genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617641--2617687	13	3.4	14	80	11	53	65	0	0	34	0.93
2617629--2617687	26	2.4	25	83	11	68	66	1	0	32	1.02
2618294--2618318	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2618650--2618688	20	1.9	21	84	5	53	30	0	0	69	0.89
2619123--2619162	17	2.4	17	88	12	57	30	0	2	67	1.04
2619613--2619643	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
2622348--2623042	237	3.0	237	86	4	914	28	24	19	27	1.99
2621670--2625649	459	8.6	459	82	6	4595	31	20	21	26	1.98
2630125--2630523	79	5.0	79	83	6	454	38	15	18	27	1.91
2630125--2630523	159	2.5	157	82	7	466	38	15	18	27	1.91
2633423--2633572	76	2.0	77	91	1	248	38	8	6	47	1.59
2634427--2634470	23	1.9	23	90	0	70	40	0	0	59	0.98
2634420--2634513	35	2.6	37	77	15	99	43	0	0	56	0.99
2634433--2634482	18	2.8	18	71	11	50	44	0	0	56	0.99
2636168--2636204	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2637044--2637087	22	2.0	22	86	8	63	52	0	0	47	1.00
2637954--2637984	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2637984--2638023	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2638897--2638926	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2649479--2649508	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
2649680--2649723	18	2.6	18	82	10	58	65	0	0	34	0.93
2649965--2650015	3	17.0	3	92	8	86	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650305--2650343	20	2.0	20	89	0	60	43	0	0	56	0.99
2650517--2650547	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2651091--2651116	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2651722--2651761	20	2.0	20	85	9	55	47	0	2	50	1.14
2653260--2653292	14	2.4	14	90	10	50	63	0	0	36	0.95
2654362--2654392	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2655362--2655445	28	3.0	29	83	10	113	59	2	1	36	1.18
2655544--2655591	20	2.4	20	78	0	60	39	2	0	58	1.10
2657538--2657566	15	2.0	15	93	6	51	79	0	0	20	0.74
2660720--2660776	24	2.4	23	82	8	62	21	1	5	71	1.14
2660732--2660776	23	1.9	23	86	4	63	17	2	4	75	1.07
2661494--2661536	6	7.2	6	82	10	52	58	2	0	39	1.11
2661507--2661536	13	2.3	13	94	0	51	60	3	0	36	1.14
2663824--2663864	22	1.9	21	85	14	57	46	2	7	43	1.44
2665568--2665609	2	21.0	2	95	0	66	45	0	4	50	1.23
2666012--2666055	19	2.2	20	84	12	54	54	0	0	45	0.99
2665995--2666168	49	3.4	48	67	18	120	49	2	2	45	1.27
2665994--2666159	50	3.1	53	66	16	137	48	2	1	46	1.25
2665945--2666239	102	2.9	104	87	4	393	46	2	3	47	1.34
2666082--2666243	48	3.2	48	67	21	143	48	1	3	45	1.30
2675267--2675308	20	2.0	21	82	13	52	73	4	0	21	1.01
2678278--2678340	18	3.2	19	74	17	58	58	1	1	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678318--2678352	16	2.1	17	89	5	54	51	2	0	45	1.16
2680648--2680704	30	1.9	29	86	10	80	45	7	0	47	1.30
2680778--2680819	22	1.9	22	90	9	68	66	0	0	33	0.92
2681059--2681103	17	2.7	18	76	10	51	20	0	6	73	1.05
2685979--2686020	15	2.7	15	79	17	50	59	2	2	35	1.23
2685986--2686030	23	2.0	23	83	8	58	60	0	2	37	1.09
2686052--2686104	15	3.4	15	76	19	54	47	3	1	47	1.31
2686172--2686196	4	6.2	4	100	0	50	0	28	48	24	1.52
2686445--2686484	19	2.1	18	86	9	53	20	2	0	77	0.88
2686445--2686485	13	3.1	14	75	10	50	19	2	0	78	0.87
2693788--2693812	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2693895--2693926	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2694308--2694342	18	1.9	18	94	0	61	45	0	2	51	1.16
2694308--2694348	18	2.2	18	86	4	55	43	2	2	51	1.28
2694571--2694598	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2698045--2698089	21	2.1	21	83	0	54	57	0	2	40	1.11
2704110--2704144	15	2.2	17	90	10	56	45	2	0	51	1.16
2705413--2705444	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2705911--2705977	24	2.6	25	78	19	75	55	0	0	44	0.99
2705914--2705974	28	2.1	28	87	6	86	55	0	0	44	0.99
2706195--2706269	28	2.7	29	79	8	75	56	4	2	37	1.32
2706656--2706686	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706892--2706948	25	2.3	25	87	0	78	26	21	14	38	1.91
2706892--2706940	13	3.8	13	81	13	57	22	20	14	42	1.88
2711749--2711833	28	2.9	30	75	8	86	32	3	2	61	1.26
2712492--2712535	19	2.1	22	84	12	58	68	0	0	31	0.90
2712787--2712863	16	4.9	15	68	24	52	41	0	0	58	0.98
2712809--2712899	5	18.8	5	69	18	59	41	1	0	57	1.06
2712855--2712910	18	3.2	18	73	14	55	44	3	0	51	1.18
2714109--2714146	18	2.1	18	85	9	51	44	2	2	50	1.30
2715783--2715847	20	3.2	20	74	22	64	61	0	0	38	0.96
2715779--2715852	26	2.7	28	75	15	75	60	0	0	39	0.97
2715859--2715925	23	3.0	23	76	8	75	47	19	2	29	1.64
2716827--2716877	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2718347--2718386	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2721793--2721827	16	2.2	16	90	5	54	68	0	2	28	1.04
2724403--2724452	14	3.8	13	75	17	50	64	0	2	34	1.05
2724402--2724447	17	2.7	17	78	18	51	63	0	2	34	1.07
2724387--2724477	39	2.4	39	74	17	91	61	1	3	34	1.19
2724405--2724486	40	2.1	39	88	6	121	60	0	3	35	1.14
2724465--2724489	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2728547--2728586	18	2.2	19	86	13	57	55	0	0	45	0.99
2729281--2729469	91	2.1	90	79	15	194	46	2	2	49	1.25
2729354--2729420	29	2.4	29	80	7	77	41	1	1	55	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730344--2730394	19	2.7	18	79	8	57	50	0	0	49	1.00
2730382--2730418	11	3.5	11	78	14	51	37	0	0	62	0.96
2730522--2730572	27	1.9	26	88	4	75	58	0	0	41	0.98
2730548--2730580	17	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
2730788--2730865	31	2.6	28	77	15	75	43	14	1	41	1.53
2731318--2731356	17	2.2	17	86	13	53	25	2	0	71	0.98
2731386--2731444	25	2.4	25	77	11	68	59	0	1	38	1.08
2732301--2732346	17	2.5	19	86	6	69	58	0	6	34	1.24
2732301--2732345	18	2.6	16	83	16	54	60	0	6	33	1.23
2733003--2733073	8	9.0	8	71	18	51	35	0	0	64	0.94
2733007--2733069	24	2.6	24	84	2	72	34	0	0	65	0.93
2732991--2733074	16	5.2	16	71	17	50	35	0	0	64	0.94
2733428--2733459	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
2733966--2734006	21	2.0	21	85	9	57	43	2	0	53	1.13
2739604--2739637	18	1.9	18	88	5	52	67	0	2	29	1.05
2739825--2739888	19	3.2	20	66	16	53	48	0	6	45	1.27
2741862--2741891	15	2.0	15	100	0	60	93	0	6	0	0.35
2741865--2741889	13	1.9	13	100	0	50	96	0	4	0	0.24
2741864--2741890	14	1.9	14	100	0	54	96	0	3	0	0.23
2753819--2753870	22	2.4	22	75	15	54	57	1	5	34	1.33
2753936--2753975	21	1.9	21	85	10	55	37	7	5	50	1.53
2753994--2754050	22	2.6	22	71	0	60	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754210--2754247	20	1.9	20	94	0	67	52	0	0	47	1.00
2754207--2754266	22	2.8	22	80	14	65	50	0	0	50	1.00
2754261--2754308	21	2.3	20	82	10	60	41	2	0	56	1.11
2754912--2754945	17	2.1	17	88	5	52	44	8	0	47	1.34
2761532--2761573	21	2.0	21	86	13	61	42	0	0	57	0.99
2763091--2763150	22	2.6	22	86	5	75	48	0	0	51	1.00
2763114--2763170	26	2.3	24	90	6	87	57	0	0	42	0.98
2763129--2763177	19	2.5	19	83	3	62	57	0	0	42	0.99
2763494--2763559	29	2.2	30	79	15	75	40	0	0	59	0.98
2767086--2767127	22	2.0	22	86	13	61	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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