genome.fa.s40.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3440810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1337634--1337715	43	2.0	40	81	13	94	47	0	1	51	1.08
1339369--1339508	75	1.9	75	86	3	201	29	6	7	56	1.53
1339648--1339728	34	2.5	33	80	9	94	50	6	3	39	1.45
1340140--1340176	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
1340256--1340290	15	2.2	16	90	10	54	51	2	5	40	1.40
1340582--1340637	27	2.1	27	93	0	94	28	10	7	53	1.62
1342707--1342761	16	2.9	19	79	17	62	32	0	3	63	1.12
1342702--1342758	15	3.7	15	74	23	55	29	0	3	66	1.08
1342961--1343029	14	5.6	13	67	29	53	62	0	0	37	0.96
1342933--1343027	47	2.0	49	83	4	122	58	0	3	37	1.14
1342933--1343032	23	4.4	22	74	18	89	59	0	3	38	1.13
1342962--1343063	9	10.9	9	68	17	57	58	0	0	41	0.98
1343080--1343129	19	2.8	17	78	9	55	38	0	2	60	1.09
1343333--1343361	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
1346342--1346372	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1346529--1346667	30	4.5	30	70	20	99	37	0	0	61	1.07
1346549--1346675	5	25.0	5	68	23	61	39	0	0	59	1.03
1346542--1346677	19	7.3	19	65	24	58	38	0	0	60	1.07
1346580--1346677	24	4.1	24	77	13	103	36	0	1	62	1.02
1349051--1349165	55	2.1	56	80	4	126	53	11	16	18	1.71
1349294--1349333	15	2.7	15	84	7	55	25	12	25	37	1.91
1349582--1349626	22	2.0	22	91	0	72	26	11	24	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1350093--1350212	44	2.7	44	81	2	134	34	27	11	26	1.91
1350182--1350241	27	2.2	27	81	0	66	30	21	15	33	1.94
1350303--1350491	71	2.6	71	80	5	170	30	20	15	33	1.94
1350721--1350846	51	2.5	51	84	2	173	20	26	14	38	1.91
1354800--1354842	17	2.5	18	81	11	54	44	0	0	55	0.99
1360367--1360421	13	4.5	13	73	17	55	50	0	1	47	1.11
1360547--1360616	6	11.7	6	77	13	65	45	0	1	52	1.09
1360554--1360624	22	3.1	24	80	15	64	46	0	1	52	1.09
1361519--1361550	12	2.6	13	90	9	50	56	0	0	43	0.99
1369673--1369726	16	3.2	17	80	17	60	72	9	12	5	1.27
1369663--1369743	39	2.1	38	82	11	94	71	9	13	4	1.28
1371660--1371779	51	2.3	52	84	4	154	35	14	23	26	1.93
1371715--1372060	79	4.4	79	92	0	568	32	15	26	26	1.95
1373250--1373445	27	7.0	24	76	19	106	15	30	7	47	1.72
1373298--1373364	35	1.9	35	96	0	125	17	32	5	43	1.74
1373273--1373445	27	6.1	27	87	10	249	16	30	7	45	1.75
1373347--1373459	54	2.1	54	90	3	174	14	29	7	48	1.71
1374097--1375861	28	59.9	28	79	9	1026	29	30	17	22	1.97
1374064--1374761	86	8.2	82	86	5	464	28	32	15	24	1.96
1374381--1375849	32	49.0	32	80	10	1150	30	30	18	21	1.97
1376627--1376652	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1377274--1377357	39	2.1	39	84	2	105	34	25	4	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1379195--1379233	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1381304--1381334	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1383138--1383182	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1385404--1385429	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1385812--1386034	28	7.7	28	82	5	205	27	30	17	24	1.97
1386480--1386508	8	3.8	8	90	9	51	89	0	0	10	0.48
1386480--1386508	15	1.9	15	100	0	58	89	0	0	10	0.48
1394553--1394602	24	2.1	24	85	7	66	30	4	6	60	1.39
1397152--1397201	24	2.1	24	85	7	66	30	4	6	60	1.39
1402718--1402755	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1405077--1405119	20	2.2	20	100	0	86	34	6	9	48	1.62
1405275--1405378	35	3.0	35	84	0	127	17	11	11	59	1.60
1406208--1406240	10	3.5	10	84	16	52	54	0	0	45	0.99
1407669--1407720	16	3.3	15	82	10	59	25	7	0	67	1.17
1408452--1408486	14	2.5	13	90	9	52	80	0	0	20	0.72
1412587--1412637	25	2.1	24	85	10	68	54	9	1	33	1.44
1415732--1415787	22	2.8	19	78	19	60	39	0	0	60	0.97
1415732--1415780	22	2.3	20	86	6	71	40	0	0	59	0.98
1422250--1422305	3	18.7	3	92	7	96	66	0	1	32	1.03
1425953--1426142	102	1.9	102	82	6	242	20	16	7	55	1.65
1429529--1429568	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
1430790--1430831	10	4.2	10	85	11	59	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432245--1432435	103	1.9	102	82	3	240	19	15	8	56	1.65
1434671--1434706	18	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
1434911--1434962	21	2.5	21	87	6	70	32	3	28	34	1.76
1435090--1435115	9	2.9	9	100	0	52	23	34	7	34	1.83
1438342--1438383	21	2.0	21	81	9	50	38	7	19	35	1.79
1446414--1446554	70	2.0	71	90	4	223	28	11	14	45	1.80
1447988--1448020	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1454333--1454396	25	2.5	25	79	5	74	75	1	0	23	0.90
1454668--1454701	17	2.1	17	88	5	52	38	0	5	55	1.24
1454700--1454762	24	2.7	23	78	9	65	36	0	6	57	1.24
1454706--1454778	23	3.1	24	76	7	69	46	0	5	47	1.25
1456047--1456117	27	2.6	27	86	6	90	23	7	22	46	1.76
1458693--1458738	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
1460622--1460692	28	2.6	28	88	2	108	23	5	22	47	1.72
1460622--1460713	28	3.4	27	82	5	107	25	6	21	46	1.75
1471258--1471325	19	3.9	18	76	23	83	36	10	16	36	1.82
1471260--1471320	32	1.9	32	96	0	113	36	9	18	36	1.84
1471365--1471390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
1473753--1473869	50	2.4	51	82	15	140	30	22	11	35	1.90
1473851--1473927	27	2.8	27	86	5	102	23	32	19	24	1.97
1473880--1474058	79	2.3	79	84	6	229	24	29	16	29	1.97
1473990--1474160	52	3.3	50	82	8	191	28	26	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1476340--1476377	17	2.2	17	90	0	58	52	0	2	44	1.14
1477073--1477108	18	2.1	18	89	5	56	22	0	2	75	0.94
1477736--1477778	22	2.0	22	90	0	68	39	2	4	53	1.34
1477980--1478015	16	2.3	16	90	4	56	25	13	2	58	1.49
1478450--1478490	19	2.2	19	86	0	55	39	7	7	46	1.60
1478903--1479102	102	2.0	103	84	5	262	17	14	8	59	1.59
1479587--1479642	18	2.9	19	84	10	62	44	1	1	51	1.22
1480551--1480593	22	2.0	22	90	0	68	39	2	4	53	1.34
1481671--1481900	101	2.3	96	77	14	227	17	16	8	58	1.61
1481700--1481900	101	2.0	104	86	4	282	16	14	8	59	1.60
1484112--1484149	20	1.9	20	84	10	51	36	0	0	63	0.95
1485138--1485302	83	2.0	83	96	0	303	36	10	13	40	1.78
1487367--1487426	23	2.7	23	78	17	72	66	0	3	30	1.07
1487461--1487508	22	2.1	22	84	3	60	2	14	0	83	0.74
1487460--1487515	8	6.8	8	80	8	67	1	14	0	83	0.72
1487473--1487515	22	2.0	22	90	0	68	2	13	0	83	0.74
1488088--1488114	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1488069--1488132	33	2.0	32	90	3	101	29	15	15	39	1.89
1488098--1488153	19	2.9	18	82	12	76	33	16	17	32	1.92
1488202--1488260	13	4.1	13	73	23	55	30	15	15	38	1.88
1488183--1488292	32	3.4	32	96	0	193	30	15	16	38	1.90
1488218--1488279	19	3.6	19	71	24	73	32	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1488270--1488295	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1496372--1496398	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1496383--1496458	19	3.9	19	86	6	109	34	14	15	35	1.88
1496353--1496417	32	2.0	33	87	3	96	29	13	15	41	1.86
1497484--1497532	21	2.3	20	76	10	53	4	14	2	79	0.97
1497655--1497713	26	2.4	25	72	10	59	66	10	1	22	1.31
1497888--1497942	21	2.9	19	73	26	55	63	0	0	36	0.95
1497909--1497962	22	2.4	24	81	9	69	64	1	0	33	1.04
1497992--1498073	4	19.8	4	75	9	67	0	29	1	69	0.96
1498105--1498188	44	1.9	44	95	0	150	35	14	8	41	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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