genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1853027--1853682	240	2.7	236	83	8	707	33	12	32	22	1.91
1853630--1853753	34	3.7	34	86	6	173	37	12	31	17	1.88
1853569--1853753	61	2.9	61	86	7	221	37	12	31	18	1.89
1853740--1853798	31	1.9	31	89	0	91	27	18	32	22	1.97
1855058--1855113	22	2.5	22	75	11	60	7	5	14	73	1.23
1855065--1855184	11	11.2	11	72	18	74	4	2	14	79	0.99
1855122--1855185	29	2.2	29	83	10	78	0	0	17	82	0.66
1855065--1855177	16	6.4	16	75	17	77	4	2	13	79	0.99
1855119--1855180	14	4.8	13	82	11	74	0	0	14	85	0.60
1862132--1862186	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
1862545--1862613	20	3.8	19	71	26	69	27	11	13	47	1.76
1862565--1862589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1862512--1862611	33	3.0	33	91	0	146	32	11	14	43	1.80
1862652--1862676	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1862685--1862804	52	2.3	52	95	0	213	35	17	18	29	1.94
1866941--1866992	11	4.4	12	85	9	72	86	13	0	0	0.57
1866940--1866992	12	4.4	13	83	11	69	86	13	0	0	0.56
1866940--1867003	28	2.3	28	86	5	85	85	12	1	0	0.66
1866939--1867003	32	2.1	30	88	5	94	86	12	1	0	0.65
1866942--1867003	11	5.9	10	78	21	65	85	12	1	0	0.67
1866939--1867003	14	4.7	13	81	14	69	86	12	1	0	0.65
1867240--1867302	20	3.1	21	84	4	85	84	6	9	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1867240--1867302	31	2.1	29	77	11	56	84	6	9	0	0.79
1868309--1868458	31	4.7	31	86	6	167	22	28	15	34	1.94
1868365--1868744	38	10.8	35	79	10	375	20	31	12	36	1.89
1868393--1868744	72	4.9	72	90	3	514	19	32	11	36	1.88
1868746--1868849	33	3.2	32	91	6	172	27	37	18	16	1.92
1868848--1869576	49	15.2	49	83	5	936	25	25	17	31	1.97
1868897--1869610	141	5.0	142	81	7	835	25	25	18	31	1.97
1868850--1869610	190	4.0	190	94	0	1270	25	25	17	31	1.97
1870149--1870248	33	3.0	33	94	0	164	33	12	13	42	1.80
1870169--1870226	13	3.9	13	73	26	53	32	13	13	39	1.85
1870182--1870250	20	3.8	19	73	26	78	28	11	11	47	1.75
1870289--1870313	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1870322--1870441	52	2.3	52	95	0	213	35	17	18	29	1.94
1883871--1883895	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1883852--1883915	33	1.9	33	87	6	94	40	10	15	32	1.82
1883882--1883939	20	2.9	20	100	0	116	39	10	13	36	1.79
1890002--1890028	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1892118--1892301	79	2.3	80	84	4	239	34	13	25	27	1.92
1894654--1894708	20	2.8	20	91	0	92	43	14	14	27	1.84
1895014--1895042	11	2.6	11	100	0	58	17	0	17	65	1.27
1895438--1896284	166	5.1	163	77	8	662	30	12	8	48	1.71
1895530--1896327	332	2.4	332	79	7	814	31	12	8	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1895544--1896322	166	4.7	164	78	6	685	30	12	8	48	1.71
1898899--1899072	79	2.2	79	87	4	253	29	13	27	29	1.94
1898776--1899026	130	1.9	130	82	3	317	33	13	23	29	1.92
1899016--1899100	28	2.9	30	78	15	81	34	17	23	24	1.96
1899036--1899100	28	2.3	28	91	0	103	30	23	23	23	1.99
1898949--1899268	107	3.0	107	88	1	471	31	15	25	27	1.95
1899138--1899207	28	2.5	28	83	0	95	27	20	27	25	1.99
1899771--1899800	6	5.2	6	92	8	53	0	0	13	86	0.57
1904946--1905116	79	2.2	79	87	2	236	30	14	26	27	1.95
1905050--1905168	51	2.3	50	80	7	123	29	10	27	32	1.89
1905103--1905274	78	2.2	77	82	4	200	31	13	26	29	1.94
1904971--1905217	130	1.9	130	88	1	370	31	12	26	29	1.93
1905220--1905302	28	2.9	28	87	3	103	37	19	20	22	1.94
1905338--1905400	28	2.2	28	88	0	99	23	14	33	28	1.94
1905152--1905461	107	2.9	104	83	5	372	32	14	24	28	1.95
1905975--1906001	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
1908755--1909207	157	2.9	157	83	3	522	25	15	19	38	1.91
1909967--1909992	7	3.7	7	100	0	52	57	11	0	30	1.34
1912386--1912450	5	11.2	6	78	15	50	24	3	3	69	1.17
1912392--1912439	17	2.9	17	79	11	55	22	2	4	70	1.15
1913564--1913610	21	2.2	21	92	7	78	78	8	2	10	1.04
1914193--1914462	76	3.5	75	79	5	236	25	18	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1914323--1914514	76	2.5	76	83	3	251	27	18	14	39	1.90
1915030--1915262	66	3.6	65	83	3	274	20	21	12	45	1.84
1915239--1915440	106	1.9	106	80	3	237	22	23	10	43	1.84
1915437--1915592	65	2.4	65	77	12	178	19	25	12	42	1.87
1919266--1919290	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1924085--1924111	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1924067--1924130	33	2.0	32	90	3	101	28	15	15	40	1.88
1924096--1924152	19	2.9	19	84	5	69	31	17	15	35	1.92
1930376--1930404	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
1932267--1932321	17	3.2	17	72	12	58	29	1	32	36	1.68
1932940--1932991	20	2.5	21	81	3	61	36	11	19	32	1.87
1938661--1938777	52	2.2	52	84	3	146	30	15	17	35	1.91
1938766--1938790	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1938829--1938886	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
1941141--1941219	20	3.8	20	76	12	70	35	15	11	37	1.83
1942169--1942767	49	12.7	49	81	9	682	30	18	26	25	1.98
1942160--1942767	92	6.5	92	92	4	975	30	18	26	25	1.98
1942767--1942929	33	4.9	33	91	1	240	20	19	32	27	1.97
1942920--1943271	71	5.2	70	80	14	398	32	12	35	19	1.89
1943001--1943269	37	7.8	36	87	8	377	34	12	33	19	1.89
1942920--1943268	139	2.6	134	87	8	464	32	12	35	19	1.89
1945718--1945782	34	2.0	33	90	6	105	46	15	10	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947982--1948031	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1951195--1951220	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1951927--1951970	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1953765--1953803	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1955865--1955895	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1957553--1957597	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1959812--1959837	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1961718--1961755	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1964261--1964325	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
1964279--1964304	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1964261--1964325	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
1971115--1971239	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1971115--1971259	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
1971248--1971272	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1971316--1971379	33	1.9	33	87	0	92	40	17	12	29	1.86
1973644--1973722	20	3.8	20	76	12	70	35	15	11	37	1.83
1980129--1980497	153	2.4	154	78	2	348	26	13	16	43	1.86
1981947--1982391	224	2.0	225	98	0	865	41	13	10	33	1.79
1983120--1983180	22	2.8	22	87	5	79	24	21	21	32	1.98
1984131--1984207	40	1.9	40	86	0	109	38	5	15	40	1.70
1984793--1984821	15	1.9	15	100	0	58	51	0	6	41	1.28
1984797--1984839	20	2.1	21	83	12	54	51	2	6	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988962--1989328	162	2.2	162	79	4	389	29	6	15	47	1.72
1990655--1990681	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1990734--1990773	13	2.7	15	88	11	57	40	15	17	27	1.89
1997872--1997932	19	3.1	19	73	13	61	42	13	16	27	1.85
1997920--1997944	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1997899--1997971	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
1997901--1997963	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1997988--1998030	21	2.0	21	95	0	77	46	9	16	27	1.77
2000421--2000520	52	1.9	52	85	4	139	32	24	9	35	1.86
2003880--2003945	19	3.8	19	73	22	81	33	12	16	37	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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