genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1722904--1723052	52	2.9	51	88	4	226	30	18	18	32	1.95
1723041--1723065	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1723106--1723172	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1723128--1723152	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1724027--1724498	49	9.9	49	77	10	460	32	17	25	25	1.97
1724093--1724498	92	4.3	92	91	1	632	31	17	24	25	1.97
1724094--1724486	141	2.8	141	80	11	436	31	18	24	25	1.97
1724498--1724567	33	2.1	35	91	5	117	21	17	35	25	1.95
1724565--1724637	35	2.1	36	89	5	114	35	10	35	17	1.85
1724605--1725450	29	29.2	29	87	5	1043	23	16	31	28	1.96
1724606--1725432	143	5.7	144	87	4	1044	23	16	32	28	1.96
1724605--1725355	229	3.3	228	90	3	1082	22	16	32	28	1.96
1726381--1726431	21	2.3	23	86	10	70	0	9	5	84	0.78
1726388--1726431	17	2.7	16	89	10	63	0	6	6	86	0.71
1733586--1733734	52	2.9	51	88	4	226	30	18	18	32	1.95
1733723--1733747	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1733788--1733854	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1733810--1733834	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1735349--1735423	35	2.2	34	88	4	114	25	14	9	50	1.72
1739521--1739588	29	2.3	29	95	5	120	29	14	11	44	1.81
1740303--1740684	153	2.5	151	81	8	432	34	9	8	46	1.69
1740754--1740800	9	5.0	9	80	10	58	44	4	0	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1742192--1742499	150	2.0	151	86	1	397	30	5	15	47	1.69
1742343--1742753	166	2.5	167	78	5	424	30	7	17	45	1.75
1743249--1743407	42	3.8	41	77	7	167	14	32	19	33	1.92
1743508--1743709	86	2.4	84	83	7	248	19	30	16	33	1.94
1746003--1746047	24	2.0	24	87	12	69	64	0	33	2	1.06
1746128--1746179	25	2.1	25	82	7	61	44	13	30	11	1.79
1747837--1747872	16	2.2	17	90	5	56	80	0	0	19	0.71
1747839--1747872	12	2.8	12	87	12	52	79	0	0	20	0.73
1748412--1749098	155	4.5	154	78	5	665	23	18	19	37	1.94
1752636--1753196	162	3.4	165	83	7	667	27	11	7	53	1.63
1753696--1753735	21	1.9	21	85	10	55	80	0	20	0	0.72
1753688--1753736	13	3.9	12	80	17	55	77	0	22	0	0.77
1755220--1755582	157	2.3	153	75	7	349	23	18	20	36	1.94
1759666--1759738	14	5.6	14	71	15	50	50	1	0	47	1.09
1760621--1760658	13	2.9	13	84	11	51	63	0	0	36	0.95
1761811--1761867	30	1.9	30	85	0	78	29	17	7	45	1.75
1762669--1762698	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
1763369--1763407	17	2.2	17	86	4	51	58	12	10	17	1.61
1764506--1764614	54	2.0	54	84	7	141	34	17	22	25	1.95
1764731--1764784	27	2.0	27	92	0	90	35	14	18	31	1.91
1764770--1764915	57	2.6	57	78	4	152	32	15	19	32	1.94
1768667--1768889	79	2.8	79	82	3	279	31	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1768822--1768937	51	2.2	52	83	1	135	29	10	29	31	1.90
1771277--1771306	13	2.3	13	94	0	51	40	16	16	26	1.90
1771902--1772234	41	7.9	42	76	9	275	40	13	26	19	1.89
1771929--1772234	85	3.6	86	76	10	322	41	13	26	18	1.87
1772041--1772256	46	5.1	39	74	15	132	39	13	28	18	1.89
1772231--1773004	61	12.9	60	78	7	658	25	19	28	26	1.99
1772228--1773004	123	6.5	124	81	7	761	25	19	28	26	1.98
1772422--1773005	295	2.0	296	91	1	947	25	19	28	27	1.99
1773360--1773422	1	63.0	1	74	0	54	1	0	11	87	0.62
1773360--1773422	13	4.8	13	78	9	74	1	0	11	87	0.62
1773360--1773422	19	3.3	19	84	8	83	1	0	11	87	0.62
1773360--1773419	31	2.0	30	90	9	95	1	0	11	86	0.64
1773361--1773422	18	3.4	18	85	12	83	1	0	11	87	0.62
1784179--1784263	37	2.3	37	93	4	145	44	16	12	25	1.83
1785174--1785199	13	2.0	13	100	0	52	7	30	30	30	1.85
1785256--1785297	12	3.5	12	83	9	50	0	0	14	85	0.59
1785265--1785298	11	3.4	10	88	11	52	0	0	14	85	0.60
1785269--1785298	11	2.8	11	95	5	53	0	0	13	86	0.57
1790912--1791031	52	2.3	52	92	0	204	28	16	20	35	1.94
1790912--1791051	52	2.7	52	84	4	176	29	16	20	33	1.95
1791040--1791064	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1791128--1791152	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1795887--1795941	20	2.8	20	97	0	101	36	10	16	36	1.84
1796748--1797278	52	10.6	49	78	6	323	32	16	27	24	1.96
1796748--1797382	101	6.4	101	86	5	705	31	16	27	24	1.97
1796856--1797712	174	4.6	201	88	5	810	29	17	26	25	1.98
1796856--1797295	52	8.7	51	82	5	545	31	16	27	25	1.97
1797205--1797817	87	7.0	87	92	0	956	28	18	26	26	1.98
1797644--1797812	48	3.7	48	69	18	144	27	18	26	27	1.98
1797839--1797962	29	4.3	29	78	9	130	19	16	31	33	1.94
1797827--1797962	56	2.3	57	82	9	159	19	18	30	31	1.96
1797827--1797962	30	4.6	30	76	9	131	19	18	30	31	1.96
1798011--1798874	34	28.9	27	79	12	540	32	12	32	21	1.92
1797982--1798813	61	13.9	59	79	12	648	32	12	32	21	1.91
1798322--1798971	34	20.9	34	80	12	288	34	12	31	21	1.91
1798090--1798960	268	3.2	267	84	7	960	33	12	32	21	1.91
1798239--1798894	240	2.7	236	84	7	748	32	12	32	22	1.91
1798781--1798960	61	2.9	61	86	8	220	38	12	30	18	1.88
1800268--1800324	23	2.5	22	75	8	60	7	5	14	73	1.21
1800333--1800391	23	2.6	24	86	10	88	0	0	15	84	0.62
1800330--1800395	16	4.2	15	83	9	78	0	0	15	84	0.61
1800333--1800396	29	2.2	29	83	10	78	0	0	17	82	0.66
1800330--1800391	14	4.8	13	82	11	74	0	0	14	85	0.60
1807327--1807381	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1807410--1807469	19	3.1	19	75	13	59	30	13	15	41	1.85
1817784--1817808	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1817765--1817828	33	1.9	33	87	6	94	40	10	15	32	1.82
1817795--1817832	20	1.9	20	100	0	76	39	10	13	36	1.79
1823897--1823923	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1826018--1826201	79	2.3	80	83	4	230	34	13	25	27	1.93
1826500--1826530	11	2.8	11	100	0	62	54	9	0	35	1.33
1828567--1828640	20	3.7	20	96	0	130	41	16	14	27	1.87
1829359--1830244	166	5.3	166	77	7	698	30	12	8	48	1.70
1832654--1832836	79	2.3	79	83	7	212	34	15	23	26	1.95
1832821--1832994	79	2.2	79	88	2	260	29	13	27	28	1.94
1832952--1833022	28	2.5	28	90	0	115	28	21	26	23	1.99
1832871--1833190	107	3.0	107	88	1	471	31	15	25	27	1.95
1833060--1833129	28	2.5	28	83	0	95	27	20	27	25	1.99
1838849--1838902	19	2.8	18	72	20	54	31	16	14	37	1.89
1842564--1842648	37	2.3	37	93	4	145	44	16	12	25	1.83
1843629--1843669	21	2.0	21	85	9	57	0	0	14	85	0.60
1843628--1843670	12	3.5	12	90	3	59	0	0	13	86	0.58
1843641--1843671	11	2.8	11	95	0	53	0	0	12	87	0.55
1850642--1850729	20	4.8	20	77	18	109	37	11	17	34	1.85
1850664--1850727	33	1.9	33	100	0	128	37	12	18	31	1.88
1851536--1852066	52	10.6	49	77	6	305	32	16	26	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1851536--1852170	101	6.4	101	85	5	687	31	17	26	24	1.97
1851644--1852170	202	2.7	201	87	5	758	31	17	26	24	1.97
1851993--1852605	87	7.0	87	91	0	920	29	18	25	26	1.98
1852616--1852750	29	4.6	30	80	10	156	19	19	30	31	1.96
1852616--1852750	56	2.3	57	85	10	175	19	19	30	31	1.96
1852617--1852750	30	4.6	29	82	8	148	19	18	30	31	1.96
1852799--1853662	34	28.9	27	79	13	524	32	12	32	21	1.91
1852770--1853601	61	13.9	59	79	12	632	32	12	32	21	1.91
1852799--1853662	151	5.8	144	81	10	576	32	12	32	21	1.91
1852878--1853506	268	2.4	267	88	1	940	31	12	32	22	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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