genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1561365--1562108	107	7.3	104	83	10	771	32	12	34	20	1.90
1561832--1562079	61	3.9	61	84	6	318	32	13	32	21	1.92
1561932--1562045	27	4.0	26	71	21	93	28	14	34	22	1.94
1561994--1562048	28	2.0	27	85	3	74	27	14	34	23	1.94
1562023--1562107	32	2.6	33	79	1	82	31	16	29	22	1.96
1561825--1562142	95	3.3	93	74	15	292	33	14	30	21	1.93
1563080--1563106	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
1566413--1566441	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
1570357--1570477	52	2.3	52	95	2	217	28	18	19	34	1.95
1570357--1570497	52	2.7	51	86	10	205	29	17	19	33	1.95
1570486--1570510	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1570575--1570599	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1570553--1570619	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1570956--1570983	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1570936--1571001	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
1583510--1583552	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1583986--1584021	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
1586246--1586271	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1588814--1588852	13	3.0	13	92	0	60	41	17	10	30	1.83
1590923--1590953	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1591152--1591196	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1593414--1593439	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1597961--1597986	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1597941--1598004	32	2.0	33	90	9	105	29	15	15	39	1.89
1603938--1604022	37	2.3	37	95	0	152	25	15	15	43	1.86
1604372--1604725	29	12.4	28	81	9	369	29	29	18	22	1.97
1604373--1604725	57	6.2	57	83	8	355	29	29	18	22	1.97
1604366--1604725	86	4.2	84	82	8	406	29	30	18	22	1.97
1604372--1604742	115	3.2	113	84	6	430	29	29	19	22	1.98
1604734--1605306	52	11.2	49	74	9	407	24	24	16	33	1.96
1604734--1605082	101	3.5	101	87	2	443	22	24	18	34	1.96
1604742--1605091	150	2.3	152	90	1	542	23	24	18	34	1.96
1604734--1605306	101	5.6	100	77	8	429	24	24	16	33	1.96
1605951--1606005	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
1614705--1614833	52	2.5	52	96	0	231	27	17	18	36	1.93
1614842--1614866	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1615745--1616002	102	2.5	102	97	0	489	33	18	25	21	1.97
1615745--1616146	49	8.1	49	76	10	365	33	17	25	24	1.96
1615813--1616154	141	2.3	143	83	6	404	33	17	24	24	1.97
1616162--1616470	58	5.3	55	85	6	305	18	16	33	31	1.93
1616189--1616467	87	3.2	86	83	8	368	18	16	33	31	1.93
1617905--1618013	12	9.3	11	79	16	96	0	4	12	81	0.89
1617893--1617996	22	4.7	21	79	14	79	0	4	13	81	0.84
1617893--1618011	38	3.1	37	79	14	111	0	4	13	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617893--1618013	25	4.9	23	76	17	93	0	4	14	80	0.89
1617908--1618013	38	2.9	34	79	13	113	0	4	12	82	0.88
1617902--1618012	51	2.2	50	81	12	120	0	4	12	81	0.87
1631485--1631613	52	2.5	52	94	0	222	28	18	17	34	1.94
1631622--1631646	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1631689--1631738	19	2.6	19	90	0	64	40	16	10	34	1.81
1631727--1631751	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1631708--1631771	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
1637545--1637570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1637527--1637590	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1638464--1638587	20	5.8	20	78	17	124	24	15	16	43	1.87
1638533--1638608	20	3.8	19	82	6	80	28	13	13	44	1.81
1640910--1641074	51	3.2	50	80	1	186	29	27	13	30	1.94
1641062--1641131	28	2.5	28	81	11	81	27	30	17	25	1.97
1641169--1641242	29	2.6	30	81	12	84	24	28	18	28	1.98
1641229--1641400	51	3.4	51	80	6	204	27	26	13	31	1.94
1641010--1641296	111	2.6	107	79	8	362	27	26	14	31	1.95
1641332--1641516	79	2.3	80	85	3	241	25	25	15	32	1.95
1641370--1641560	79	2.4	78	81	3	213	26	26	14	31	1.95
1647308--1647338	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1649419--1649456	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1649568--1649613	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651290--1651380	39	2.3	40	79	9	105	36	4	24	35	1.75
1651900--1651953	20	2.7	20	85	5	65	42	16	16	24	1.88
1653533--1653563	4	7.8	4	92	0	53	19	0	3	77	0.90
1663869--1663897	11	2.6	11	100	0	58	86	13	0	0	0.58
1663892--1663925	7	4.6	7	86	13	50	85	0	14	0	0.60
1663881--1663920	18	2.2	18	86	8	55	85	5	10	0	0.75
1663892--1663925	16	2.3	14	90	10	50	85	0	14	0	0.60
1664919--1665142	61	3.9	59	77	10	223	26	27	20	25	1.99
1665165--1665415	61	4.3	58	84	8	291	26	27	20	25	1.99
1665015--1665286	150	1.8	150	89	0	427	25	29	20	24	1.99
1665393--1665635	46	5.5	41	73	15	152	21	26	13	38	1.90
1665436--1665635	46	4.5	46	77	12	170	20	27	14	38	1.91
1665394--1665636	89	2.8	87	77	17	259	21	26	13	38	1.91
1666327--1666380	20	2.7	20	91	5	83	25	16	14	42	1.87
1668683--1668847	51	3.2	51	78	3	154	29	25	11	33	1.91
1668913--1668989	28	2.8	28	81	0	91	22	31	20	25	1.98
1668972--1669092	51	2.4	51	87	1	170	29	23	13	33	1.93
1668834--1669036	110	1.9	110	85	3	286	26	25	16	32	1.96
1669093--1669260	79	2.1	79	83	2	203	27	25	13	33	1.94
1672548--1672613	10	6.7	10	81	6	64	84	9	1	4	0.81
1672548--1672612	23	3.0	22	86	8	80	84	9	1	4	0.82
1672550--1672613	33	1.9	33	87	6	94	84	9	1	4	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1673638--1673719	37	2.2	37	100	0	164	26	15	13	43	1.84
1674088--1674805	29	25.3	29	82	9	787	31	29	17	21	1.96
1674088--1674805	199	3.6	199	93	1	1174	31	29	17	21	1.96
1674087--1674805	142	5.1	142	82	8	826	31	29	17	21	1.96
1674815--1675373	101	5.5	98	82	6	516	25	26	16	31	1.96
1674825--1675218	150	2.6	150	90	1	599	24	25	17	32	1.97
1674815--1675270	251	1.8	250	88	3	702	25	26	17	31	1.97
1674815--1675374	52	11.1	49	79	7	500	25	26	16	31	1.96
1675972--1675997	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1684652--1684680	14	2.1	14	100	0	58	24	13	41	20	1.89
1686573--1686607	18	1.9	18	94	0	61	25	11	20	42	1.85
1691388--1691446	19	3.4	18	69	26	56	37	13	13	35	1.84
1691377--1691448	32	2.2	32	97	0	135	37	13	12	36	1.83
1692159--1692193	6	5.8	6	89	0	52	31	22	0	45	1.53
1692156--1692196	18	2.3	18	83	8	57	31	26	0	41	1.56
1692969--1693018	26	1.9	26	84	8	66	42	4	8	46	1.52
1693259--1693283	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1693361--1693400	20	2.0	20	90	9	64	37	0	0	62	0.95
1693456--1693517	31	2.0	31	93	0	106	37	17	6	38	1.76
1699099--1699235	41	3.8	34	77	16	132	29	21	13	35	1.92
1699108--1699185	41	1.9	41	94	0	138	30	25	12	30	1.93
1699149--1699237	36	2.5	36	83	7	112	31	21	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1704134--1704185	24	2.2	24	100	0	104	25	17	26	30	1.97
1705174--1705293	34	3.6	34	82	5	138	32	23	10	33	1.89
1705173--1705291	36	3.5	35	78	14	126	33	22	10	32	1.89
1710517--1710624	52	2.1	52	85	0	144	35	16	12	35	1.87
1710820--1710864	23	1.9	23	90	4	72	37	6	11	44	1.66
1712963--1712988	12	2.2	12	100	0	52	23	0	30	46	1.53
1717067--1717097	9	3.4	9	90	0	53	29	22	0	48	1.51
1718734--1718772	20	2.0	20	89	0	60	33	17	15	33	1.92
1718835--1718859	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1718971--1719029	23	2.4	23	83	8	73	35	8	10	45	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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