genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2445829--2445874	20	2.3	20	84	0	56	43	10	4	41	1.59
2451759--2451833	37	2.1	37	89	2	116	40	8	22	29	1.82
2453274--2453410	49	2.8	49	86	1	193	29	16	13	40	1.87
2455744--2455859	51	2.3	51	83	3	135	31	26	10	31	1.90
2455699--2455954	129	2.0	130	82	3	320	28	25	13	32	1.93
2458012--2458038	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2460186--2460210	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2460166--2460233	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
2461267--2461292	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2465049--2465074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2473851--2473901	20	2.6	20	90	3	77	39	17	13	29	1.88
2479744--2479781	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
2479764--2479789	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2481911--2481953	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
2481911--2481953	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
2493221--2493246	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2494177--2494216	17	2.3	18	86	4	55	75	15	5	5	1.15
2494192--2494239	18	2.7	18	83	3	53	83	8	4	4	0.90
2494196--2494239	23	2.0	22	86	4	61	84	6	4	4	0.88
2494184--2494243	17	3.4	18	75	15	54	78	15	3	3	1.01
2495555--2495739	27	6.2	28	74	13	113	22	32	12	32	1.91
2495612--2495712	33	3.0	33	83	2	130	19	33	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495744--2496079	61	5.4	61	87	5	442	24	27	17	30	1.97
2495744--2496081	125	2.7	124	89	5	477	24	27	17	30	1.97
2496112--2496187	35	2.2	35	83	6	93	18	30	9	42	1.81
2496219--2496913	43	15.1	43	77	13	643	25	24	18	31	1.97
2496219--2497016	92	8.5	92	84	8	828	24	24	18	31	1.97
2496628--2497025	52	8.2	50	78	11	398	23	24	18	33	1.97
2496258--2497025	144	5.4	144	80	10	789	24	24	18	32	1.97
2496219--2497016	236	3.4	236	86	6	972	24	24	18	31	1.97
2500332--2500356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2500401--2500454	20	2.7	20	85	0	72	44	12	11	31	1.78
2501262--2501869	49	12.5	49	84	5	777	31	17	25	25	1.97
2501185--2501869	98	7.0	98	88	7	910	31	16	25	25	1.97
2501685--2501874	43	4.1	44	80	12	220	30	17	26	25	1.97
2501869--2502139	33	8.2	33	90	4	399	18	17	35	27	1.94
2501870--2502132	67	4.0	66	89	6	383	17	18	35	28	1.94
2501862--2502133	100	2.8	98	90	6	419	18	18	35	28	1.94
2502121--2502574	34	13.4	35	84	8	450	32	12	34	20	1.90
2502310--2502435	31	4.2	29	83	11	112	30	14	33	21	1.93
2502370--2502574	37	5.9	34	87	7	254	33	12	33	20	1.90
2502578--2502634	30	1.9	30	92	0	96	33	21	21	24	1.97
2512274--2512394	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2512274--2512414	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512403--2512427	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2512468--2512536	32	2.1	33	89	2	104	39	14	11	34	1.82
2512492--2512516	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2513356--2513411	21	2.7	21	94	0	103	37	8	17	35	1.82
2513470--2513526	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
2513450--2513550	32	3.1	32	94	1	175	34	10	17	36	1.85
2513448--2513545	19	5.8	18	69	28	81	33	11	17	37	1.85
2513588--2513612	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2513621--2513749	52	2.5	52	90	0	222	36	17	17	28	1.93
2517793--2517848	22	2.5	22	85	0	76	39	5	33	21	1.76
2522885--2522941	8	6.5	8	79	18	60	85	10	3	0	0.70
2522892--2522941	12	4.5	11	80	10	57	86	10	4	0	0.71
2522885--2522940	20	2.7	20	91	5	85	85	10	3	0	0.71
2523918--2524107	94	2.0	97	83	10	246	23	28	18	28	1.98
2524032--2524593	61	9.4	61	86	5	667	25	27	20	26	1.99
2524589--2524796	45	4.8	41	75	14	163	18	26	12	42	1.85
2524589--2524895	83	3.6	85	76	9	284	19	26	11	42	1.85
2524603--2524897	42	6.9	40	73	10	185	20	25	12	42	1.86
2524609--2524858	129	1.9	129	80	8	294	20	24	12	43	1.85
2524845--2524941	41	2.4	39	75	12	99	19	32	9	38	1.84
2527818--2527964	79	1.9	79	86	2	215	26	23	16	34	1.95
2527897--2528015	51	2.3	51	85	0	157	27	25	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527815--2528087	130	2.1	129	84	2	350	26	23	15	34	1.95
2527851--2528114	129	2.0	130	82	2	316	28	24	14	33	1.94
2531906--2531971	20	3.3	21	85	6	66	60	1	1	36	1.15
2531917--2531971	20	2.8	21	89	8	80	61	0	0	38	0.96
2531921--2531983	21	3.2	20	76	15	51	57	0	1	41	1.08
2541168--2541208	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
2548704--2548891	30	5.8	32	76	11	152	20	26	16	37	1.93
2548699--2548801	37	2.9	36	82	7	131	20	26	14	38	1.91
2548896--2548984	35	3.0	27	72	22	79	23	31	14	30	1.94
2548911--2548982	35	2.1	35	97	0	135	23	33	15	27	1.95
2549024--2549078	27	2.0	27	85	0	74	21	29	14	34	1.93
2548957--2549931	34	30.8	32	72	13	426	22	29	12	35	1.90
2549212--2549382	27	6.2	27	85	6	227	22	28	13	35	1.92
2549213--2549382	84	2.1	81	87	5	243	22	28	13	35	1.92
2548947--2549515	304	1.9	308	86	3	824	22	29	12	35	1.91
2549350--2549601	99	2.5	99	88	0	351	21	31	10	36	1.88
2549364--2549508	67	2.2	66	83	6	177	20	32	12	34	1.90
2548958--2549929	403	2.4	408	82	7	1133	22	29	12	35	1.91
2548834--2549907	34	34.0	32	71	14	419	22	29	12	35	1.91
2549593--2549796	94	2.2	94	91	0	347	23	29	12	33	1.92
2549714--2549833	58	2.1	59	88	1	179	25	29	10	35	1.90
2549593--2549843	94	2.7	92	85	4	247	23	29	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549422--2550012	253	2.3	259	80	7	636	23	29	11	35	1.91
2549453--2550012	160	3.5	161	78	11	548	23	29	11	35	1.90
2549843--2550022	92	1.9	93	79	12	201	24	27	13	34	1.93
2550193--2550353	32	5.0	32	84	7	186	30	28	18	22	1.97
2550203--2550353	64	2.4	64	87	2	205	31	27	19	21	1.98
2550193--2550369	96	1.9	95	83	8	234	29	29	17	23	1.97
2550402--2550915	52	10.0	50	76	6	354	24	24	15	35	1.94
2550854--2550987	61	2.2	61	82	4	162	24	29	9	36	1.87
2557221--2557340	52	2.3	52	95	0	213	30	16	18	35	1.93
2557220--2557360	52	2.7	51	87	4	203	31	17	18	33	1.94
2557349--2557373	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2557438--2557462	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2557416--2557482	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2558321--2559027	49	14.9	49	85	7	867	30	17	26	25	1.98
2558330--2559027	140	4.9	140	88	6	909	30	18	26	25	1.98
2559027--2559096	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
2559081--2559677	34	17.4	36	73	19	342	32	12	34	21	1.91
2559101--2559287	71	2.7	70	90	3	288	35	12	33	19	1.89
2559210--2559382	87	2.0	88	90	3	278	33	13	31	20	1.92
2559296--2559705	62	6.4	67	85	7	321	31	13	33	21	1.92
2559296--2559679	95	4.0	95	75	15	321	31	13	33	21	1.92
2559362--2559677	62	5.0	61	87	6	341	31	13	33	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559362--2559677	123	2.5	123	81	7	334	31	13	33	21	1.92
2559681--2559766	30	2.8	30	92	5	138	26	19	27	25	1.99
2560720--2560773	23	2.2	25	90	6	85	0	9	7	83	0.82
2560736--2560773	17	2.2	17	90	4	58	0	5	7	86	0.69
2563567--2564119	276	2.0	276	100	0	1106	37	12	24	25	1.90
2564964--2565006	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
2568224--2568351	52	2.5	52	94	3	224	29	17	17	34	1.94
2568224--2568371	52	2.9	50	86	12	194	31	17	18	33	1.94
2568360--2568384	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2568425--2568491	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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