genome.fa.s320.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold320
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2598547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150914--151116	78	2.6	78	82	6	234	25	30	16	28	1.96
156013--156045	17	1.9	17	93	0	57	27	3	0	69	1.03
157812--157874	33	1.9	33	93	0	108	50	1	28	19	1.56
157818--157882	33	2.0	33	88	5	98	55	1	27	15	1.49
157900--157926	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
162746--162925	20	8.9	20	71	18	115	28	14	12	43	1.82
165703--165743	21	2.0	21	100	0	82	41	19	19	19	1.91
166682--166706	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
166767--166792	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
166749--166813	33	2.0	33	90	3	105	36	16	12	33	1.87
167498--167665	53	3.2	52	82	5	194	39	14	22	23	1.90
167795--168137	29	11.7	29	86	3	481	23	16	30	29	1.96
167795--168137	59	5.8	59	93	0	571	23	16	30	29	1.96
169586--169652	13	5.5	12	70	10	55	1	4	11	82	0.89
169577--169630	7	7.7	7	73	22	51	0	1	16	81	0.78
169576--169652	20	3.8	20	79	16	72	1	5	12	80	0.94
169619--169670	25	2.1	24	85	3	68	9	3	3	82	0.91
182394--182445	21	2.5	21	100	0	104	44	17	19	19	1.87
183391--183415	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183476--183501	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
183458--183522	33	2.0	33	90	3	105	36	16	12	33	1.87
185498--185676	51	3.5	51	75	3	157	28	22	12	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185663--185736	28	2.7	26	85	8	94	21	36	18	22	1.95
185651--185893	110	2.2	108	81	5	283	25	27	14	31	1.95
185830--185948	51	2.3	51	88	2	177	28	26	13	31	1.94
185882--186184	79	3.8	78	77	5	243	26	27	14	31	1.95
185880--186179	158	1.9	158	82	5	374	27	26	15	31	1.96
187316--187350	2	17.5	2	93	0	61	51	0	2	45	1.16
194529--194562	2	16.5	2	93	6	59	2	47	0	50	1.16
198008--198074	15	4.5	15	71	19	50	26	68	2	1	1.12
198016--198081	17	3.8	17	73	25	57	25	69	3	1	1.11
198050--198101	20	2.5	20	82	17	63	21	73	3	1	1.10
198056--198101	21	2.2	20	85	11	58	19	76	2	2	1.00
198067--198114	24	2.0	25	84	12	64	22	68	4	4	1.24
201188--201225	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
202478--202536	28	2.1	28	93	3	102	44	6	22	27	1.78
202487--202544	28	2.1	28	90	0	89	43	12	17	27	1.84
204305--204355	16	3.2	16	76	20	61	50	3	0	45	1.20
204956--205016	24	2.5	24	81	10	70	39	1	0	59	1.08
204955--205012	23	2.4	25	80	5	66	41	1	0	56	1.09
210678--210924	76	3.2	76	79	1	289	35	19	11	34	1.87
210649--210979	152	2.2	151	82	3	396	35	18	11	34	1.87
211348--211421	21	3.6	20	81	7	69	39	9	17	33	1.82
211457--211580	52	2.4	52	89	2	178	30	13	12	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211484--211593	52	2.1	51	86	1	148	30	15	14	40	1.87
216818--216946	51	2.5	51	79	2	152	31	22	9	36	1.86
217166--217423	79	3.3	77	76	11	220	25	24	14	34	1.94
218597--218633	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
223359--223387	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
223831--223857	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
224657--224702	2	23.0	2	86	0	65	45	2	4	47	1.34
227423--227499	28	2.6	29	75	10	75	57	1	3	37	1.26
228748--228782	18	2.0	17	88	5	52	65	0	0	34	0.93
232340--232379	20	1.9	20	85	10	53	37	5	17	40	1.72
233343--233392	23	2.1	24	82	10	59	68	2	0	30	1.01
233349--233392	14	2.9	15	83	10	54	70	2	0	27	0.99
233467--233513	25	1.9	24	86	4	67	70	0	0	29	0.88
233466--233509	11	3.7	12	79	8	54	68	0	0	31	0.90
234068--234144	32	2.4	32	85	6	104	29	15	14	40	1.87
234133--234181	20	2.5	20	86	0	71	34	4	6	55	1.44
237078--237121	23	2.0	23	90	4	72	29	13	9	47	1.74
238421--238494	37	2.1	34	80	12	78	67	4	4	24	1.25
240152--240177	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
240934--240958	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
240990--241064	29	2.6	30	76	18	79	50	1	0	48	1.09
240959--241064	56	1.9	56	82	7	135	52	0	0	46	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241327--241375	4	12.5	4	82	4	55	44	6	0	48	1.27
241327--241375	10	5.0	10	82	2	55	44	6	0	48	1.27
245395--245455	24	2.7	22	75	22	63	54	0	0	45	1.00
246197--246250	9	6.1	9	76	4	56	68	0	5	25	1.11
246197--246251	17	3.2	17	81	2	56	67	0	5	27	1.12
246193--246248	18	3.2	18	82	2	69	67	0	7	25	1.15
250196--250225	7	4.3	7	100	0	60	40	0	0	60	0.97
250924--250948	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
251279--251440	67	2.6	61	77	11	141	58	2	8	30	1.40
251491--251522	11	2.6	13	85	14	50	71	0	18	9	1.12
254747--254776	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
256075--256118	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
262512--262567	22	2.6	22	91	5	89	44	12	14	28	1.81
264102--264188	43	2.0	43	90	0	138	40	3	12	43	1.60
264405--264438	15	2.5	13	82	17	50	50	2	0	47	1.16
264410--264438	15	1.9	15	100	0	58	55	3	0	41	1.17
265085--265115	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
266659--266732	28	2.6	29	82	6	89	63	0	2	33	1.09
267867--267897	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
268112--268165	13	3.9	14	76	13	51	64	0	0	35	0.94
268108--268143	19	1.9	18	94	5	63	72	0	0	27	0.85
268139--268224	7	12.0	7	71	18	52	45	1	0	53	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268135--268182	17	2.6	17	87	9	60	54	2	0	43	1.12
268110--268143	6	5.5	6	86	6	50	70	0	0	29	0.87
268106--268188	24	3.8	22	75	23	70	59	1	0	39	1.05
268110--268182	20	3.5	21	78	14	71	60	1	0	38	1.06
268183--268233	13	3.4	15	78	15	52	39	0	0	60	0.97
268826--268872	21	2.2	22	85	11	62	59	12	0	27	1.34
271351--271414	21	3.0	21	75	20	71	59	1	0	39	1.07
285357--285415	20	2.8	20	82	5	73	35	15	11	37	1.84
293702--293776	20	3.8	20	78	0	78	34	12	12	41	1.79
302217--302899	27	25.0	27	91	1	1042	23	33	14	28	1.94
302217--302897	300	2.3	298	91	3	1098	23	33	14	29	1.94
302882--303659	32	26.0	31	88	4	736	28	34	18	18	1.94
303137--303618	28	16.8	28	86	5	342	26	33	19	20	1.96
304268--304338	20	3.5	20	80	0	88	35	9	12	42	1.76
319034--319102	11	5.9	11	73	15	50	28	8	20	42	1.82
321974--322110	5	27.8	5	70	22	62	56	0	0	42	1.04
321965--322032	12	6.2	12	77	17	60	66	0	0	33	0.92
321979--322032	17	3.2	17	92	2	92	66	0	0	33	0.92
321970--322048	40	2.0	40	85	5	106	63	0	0	36	0.95
321980--322117	17	8.3	17	70	15	67	57	0	0	41	1.03
322393--322442	19	2.7	18	78	9	57	52	4	0	44	1.20
323649--323693	19	2.4	19	82	10	58	4	8	0	86	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323957--323998	13	3.1	14	83	6	52	66	0	0	33	0.92
324039--324137	22	4.1	21	69	27	56	42	5	1	51	1.30
324100--324144	21	2.2	21	84	4	56	48	6	0	44	1.29
324037--324157	28	4.7	27	77	16	123	44	4	0	49	1.29
324037--324157	49	2.4	50	85	10	165	44	4	0	49	1.29
327461--327517	29	2.0	28	86	3	78	33	10	7	49	1.64
328287--328359	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
328305--328380	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
328287--328380	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
328419--328444	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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