0	0	39	0.97
2226962--2227029	11	6.2	11	78	11	68	35	1	0	63	1.04
2226961--2227028	5	13.6	5	73	17	61	36	1	0	61	1.05
2226946--2227019	25	2.9	25	77	18	80	36	2	0	60	1.11
2226961--2227037	27	2.8	27	84	11	86	37	1	0	61	1.05
2226969--2227043	20	3.7	20	73	20	57	37	1	0	61	1.05
2227008--2227052	20	2.2	20	84	7	56	37	2	2	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227247--2227344	26	3.5	26	69	18	63	45	0	0	54	1.00
2227322--2227372	22	2.4	22	81	12	61	41	0	0	58	0.98
2227768--2227795	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2227768--2227808	20	2.0	21	95	4	75	58	0	0	41	0.98
2227807--2227892	22	3.7	23	78	14	79	59	0	0	40	0.97
2227940--2227979	13	2.9	13	85	10	53	70	0	0	30	0.88
2228860--2228910	25	2.0	26	84	3	68	49	3	0	47	1.20
2230477--2230529	26	2.0	26	85	7	70	56	0	1	41	1.10
2231113--2231137	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2231550--2231597	24	2.2	24	82	14	59	39	0	2	58	1.10
2231667--2231719	20	2.8	20	86	8	67	58	0	0	41	0.98
2234090--2234115	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
2235609--2235636	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2238708--2238733	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2238856--2238915	15	3.9	15	76	8	66	50	1	0	48	1.11
2238860--2238931	32	2.3	32	97	2	137	51	1	0	47	1.09
2238879--2238951	16	4.5	16	76	13	69	54	1	0	43	1.08
2238937--2239010	33	2.2	33	76	11	80	50	0	0	50	1.00
2238969--2239009	20	2.0	21	86	13	59	43	0	0	56	0.99
2238997--2239033	18	1.9	19	89	10	58	67	0	0	32	0.91
2239862--2239922	28	2.2	27	80	11	70	55	0	1	42	1.09
2239869--2239923	28	2.0	28	85	7	76	52	0	1	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240301--2240360	16	4.1	15	72	25	56	45	0	0	55	0.99
2240306--2240360	28	2.0	28	96	0	101	47	0	0	52	1.00
2240302--2240359	15	4.0	16	72	20	56	46	0	0	53	1.00
2240398--2240495	20	5.2	19	77	12	87	47	0	0	52	1.00
2240412--2240454	18	2.5	17	81	7	50	46	0	0	53	1.00
2241302--2241339	18	2.2	17	90	4	58	13	42	0	44	1.43
2243454--2243687	78	3.0	78	94	0	396	46	6	11	35	1.66
2245814--2245920	54	2.0	54	90	0	169	34	18	20	26	1.96
2248116--2248181	2	33.5	2	81	3	80	40	0	7	51	1.30
2248122--2248181	18	3.5	18	93	6	99	40	0	8	51	1.32
2248232--2248277	2	23.5	2	82	4	58	41	0	6	52	1.27
2248140--2248357	96	2.3	95	92	7	377	41	6	11	40	1.68
2248238--2248277	18	2.3	17	95	4	71	40	0	7	52	1.30
2248256--2248439	80	2.4	76	94	3	314	40	8	13	37	1.74
2250570--2250641	30	2.4	30	78	15	78	45	0	1	52	1.09
2251042--2251088	11	4.6	10	78	21	53	38	2	0	59	1.09
2251097--2251142	22	2.2	22	84	7	60	56	0	0	43	0.99
2251141--2251203	24	2.6	25	75	12	67	33	6	0	60	1.22
2263911--2263946	16	2.1	19	85	15	51	41	0	0	58	0.98
2263916--2263978	20	2.8	22	75	24	69	44	0	0	55	0.99
2267115--2267146	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2268062--2268113	27	1.9	27	84	7	70	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268079--2268125	14	3.0	15	75	22	51	44	0	0	55	0.99
2268057--2268199	17	8.5	17	67	16	59	39	1	0	58	1.12
2268144--2268207	21	3.1	22	75	22	68	34	0	0	65	0.93
2268149--2268189	8	4.7	9	82	11	50	31	0	0	68	0.90
2268142--2268207	27	2.4	27	80	12	73	34	0	0	65	0.93
2268492--2268550	25	2.4	25	85	0	73	33	3	8	54	1.48
2269561--2269630	10	6.9	10	71	9	61	44	1	0	54	1.09
2269560--2269664	52	2.0	52	87	5	151	40	3	1	53	1.30
2269560--2269631	19	4.1	19	68	26	68	43	1	0	55	1.08
2269567--2269634	32	2.1	32	81	10	77	41	1	0	57	1.08
2269791--2269840	21	2.4	21	83	6	57	46	2	0	52	1.12
2271390--2271436	23	2.0	24	83	8	60	46	0	0	53	1.00
2274387--2274416	11	2.6	11	94	5	51	26	0	0	73	0.84
2275416--2275503	6	14.2	6	70	19	56	57	0	1	40	1.06
2278309--2278339	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2280041--2280152	5	21.8	5	68	15	50	50	2	0	46	1.21
2280041--2280152	21	5.2	21	72	17	86	50	2	0	46	1.21
2280058--2280159	6	17.3	6	69	21	56	53	1	0	44	1.11
2280056--2280158	16	6.2	16	74	12	84	52	1	0	45	1.12
2280038--2280167	67	2.0	65	89	3	197	51	3	1	43	1.26
2280410--2280449	19	2.2	18	95	4	71	35	0	0	65	0.93
2280453--2280512	25	2.4	26	77	8	61	33	5	5	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282152--2282186	5	7.0	5	90	9	54	80	0	20	0	0.72
2283355--2283388	3	11.3	3	87	0	50	0	26	5	67	1.13
2284351--2284388	17	2.3	17	90	4	60	50	0	0	50	1.00
2284439--2284473	17	2.1	17	89	10	54	51	2	8	37	1.47
2286189--2286219	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2286324--2286382	31	1.9	30	86	3	82	35	0	6	57	1.25
2287395--2287448	19	2.8	19	76	15	58	33	0	1	64	1.04
2287559--2287614	22	2.5	22	78	18	62	48	0	0	51	1.00
2287480--2287759	136	2.1	137	93	0	481	47	2	2	47	1.29
2287508--2287728	68	3.3	67	69	17	202	46	3	1	48	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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