genome.fa.s30.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold30
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2650045

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155323--155478	61	2.6	61	77	4	161	24	27	13	34	1.93
156141--156165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
156154--156224	19	3.7	19	78	10	90	33	12	14	39	1.83
156173--156284	20	5.7	20	80	6	129	36	13	10	39	1.79
156148--156284	39	3.5	39	89	3	195	37	13	10	38	1.79
162810--163004	99	2.0	98	88	2	293	45	6	10	36	1.65
162908--163344	142	3.1	140	86	3	601	44	9	10	35	1.72
163602--164637	517	2.0	517	97	0	1937	39	18	12	29	1.87
164788--164832	10	4.4	10	81	13	56	11	17	0	71	1.14
164806--164837	12	2.7	12	95	0	55	9	18	0	71	1.12
169702--169748	11	4.0	13	78	16	50	0	23	0	76	0.78
170229--170991	167	4.6	165	87	6	1010	49	9	9	31	1.67
170212--171116	336	2.7	330	84	7	1095	49	9	10	30	1.68
176858--176979	52	2.3	52	92	0	199	28	18	18	35	1.94
176858--176999	52	2.7	52	85	4	180	30	17	18	33	1.94
176988--177012	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
178963--179016	20	2.7	20	85	0	81	33	12	16	37	1.87
179002--179038	13	2.8	13	95	0	65	32	13	18	35	1.90
181645--181720	13	5.8	13	88	0	116	36	14	9	39	1.78
181642--181720	39	2.0	39	92	0	131	35	13	10	40	1.79
181705--181760	19	2.9	19	72	2	58	30	16	14	39	1.88
181789--181854	20	3.7	20	67	26	65	31	12	21	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181790--181868	33	2.4	33	100	0	158	32	12	20	34	1.90
189931--189995	21	2.7	23	73	26	64	40	1	24	33	1.65
193549--193594	11	4.3	11	78	13	51	0	23	2	73	0.94
194062--194105	20	2.1	22	83	8	56	68	6	9	15	1.38
194044--194642	165	3.7	161	81	8	601	52	9	8	29	1.64
193917--194659	166	4.5	165	77	9	632	51	9	8	30	1.64
200649--200702	20	2.7	20	88	11	76	33	18	14	33	1.92
200771--200797	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
204426--204465	17	2.3	17	82	4	53	62	12	0	25	1.30
210023--210049	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
210034--210090	19	2.9	19	87	10	80	33	17	15	33	1.92
210118--210167	13	4.2	13	73	23	56	32	10	18	40	1.83
212372--212419	21	2.3	21	82	7	62	58	4	14	22	1.54
218729--218799	20	3.6	20	81	14	76	33	15	15	35	1.89
218829--218911	13	7.2	13	68	25	69	36	10	14	38	1.81
218832--218911	34	2.4	34	93	0	133	37	11	13	37	1.81
225877--225945	20	3.5	20	89	0	102	37	14	17	30	1.90
228604--228631	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
228584--228649	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
230808--230875	26	2.6	26	95	0	118	26	42	17	13	1.86
235655--235713	11	5.2	12	78	17	56	84	11	3	0	0.73
235662--235712	9	5.9	9	77	9	61	86	9	3	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235661--235720	25	2.4	25	88	5	86	85	8	6	0	0.76
236998--237140	32	4.5	31	82	6	171	23	27	14	34	1.94
236998--237140	63	2.2	64	86	8	195	23	27	14	34	1.94
237046--237256	33	6.5	32	77	11	117	19	28	16	35	1.93
237128--237245	33	3.6	33	89	0	182	19	31	18	30	1.96
237111--237272	66	2.5	65	80	12	204	19	30	16	33	1.94
237259--237384	29	4.3	29	79	8	141	32	31	17	18	1.94
237254--237384	57	2.3	56	86	5	172	31	31	16	20	1.95
237401--238139	48	15.9	48	75	11	623	25	25	18	30	1.98
237556--237803	39	5.9	39	73	15	208	26	27	19	27	1.99
237508--237847	87	3.9	87	94	0	599	26	26	18	28	1.98
237603--238037	135	3.2	132	78	11	375	24	25	19	30	1.98
237411--237847	174	2.4	178	88	3	630	26	26	18	29	1.98
237900--238129	49	4.5	51	80	4	261	23	23	19	33	1.97
237900--238444	52	10.8	49	70	11	264	23	24	17	34	1.96
237900--238439	101	5.3	101	73	8	339	23	24	17	34	1.96
238098--238545	204	2.2	204	91	0	727	22	25	16	35	1.94
238054--238433	99	3.8	98	69	13	268	23	24	17	35	1.95
238200--238506	99	3.0	99	66	17	241	21	27	14	36	1.93
241728--242440	55	12.4	56	83	6	722	24	19	28	26	1.99
241776--242437	116	5.8	111	83	8	705	24	19	29	26	1.99
241728--242437	232	3.1	229	86	5	929	24	19	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243390--243463	1	74.0	1	75	0	67	0	5	6	87	0.65
243390--243463	19	4.2	17	81	8	78	0	5	6	87	0.65
243390--243463	30	2.5	30	86	4	96	0	5	6	87	0.65
255845--256044	78	2.6	78	82	2	222	30	16	29	25	1.96
255999--256075	28	2.8	28	84	7	86	24	18	33	23	1.96
256059--256181	52	2.4	52	87	2	167	31	10	26	31	1.90
257986--258019	15	2.1	16	89	10	52	0	0	20	79	0.73
258553--258579	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
258533--258597	33	2.0	32	88	8	96	40	15	15	29	1.88
260670--260696	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
266887--266911	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
271804--271844	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
283566--283646	33	2.5	33	95	0	153	33	19	14	32	1.92
283675--283729	19	2.8	20	80	5	67	36	12	18	32	1.88
284161--284279	51	2.4	50	84	10	154	33	6	30	29	1.83
284266--284324	28	2.0	30	87	6	86	33	8	23	33	1.85
284232--284403	79	2.2	78	82	8	206	30	11	29	29	1.91
284364--284431	28	2.4	28	90	0	100	27	23	25	23	2.00
284392--284859	79	5.9	78	77	7	428	33	11	25	29	1.92
284311--284510	107	1.9	107	80	10	239	30	13	27	28	1.94
284233--284572	186	1.8	185	83	6	456	31	12	26	29	1.92
284610--284669	28	2.0	30	87	9	88	38	13	18	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284418--284859	237	1.9	237	81	3	550	33	11	25	30	1.90
284418--284859	158	2.8	156	83	4	557	33	11	25	30	1.90
290812--291509	61	10.8	61	82	10	593	20	33	13	32	1.91
290789--291509	34	22.2	33	75	16	475	20	33	13	32	1.91
290970--291021	27	1.9	27	92	0	86	23	36	17	23	1.95
290812--291486	95	7.0	96	78	13	622	20	34	13	32	1.91
291201--291387	63	2.8	63	82	9	187	20	36	13	28	1.91
291361--291414	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
291530--291720	33	5.8	33	87	7	280	28	34	19	18	1.95
291530--291720	67	2.9	66	91	3	303	28	34	19	18	1.95
291717--292369	49	13.4	49	88	2	935	24	25	17	31	1.97
291717--292369	195	3.4	195	92	2	1039	24	25	17	31	1.97
292188--292325	43	3.1	43	90	5	195	25	25	18	30	1.98
292383--292505	66	1.9	65	86	1	174	22	25	13	38	1.91
293214--293238	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
293194--293260	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
296776--296852	20	3.5	20	72	24	75	38	14	15	31	1.87
296744--296823	33	2.5	32	84	10	108	38	13	16	31	1.87
296795--296832	13	2.9	13	92	0	67	39	13	15	31	1.86
296762--296853	46	2.0	46	95	0	166	39	14	15	31	1.87
298279--298380	20	5.0	20	82	4	132	29	13	10	46	1.77
298257--298380	62	2.0	62	96	0	230	30	12	12	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299775--300139	76	4.8	77	79	8	347	27	16	11	44	1.81
300458--300498	20	2.0	20	85	0	55	26	21	9	41	1.84
301891--302249	76	4.7	76	82	3	377	27	16	10	44	1.81
301888--302249	152	2.4	152	84	4	428	27	16	11	44	1.81
303026--303265	65	3.7	65	87	3	331	15	22	19	43	1.87
303235--303295	32	1.9	32	100	0	122	19	24	11	44	1.84
303174--303360	97	1.9	97	83	4	243	15	23	14	45	1.83
303226--303359	32	4.2	32	75	12	112	14	21	14	48	1.80
304717--304804	13	6.8	13	71	27	64	30	14	13	40	1.85
304725--304834	19	6.4	19	76	23	127	27	14	15	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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