genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215139--2215167	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2218184--2218209	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2219680--2219739	30	2.0	30	87	6	86	48	0	1	50	1.11
2224613--2224691	32	2.5	31	79	4	79	35	3	0	60	1.15
2224568--2224676	43	2.5	44	78	15	109	36	0	0	62	1.02
2225026--2225051	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2225093--2225135	15	2.9	15	80	13	52	46	0	0	53	1.00
2225318--2225350	15	2.1	16	88	5	50	42	6	0	51	1.26
2227432--2227471	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2229699--2229740	15	2.9	14	79	13	50	61	0	0	38	0.96
2229671--2229748	29	2.7	28	78	11	77	53	1	0	44	1.08
2229694--2229742	13	3.6	14	79	12	50	61	0	0	38	0.96
2229695--2229748	14	3.7	14	80	7	63	57	0	0	42	0.98
2230580--2230613	16	2.1	17	88	5	52	67	0	0	32	0.91
2231133--2231182	21	2.3	21	86	10	66	40	0	0	60	0.97
2233875--2233899	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2235456--2235497	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2236720--2236748	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2236718--2236745	13	2.2	13	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2237007--2237032	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2237330--2237434	53	2.0	53	81	9	124	54	0	0	45	0.99
2237448--2237493	20	2.3	20	85	10	60	60	6	0	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237459--2237504	21	2.3	19	82	10	56	63	4	0	32	1.14
2237533--2237590	14	4.1	14	81	16	66	36	1	1	60	1.17
2237604--2237661	19	3.1	19	78	9	66	56	0	1	41	1.09
2237582--2237661	19	4.4	19	74	12	62	57	0	1	41	1.07
2237633--2237688	18	3.1	18	75	12	60	51	0	0	48	1.00
2237774--2237810	20	2.0	19	85	15	51	32	0	0	67	0.91
2237760--2237829	33	2.2	32	82	7	79	40	0	0	60	0.97
2238310--2238374	30	2.1	32	82	8	80	46	0	1	52	1.10
2240661--2240690	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
2240819--2240867	21	2.3	21	79	6	55	46	0	0	53	1.00
2240990--2241050	14	4.4	14	78	13	56	50	0	0	49	1.00
2240998--2241051	28	1.9	28	85	7	74	53	0	0	46	1.00
2241038--2241084	15	3.0	15	87	6	58	46	0	0	53	1.00
2241040--2241091	22	2.4	22	84	15	65	50	0	0	50	1.00
2241379--2241440	8	7.6	8	74	16	56	41	0	0	58	0.98
2241401--2241434	17	1.9	18	94	5	61	38	0	0	61	0.96
2241374--2241440	23	2.8	23	82	8	64	41	0	0	58	0.98
2241402--2241440	17	2.3	17	86	8	53	38	0	0	61	0.96
2243376--2243427	14	3.5	15	78	14	54	38	1	1	57	1.21
2244115--2244139	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2245058--2245229	91	1.9	91	92	2	292	34	9	15	41	1.79
2246015--2246086	16	4.4	16	76	19	69	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246015--2246063	15	3.1	15	81	16	55	46	0	0	53	1.00
2245995--2246137	35	4.1	35	74	12	91	37	0	2	60	1.08
2246060--2246142	19	4.6	17	75	20	64	31	0	2	66	1.05
2246046--2246145	27	3.9	27	72	15	77	34	0	2	64	1.05
2248043--2248097	22	2.5	23	79	8	69	41	0	1	56	1.10
2248830--2248855	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2249528--2249637	27	3.8	28	72	22	93	43	0	0	56	0.99
2249555--2249619	16	4.1	17	75	16	68	44	0	0	55	0.99
2249530--2249643	32	3.7	31	71	20	105	43	0	0	56	0.99
2250450--2250514	19	3.8	17	76	15	62	60	0	0	40	0.97
2260976--2261062	44	2.0	45	82	11	108	36	5	2	55	1.37
2260994--2261071	22	3.5	22	85	1	93	37	5	2	55	1.36
2261868--2262022	11	14.5	11	65	20	62	36	0	0	63	1.00
2261912--2261949	19	2.0	20	89	5	60	44	0	0	55	0.99
2261912--2261969	19	3.1	19	80	14	59	43	0	0	56	0.99
2261942--2262005	18	3.3	20	81	18	75	37	1	0	60	1.06
2262563--2262601	12	3.2	12	85	10	53	33	0	0	66	0.92
2263299--2263360	26	2.2	28	81	13	67	41	3	0	54	1.16
2264094--2264144	26	2.0	26	88	0	75	23	5	0	70	1.09
2264103--2264152	26	1.9	26	84	8	66	26	4	2	68	1.18
2264893--2264971	17	4.0	19	70	22	56	29	1	0	69	0.96
2264909--2264954	19	2.6	18	89	6	67	32	2	0	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264891--2264960	11	6.9	11	73	16	62	30	1	0	68	0.98
2265125--2265186	29	2.2	27	86	8	88	46	1	0	51	1.10
2265136--2265170	10	3.4	11	88	11	56	48	0	0	51	1.00
2265160--2265207	19	2.6	18	86	6	60	35	2	0	62	1.07
2266363--2266390	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2267045--2267079	3	11.7	3	93	0	61	62	2	0	34	1.10
2273241--2273358	35	3.4	35	92	0	191	27	22	16	32	1.96
2275560--2275591	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2275720--2275744	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2275768--2275817	14	3.4	14	79	15	64	46	0	0	54	1.00
2275789--2275833	23	2.0	23	86	4	65	44	0	0	55	0.99
2275818--2275867	24	2.1	24	88	0	73	40	0	0	60	0.97
2276453--2276494	22	1.9	22	85	0	57	38	0	7	54	1.28
2276673--2276834	20	8.6	20	63	28	63	54	1	0	43	1.10
2276762--2276820	14	4.2	14	75	20	61	57	1	0	40	1.09
2276764--2276837	35	2.1	35	82	9	89	58	1	0	40	1.07
2276815--2276860	9	5.3	9	79	10	51	60	0	0	39	0.97
2276649--2276882	130	1.9	127	86	7	343	54	2	0	41	1.20
2277222--2277297	30	2.5	31	79	10	86	57	1	0	40	1.07
2277237--2277296	14	4.0	15	77	12	61	58	1	0	40	1.08
2278595--2278644	24	2.0	24	84	3	64	34	8	0	58	1.28
2285490--2285588	10	9.9	10	70	16	53	53	0	1	45	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285490--2285593	39	2.6	41	77	17	101	52	0	0	46	1.07
2286256--2286331	38	2.0	38	85	10	102	50	1	0	48	1.09
2292564--2292649	34	2.6	33	74	20	83	55	2	1	40	1.20
2292621--2292671	15	3.5	15	78	10	52	58	1	0	39	1.09
2292638--2292690	22	2.4	22	81	9	54	60	3	0	35	1.15
2299927--2299991	30	2.2	30	97	2	123	43	9	18	29	1.81
2301881--2301910	7	4.3	7	91	0	51	53	0	3	43	1.17
2301992--2302042	20	2.5	21	84	15	72	41	0	0	58	0.98
2304423--2304453	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2304838--2304876	19	2.1	19	85	9	53	46	0	0	53	1.00
2304823--2304895	31	2.4	30	82	13	87	47	0	0	52	1.00
2304975--2305011	16	2.3	16	90	0	56	45	8	8	37	1.63
2305173--2305206	16	2.0	18	88	11	54	47	0	0	52	1.00
2305291--2305358	29	2.4	29	81	11	79	45	1	4	48	1.31
2305759--2305809	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2305955--2305996	15	2.8	15	72	13	50	59	0	0	40	0.97
2308870--2308907	12	3.2	12	79	20	53	42	2	5	50	1.39
2310589--2310622	17	1.9	18	88	5	52	58	0	5	35	1.22
2311553--2311578	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2315882--2315913	15	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
2315979--2316037	17	3.7	15	82	17	75	35	0	0	64	0.94
2316003--2316094	46	2.0	46	81	10	109	47	4	0	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2316510--2316608	50	1.9	53	84	13	136	53	0	0	46	1.00
2316520--2316629	50	2.2	51	80	13	124	53	0	1	44	1.11
2317197--2317231	14	2.4	15	90	4	54	62	0	0	37	0.95
2317950--2317974	12	2.1	12	100	0	50	16	16	0	68	1.22
2318468--2318513	20	2.3	21	92	7	78	30	0	0	69	0.89
2320526--2320572	21	2.1	21	84	7	58	55	0	2	42	1.12
2322275--2322315	21	1.9	22	85	5	57	31	4	4	58	1.40
2322454--2322493	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2323019--2323059	21	1.9	22	85	5	57	43	0	0	56	0.99
2323671--2323703	11	3.3	10	87	12	50	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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