genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754473--754533	32	1.9	31	86	3	86	72	3	3	21	1.14
756755--756812	24	2.6	23	82	17	77	31	0	0	68	0.89
756762--756802	12	3.3	13	76	10	50	36	0	0	63	0.95
757416--757601	73	2.6	73	77	13	179	33	0	9	56	1.35
757751--757882	68	1.9	68	90	6	214	37	0	7	54	1.34
757781--757894	32	3.4	32	72	13	113	39	0	7	52	1.35
757746--757910	68	2.4	70	76	14	180	38	0	6	55	1.29
757892--757935	18	2.5	19	89	10	67	34	0	4	61	1.16
758382--758426	14	3.3	14	78	6	56	66	0	0	33	0.92
758362--758402	20	2.0	20	90	4	64	65	0	2	31	1.05
758381--758428	13	3.6	13	76	15	53	64	0	0	35	0.94
758374--758435	27	2.3	27	73	13	74	69	0	0	30	0.89
762055--762092	9	4.2	9	80	12	51	21	2	0	76	0.91
762125--762160	17	2.1	17	89	0	54	11	0	5	83	0.80
762475--762525	21	2.5	20	81	6	57	41	0	0	58	0.98
766947--767149	100	2.0	100	86	1	282	24	17	17	41	1.90
769830--769886	25	2.2	25	81	9	62	61	5	1	31	1.28
770558--770778	34	6.5	33	84	5	280	40	26	7	25	1.82
770558--770778	102	2.2	101	89	1	352	40	26	7	25	1.82
775184--775403	34	6.5	33	80	5	242	42	23	6	27	1.78
775184--775403	102	2.2	101	88	1	341	42	23	6	27	1.78
778317--778341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778330--778379	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
778432--778456	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
778465--778593	52	2.5	52	93	0	222	35	17	17	29	1.93
779616--779641	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
779598--779661	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
783696--783726	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
785787--785825	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
786268--786308	20	2.0	21	85	4	57	19	41	29	9	1.83
788371--788396	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
788353--788416	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
790519--790600	26	3.2	26	63	22	64	54	7	7	30	1.55
790509--790609	51	2.0	51	96	0	184	55	6	5	31	1.51
794738--794786	13	3.9	14	75	20	54	0	26	0	73	0.83
794736--794786	23	2.2	24	92	3	86	0	25	0	74	0.82
794734--794772	19	2.1	19	90	9	62	0	20	0	79	0.73
798030--798068	19	2.1	19	100	0	78	33	15	10	41	1.81
799551--799614	33	2.0	32	87	3	92	26	15	15	42	1.87
800237--800277	22	2.0	22	85	9	59	36	26	2	34	1.70
801055--801101	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
801225--801261	13	2.8	13	91	0	56	40	16	13	29	1.86
803861--803927	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
803881--803905	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803970--803994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
804003--804127	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
806255--806306	27	2.0	26	82	10	63	23	42	17	17	1.89
810284--810347	33	2.0	33	87	3	94	26	12	17	43	1.84
812223--812561	142	2.4	143	81	5	375	42	10	10	36	1.74
812223--812535	143	2.2	143	82	5	375	42	10	9	37	1.73
813487--813544	30	2.0	29	86	10	82	0	24	0	75	0.80
815560--815935	85	4.4	85	83	2	470	45	13	21	18	1.84
815611--815747	42	3.2	42	71	8	116	45	10	24	20	1.82
815517--815935	170	2.5	170	84	3	533	45	13	21	19	1.85
816173--816279	47	2.2	48	82	9	130	42	11	19	27	1.85
817383--817453	30	2.4	30	92	0	115	29	16	8	45	1.77
817440--817490	20	2.5	20	87	0	66	35	11	13	39	1.82
817809--818709	299	3.0	299	99	0	1757	31	18	18	30	1.96
819329--819384	20	2.8	20	89	7	80	39	16	14	30	1.88
821030--821057	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
825498--825534	18	2.1	17	90	5	56	81	8	2	8	0.97
825949--826358	213	1.9	214	92	0	687	34	18	14	31	1.92
827051--827170	30	3.8	31	76	12	93	25	30	13	31	1.93
827075--827196	34	3.6	34	78	5	149	24	31	10	33	1.89
827085--827303	66	3.4	66	77	6	252	24	30	11	33	1.91
827078--827352	32	8.9	32	73	8	155	24	30	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827085--827369	66	4.7	62	80	6	227	24	30	11	32	1.92
827213--827386	27	6.2	27	80	10	179	25	28	12	33	1.92
827318--827853	28	18.1	28	70	17	162	27	27	16	27	1.97
827415--827503	32	2.8	32	75	10	83	30	30	16	22	1.96
827476--827610	60	2.2	62	88	5	204	27	25	17	30	1.97
829090--829200	50	2.2	50	88	3	161	29	14	9	46	1.75
832426--832473	16	3.1	15	82	11	53	0	14	8	77	0.99
832426--832485	28	2.2	27	85	8	77	0	13	8	78	0.96
833140--833174	15	2.3	15	95	0	61	0	8	5	85	0.73
836007--836070	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
836152--836176	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
836711--836756	23	2.0	23	91	4	76	36	28	0	34	1.58
838855--838885	8	3.8	8	95	4	53	61	22	0	16	1.34
839723--839804	39	2.1	39	97	0	155	14	15	17	52	1.75
843213--843310	19	5.8	19	73	26	112	33	12	18	35	1.88
843214--843308	32	3.0	32	100	0	190	33	12	18	34	1.89
843233--843289	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
857259--857352	16	5.8	16	75	19	81	82	11	3	2	0.86
857260--857358	27	3.6	26	76	22	87	83	11	3	2	0.83
857270--857358	21	4.2	20	74	17	74	83	11	3	2	0.86
857261--857358	32	3.3	31	80	9	105	83	11	3	2	0.84
857260--857349	1	90.0	1	68	0	54	84	10	3	2	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858803--859093	29	9.7	29	74	10	169	28	31	14	25	1.95
858797--859093	85	3.3	87	74	10	258	28	31	14	25	1.95
858803--858956	56	2.7	57	77	6	132	32	30	13	23	1.93
858951--859043	35	2.7	34	83	3	116	19	34	12	33	1.90
858951--859042	34	2.7	35	81	5	98	19	33	13	33	1.90
859016--859113	28	3.4	28	92	2	151	35	30	17	16	1.92
869288--869335	13	4.2	13	70	29	54	41	14	14	29	1.85
871946--871998	19	2.7	19	91	2	79	30	15	13	41	1.85
872478--872521	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80
876154--876183	11	2.7	11	100	0	60	66	10	10	13	1.44
877513--877555	22	2.0	22	90	9	70	46	6	9	37	1.63
877674--877698	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
877653--877716	33	2.0	33	90	3	103	28	15	17	39	1.90
877957--878113	72	2.2	72	97	0	296	26	15	17	40	1.90
877978--878132	72	2.2	72	89	0	229	28	16	16	39	1.89
880585--880620	16	2.4	15	86	13	56	30	16	2	50	1.60
880688--880741	5	10.0	5	84	9	63	20	1	3	74	1.07
880913--880941	13	2.1	14	93	6	51	82	0	6	10	0.83
884544--884715	89	1.9	89	82	7	213	37	25	8	28	1.85
888162--888497	80	4.2	79	77	5	282	30	28	11	30	1.91
888472--888619	74	2.0	74	100	0	296	31	24	6	37	1.81
890942--890995	19	2.8	19	82	2	63	31	14	14	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891041--891092	13	4.5	13	71	26	53	34	13	15	36	1.87
896990--897015	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
896972--897035	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
901083--901113	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
903175--903213	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
903654--903696	20	2.1	21	86	4	61	18	44	27	9	1.80
905757--905782	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
905739--905802	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
908033--908086	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
910714--910751	20	1.9	20	84	10	51	13	10	7	68	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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