genome.fa.s320.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold320
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2598547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347218--2347259	19	2.1	21	82	8	52	59	4	0	35	1.19
2348757--2348801	4	11.0	4	95	4	81	24	0	0	75	0.80
2349055--2349147	47	2.0	46	91	4	152	22	11	5	60	1.52
2351385--2351453	32	2.1	32	81	7	77	55	4	1	39	1.29
2352294--2352347	14	4.2	13	78	19	51	48	0	0	51	1.00
2352302--2352347	7	6.7	7	76	14	51	52	0	0	47	1.00
2353921--2353952	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2355571--2355622	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
2358264--2358320	21	2.7	21	91	0	96	19	24	19	36	1.94
2358781--2358824	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2362110--2362143	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2363361--2363394	18	1.9	17	94	5	59	44	0	8	47	1.34
2363426--2363468	22	2.0	22	86	13	63	41	0	0	58	0.98
2364634--2364675	3	13.7	3	95	5	75	33	2	0	64	1.07
2372999--2373051	28	1.9	27	88	3	79	30	1	11	56	1.45
2377522--2377567	24	1.9	24	90	0	74	21	8	26	43	1.81
2382013--2382131	42	2.8	42	90	0	184	42	2	45	9	1.49
2387664--2387710	22	2.1	22	85	14	62	65	0	0	34	0.93
2392797--2392849	17	3.2	16	79	10	54	67	1	0	30	1.01
2398903--2398951	20	2.5	20	78	15	57	63	4	0	32	1.13
2399881--2399953	21	3.5	20	72	10	65	57	0	0	42	0.98
2399901--2399954	20	2.6	21	80	11	67	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401118--2401149	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2407899--2407927	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2408089--2408165	28	2.7	28	74	20	79	53	0	0	46	1.00
2408089--2408169	29	2.9	28	70	18	69	54	0	0	45	0.99
2408172--2408212	21	1.9	21	85	5	55	36	9	0	53	1.34
2408429--2408470	22	1.9	22	85	0	57	38	4	0	57	1.20
2408516--2408541	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2408694--2408743	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2411236--2411270	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2411467--2411500	16	2.0	16	88	11	50	52	0	0	47	1.00
2411837--2411892	21	2.7	20	74	17	60	44	0	1	53	1.11
2412243--2412287	16	2.8	16	86	6	56	51	0	2	46	1.13
2412249--2412293	16	2.8	16	90	6	65	51	0	0	48	1.00
2412943--2412973	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2418821--2419048	114	2.0	114	92	1	377	36	19	18	25	1.94
2419349--2419395	24	2.0	24	83	8	60	72	0	0	27	0.85
2420128--2420233	4	24.0	4	74	14	59	48	0	0	50	1.07
2420127--2420179	5	11.4	5	78	15	60	58	0	0	41	0.98
2420128--2420234	9	12.0	9	77	10	87	47	0	0	51	1.07
2420323--2420378	22	2.5	22	75	8	60	55	8	0	35	1.31
2420479--2420519	21	2.0	21	95	0	73	26	14	14	43	1.84
2420478--2420530	21	2.6	21	84	3	72	32	11	11	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420547--2420615	27	2.6	28	86	6	90	50	1	0	47	1.09
2420549--2420609	21	2.9	21	80	2	68	49	0	0	50	1.00
2424439--2424490	26	2.0	26	100	0	104	23	15	7	53	1.67
2426316--2426354	19	2.0	20	90	5	62	38	0	0	61	0.96
2426311--2426358	20	2.3	21	82	13	64	39	0	0	60	0.97
2426707--2426765	22	2.8	21	80	12	59	49	0	3	47	1.18
2428564--2428610	14	3.1	15	84	6	51	57	2	0	40	1.11
2429321--2429364	6	7.7	6	97	2	74	15	0	0	84	0.63
2429745--2429776	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2434742--2434783	21	2.0	21	85	4	57	69	0	0	30	0.89
2434770--2434825	23	2.5	21	78	16	58	58	0	0	41	0.98
2434804--2434840	18	2.0	20	89	10	60	51	2	0	45	1.15
2435163--2435225	17	3.7	17	75	10	58	47	0	1	50	1.10
2435163--2435225	16	3.7	17	72	6	56	47	0	1	50	1.10
2435657--2435690	13	2.6	13	85	0	50	70	0	2	26	1.01
2436008--2436079	26	2.8	26	75	21	80	61	0	0	38	0.96
2435973--2436070	13	8.5	11	70	19	58	59	0	1	39	1.04
2436054--2436088	16	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
2436073--2436130	9	6.8	9	76	13	52	55	0	0	44	0.99
2436062--2436124	16	3.9	16	78	11	58	53	0	0	46	1.00
2436089--2436135	23	2.0	25	91	8	80	57	0	0	42	0.98
2436468--2436542	16	4.6	16	71	15	55	52	1	1	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436523--2436564	14	2.9	15	85	7	59	61	0	0	38	0.96
2436538--2436583	23	2.0	24	86	4	67	54	2	0	43	1.12
2437637--2437682	17	2.6	18	80	20	60	47	4	2	45	1.34
2437825--2437867	18	2.4	18	84	7	52	53	0	0	46	1.00
2438119--2438152	15	2.2	16	89	5	52	64	0	0	35	0.94
2440271--2440304	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2446897--2446993	41	2.3	43	80	13	116	47	1	0	51	1.07
2446909--2446970	26	2.4	25	78	7	61	48	0	0	51	1.00
2446900--2446993	46	2.0	46	80	8	102	46	1	0	52	1.07
2448047--2448090	21	2.1	20	83	8	52	59	0	0	40	0.98
2448608--2448665	28	2.0	29	83	9	75	41	1	1	55	1.20
2449731--2449884	77	2.0	77	84	1	200	41	5	7	44	1.57
2450508--2450575	31	2.2	32	80	12	81	48	1	10	39	1.46
2452347--2452389	19	2.4	19	80	7	54	55	4	0	39	1.20
2453277--2453305	12	2.5	12	94	5	51	79	0	13	6	0.93
2460747--2460776	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
2460959--2460997	14	2.6	15	80	12	53	48	0	0	51	1.00
2467618--2467708	47	2.0	46	97	2	173	40	10	19	28	1.86
2467794--2467844	25	2.1	24	85	10	68	45	0	0	54	0.99
2468256--2468312	30	1.9	29	82	10	71	50	0	1	47	1.11
2468264--2468314	7	7.0	7	77	16	50	49	0	1	49	1.12
2468434--2468472	19	2.1	19	90	9	62	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468597--2468625	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2469232--2469279	19	2.6	17	78	15	60	77	2	0	20	0.88
2469353--2469382	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2469810--2469857	24	2.0	24	84	4	62	29	2	0	68	1.01
2470622--2470671	24	2.1	23	85	3	64	50	0	0	50	1.00
2470622--2470678	24	2.4	24	79	2	62	49	0	0	50	1.00
2470626--2470680	12	4.5	13	78	13	55	49	0	0	50	1.00
2471429--2471459	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
2475590--2475618	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
2476153--2476196	18	2.4	18	85	10	63	56	2	0	40	1.11
2477585--2477657	24	3.0	25	80	9	71	64	0	0	35	0.94
2477608--2477646	11	3.6	11	90	10	55	69	0	0	30	0.89
2477608--2477647	21	2.0	20	85	14	55	70	0	0	30	0.88
2477588--2477652	11	5.6	11	75	17	53	66	0	0	33	0.92
2481245--2481303	19	2.8	19	73	16	55	28	5	1	64	1.24
2481245--2481303	21	2.9	19	76	18	57	28	5	1	64	1.24
2481413--2481442	8	3.6	8	91	8	51	63	0	0	36	0.95
2481588--2481630	8	5.4	8	78	10	52	46	0	0	53	1.00
2481588--2481630	17	2.7	15	82	10	59	46	0	0	53	1.00
2481848--2481897	24	2.1	24	96	0	91	60	8	16	16	1.58
2482284--2482313	13	2.3	13	94	0	51	90	0	10	0	0.47
2488745--2488811	11	6.4	11	68	16	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488759--2488807	22	2.4	22	86	10	68	51	0	0	48	1.00
2488743--2488812	28	2.4	30	79	11	76	57	0	0	42	0.99
2500882--2500931	12	4.2	12	75	14	50	58	0	2	40	1.10
2500860--2500922	25	2.6	25	83	11	87	61	0	0	38	0.96
2501272--2501311	13	3.2	13	85	7	55	52	0	0	47	1.00
2501602--2501673	29	2.6	27	82	12	85	33	8	0	58	1.28
2501656--2501720	31	2.1	31	86	11	89	44	7	0	47	1.31
2501586--2501718	30	4.6	27	73	18	90	36	9	0	53	1.38
2501753--2501785	3	11.3	3	87	6	50	66	3	0	30	1.06
2504698--2504754	16	3.4	17	75	20	57	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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