genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755448--755571	30	4.0	30	74	12	108	30	16	30	22	1.96
755504--755570	33	2.0	33	85	0	89	35	14	29	19	1.92
755666--755703	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
756525--756577	16	3.4	16	75	17	58	0	7	11	81	0.88
756516--756576	27	2.4	24	86	8	77	0	9	8	81	0.86
756814--756858	15	3.0	15	78	12	56	0	2	13	84	0.72
756826--756864	17	2.2	17	86	9	51	2	2	10	84	0.81
763769--763949	52	3.5	52	98	0	344	28	17	18	35	1.94
763958--763982	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
764005--764102	19	5.8	18	68	28	72	36	16	12	34	1.86
764000--764100	32	3.1	32	92	1	166	35	16	11	35	1.86
764024--764080	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
767106--767177	20	3.6	20	92	0	117	27	12	13	45	1.80
767165--767204	13	3.1	13	92	0	71	32	7	15	45	1.74
769732--769819	19	4.9	19	73	17	71	30	19	11	38	1.87
769721--769798	32	2.4	32	95	0	138	30	17	10	41	1.83
776208--776410	34	6.0	34	93	0	316	40	34	0	24	1.55
776299--776400	25	4.4	25	64	28	71	41	37	0	21	1.54
781321--781534	34	6.3	34	92	0	320	40	35	0	23	1.59
781412--781513	25	4.4	25	64	28	71	41	37	0	21	1.54
784607--784812	79	2.6	78	75	9	202	32	14	26	26	1.95
784744--785394	51	12.5	51	69	12	304	31	12	27	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784949--785025	28	2.8	28	77	15	79	23	16	33	25	1.96
784799--785389	262	2.3	261	95	0	1049	31	12	27	28	1.93
785211--785287	28	2.8	28	84	7	86	23	18	35	23	1.96
787736--787761	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
787748--787789	21	2.0	21	95	0	75	30	19	7	42	1.78
787806--787878	32	2.3	32	90	0	119	35	17	12	34	1.88
789240--789372	52	2.6	52	84	2	160	43	12	15	29	1.82
789598--789630	16	2.1	16	94	0	57	39	9	15	36	1.79
790365--790390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
790415--790469	20	2.9	17	78	19	56	30	18	14	36	1.91
790548--790588	21	2.0	20	85	9	55	43	7	4	43	1.53
790547--790598	21	2.8	18	81	18	54	42	7	3	46	1.51
793122--793146	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
804313--804363	20	2.5	20	87	6	68	37	13	17	31	1.89
806414--806469	21	2.6	22	78	15	64	53	1	23	21	1.55
807929--807964	18	2.0	18	94	0	63	30	16	11	41	1.83
809471--809524	19	2.8	20	82	2	74	31	20	11	37	1.88
809553--809619	33	2.0	33	91	0	107	34	13	17	34	1.89
812489--812514	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
814248--814289	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
818310--818361	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
821452--821619	61	2.8	61	76	10	182	38	15	23	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821724--821871	52	2.9	52	82	5	167	39	14	20	25	1.91
821836--821963	58	2.2	59	79	6	136	32	12	25	30	1.92
821990--822074	32	2.6	33	80	9	86	21	21	27	30	1.98
822316--822417	52	2.0	52	82	3	125	33	15	25	25	1.95
830519--830669	52	2.9	52	91	1	239	29	16	17	35	1.92
830657--830745	13	5.9	13	70	27	61	34	15	13	35	1.87
830656--830747	32	2.9	32	95	0	166	36	15	13	34	1.86
830670--830732	19	3.7	18	74	24	64	36	15	12	34	1.86
836372--836417	24	1.9	24	95	0	83	2	45	8	43	1.47
847785--847812	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
857657--857982	43	7.2	43	75	15	300	30	19	26	24	1.98
857508--857982	91	5.1	92	84	9	590	31	18	26	23	1.98
857508--857976	186	2.5	185	89	4	694	31	18	26	23	1.98
858004--858173	27	6.0	27	77	13	155	30	15	31	22	1.95
858012--858236	27	7.7	27	73	14	107	29	15	29	25	1.96
858161--858422	31	8.5	30	77	12	237	29	15	27	27	1.96
858184--858424	92	2.6	93	88	2	342	29	16	27	26	1.97
858161--858422	61	4.2	60	79	10	251	29	15	27	27	1.96
867204--867299	42	2.3	42	81	3	113	43	11	27	17	1.83
867322--867691	60	6.3	60	79	7	336	27	21	26	24	2.00
867331--867616	121	2.4	120	83	4	353	30	20	26	22	1.99
867556--867699	55	2.6	55	86	0	207	23	21	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867713--867941	60	3.9	60	81	5	236	25	21	26	26	1.99
867712--867969	55	4.5	56	78	10	247	24	21	27	27	1.99
867455--868169	270	2.6	269	91	2	1132	26	20	27	25	1.99
867982--868156	60	2.9	61	82	1	226	26	20	27	25	1.99
867761--868280	215	2.5	210	82	6	622	26	20	27	25	1.99
869296--869645	61	5.9	61	78	6	333	25	21	28	24	1.99
869289--869645	181	2.0	177	82	7	436	25	21	28	24	1.99
869297--869613	120	2.7	117	80	7	329	25	21	27	25	1.99
869689--869860	60	2.8	60	80	8	179	24	20	28	26	1.99
869799--869936	55	2.5	56	85	4	181	23	23	26	26	2.00
869414--870035	270	2.3	269	88	2	926	25	20	27	26	1.99
870818--870917	41	2.5	39	80	11	103	45	11	25	19	1.82
871078--871348	61	4.5	61	78	8	227	28	24	26	21	1.99
871289--871432	55	2.6	55	84	0	198	23	20	30	25	1.99
871446--871674	60	3.9	59	79	9	236	25	21	26	26	1.99
871445--871702	55	4.5	56	78	12	231	24	21	27	27	1.99
871175--871903	270	2.7	270	90	1	1088	25	21	27	25	1.99
871716--871888	60	2.9	61	82	5	199	27	21	26	24	1.99
871494--872013	215	2.5	210	81	5	611	26	20	27	25	1.99
873028--873376	61	5.9	60	76	7	338	24	21	28	24	1.99
873029--873321	120	2.4	120	81	3	331	25	21	28	24	1.99
873406--873647	60	4.1	59	74	12	185	25	19	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873531--873668	55	2.5	56	84	4	181	23	21	27	27	1.99
873146--873766	270	2.3	269	89	1	960	25	20	28	25	1.99
874549--874648	41	2.5	39	80	11	103	45	11	25	19	1.82
874673--874801	42	3.0	43	77	11	138	39	10	27	21	1.87
874785--875159	61	6.4	59	76	9	299	26	21	25	25	2.00
874782--875044	120	2.2	122	83	5	320	27	21	25	26	1.99
874809--875162	120	3.0	118	79	10	313	26	22	26	25	2.00
875019--875162	55	2.6	55	80	4	182	25	21	28	25	1.99
876036--876122	41	2.2	39	83	10	104	40	10	27	21	1.86
876189--876287	42	2.3	42	84	11	121	37	15	27	20	1.92
876270--876641	61	6.3	60	76	11	301	24	20	28	25	1.99
876506--876637	55	2.4	54	89	5	194	21	23	28	25	1.99
877760--878137	61	6.4	59	80	8	350	24	22	27	25	2.00
878056--878246	94	2.0	96	85	7	262	27	18	29	24	1.98
879003--879224	119	1.9	117	80	14	260	42	13	23	20	1.87
879130--879263	42	3.1	42	81	7	128	41	12	28	17	1.87
879247--879617	61	6.3	60	78	7	311	25	21	28	24	1.99
880777--880801	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
880757--880826	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
880867--880891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
880900--881020	52	2.3	52	100	0	242	35	17	18	28	1.93
887110--887738	92	6.8	92	93	0	1037	31	19	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887743--887966	32	6.9	32	81	7	265	20	18	31	28	1.97
887743--887966	65	3.5	65	86	6	294	20	18	31	28	1.97
887743--887965	98	2.3	97	90	1	347	21	18	31	28	1.97
887988--888479	100	5.1	99	78	10	477	31	14	35	19	1.91
887971--888416	34	13.8	34	75	12	372	31	13	35	19	1.90
888235--888387	27	5.1	27	72	22	128	30	12	37	19	1.89
888138--888387	61	4.1	61	88	6	328	31	12	36	19	1.89
888397--888542	30	4.7	30	73	15	109	27	19	29	23	1.98
888389--888512	63	2.0	64	95	1	223	29	18	30	21	1.97
889478--889659	81	2.3	79	89	7	294	12	14	17	56	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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