genome.fa.s320.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold320
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2598547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1258--1298	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
3991--4055	24	2.8	23	77	13	62	33	4	1	60	1.27
4464--4528	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
4482--4507	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
4464--4528	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
8578--8608	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
10690--10727	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
10839--10884	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
18050--18186	53	2.6	53	90	3	215	24	14	31	29	1.95
23930--23955	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
23993--24047	19	2.8	19	78	8	65	32	16	12	38	1.86
28500--28539	21	2.0	20	85	5	53	55	0	0	45	0.99
28837--28876	18	2.2	18	95	0	71	50	0	0	50	1.00
28892--28933	13	3.0	14	86	10	59	33	2	0	64	1.07
28861--28954	34	2.8	35	75	12	97	41	2	0	56	1.11
29067--29107	21	1.9	22	90	5	66	43	0	2	53	1.13
29154--29200	21	2.3	21	85	10	62	51	4	0	44	1.21
29384--29440	22	2.5	23	80	8	64	63	0	5	31	1.17
29384--29440	23	2.5	22	80	8	62	63	0	5	31	1.17
30514--30542	15	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
30779--30809	15	2.1	15	93	0	53	25	22	16	35	1.94
33663--33689	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34196--34276	38	2.1	38	97	0	153	44	12	14	28	1.82
34415--35023	305	2.0	305	94	0	1065	44	11	10	33	1.75
35210--35245	18	2.0	18	88	0	54	52	5	0	41	1.24
36722--37192	79	5.9	79	81	3	507	33	14	25	26	1.94
36734--37191	157	2.9	158	82	3	510	34	14	24	26	1.94
36722--37187	236	2.0	238	86	1	650	33	14	25	26	1.95
37987--38013	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
43527--43568	12	3.5	12	86	0	57	85	14	0	0	0.59
44836--45068	31	7.6	31	79	8	253	22	28	14	34	1.93
44836--45068	61	3.8	60	82	5	254	22	28	14	34	1.93
44996--45375	34	11.7	34	77	14	322	21	31	12	33	1.91
45125--45184	27	2.2	27	91	5	95	20	35	13	31	1.91
45092--45286	61	3.1	61	78	10	219	21	32	11	34	1.89
45031--45375	129	2.7	124	78	12	338	22	32	12	33	1.91
45070--45245	95	1.8	96	86	3	257	21	32	12	33	1.91
45291--45347	27	2.1	27	86	0	78	22	33	12	31	1.91
45254--45375	61	2.0	61	91	0	199	21	35	13	30	1.91
45386--45624	39	5.7	38	69	19	136	27	24	19	28	1.99
45386--45673	88	3.3	88	86	1	391	27	24	19	29	1.98
46571--46619	2	25.5	2	87	8	66	57	0	0	42	0.99
59160--59190	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
60396--60436	15	2.8	15	88	3	57	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62011--62044	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
64222--64258	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
65078--65113	17	2.1	17	89	0	54	69	8	2	19	1.27
65197--65254	24	2.3	25	79	8	73	56	1	3	37	1.26
65257--65312	28	2.1	26	86	6	76	8	16	0	75	1.05
65874--65911	19	2.0	20	89	5	60	71	0	0	28	0.87
66695--66763	25	2.8	24	79	14	70	52	2	1	43	1.25
66690--66763	12	5.9	12	73	16	62	54	4	1	40	1.28
70411--70478	31	2.2	31	91	0	109	32	22	14	30	1.94
72761--72877	38	3.1	37	85	4	153	36	29	11	22	1.89
73856--73906	26	2.0	26	96	0	93	33	29	0	37	1.58
75433--75465	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
78631--78655	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
80918--80953	14	2.8	13	88	12	56	41	5	0	52	1.24
80907--80946	14	2.9	14	85	11	55	40	5	0	55	1.22
81789--81859	36	2.0	35	86	8	99	25	9	12	52	1.70
82058--82104	25	2.0	23	84	16	60	34	6	0	59	1.23
83893--83937	21	2.1	21	83	0	54	46	6	0	46	1.29
84595--84681	30	2.9	31	75	13	92	40	1	2	56	1.19
85852--85933	32	2.6	32	88	0	110	45	1	2	51	1.22
87062--87087	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
87156--87197	22	2.0	21	85	4	57	52	2	7	38	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87481--87535	25	2.1	27	90	6	87	54	0	3	41	1.18
89141--89170	13	2.3	13	94	0	51	56	0	0	43	0.99
89572--89613	18	2.2	20	87	12	61	61	4	2	30	1.29
90510--90569	30	1.9	32	83	6	79	28	0	5	66	1.12
90556--90596	15	2.8	15	82	13	50	46	0	0	53	1.00
91841--91871	6	5.2	6	100	0	62	35	0	0	64	0.94
92942--92978	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
95186--95213	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
108330--108396	34	2.0	34	84	0	89	40	29	0	29	1.57
109428--109473	21	2.2	21	84	7	58	21	32	13	32	1.92
109708--109754	19	2.5	18	83	10	58	80	2	17	0	0.80
110885--110921	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
111805--111846	18	2.4	17	81	18	50	50	0	0	50	1.00
112192--112250	28	2.1	28	96	3	111	42	6	22	28	1.79
112201--112258	28	2.1	28	90	0	89	43	12	17	27	1.84
113478--113512	18	1.9	18	94	0	61	11	14	2	71	1.25
114010--114060	16	3.2	16	76	20	61	50	5	0	43	1.26
114664--114724	24	2.5	24	81	10	70	39	1	0	59	1.08
114663--114720	23	2.4	25	80	5	66	41	1	0	56	1.09
119952--120198	76	3.3	75	75	3	255	36	19	10	33	1.87
119924--120253	152	2.2	152	81	3	387	35	18	11	34	1.87
120629--120672	20	2.1	21	87	4	63	45	9	15	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120732--120855	52	2.4	53	86	2	171	29	13	13	43	1.83
120759--120868	52	2.1	51	83	1	139	29	17	14	39	1.89
126049--126419	157	2.4	157	79	5	383	29	22	11	37	1.88
126049--126389	78	4.3	78	76	7	287	29	21	11	38	1.88
126425--126859	79	5.5	79	76	8	379	27	23	13	35	1.93
126424--126803	158	2.4	158	83	4	464	27	22	13	35	1.92
126190--126685	265	1.9	264	79	6	556	29	22	11	36	1.89
127890--128182	115	2.6	114	78	3	266	46	13	12	27	1.79
127890--128183	58	5.1	57	73	8	193	45	13	12	27	1.80
127932--128297	115	3.2	115	79	3	335	44	12	14	28	1.80
128079--128239	58	2.8	57	76	5	155	42	13	15	29	1.84
129650--129711	21	2.9	22	81	11	76	35	20	17	25	1.95
130002--130069	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
130023--130047	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
130004--130066	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
130109--130134	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132498--132885	52	7.4	51	70	13	216	28	25	13	32	1.93
132873--132944	28	2.6	28	88	4	101	22	36	19	22	1.95
132493--132995	264	1.9	263	87	4	744	27	26	13	31	1.94
132896--133098	78	2.6	78	82	5	232	24	30	16	28	1.97
145513--145562	16	3.1	16	80	8	57	84	8	8	0	0.79
145512--145562	17	3.1	17	81	18	63	84	7	7	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146445--147207	59	13.3	57	84	8	815	26	29	21	23	1.99
146937--147073	26	4.9	29	63	22	87	29	31	20	18	1.97
148002--148069	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
148023--148047	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148004--148066	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
148109--148134	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
150490--150621	51	2.5	53	81	9	162	32	25	9	31	1.89
150702--150903	52	3.9	51	79	6	192	29	23	11	35	1.90
150712--150903	104	1.9	103	83	3	251	30	23	11	33	1.91
150891--150962	28	2.6	28	88	4	101	22	36	19	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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