genome.fa.s320.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold320
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2598547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  6  of  17  ( 1971 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775134--775207	16	4.8	15	71	11	51	68	0	1	29	0.97
775239--775282	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
775870--775947	36	2.3	32	84	10	93	42	1	1	55	1.16
779463--779722	50	5.2	50	91	0	385	30	18	20	30	1.97
787547--787656	50	2.2	50	93	0	184	34	20	17	27	1.95
791425--791458	3	11.3	3	87	0	50	29	2	2	64	1.22
791422--791458	12	3.1	12	92	0	56	27	2	5	64	1.28
800140--800182	15	2.9	14	83	10	50	74	2	0	23	0.93
801704--801733	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
803563--803592	13	2.2	14	94	5	53	30	0	0	70	0.88
803771--803816	20	2.3	20	81	3	58	39	4	0	56	1.19
805765--805878	18	6.2	18	66	23	51	38	0	0	60	1.03
805804--805840	17	2.1	18	90	5	58	40	0	0	59	0.97
805949--805993	18	2.8	16	78	15	56	66	0	0	33	0.92
805932--805984	25	2.2	26	80	13	67	67	0	1	30	1.01
805949--805997	16	2.9	17	82	11	66	65	0	0	34	0.93
806309--806356	14	3.5	14	82	5	62	52	2	0	45	1.12
806287--806336	25	2.0	25	84	3	66	46	0	2	52	1.12
806379--806422	23	1.9	24	86	9	65	61	11	4	22	1.48
807168--807207	21	2.0	20	85	5	53	37	2	5	55	1.35
807361--807410	20	2.3	22	83	13	68	34	2	0	64	1.05
807719--807755	15	2.4	17	82	17	53	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810116--810224	31	3.7	29	70	21	91	55	1	1	40	1.21
815675--815719	19	2.6	16	83	16	54	51	2	0	46	1.13
815762--815799	20	1.9	20	88	0	58	57	0	2	39	1.12
816731--816786	29	1.9	29	85	7	78	35	0	1	62	1.06
816739--816796	24	2.4	25	83	16	70	36	0	1	62	1.06
816656--816939	153	1.9	151	88	5	432	49	2	0	47	1.19
818184--818223	20	2.0	21	90	5	64	77	0	2	20	0.88
818630--818655	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
819194--819226	15	2.1	16	94	5	59	60	0	0	39	0.97
819784--819820	19	1.9	19	88	0	56	37	0	2	59	1.12
819727--819871	28	5.1	29	69	19	92	37	0	1	60	1.05
819794--819871	5	13.8	6	74	24	64	33	0	1	65	1.01
819805--819878	11	6.4	11	79	17	69	32	0	1	66	1.00
820725--820766	12	3.6	12	93	6	77	35	0	0	64	0.94
820683--820762	30	2.7	30	72	12	76	33	2	1	62	1.16
825339--825381	21	2.0	21	86	8	61	60	0	4	34	1.17
825640--825880	10	25.9	9	67	16	93	66	3	0	29	1.10
825641--825882	19	12.0	19	66	16	105	66	3	0	29	1.11
825746--825920	41	4.3	38	75	17	124	65	4	1	29	1.18
825763--825880	61	1.9	62	86	8	170	66	2	0	30	1.04
825836--825876	21	2.0	21	90	0	64	68	0	0	31	0.90
825914--825959	23	2.0	23	87	4	67	69	2	4	23	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825746--825987	18	14.2	17	68	21	93	65	3	1	29	1.20
825999--826042	17	2.5	18	81	7	63	70	0	6	22	1.11
826071--826120	17	2.8	17	80	16	57	62	4	10	24	1.44
826073--826120	18	2.8	16	76	14	51	62	4	10	22	1.44
826228--826385	17	9.3	17	72	16	80	31	1	2	64	1.17
826185--826389	33	6.2	32	72	17	118	28	1	2	66	1.17
826177--826384	9	24.3	9	71	20	119	28	2	2	65	1.19
826185--826284	17	6.1	15	78	19	87	26	2	3	69	1.14
826227--826335	41	2.6	41	76	11	105	29	2	2	65	1.21
826338--826386	8	5.8	8	86	13	71	32	0	2	65	1.04
826226--826428	18	11.5	18	73	19	128	32	1	2	63	1.18
826375--826467	42	2.2	40	75	20	93	32	3	1	63	1.17
826343--826506	40	4.0	40	73	16	115	30	2	1	65	1.13
828167--828229	19	3.6	19	74	24	75	33	14	17	34	1.90
828186--828210	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
828167--828237	32	2.2	32	97	0	133	32	14	18	35	1.90
837912--837986	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
837912--837989	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
838901--838956	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
838909--838963	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
845087--845133	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
846435--847012	27	21.0	27	90	3	825	23	33	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846436--847012	110	5.2	110	90	3	867	23	33	14	28	1.94
846995--847768	32	24.2	32	93	1	1286	29	33	18	17	1.95
848344--848418	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
848344--848421	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
849333--849388	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
849341--849395	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
856132--856215	24	3.4	24	82	11	91	84	11	2	1	0.78
856146--856215	22	3.2	22	80	9	81	84	14	0	1	0.70
856132--856204	37	2.0	37	86	5	103	86	10	2	0	0.68
856134--856200	11	5.9	11	82	8	73	86	10	2	0	0.67
856132--856203	1	72.0	1	74	0	63	87	9	2	0	0.64
856135--856203	15	4.3	16	79	15	72	86	10	2	0	0.66
857648--857908	29	9.1	29	82	3	330	30	30	16	22	1.96
857906--857964	31	2.0	30	84	12	79	37	28	16	16	1.92
857648--857954	114	2.7	115	85	3	404	31	30	15	21	1.95
857658--857940	87	3.3	87	82	6	319	31	30	16	20	1.95
857884--857964	28	2.8	28	80	12	76	37	28	17	17	1.92
857658--857908	57	4.4	57	91	1	385	31	30	17	21	1.96
857971--858384	49	8.9	47	78	8	318	24	24	17	33	1.97
857971--858292	141	2.3	137	87	4	454	25	23	17	33	1.96
857971--858295	92	3.5	91	79	10	351	25	23	17	33	1.96
862536--862591	19	2.9	19	89	2	85	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863404--864145	372	2.0	370	96	0	1358	37	16	21	24	1.93
869417--869482	14	4.4	14	73	17	53	50	1	0	48	1.10
870093--870141	13	3.8	13	77	0	62	32	6	42	18	1.75
870081--870140	26	2.3	26	80	5	77	36	6	40	16	1.75
870193--870238	24	1.9	24	82	8	58	45	21	6	26	1.76
870219--870297	27	2.9	27	80	0	86	44	17	11	26	1.83
874685--874720	13	2.8	13	86	0	54	30	5	44	19	1.73
874798--874874	27	2.9	26	84	1	82	46	18	10	24	1.80
874961--875031	30	2.4	30	84	13	85	45	4	1	49	1.30
875252--875276	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
877898--877944	20	2.4	21	83	16	66	46	19	0	34	1.50
877907--877944	20	1.9	20	94	0	67	42	21	0	36	1.53
878329--878357	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
878413--878471	28	2.1	28	84	9	77	50	8	8	32	1.63
880225--880272	20	2.5	19	83	10	53	58	0	2	39	1.10
880233--880287	11	5.3	11	78	8	53	60	0	3	36	1.15
880232--880288	27	2.2	27	81	12	66	59	0	3	36	1.14
886496--886523	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
886566--886630	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
886586--886610	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
887601--887643	16	2.7	16	88	0	68	67	0	0	32	0.91
887600--887633	7	4.9	7	88	0	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887794--887832	4	9.8	4	94	0	69	25	23	23	28	1.99
889344--889390	22	2.1	21	81	14	51	19	2	17	61	1.44
898331--898369	21	1.9	20	84	5	51	2	12	25	58	1.47
898750--898861	53	2.1	53	80	6	120	10	28	16	43	1.82
899245--899284	7	5.6	7	88	5	62	22	2	0	75	0.93
899245--899316	15	5.0	14	78	14	76	20	2	1	75	1.01
899245--899316	22	3.2	22	75	15	67	20	2	1	75	1.01
899245--899325	29	2.8	28	78	17	78	22	2	2	72	1.08
899239--899316	38	2.1	38	81	13	90	21	2	1	74	1.01
901801--901833	2	17.0	2	87	6	50	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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