genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166387--166778	107	3.7	105	70	13	296	30	14	27	27	1.95
166716--166843	51	2.4	51	77	11	132	33	10	24	31	1.90
169131--169294	20	7.8	20	72	16	100	41	14	15	28	1.87
170049--170793	59	12.9	59	87	5	886	26	21	27	25	1.99
173213--173258	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
173631--173668	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
177086--177120	18	1.9	18	88	0	52	40	11	11	37	1.77
179332--179409	2	39.0	2	97	0	147	48	0	0	51	1.00
184186--184332	51	2.9	51	90	0	240	45	10	15	27	1.80
185564--185884	113	2.8	113	81	3	353	46	10	2	40	1.52
188703--188910	97	2.2	96	85	6	269	47	11	7	34	1.68
188756--188931	94	1.9	94	82	7	221	46	10	7	35	1.67
188889--188932	22	2.0	22	90	0	70	61	6	6	25	1.46
190223--190437	34	6.4	34	81	4	238	40	25	7	26	1.82
190224--190423	102	2.0	102	92	0	337	40	25	8	26	1.83
201688--201761	38	2.0	37	84	7	96	44	1	5	48	1.34
201837--201874	18	2.1	18	90	0	58	55	2	0	42	1.14
204087--204860	310	2.5	309	81	4	848	39	19	15	24	1.91
204108--204874	155	4.9	155	76	7	646	40	19	15	24	1.91
206677--207384	164	4.3	162	80	7	607	49	8	9	31	1.66
206756--207283	164	3.2	162	84	5	625	48	10	10	31	1.70
208560--208618	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208878--208930	20	2.7	20	93	0	97	26	11	16	45	1.82
210987--211029	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
211471--211508	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
213579--213609	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
215411--215455	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
217337--217395	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
217674--217699	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
217654--217717	32	2.0	33	90	3	103	29	12	14	43	1.81
217748--217821	20	3.7	20	85	1	76	27	17	14	40	1.89
217768--217824	20	2.8	20	89	0	78	26	15	15	42	1.87
224131--224179	15	3.4	14	83	10	64	69	0	0	30	0.89
224122--224179	28	2.1	28	81	12	66	70	0	0	29	0.87
224122--224184	12	4.7	13	75	19	58	69	0	0	30	0.88
224245--224284	18	2.4	17	83	8	55	55	0	0	45	0.99
224235--224284	16	3.0	16	77	11	55	56	0	0	44	0.99
224242--224328	43	2.0	46	86	11	128	55	1	0	43	1.07
224807--224870	16	4.1	16	86	6	87	62	1	1	34	1.14
224798--224872	15	5.0	15	79	10	82	60	1	1	37	1.14
224802--224878	31	2.5	31	85	2	102	58	2	2	36	1.26
225080--225116	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
226338--226378	19	2.2	18	87	12	57	34	7	4	53	1.50
226780--226827	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228920--228967	20	2.8	16	72	22	51	50	2	0	47	1.12
229152--229218	37	1.9	33	88	11	98	47	0	2	49	1.16
230398--230456	23	2.6	23	83	2	75	28	8	22	40	1.83
230570--230631	28	2.2	29	82	8	74	64	1	1	32	1.13
234060--234100	17	2.4	17	83	0	55	51	0	2	46	1.14
236198--236245	21	2.2	22	85	14	64	56	0	0	43	0.99
236197--236247	22	2.3	21	81	18	59	56	0	0	43	0.99
237366--237420	27	2.0	28	82	10	69	49	7	1	41	1.41
243241--243277	2	18.5	2	89	10	58	48	0	2	48	1.15
243218--243271	20	2.5	22	79	8	67	46	1	5	46	1.37
243380--243426	11	4.2	11	78	10	51	12	6	2	78	1.02
243782--243817	6	6.0	6	90	0	54	33	0	0	66	0.92
244230--244271	16	2.7	16	81	3	50	42	4	11	40	1.63
244939--244982	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
245178--245211	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
247161--247219	7	7.7	7	76	23	57	71	1	0	27	0.96
247159--247219	24	2.6	23	74	23	63	72	1	0	26	0.94
247161--247222	25	2.7	22	79	18	72	70	1	0	27	0.96
247160--247240	25	3.3	26	77	9	66	69	6	0	24	1.11
247325--247412	36	2.4	37	81	12	103	63	2	3	30	1.23
248099--248143	17	2.6	18	79	10	58	17	2	6	73	1.15
248078--248148	18	4.1	18	74	16	60	21	2	4	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248277--248314	18	2.2	18	90	9	62	15	0	7	76	1.01
248404--248462	19	3.2	18	81	9	66	28	1	1	67	1.10
248411--248479	20	3.6	19	82	5	77	27	2	2	66	1.20
252964--253092	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
253174--253263	13	5.9	13	69	28	54	33	17	12	36	1.87
253153--253281	32	4.0	32	94	2	222	34	17	11	36	1.86
253153--253281	65	2.0	65	93	3	224	34	17	11	36	1.86
254101--254155	20	2.8	20	91	0	83	27	14	12	45	1.81
256504--256725	79	2.8	78	83	2	275	27	23	14	34	1.94
256665--256832	51	3.3	51	89	0	246	31	27	9	31	1.88
256871--256988	51	2.3	51	89	0	182	27	23	14	34	1.94
256959--257151	79	2.4	80	84	5	268	27	25	13	32	1.94
258646--258719	21	3.6	19	77	12	58	45	1	2	50	1.24
258747--258801	14	4.0	14	77	22	55	52	5	0	41	1.24
258812--258853	22	1.9	22	90	0	66	45	0	0	54	0.99
261148--261201	20	2.7	21	85	8	76	37	16	11	35	1.84
261230--261284	20	2.8	20	91	2	85	36	18	12	32	1.88
261270--261296	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
263803--263876	13	6.2	13	71	17	70	39	12	17	31	1.86
263831--263895	20	3.6	20	73	26	81	38	12	18	30	1.88
263818--263895	33	2.4	33	100	0	156	38	12	17	30	1.88
269223--269281	28	2.1	28	100	0	118	37	13	25	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270084--270108	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
274103--274161	16	3.8	16	77	18	70	37	1	0	61	1.07
274091--274171	31	2.5	32	80	11	94	38	3	0	58	1.16
274301--274330	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
275357--277294	669	2.9	663	84	5	2412	36	10	7	46	1.65
278439--278481	6	7.3	6	86	5	61	46	0	0	53	1.00
278516--278564	18	2.8	17	78	6	62	51	0	2	46	1.12
278875--278908	16	2.1	16	88	0	50	47	8	0	44	1.34
279736--279778	18	2.5	17	82	14	52	48	2	13	34	1.56
282874--282912	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
289886--289951	33	2.0	33	85	14	91	40	18	6	34	1.75
290692--290764	33	2.3	33	86	9	98	35	21	6	35	1.81
293400--293424	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
295832--295869	11	3.5	11	78	7	51	47	5	0	47	1.24
297717--297754	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
298322--299344	28	35.4	29	84	5	1236	24	17	29	28	1.97
298356--299344	57	17.2	57	85	4	1238	24	16	29	28	1.97
306451--306585	32	4.2	32	93	0	225	34	17	12	35	1.88
306477--306565	13	5.9	13	70	27	61	32	17	13	35	1.89
307392--307716	29	11.1	29	84	3	418	22	16	31	29	1.96
307392--307717	59	5.6	59	91	1	532	22	16	31	29	1.96
307654--307947	34	8.8	34	84	6	318	32	12	33	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309379--309515	11	12.5	11	77	13	115	0	3	13	83	0.78
309400--309514	1	115.0	1	71	0	77	0	4	10	85	0.73
309379--309515	10	12.9	10	78	14	141	0	3	13	83	0.78
309379--309514	55	2.5	53	81	15	163	0	3	12	83	0.76
309379--309513	42	3.2	40	84	13	157	0	3	12	83	0.77
309388--309515	32	4.1	31	79	13	131	0	3	12	83	0.77
323357--323485	52	2.5	52	94	0	231	27	17	18	36	1.93
323494--323518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
323590--323614	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
333100--333196	20	4.8	20	85	0	140	40	11	14	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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