genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269418--2269443	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2275331--2275365	13	2.7	13	90	0	52	34	22	14	28	1.93
2277959--2277983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2277939--2278006	33	2.1	33	86	8	95	36	16	16	30	1.90
2278792--2278849	21	2.8	21	84	7	57	37	5	24	32	1.77
2278813--2278855	20	2.1	21	86	4	61	34	6	20	37	1.80
2278813--2278855	21	2.0	21	86	8	61	34	6	20	37	1.80
2280521--2280575	20	2.7	21	85	2	67	41	9	14	34	1.77
2282814--2282852	12	3.2	12	85	10	53	0	0	17	82	0.68
2289746--2289844	52	1.9	52	85	4	137	34	17	17	31	1.93
2289833--2289857	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2289902--2289987	32	2.7	32	94	0	154	37	16	12	33	1.87
2289929--2289985	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2289910--2289972	19	3.6	19	74	24	66	36	15	12	34	1.86
2290354--2290413	21	2.9	21	73	9	59	38	5	23	33	1.76
2292056--2292289	82	2.9	82	82	5	285	32	28	9	29	1.88
2292741--2292765	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
2293277--2293357	40	2.0	40	88	4	119	27	23	24	24	2.00
2295830--2295875	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2298288--2298313	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2298270--2298333	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2303813--2303841	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303813--2303841	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
2305064--2305319	141	1.8	142	86	0	379	33	12	12	42	1.79
2306958--2306999	21	2.1	20	91	8	68	35	14	26	23	1.93
2310384--2310445	32	1.9	33	90	3	99	33	16	12	37	1.87
2313699--2314040	49	7.2	49	78	7	375	23	24	17	33	1.97
2313811--2313979	43	3.8	43	75	9	176	24	24	18	31	1.97
2313699--2314043	92	3.7	92	88	3	467	24	24	17	33	1.96
2313701--2314040	141	2.4	143	81	8	417	23	25	17	33	1.97
2315845--2315890	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
2324195--2324268	19	3.7	19	89	5	94	37	18	16	27	1.92
2325790--2325827	13	2.9	13	96	0	67	31	15	13	39	1.86
2327628--2327661	17	2.0	17	94	0	59	32	0	32	35	1.58
2328195--2328253	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2328541--2328594	17	3.1	17	89	5	72	33	14	12	38	1.85
2330669--2330711	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
2331152--2331189	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2333270--2333300	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2335104--2335148	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2337369--2337394	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2337794--2337834	21	2.0	21	90	0	64	46	2	17	34	1.61
2339039--2339109	20	3.6	19	81	7	79	33	18	15	32	1.92
2339060--2339109	19	2.5	20	90	3	75	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339170--2339223	20	2.7	20	88	0	72	35	9	18	37	1.83
2339620--2339663	23	1.9	23	81	9	54	34	2	20	43	1.64
2342921--2343010	19	4.6	19	80	2	90	35	13	18	32	1.90
2347341--2347394	20	2.7	20	85	0	72	35	12	12	38	1.82
2355611--2355665	19	2.8	20	86	5	76	36	20	14	29	1.92
2358095--2358175	40	2.0	40	100	0	162	41	12	12	33	1.80
2363983--2364103	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2363983--2364123	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2364112--2364136	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2364201--2364225	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2364179--2364245	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2365032--2365425	170	2.3	171	93	2	682	37	14	23	24	1.93
2365330--2365569	43	5.1	48	78	14	266	31	18	25	25	1.97
2365339--2365569	92	2.5	92	94	2	390	31	18	25	25	1.97
2365582--2365739	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
2365484--2365903	170	2.5	170	91	3	663	35	15	24	24	1.94
2365036--2366048	479	2.1	479	98	0	1963	35	15	24	24	1.95
2365819--2366385	49	11.6	49	84	6	717	31	17	25	24	1.97
2365752--2366385	98	6.4	99	91	4	893	32	17	25	24	1.97
2366385--2366450	33	2.0	34	96	3	125	16	18	37	27	1.92
2366457--2366802	34	9.9	34	81	12	375	32	12	34	20	1.90
2366455--2366802	70	5.0	70	84	8	433	33	12	34	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2366421--2366802	141	2.7	139	83	9	513	31	12	34	20	1.91
2366780--2366858	31	2.5	31	89	0	113	22	16	35	25	1.95
2368183--2368282	1	100.0	1	69	0	65	0	3	12	85	0.72
2368183--2368282	45	2.1	48	84	10	136	0	3	12	85	0.72
2368183--2368282	32	3.3	27	76	19	83	0	3	12	85	0.72
2368183--2368282	9	10.8	9	80	14	89	0	3	12	85	0.72
2371936--2371978	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
2375203--2375323	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2375203--2375343	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2375332--2375356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2375421--2375445	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2375399--2375465	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2376970--2377350	45	8.4	45	76	10	278	42	15	23	18	1.89
2377806--2378015	92	2.3	92	82	2	244	30	12	27	29	1.93
2381327--2381384	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
2381341--2381403	19	3.6	19	74	24	75	36	19	11	33	1.87
2381328--2381405	32	2.4	32	95	0	138	34	17	12	34	1.88
2382116--2382585	101	4.6	99	86	4	388	31	17	26	24	1.97
2382116--2382585	49	9.3	49	80	6	456	31	17	26	24	1.97
2382665--2382888	29	7.8	29	88	5	298	17	20	34	27	1.95
2383704--2383728	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2383684--2383748	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383792--2383819	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2387850--2387906	20	3.1	17	79	18	60	0	3	12	84	0.75
2387850--2387935	34	2.5	35	85	7	106	0	8	9	82	0.84
2387860--2387933	27	2.8	26	84	12	71	0	9	6	83	0.80
2401848--2401875	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2402955--2403184	88	2.6	87	79	2	237	46	13	15	23	1.82
2404303--2404336	17	2.1	17	88	5	52	11	8	0	79	0.94
2404293--2404343	24	2.1	25	86	13	72	11	9	0	78	0.97
2406659--2406965	140	2.2	143	82	3	372	36	9	9	44	1.70
2406723--2407033	143	2.2	140	81	4	347	35	10	9	44	1.72
2408080--2408105	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2408119--2408214	45	2.1	47	84	5	124	37	10	23	28	1.88
2408203--2408252	10	5.1	10	90	4	75	40	6	30	24	1.79
2408306--2408442	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
2408412--2408482	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
2410198--2410255	15	3.7	15	76	13	55	56	0	25	17	1.40
2411495--2411539	24	2.0	22	82	8	54	55	4	2	37	1.32
2414834--2414865	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
2415431--2415479	21	2.3	20	83	10	62	36	6	26	30	1.81
2419220--2419276	20	2.8	20	100	0	114	38	10	19	31	1.86
2427626--2427664	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
2430878--2430927	20	2.6	19	84	9	66	28	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431134--2431369	115	2.1	116	90	1	368	27	16	15	40	1.89
2431741--2431950	81	2.6	81	75	5	208	34	11	18	34	1.88
2434711--2434888	62	2.8	61	80	7	187	30	14	15	39	1.87
2443929--2444028	52	1.9	52	83	0	128	24	23	17	36	1.95
2444470--2444821	52	6.6	52	73	8	258	23	22	15	39	1.92
2444607--2445080	61	8.1	59	76	7	352	23	25	14	36	1.93
2444452--2444946	217	2.2	220	82	7	601	23	23	15	38	1.92
2444766--2445054	120	2.4	121	89	1	445	23	26	15	34	1.94
2445745--2445804	20	2.9	19	81	15	75	38	15	11	35	1.83
2445745--2445803	22	2.8	21	85	12	77	37	15	11	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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