genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121546--2121583	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2123423--2123477	26	2.1	27	90	10	87	29	0	27	43	1.55
2123973--2124033	20	3.0	20	97	0	113	32	29	13	24	1.93
2124042--2124067	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2124055--2124107	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
2124149--2124211	32	1.9	34	87	12	96	38	15	15	30	1.89
2127837--2127884	9	5.7	9	78	14	57	68	12	2	16	1.29
2130202--2130604	193	2.1	193	90	1	621	31	24	10	33	1.89
2130202--2130604	96	4.2	97	90	3	607	31	24	10	33	1.89
2130560--2130703	69	2.1	68	85	3	200	33	22	6	38	1.79
2133841--2133908	22	3.1	22	79	14	79	72	10	11	5	1.28
2133898--2133936	21	1.9	21	84	5	53	79	7	7	5	1.05
2135166--2135694	29	18.0	28	75	10	326	28	32	17	21	1.96
2135166--2135498	60	5.7	58	79	7	275	28	31	16	23	1.96
2135202--2135694	88	5.5	88	74	10	303	28	32	18	20	1.96
2136498--2137229	156	4.7	155	81	5	776	27	14	18	40	1.89
2138262--2138317	19	2.9	19	89	2	76	37	16	16	30	1.90
2139592--2139642	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
2139695--2139719	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2139728--2139858	52	2.5	52	94	0	235	35	19	16	29	1.94
2144027--2144308	141	2.0	141	99	0	555	23	25	13	37	1.91
2146878--2146920	15	2.9	15	89	0	68	81	18	0	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148212--2148363	30	4.9	31	81	9	168	24	30	15	29	1.96
2148296--2148495	35	5.9	34	87	5	235	20	31	12	35	1.90
2148334--2148496	35	4.7	35	90	0	238	20	32	12	34	1.90
2148296--2148495	70	2.9	69	83	4	264	20	31	12	35	1.90
2148498--2148626	33	3.9	33	95	0	222	30	32	18	18	1.95
2148645--2149640	49	21.5	48	79	11	1052	26	24	18	31	1.97
2148677--2149593	92	10.0	92	92	1	1463	26	23	17	31	1.97
2148812--2148879	22	3.1	22	62	19	52	26	25	17	30	1.97
2149292--2149359	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
2149363--2149430	22	3.1	22	62	19	52	26	25	17	30	1.97
2150526--2150590	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
2150528--2150598	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
2150547--2150571	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2150643--2150667	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2150676--2150804	52	2.5	52	93	0	231	36	18	17	27	1.93
2158206--2158262	19	2.9	19	86	2	78	33	17	14	35	1.90
2159444--2159515	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
2159505--2159673	52	3.2	52	78	8	148	31	13	26	28	1.93
2159656--2159731	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
2159719--2159847	51	2.4	51	80	12	143	33	10	24	31	1.90
2162046--2162113	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2162068--2162092	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162049--2162111	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2162169--2162225	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2162238--2162267	15	2.0	15	100	0	60	13	6	0	80	0.91
2162738--2162979	55	4.4	55	92	3	380	19	19	30	30	1.97
2163948--2163994	1	47.0	1	82	0	58	2	2	4	91	0.55
2163947--2163993	19	2.5	19	89	6	69	4	2	4	89	0.65
2163948--2163995	21	2.3	21	92	3	80	2	2	6	89	0.62
2174415--2174486	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
2174476--2174644	52	3.2	52	77	8	148	31	12	26	29	1.93
2174627--2174702	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
2174690--2174818	51	2.4	51	80	12	143	33	10	24	31	1.90
2177179--2177204	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2177158--2177224	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2177244--2177311	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2177266--2177290	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2177247--2177309	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2177394--2177419	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
2179056--2179095	13	3.1	13	81	0	53	42	15	10	32	1.79
2187453--2187522	32	2.2	32	80	7	81	54	15	1	28	1.50
2191881--2191930	23	2.2	23	100	0	100	8	12	50	30	1.68
2192643--2192994	79	4.4	80	90	2	514	30	15	26	26	1.95
2194391--2194569	35	5.1	35	92	0	288	21	31	5	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195158--2195257	41	2.4	41	83	5	110	47	15	23	15	1.82
2195036--2195256	117	1.9	115	79	9	243	42	13	23	20	1.87
2195275--2195477	61	3.3	60	82	8	241	30	19	24	26	1.98
2195512--2195602	29	3.2	29	62	20	75	24	19	29	26	1.98
2195495--2195689	55	3.4	55	84	10	266	23	20	28	27	1.99
2195338--2195628	154	1.9	156	87	4	433	26	19	28	25	1.99
2195706--2195851	61	2.4	61	86	5	188	30	19	24	25	1.98
2200309--2200364	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
2200352--2200382	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2200477--2200530	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
2200569--2200609	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2217629--2217665	18	2.0	19	89	5	58	83	8	0	8	0.80
2218642--2218785	61	2.4	59	77	4	162	28	27	19	24	1.98
2218799--2218983	55	3.4	55	87	3	250	28	25	20	25	1.99
2219004--2219207	61	3.4	61	80	8	236	25	24	19	30	1.98
2219824--2219856	6	5.5	6	100	0	66	54	15	0	30	1.41
2219822--2219863	18	2.3	18	79	0	57	61	11	0	26	1.30
2219865--2220156	35	8.5	35	87	4	366	45	6	28	20	1.75
2221537--2222046	79	6.4	79	89	0	734	27	25	14	32	1.94
2223778--2224184	79	5.2	79	86	3	543	34	15	24	25	1.95
2223797--2224180	157	2.4	157	89	4	578	34	15	24	25	1.94
2224138--2224211	27	2.7	28	85	2	96	22	20	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225619--2225729	35	3.2	35	85	0	150	20	20	3	54	1.59
2225724--2225769	12	3.8	12	94	0	74	26	0	0	73	0.83
2225724--2225769	18	2.6	18	92	0	74	26	0	0	73	0.83
2225715--2225771	6	9.0	7	88	9	63	26	0	0	73	0.83
2227639--2227682	22	2.0	22	86	4	61	50	2	0	47	1.13
2229769--2229827	24	2.4	23	78	15	66	32	3	1	62	1.21
2234634--2234726	46	2.0	46	100	0	186	33	15	21	30	1.94
2235753--2235819	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2236446--2236483	20	1.9	20	94	0	67	28	10	18	42	1.83
2236393--2236530	54	2.6	54	96	1	251	27	17	17	37	1.92
2236610--2236650	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2237075--2237099	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2237055--2237124	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
2237164--2237188	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2237197--2237316	52	2.3	52	92	1	206	35	18	17	28	1.93
2241106--2241147	21	2.0	21	85	0	57	45	4	14	35	1.66
2242364--2242401	19	2.0	19	100	0	76	52	0	21	26	1.47
2244463--2244517	21	2.6	20	86	11	74	45	5	16	32	1.70
2244479--2244524	21	2.2	21	88	0	65	41	6	15	36	1.73
2247385--2247468	19	4.3	18	68	26	55	41	2	2	53	1.27
2247386--2247474	30	3.0	30	86	0	124	40	3	2	53	1.30
2247651--2247693	20	2.1	21	86	4	61	39	2	4	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251676--2251714	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2254119--2254157	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2257766--2257818	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
2257848--2257904	19	2.9	19	89	5	78	35	17	17	29	1.93
2257889--2257915	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2257870--2257934	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
2262245--2262269	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2262225--2262292	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
2263709--2263734	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2265721--2265745	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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