genome.fa.s221.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold221
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2539808

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420536--2420565	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
2420865--2420903	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2422263--2422305	20	2.2	20	87	8	61	0	16	2	81	0.79
2423245--2423294	20	2.7	18	76	11	57	58	0	0	42	0.98
2423235--2423307	25	3.0	24	73	15	69	57	0	0	42	0.98
2423802--2423883	27	2.8	29	80	10	87	54	0	0	45	0.99
2424397--2424528	14	8.4	17	69	25	71	37	0	1	60	1.06
2424444--2424528	5	18.2	5	71	22	53	34	0	1	64	1.01
2424389--2424500	32	3.5	32	80	11	115	39	0	1	58	1.08
2424428--2424534	32	3.2	34	82	6	87	35	0	1	62	1.06
2424444--2424540	17	5.4	17	71	17	70	34	1	1	63	1.08
2424488--2424543	10	5.4	11	85	14	59	30	1	0	67	1.01
2424461--2424550	40	2.3	39	84	9	112	31	1	1	66	1.06
2425299--2425325	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2425394--2425422	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2425299--2425483	97	1.9	97	93	0	316	35	10	11	43	1.75
2425649--2425686	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2425763--2425801	16	2.4	16	82	0	51	48	0	0	51	1.00
2426006--2427530	508	3.0	507	90	1	2396	35	15	16	33	1.90
2431895--2431940	23	2.0	23	84	12	60	63	0	0	36	0.95
2434890--2434949	2	30.0	2	82	0	75	48	6	1	43	1.39
2435971--2436029	20	2.9	20	84	2	73	49	0	1	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436026--2436050	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2437057--2437096	21	1.9	21	89	0	62	0	17	0	82	0.67
2437618--2437661	21	2.2	20	84	12	54	47	2	2	47	1.27
2438563--2438641	37	2.1	37	84	15	99	51	0	0	48	1.00
2438871--2438931	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
2439291--2439398	25	4.3	27	69	27	76	43	0	0	55	1.06
2439290--2439401	32	3.6	31	79	19	128	42	0	0	56	1.05
2439297--2439381	8	10.4	8	68	26	54	44	1	0	54	1.07
2439293--2439398	11	9.9	11	71	17	73	44	0	0	54	1.06
2440170--2440198	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2440550--2440600	26	2.0	26	84	7	68	47	1	0	50	1.12
2443052--2443119	6	11.8	6	75	17	56	48	0	1	50	1.10
2443014--2443112	46	2.2	46	81	3	110	44	5	3	47	1.40
2443085--2443127	21	2.1	20	82	4	50	41	4	0	53	1.21
2443221--2443271	16	3.2	16	84	13	70	60	9	0	29	1.28
2443173--2443271	16	6.2	16	73	10	69	54	11	4	30	1.54
2443436--2443474	2	20.0	2	89	5	53	46	0	5	48	1.24
2444454--2444507	23	2.3	24	81	9	58	50	1	0	48	1.11
2444523--2444562	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2445005--2445037	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2445558--2445592	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2445790--2445828	21	1.9	20	89	5	60	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446251--2446295	22	2.0	22	83	8	56	28	6	6	57	1.50
2450287--2450315	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2450717--2450764	16	2.8	17	79	14	55	43	2	8	45	1.45
2451649--2451699	24	2.1	25	89	10	79	43	3	3	49	1.39
2454040--2454094	28	2.0	27	82	10	67	54	0	1	43	1.10
2453989--2454214	111	2.0	111	98	0	434	47	10	7	34	1.65
2461359--2461384	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2461394--2461429	12	3.1	12	84	8	56	41	0	0	58	0.98
2462176--2462230	13	3.7	15	72	22	53	58	0	1	40	1.09
2462674--2462738	32	2.0	31	88	8	94	55	0	0	44	0.99
2462675--2462757	28	2.9	26	72	26	69	59	0	0	40	0.98
2462729--2462763	16	2.2	16	89	0	52	62	0	0	37	0.95
2463145--2463191	13	3.5	13	78	16	51	61	0	0	38	0.96
2463643--2463685	19	2.4	18	84	7	52	44	0	0	55	0.99
2463655--2463694	19	2.2	19	86	4	55	42	0	0	57	0.98
2464543--2464623	38	2.2	36	81	16	94	40	0	1	58	1.06
2464919--2464958	17	2.4	17	87	4	64	55	0	0	45	0.99
2467867--2467920	18	2.9	19	82	15	69	57	0	1	40	1.09
2467887--2468019	11	11.5	12	66	16	50	52	0	3	44	1.16
2467903--2467980	26	2.9	26	68	21	63	50	0	2	47	1.15
2467955--2467997	15	2.8	16	82	10	54	51	0	0	48	1.00
2468148--2468213	26	2.5	25	76	13	62	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468209--2468251	16	2.8	15	79	6	50	30	0	2	67	1.03
2468219--2468254	16	2.2	16	90	5	54	27	0	2	69	1.02
2474422--2474472	27	2.0	27	84	7	70	60	0	3	35	1.15
2477522--2477561	6	6.7	6	100	0	80	65	0	35	0	0.93
2479739--2479805	34	1.9	36	81	6	84	58	1	1	38	1.17
2480361--2480385	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2480385--2480419	2	17.5	2	87	0	52	42	0	0	57	0.99
2484483--2484540	31	1.9	29	86	6	80	43	0	0	56	0.99
2484512--2484547	11	3.4	11	96	3	65	52	0	0	47	1.00
2486712--2486742	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
2486748--2486788	22	1.9	21	85	14	57	48	0	4	46	1.23
2492664--2492701	19	2.0	20	89	5	60	60	2	0	36	1.11
2492969--2493006	20	1.9	20	94	0	67	36	7	10	44	1.68
2495428--2495468	7	6.1	7	80	8	50	46	0	0	53	1.00
2495432--2495471	20	2.0	20	90	9	64	52	0	0	47	1.00
2498294--2498396	24	4.4	23	71	22	72	63	0	0	35	1.01
2498298--2498386	21	4.0	22	77	15	69	64	1	0	34	1.01
2498353--2498464	24	4.6	25	74	11	92	52	1	0	44	1.17
2498377--2498491	57	2.0	57	81	3	133	54	2	0	41	1.20
2503381--2503413	13	2.6	13	90	4	50	39	0	0	60	0.97
2505095--2505129	14	2.6	14	86	4	54	31	0	0	68	0.90
2508790--2508834	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509064--2509103	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2510156--2510193	14	2.7	14	80	12	51	47	0	10	42	1.38
2511555--2511638	22	3.6	22	75	20	66	45	1	0	53	1.08
2511601--2511643	22	2.0	22	86	9	61	46	2	0	51	1.13
2512357--2512409	21	2.5	21	84	6	72	49	1	0	49	1.12
2512401--2512438	14	2.7	14	88	12	60	34	0	0	65	0.93
2512448--2512514	32	2.1	33	88	2	100	52	1	0	46	1.09
2512458--2512527	32	2.2	32	84	7	88	50	1	0	48	1.09
2517606--2517679	38	1.9	38	94	0	130	31	20	16	32	1.94
2518112--2518167	22	2.4	23	81	18	64	60	3	1	33	1.24
2518590--2518651	19	3.4	19	74	17	60	53	1	0	45	1.10
2518588--2518647	26	2.4	25	78	13	61	53	1	0	45	1.10
2518655--2518684	16	1.9	15	93	6	51	46	3	0	50	1.18
2520222--2520365	52	3.0	46	84	12	209	30	27	10	31	1.90
2520458--2520485	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
2522162--2522240	32	2.4	33	87	6	108	58	0	0	41	0.98
2522207--2522244	13	2.9	13	88	11	60	55	0	0	44	0.99
2522676--2522717	14	3.0	14	82	10	50	42	0	0	57	0.99
2522678--2522765	32	2.7	33	73	21	87	40	0	0	59	0.98
2523118--2523194	16	4.8	16	76	6	75	42	14	14	28	1.84
2524872--2524896	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2529696--2529722	12	2.2	12	100	0	54	0	7	0	92	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2529827--2529882	23	2.4	24	73	11	62	62	3	0	33	1.12
2532471--2532510	19	2.1	19	86	9	55	47	2	0	50	1.14
2532500--2532557	20	3.0	21	76	19	63	51	0	0	48	1.00
2532770--2532795	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2533097--2533121	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2533101--2533143	22	2.0	22	86	9	61	53	0	2	44	1.13
2534132--2534171	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
2535744--2535774	5	6.2	5	92	0	53	74	0	22	3	0.96
2537941--2538003	2	31.5	2	85	6	83	47	3	3	46	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19

The End!