genome.fa.s221.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold221
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2539808

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  6  of  19  ( 2279 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713543--713592	20	2.4	22	87	9	70	34	0	2	64	1.05
713574--713605	15	2.1	16	94	5	57	31	0	0	68	0.90
713592--713658	12	6.1	12	74	22	58	49	0	0	50	1.00
713597--713658	27	2.3	28	78	10	67	51	0	0	48	1.00
715400--715439	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
716170--716206	13	2.8	14	80	16	51	51	0	0	48	1.00
721872--721918	14	3.4	14	85	2	60	65	0	0	34	0.93
721880--721916	19	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
721877--721927	14	3.2	16	81	10	52	64	1	0	33	1.05
723034--723084	18	2.8	18	78	3	57	64	1	3	29	1.22
723153--723178	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
723549--723580	11	2.6	13	85	14	50	56	0	0	43	0.99
732535--732570	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
735366--735399	15	2.3	15	89	0	50	47	32	0	20	1.51
735361--735393	5	6.6	5	100	0	66	42	36	0	21	1.53
735786--735843	20	2.7	22	76	10	66	50	0	1	48	1.11
735774--735860	42	2.1	42	80	8	97	45	2	3	48	1.32
736424--736475	25	2.2	24	86	10	72	51	3	0	44	1.19
736530--736581	26	2.0	26	88	0	77	34	25	11	28	1.91
738352--738418	30	2.3	30	87	7	93	55	2	5	35	1.40
753561--753645	20	4.5	19	74	8	66	40	2	2	55	1.26
753640--753695	15	3.9	15	79	9	71	50	7	0	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753635--753688	28	1.9	28	100	0	108	50	7	0	42	1.30
753640--753701	8	8.5	8	75	18	55	50	6	0	43	1.28
753639--753701	15	4.4	14	76	13	65	49	6	0	44	1.28
753879--753966	19	5.1	18	72	22	55	37	0	3	59	1.15
753934--753991	19	2.8	22	75	19	61	31	0	0	68	0.89
753934--753991	10	5.6	11	76	13	61	31	0	0	68	0.89
753948--753997	14	3.3	15	78	21	50	30	2	0	68	1.01
756473--756497	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
758086--758147	26	2.4	26	79	10	74	54	0	1	43	1.09
760139--760232	30	3.2	28	81	13	109	60	0	1	38	1.04
760177--760234	31	1.9	31	89	3	91	65	0	0	34	0.93
760202--760255	22	2.6	20	86	11	81	62	0	0	37	0.95
761264--761318	28	2.0	28	85	7	76	36	1	0	61	1.06
761276--761333	18	3.2	18	75	4	55	34	1	0	63	1.04
761276--761336	17	3.6	16	72	14	50	34	1	0	63	1.04
761773--761837	32	2.0	33	90	3	105	55	1	1	41	1.18
762109--762174	25	2.8	24	69	24	59	53	1	0	45	1.09
762415--762446	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
763211--763263	24	2.1	26	82	6	65	47	3	1	47	1.31
763730--763869	71	2.0	71	91	1	228	52	10	0	37	1.37
763848--763922	18	4.3	18	66	16	50	44	1	1	53	1.17
764139--764239	53	1.9	52	90	6	159	34	5	35	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764134--764246	53	2.2	51	81	13	149	35	6	37	21	1.78
781613--781660	22	2.4	19	80	13	53	41	2	0	56	1.11
781853--781893	17	2.3	19	83	12	59	58	0	0	41	0.98
782252--782287	10	3.5	10	88	7	54	58	8	5	27	1.50
782251--782284	11	3.2	11	87	8	52	58	8	5	26	1.51
783145--783187	22	1.9	23	85	4	61	58	0	0	41	0.98
790444--790482	19	2.0	19	90	5	60	46	0	0	53	1.00
792907--792965	30	2.0	30	93	0	100	42	6	11	38	1.68
793011--793056	22	2.1	21	84	4	56	58	6	0	34	1.24
793536--793562	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
796683--796714	2	16.5	2	93	6	57	53	46	0	0	1.00
797178--797209	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
799393--799419	4	6.8	4	100	0	54	0	74	0	25	0.83
799417--799454	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
800371--800420	25	2.0	25	96	3	93	32	16	10	42	1.81
800831--800874	23	2.0	23	86	4	63	40	0	0	59	0.98
802044--802079	2	18.0	2	94	0	63	47	2	0	50	1.15
804760--804798	9	4.1	9	86	6	51	46	5	10	38	1.60
809230--809268	20	2.0	20	84	0	51	41	0	2	56	1.13
809244--809294	22	2.2	24	82	6	70	47	0	1	50	1.12
809264--809343	27	3.0	27	78	10	85	48	0	0	51	1.00
809553--809586	17	1.9	18	94	5	61	20	2	0	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810594--810636	19	2.3	18	80	7	50	51	0	0	48	1.00
810865--810900	15	2.2	17	90	9	58	52	0	0	47	1.00
812547--812609	31	2.1	30	82	8	74	33	1	0	65	1.03
813207--813275	17	4.2	16	83	9	70	62	0	2	34	1.10
813419--813502	36	2.3	36	85	4	107	58	3	7	30	1.42
814614--814660	18	2.5	19	74	19	53	31	0	0	68	0.90
814630--814669	11	3.3	12	82	10	55	35	0	0	65	0.93
814606--814688	30	2.8	30	74	13	84	37	0	0	62	0.95
815103--815142	21	2.0	21	85	5	55	67	12	12	7	1.41
818731--818771	18	2.3	19	79	12	50	31	0	2	65	1.05
819401--819445	16	2.9	15	86	6	54	62	0	4	33	1.15
819569--819610	18	2.3	18	91	0	66	42	0	2	54	1.13
819888--819931	2	23.0	2	88	9	65	45	2	0	52	1.13
819952--819987	15	2.3	16	90	4	56	41	0	2	55	1.14
821002--821046	2	22.5	2	86	0	63	53	4	0	42	1.21
822426--822498	28	2.6	29	73	8	78	49	1	0	49	1.09
825194--825275	31	2.7	31	79	9	87	42	1	0	56	1.07
825736--825799	13	4.9	14	72	16	50	51	0	0	48	1.00
825736--825799	14	4.9	13	74	16	53	51	0	0	48	1.00
825742--825804	27	2.3	29	78	10	69	53	0	0	46	1.00
826349--826495	10	14.6	10	66	22	51	37	1	0	61	1.05
826405--826455	15	3.3	15	76	17	50	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826352--826450	16	5.9	18	67	20	56	41	2	0	56	1.11
826388--826484	19	5.0	19	77	12	83	42	0	0	57	0.98
826349--826484	30	4.5	29	66	23	75	38	1	0	59	1.06
826460--826514	22	2.6	22	85	5	69	23	1	1	72	1.04
826460--826514	5	10.6	5	80	7	65	23	1	1	72	1.04
826737--826784	18	2.7	18	96	0	87	60	4	35	0	1.16
832433--832512	21	3.8	21	68	21	51	57	1	1	40	1.15
832607--832638	3	10.7	3	93	0	55	28	0	3	68	1.04
832927--832984	27	2.2	25	81	6	71	46	0	0	53	1.00
833020--833250	115	2.0	116	96	0	428	46	9	4	39	1.58
833765--833795	10	3.1	10	90	0	53	22	0	3	74	0.96
833792--833843	19	2.6	21	76	14	65	53	0	1	44	1.11
834055--834090	18	2.1	16	90	10	54	41	0	0	58	0.98
834055--834103	18	2.8	17	84	6	53	42	0	2	55	1.11
834038--834104	21	3.1	21	72	10	55	44	1	1	52	1.19
835603--835646	6	7.0	6	85	10	61	61	0	0	38	0.96
835715--835755	16	2.6	16	78	17	50	46	0	0	53	1.00
836378--836413	11	3.0	12	92	8	56	66	0	0	33	0.92
836375--836423	13	4.0	12	80	15	55	65	2	0	32	1.04
836553--836627	39	1.9	38	89	2	114	56	1	10	32	1.42
836894--836936	16	2.6	16	77	3	50	60	2	0	37	1.10
837689--837717	15	2.0	15	93	6	51	44	6	0	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837715--837745	10	2.9	11	90	9	55	29	0	0	70	0.87
839816--839862	23	2.1	23	84	4	60	44	6	2	46	1.40
840149--840202	16	3.4	16	82	10	74	62	0	7	29	1.22
840341--840381	18	2.3	18	82	0	55	46	0	0	53	1.00
842924--842966	19	2.3	19	80	8	52	41	0	0	58	0.98
842901--842972	28	2.4	31	77	13	80	50	0	0	50	1.00
843809--843842	3	11.3	3	93	0	59	64	0	32	2	1.08
846939--847008	30	2.2	32	78	17	83	38	1	1	58	1.16
846941--847027	41	2.1	41	80	18	101	41	1	1	56	1.14
846887--847066	100	1.8	99	79	8	213	35	3	3	57	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19