genome.fa.s320.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold320
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2598547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151012--2151045	14	2.4	14	95	0	59	50	2	0	47	1.16
2153257--2153293	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
2153323--2153350	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2153473--2153528	13	4.3	13	79	6	60	37	1	0	60	1.07
2153546--2153741	71	2.7	70	76	10	191	57	1	2	39	1.20
2153694--2153731	20	2.0	20	89	5	60	63	0	0	36	0.95
2154061--2154389	73	4.6	73	76	12	286	33	1	9	55	1.41
2154608--2154683	23	3.4	22	70	24	61	67	5	0	27	1.12
2155076--2155131	26	2.2	26	100	0	112	39	0	7	53	1.28
2155175--2155216	11	3.9	11	87	6	59	45	0	0	54	0.99
2155817--2155852	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2157239--2157280	14	2.8	15	82	10	50	54	2	0	42	1.13
2158997--2159025	14	2.0	15	93	6	51	75	3	0	20	0.94
2159481--2159515	15	2.4	14	90	4	52	65	0	2	31	1.07
2159583--2159890	164	1.9	165	83	5	410	43	4	9	42	1.57
2160067--2160091	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2160038--2160121	27	3.0	27	76	11	73	44	3	0	52	1.18
2160296--2160325	12	2.4	13	94	5	53	53	13	0	33	1.40
2160620--2160682	3	21.0	3	96	0	117	31	0	0	68	0.90
2161634--2161659	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2162212--2162328	26	4.5	24	69	20	74	30	0	8	60	1.26
2162191--2162400	80	2.8	75	77	14	209	35	0	6	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162208--2162378	80	2.1	79	85	8	222	33	0	7	58	1.31
2163933--2163977	24	1.9	23	81	4	54	46	2	2	48	1.26
2165626--2165671	23	2.0	23	83	8	58	39	4	4	52	1.41
2166374--2166415	22	1.9	22	85	9	59	52	0	0	47	1.00
2166426--2166476	14	3.7	13	78	14	50	41	1	5	50	1.37
2166423--2166490	29	2.3	29	74	18	70	41	5	5	47	1.52
2167326--2167355	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2167354--2167386	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2168084--2168110	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2172438--2172482	2	23.5	2	86	8	67	53	0	46	0	1.00
2172978--2173024	11	3.8	12	78	13	51	70	0	4	25	1.05
2173041--2173087	16	2.8	17	76	23	55	51	0	0	48	1.00
2173050--2173104	27	2.0	27	83	13	69	50	0	1	47	1.11
2174365--2174406	21	2.0	20	82	13	50	45	4	0	50	1.23
2175704--2175756	23	2.4	22	84	9	63	58	0	0	41	0.98
2175715--2175757	22	2.0	21	90	9	68	53	0	0	46	1.00
2175825--2175869	17	2.7	16	83	12	63	35	0	0	64	0.94
2175828--2175886	20	3.2	19	83	7	59	38	0	0	61	0.96
2175826--2175897	18	4.0	18	81	10	67	41	0	1	56	1.07
2178051--2178076	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2185903--2185944	22	1.9	22	85	9	59	54	2	0	42	1.13
2186332--2186433	30	3.2	31	76	14	102	43	0	0	55	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186446--2186485	21	2.0	21	85	5	55	50	2	5	42	1.37
2189958--2190036	33	2.4	34	97	2	151	24	21	12	41	1.87
2192555--2192596	19	2.2	19	83	8	50	16	0	7	76	1.00
2195314--2195526	106	2.0	106	99	0	417	20	13	22	43	1.86
2195481--2195574	48	2.0	47	95	2	170	10	11	25	52	1.70
2195375--2195683	154	2.0	153	98	0	600	17	12	24	45	1.83
2199651--2199766	59	2.0	59	94	0	205	27	20	14	37	1.92
2213989--2214048	28	2.2	28	85	8	79	36	0	0	63	0.95
2214075--2214118	15	2.9	14	81	15	52	52	2	0	45	1.13
2214096--2214130	16	2.2	16	89	0	52	48	5	0	45	1.26
2214942--2214981	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
2215766--2215793	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2216492--2216543	20	2.4	22	81	18	65	53	3	0	42	1.19
2217503--2217893	130	3.0	131	88	4	530	40	13	5	39	1.68
2218186--2218226	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2218763--2218813	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2219399--2219431	16	2.1	16	94	0	57	21	0	6	72	1.05
2219451--2219513	17	3.6	17	77	12	74	25	0	1	73	0.93
2219454--2219513	9	6.9	9	75	21	56	25	0	1	73	0.93
2220068--2220098	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2235395--2235559	91	1.9	86	79	13	183	36	1	1	60	1.15
2236259--2236296	18	2.1	19	85	5	51	28	0	0	71	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237000--2237077	21	3.7	21	71	21	65	46	0	0	53	1.00
2237000--2237060	21	2.9	22	77	15	67	47	0	0	52	1.00
2240588--2240630	21	2.0	21	86	8	61	37	0	16	46	1.47
2241249--2241285	3	12.3	3	94	0	65	64	0	0	35	0.94
2241736--2241762	5	5.4	5	100	0	54	81	18	0	0	0.69
2244547--2244588	21	2.0	21	86	9	59	14	42	9	33	1.78
2246162--2246252	27	3.4	27	65	18	64	54	0	0	45	0.99
2254746--2254920	91	1.9	91	90	3	280	50	5	1	42	1.36
2261757--2261798	22	1.9	22	85	0	57	52	0	11	35	1.38
2262533--2262574	15	2.6	16	81	11	50	42	0	0	57	0.99
2263479--2263506	11	2.5	11	100	0	56	10	25	25	39	1.87
2266564--2266607	21	2.1	21	86	0	61	34	0	6	59	1.24
2268962--2269001	21	1.9	21	84	0	53	7	12	2	77	1.07
2270137--2270218	41	2.0	41	97	0	155	29	13	19	37	1.90
2271182--2271209	13	2.2	13	100	0	56	28	7	32	32	1.84
2275085--2275253	86	2.0	86	100	0	338	34	2	10	52	1.49
2275600--2275647	3	16.0	3	88	0	69	29	2	4	64	1.23
2276471--2276507	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2277019--2277097	42	1.9	41	92	2	131	31	6	12	49	1.66
2277297--2277329	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2278182--2278212	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2285523--2285550	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293687--2293725	2	20.5	2	84	10	55	48	0	2	48	1.15
2296152--2296205	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
2302663--2302701	12	3.1	13	85	14	55	2	28	0	69	1.02
2302663--2302701	11	3.2	12	89	10	53	2	28	0	69	1.02
2302812--2302858	15	3.1	15	78	9	51	72	2	0	25	0.96
2302813--2302860	9	5.1	9	82	9	60	70	2	0	27	0.98
2303334--2303404	29	2.5	29	81	6	74	45	0	1	53	1.09
2303368--2303416	18	3.0	15	75	18	53	40	0	0	59	0.98
2303367--2303417	16	3.1	16	72	27	52	43	0	0	56	0.99
2304806--2304830	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2305150--2305237	30	2.9	29	75	18	90	57	0	0	42	0.98
2311795--2311847	27	2.0	27	88	7	81	49	0	0	50	1.00
2313390--2313428	16	2.2	19	86	13	57	56	0	5	38	1.22
2314664--2314706	22	2.0	22	86	4	61	32	0	2	65	1.06
2314944--2314970	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2315765--2315789	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2316604--2316628	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2317043--2317073	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2320908--2320970	27	2.3	27	83	5	74	46	1	3	49	1.27
2321832--2321862	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2324469--2324512	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
2325907--2325952	20	2.4	19	82	13	58	30	2	0	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327572--2327661	47	1.9	46	81	2	108	51	14	16	17	1.77
2331746--2331784	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2336912--2336963	21	2.5	21	76	20	56	42	0	0	57	0.98
2337320--2337368	17	2.9	16	75	6	53	22	0	6	71	1.08
2337376--2337441	32	2.1	30	81	10	71	39	0	3	57	1.14
2337367--2337425	23	2.6	23	78	7	59	42	1	1	54	1.20
2337694--2337755	32	2.0	31	84	9	81	43	3	3	50	1.34
2346359--2346409	17	2.9	18	82	11	61	66	0	0	33	0.92
2346361--2346409	16	2.8	18	81	9	57	67	0	0	32	0.91
2346360--2346400	21	2.0	21	86	9	59	73	0	0	26	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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