genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447770--2447800	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2448158--2448227	18	3.9	17	78	10	68	74	1	1	22	0.98
2448158--2448227	27	2.6	26	82	8	86	74	1	1	22	0.98
2448158--2448215	9	6.3	9	84	7	73	75	1	0	22	0.89
2449436--2449464	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2449490--2449530	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
2450215--2450244	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2451559--2451587	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
2451600--2451653	24	2.3	23	81	9	56	51	1	0	46	1.11
2451859--2451955	14	6.9	14	70	22	53	45	0	0	54	0.99
2451871--2451914	16	2.8	16	83	13	56	45	0	0	54	0.99
2451871--2451946	27	2.6	28	82	15	77	44	0	0	55	0.99
2452034--2452067	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
2453071--2453132	19	3.2	19	75	11	54	43	0	0	56	0.99
2453112--2453167	29	1.9	29	85	7	78	41	3	1	53	1.29
2453148--2453202	30	2.0	30	82	13	73	47	1	0	50	1.11
2453739--2453847	38	2.9	38	79	5	112	36	25	5	32	1.79
2457928--2457996	35	2.0	35	94	0	120	49	13	18	18	1.79
2458930--2458972	15	2.9	14	80	13	50	44	2	4	48	1.36
2459049--2459100	16	3.3	15	73	10	50	51	0	0	48	1.00
2459510--2459548	20	1.9	21	89	5	62	51	2	0	46	1.14
2460042--2460097	25	2.2	25	84	6	69	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460459--2460493	17	2.1	17	88	0	52	31	0	2	65	1.07
2460768--2460832	21	3.1	21	75	16	64	46	0	0	53	1.00
2460771--2460845	35	2.1	35	83	11	91	46	0	0	53	1.00
2460828--2460914	20	4.2	20	73	16	86	54	0	0	45	1.00
2463510--2463555	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2464365--2464389	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2464708--2464733	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
2466109--2466184	4	19.0	4	93	0	71	23	1	25	50	1.57
2467439--2467640	111	1.8	111	94	0	359	34	15	9	40	1.80
2471761--2471799	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2472364--2472500	69	2.0	69	100	0	274	39	24	17	18	1.92
2474242--2474302	32	1.9	32	90	3	97	34	18	9	37	1.83
2478055--2478104	2	25.0	2	95	0	91	50	2	0	48	1.12
2483150--2483186	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
2483304--2483345	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
2485494--2485528	17	2.1	17	94	0	61	54	5	11	28	1.59
2491062--2491126	25	2.4	28	75	14	66	52	1	1	44	1.19
2491552--2491587	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
2499289--2499613	72	4.5	72	84	0	373	34	6	13	44	1.71
2502553--2502605	22	2.5	22	84	3	63	39	1	0	58	1.09
2505216--2505265	15	3.3	15	77	2	55	66	2	0	32	1.03
2505238--2505307	32	2.2	31	80	12	79	57	1	0	41	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505254--2505321	25	2.7	24	78	17	66	52	0	0	47	1.00
2505253--2505323	32	2.2	33	87	5	99	54	0	0	45	0.99
2505307--2505344	20	1.9	20	84	10	51	55	2	0	42	1.14
2505574--2505613	20	2.0	20	90	0	62	45	0	0	55	0.99
2506488--2506530	22	2.0	22	86	4	61	53	0	0	46	1.00
2507560--2507600	19	2.1	19	86	9	55	41	2	7	48	1.44
2508082--2508142	19	3.1	19	79	13	70	55	0	1	42	1.09
2508067--2508142	19	3.9	18	79	17	64	52	0	1	46	1.08
2510673--2510701	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2512655--2512703	20	2.5	20	80	3	55	55	10	8	26	1.61
2512694--2512857	65	2.5	65	76	5	163	40	11	10	37	1.76
2513234--2513273	20	2.0	20	90	0	62	45	0	5	50	1.23
2513489--2513724	127	1.9	127	90	3	377	36	24	7	31	1.82
2516996--2517046	23	2.1	23	82	7	57	27	3	13	54	1.56
2517280--2517349	35	2.0	34	83	2	86	41	14	8	35	1.76
2518139--2518168	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2525083--2525125	11	3.8	11	85	11	52	67	0	2	30	1.03
2525083--2525131	12	4.2	12	82	10	57	65	0	4	30	1.11
2525083--2525131	24	2.1	24	85	11	66	65	0	4	30	1.11
2525178--2525223	11	4.0	11	83	8	56	60	0	2	36	1.09
2526682--2526709	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2527544--2527584	2	20.5	2	89	0	64	48	4	0	46	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527989--2528032	21	2.1	22	83	8	56	61	0	4	34	1.16
2528230--2528269	19	2.2	18	86	4	53	32	0	2	65	1.06
2528407--2528447	20	2.0	20	85	0	55	41	0	0	58	0.98
2531310--2531361	22	2.4	22	83	6	61	50	1	1	46	1.23
2531329--2531395	29	2.2	31	81	5	93	49	1	0	49	1.10
2531301--2531487	51	3.6	50	69	13	146	49	4	1	44	1.31
2532252--2532305	22	2.5	21	81	6	63	50	0	0	50	1.00
2534623--2534651	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2538437--2538475	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2539026--2539117	30	3.0	30	79	1	112	45	5	1	47	1.32
2543692--2543732	21	2.0	21	90	9	66	58	0	0	41	0.98
2544881--2544937	30	1.9	30	86	10	82	36	1	7	54	1.38
2545481--2545535	26	2.1	27	83	6	69	50	0	1	47	1.11
2547215--2547303	27	3.3	28	82	6	85	34	11	10	43	1.74
2547229--2547305	27	2.8	27	88	2	100	31	9	10	49	1.68
2551760--2551826	27	2.7	25	80	13	84	22	7	22	47	1.76
2551978--2552024	16	2.9	16	78	12	60	25	2	0	72	0.96
2554606--2554640	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
2561063--2561112	19	2.5	20	84	9	59	60	0	2	38	1.09
2561053--2561145	9	10.1	9	77	11	55	53	0	2	44	1.12
2561053--2561149	20	4.3	23	71	23	73	54	0	2	43	1.11
2562944--2563387	156	2.9	153	74	10	393	43	19	12	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563585--2563670	29	2.9	29	84	8	111	38	13	4	43	1.66
2563664--2563766	29	3.8	29	74	19	103	37	20	0	41	1.52
2563720--2563777	29	2.0	29	86	0	80	36	15	1	46	1.56
2564273--2564321	21	2.2	23	85	7	66	61	16	0	22	1.34
2564527--2564559	17	1.9	17	100	0	66	54	9	6	30	1.56
2565301--2565335	15	2.2	16	90	5	54	62	0	20	17	1.32
2566194--2566244	10	5.3	10	90	2	61	72	0	0	27	0.85
2566194--2566249	15	3.8	15	81	9	62	71	0	0	28	0.86
2566209--2566245	9	4.0	9	92	3	56	72	0	0	27	0.84
2580223--2580250	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2580330--2580368	16	2.5	15	83	4	51	82	0	10	7	0.86
2580924--2580966	19	2.3	20	84	11	56	30	9	2	58	1.42
2581923--2581953	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2581966--2582015	21	2.3	22	79	3	57	76	4	2	18	1.04
2583051--2583076	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
2583935--2583982	16	3.3	16	72	27	61	52	4	6	37	1.46
2586126--2586173	16	3.3	15	72	27	50	50	6	6	37	1.53
2586964--2586990	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2587244--2587459	34	6.4	34	88	1	292	24	7	27	40	1.83
2587244--2587461	67	3.2	67	88	1	319	24	7	27	40	1.82
2589892--2589919	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2592991--2593015	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593348--2593386	20	1.9	21	84	5	53	30	0	0	69	0.89
2593820--2593858	16	2.4	16	87	8	53	30	0	2	66	1.05
2613739--2613952	34	6.4	34	86	1	279	24	7	26	41	1.82
2613739--2613957	67	3.3	66	86	3	296	24	7	26	41	1.82
2613739--2613957	101	2.2	101	89	4	336	24	7	26	41	1.82
2614338--2614685	1	348.0	1	87	0	462	92	0	1	5	0.45
2614714--2614756	14	2.7	15	80	20	52	46	4	9	39	1.57
2616979--2617022	17	2.4	17	85	14	52	63	0	2	34	1.07
2617525--2617588	19	3.4	19	72	8	67	45	0	0	54	0.99
2617557--2617617	31	2.0	31	84	12	83	44	0	1	54	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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