genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--611	58	10.6	57	84	4	746	27	30	18	23	1.98
2--623	28	21.6	28	86	2	731	27	30	18	23	1.97
1137--1211	20	3.8	19	82	3	87	34	12	12	41	1.79
1137--1214	40	2.0	39	85	7	104	34	11	12	41	1.80
4908--4995	43	2.0	43	91	4	142	39	10	7	42	1.68
5365--5414	20	2.5	20	80	9	66	40	2	2	56	1.22
5594--5640	21	2.2	22	81	7	53	53	12	0	34	1.39
6878--6910	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7320--7364	24	1.9	24	95	4	83	51	0	0	48	1.00
7438--7484	15	2.9	15	87	9	58	74	2	2	21	1.03
7428--7484	22	2.6	21	81	10	62	71	1	1	24	1.04
7479--7522	17	2.5	17	81	3	52	45	2	0	52	1.13
13834--13889	6	9.3	6	100	0	112	33	16	0	50	1.45
14245--14280	4	9.0	4	88	11	56	75	0	2	22	0.94
16917--16970	24	2.3	24	81	12	67	64	0	0	35	0.94
17388--17445	27	2.1	28	83	3	73	50	0	3	46	1.18
17966--18186	34	6.5	33	81	9	257	40	26	7	25	1.82
17968--18186	68	3.2	67	85	3	287	40	26	7	25	1.82
17966--18186	102	2.2	101	90	1	361	40	26	7	25	1.82
22595--22813	34	6.5	33	81	9	253	40	26	7	25	1.82
22597--22813	68	3.2	67	84	3	283	40	26	7	25	1.82
22595--22813	102	2.2	101	89	1	357	40	26	7	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23044--23109	27	2.6	27	76	7	66	40	3	1	54	1.25
23013--23121	51	2.1	53	86	3	159	43	3	3	49	1.38
31800--31824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31927--31977	21	2.4	21	71	12	50	31	17	17	33	1.94
32317--32596	89	3.1	89	80	5	366	28	18	18	34	1.94
33911--34145	115	2.0	115	98	0	452	26	28	10	34	1.89
38518--38566	17	2.9	17	84	3	64	57	4	2	36	1.30
38966--38990	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
39314--39361	17	2.8	17	87	6	71	58	4	2	35	1.29
39309--39369	17	3.6	17	77	2	70	55	3	1	39	1.26
40125--40179	17	3.0	18	84	10	67	29	1	1	67	1.11
40122--40249	60	2.1	61	80	9	147	33	5	3	57	1.37
40893--40952	29	2.0	32	87	9	90	50	0	10	40	1.36
47815--47877	16	3.9	16	79	10	65	36	1	3	58	1.23
48667--48786	39	2.7	44	81	14	126	41	0	1	56	1.09
51601--51673	32	2.3	31	83	9	85	38	4	6	50	1.48
54443--54482	10	4.1	10	83	3	55	45	7	2	45	1.45
55859--55888	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
68158--68187	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71310--71344	7	5.1	7	96	3	63	88	0	11	0	0.51
76846--76914	23	3.0	22	73	12	68	55	1	0	43	1.08
77858--77897	19	2.1	19	85	0	53	35	0	5	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78173--78217	20	2.2	21	88	7	67	31	0	4	64	1.13
78810--78847	19	2.0	20	94	5	69	44	2	10	42	1.52
79346--79385	20	2.0	20	85	5	53	45	7	15	32	1.74
84390--84419	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
84323--84601	115	2.4	114	83	4	346	43	6	7	43	1.57
84981--85029	25	2.0	25	95	0	89	48	16	6	28	1.69
86217--86251	18	1.9	18	100	0	70	37	22	0	40	1.55
88256--88299	16	2.8	17	80	12	51	40	0	0	59	0.98
88460--88516	23	2.5	23	91	2	89	47	1	21	29	1.61
89022--89058	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
92554--93025	54	8.9	53	70	16	211	53	7	2	36	1.42
92629--92796	90	1.8	91	90	7	270	52	8	1	37	1.42
92793--93025	52	4.5	53	80	5	226	52	7	3	36	1.46
92793--92919	50	2.5	50	82	11	141	53	11	2	33	1.49
95264--95314	22	2.2	24	79	6	61	27	5	3	62	1.36
95575--95617	19	2.1	20	87	12	61	62	0	0	37	0.95
95984--96106	41	3.0	41	86	3	167	21	24	22	30	1.99
98631--98694	29	2.2	29	97	2	121	45	6	10	37	1.65
100886--100926	11	4.1	11	76	23	54	58	0	0	41	0.98
100886--100926	18	2.3	18	95	0	73	58	0	0	41	0.98
103310--103360	16	3.1	16	75	10	57	43	3	3	49	1.39
103806--103866	26	2.3	26	100	0	122	29	9	26	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104956--105100	66	2.2	67	85	5	186	32	1	11	54	1.45
106684--106794	31	3.6	31	87	0	150	34	21	13	30	1.92
112513--112593	31	2.6	31	80	3	83	35	18	12	33	1.88
112891--112915	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
113879--113946	18	4.0	17	70	24	54	51	0	2	45	1.16
114036--114079	17	2.8	17	83	13	58	45	0	2	52	1.13
114037--114079	15	2.8	16	82	13	54	44	0	2	53	1.13
114587--114631	16	2.7	17	82	6	56	55	0	2	42	1.12
114882--114937	29	1.9	29	85	7	78	57	0	0	42	0.99
115726--115763	16	2.4	16	87	12	60	47	2	2	47	1.30
120059--120083	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
120056--120090	14	2.5	14	85	0	52	34	0	0	65	0.93
121158--121201	21	2.2	20	87	4	61	50	2	0	47	1.13
124381--124617	31	7.7	30	83	5	269	56	6	10	26	1.57
124418--124563	16	9.4	15	66	16	57	58	6	9	26	1.53
124387--124628	93	2.6	94	87	5	334	55	7	10	26	1.59
124981--125029	20	2.4	21	93	3	82	22	10	6	61	1.50
124965--125031	11	6.4	11	71	13	52	22	13	4	59	1.52
128859--129677	73	11.3	72	78	5	690	54	11	2	31	1.49
128896--129677	144	5.4	143	79	6	767	54	11	2	31	1.49
129810--129854	22	2.0	24	91	8	76	62	6	0	31	1.21
129840--129894	26	2.1	27	83	10	78	58	3	0	38	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130631--130741	32	3.3	31	70	20	87	58	9	1	29	1.41
130364--130824	216	2.1	217	84	7	589	56	11	1	31	1.43
130383--130824	71	6.1	71	86	5	505	55	11	1	31	1.44
130727--130943	120	1.8	121	82	3	285	52	9	3	34	1.52
130821--131417	73	8.3	71	74	13	293	54	10	2	31	1.48
130849--131415	71	7.9	71	76	9	382	55	11	2	31	1.47
130821--131407	144	4.1	143	78	9	541	55	11	2	31	1.49
132020--132096	20	3.9	19	76	6	73	33	12	12	40	1.82
132020--132097	40	2.0	39	84	2	102	33	12	14	39	1.84
136129--136182	2	27.0	2	92	0	90	51	1	0	46	1.11
138738--138788	22	2.3	23	75	21	54	47	5	1	45	1.38
140330--140394	32	2.0	32	82	5	78	21	18	10	49	1.78
141607--142506	72	12.5	73	76	9	708	31	3	10	54	1.50
141629--142148	284	1.8	288	83	5	707	31	2	10	56	1.46
141607--142456	73	11.8	72	76	9	661	31	3	10	54	1.49
145385--145755	191	1.9	191	92	0	616	29	16	11	42	1.83
146697--147129	193	2.2	193	92	1	733	28	12	29	29	1.94
146697--147129	97	4.5	96	88	1	659	28	12	29	29	1.94
150253--150318	34	1.9	34	84	0	87	39	7	6	46	1.57
151834--151861	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
152468--152520	2	26.5	2	96	0	97	50	0	0	49	1.00
154050--154077	6	4.7	6	100	0	56	46	0	17	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154705--155390	340	2.0	341	94	0	1203	39	13	9	37	1.77
159003--159033	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
159723--159771	20	2.5	20	100	0	98	30	10	16	42	1.81
159924--159949	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
162416--162492	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
163772--163804	15	2.2	15	100	0	66	57	12	6	24	1.57
166441--166512	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
166534--166670	52	2.6	51	79	6	150	33	13	24	28	1.93
166441--166840	212	1.9	213	87	3	601	30	13	27	28	1.94
166653--166728	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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